宫廷中设立专门的机构，负责内廷帝后和高级官员的医疗保健事务，始于秦及两汉。金代始有“太医院”。明代的太医院已经非常完备，设置了院使、院判、御医等职，当时著名的医家如董宿、方贤、李时珍等都曾在太医院任职，留下了不少的著述。清代在明代太医院旧址——正阳门以东，东交民巷内，继续设置太医院，官职也因袭旧制。
清太医院为五品衙门，从清初到光绪朝始终未变。宣统元年升为四品。顺治元年，任院使一名，作为太医院的负责人，官位五品，左右院判各一人，作为副手，官位六品。他们掌握医务方面的政策法令，并管辖医务工作。他们之上设管理院事王大臣一人，相当于名誉院长。他们的下属有御医13人，最初官位正八品，雍正七年升为正七品，宣统元年升为正六品。下级官吏26人，最初官位八、九品，宣统元年改八品：为七品，九品为八品。医士20人，为九品。御医、下吏、医士都负责治疗，另有医生30人，没有官职，专门管理医药与制药事务。
太医院官员的升迁专门限制在太医院内部，不离开本署。御医、下级官吏、医士等，年老多病不能服务者，上报核实后，才准许告老还乡。病愈之后，仍可申请回来。但这种情况似乎很少见。如果假称年老体弱，疏通关系，殉情妄为，提前退休者，一经发现，必受严处。另外，如果有人推诿升任官职，不愿为内廷服务，怕承担责任，而私下却在院外为人看病者，发现后交刑部议处。“伴君如伴虎”正是造成这种不愿拿国家俸禄、不愿升官的怪现象的根本原因。
太医院门诊分科，明朝时有13科，即大方脉（内科）、小方脉（儿科）、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、金镞、按摩、祝由。清初大体沿袭明代旧制，但将金镞分属疮疡和接骨，按摩也不设专科，裁去靠禁咒、符水等迷信活动治病的祝由科，增设痘疹一科，共计11科。康熙朝，又把痘疹归入小方脉，咽喉、口齿合为一科，减为9科。嘉庆六年，奉旨将正骨科划归上驷院，由蒙古医生充任。道光二年，皇帝认为针灸的办法用来为皇家看病不太合适，因针灸袒胸露乳有伤大雅，令太医将针灸一科永远取消。至此前设9科，又减为7科。到了光绪朝，又将伤寒、妇人科并人大方科，使设置减为5科。
清初建立痘疹一科是由于当时天花、麻疹流行严重，直接威胁到帝室的生命安全和清王朝的政治稳定，因此特别予以重视。正骨科划归上驷院是因为蒙古医生正骨技术确有独到之处。
按照清宫的惯例，宫廷太医要依据其等级和专业轮流值班。在宫内值班的叫“宫值”，在宫外值班的叫“六值”。宫值的值班地点在内药房及各宫外班房，专门给帝后妃嫔贵人等看病。六值的值班地点在外值房，任务最初是随时准备听从宁寿宫、慈宁宫、乾清官、钟粹宫、寿康宫、寿安宫六处的召命。道光末年以后，改为专治总管内宦、御前内宦、嬷嬷、女子、祭神房女官、升平署内宦等六项杂差。不久这项服务也被取消了。此外，当皇帝移居宫外园林或到其他地方巡视时，或由皇上亲自点名，或轮流由太医院医官随从前往，作医疗保健。
太医入宫给帝后看病必须有专职御药房太监带领。看完之后，开药方，内容包括病况、病因、治疗方法、所开诸味汤药及其药性，并注明年月日及太医名字，呈进御览。帝后同意服药之后，药方由内监收掌，以备查考。太医和内监一起去内药房取药，并监督御药的煎调。御药一般一次煎两副，煎好之后，依照礼记的“君有疾饮药，臣先尝之”的规矩，分别倒在两个容器中。一份由御医、院判、太监先尝，尝过之后，另一份才呈进御用。这样做是为了防止歹人借机下毒谋害帝后。
不仅皇帝、皇后的药方存档，宫内所有的人看过病后都有脉案保存。除帝后贵妃外，其他人一般不立个人专册，而是许多人共为一册。例外的是慈禧太后宠信的大总管太监李莲英，不但有专册存档，而且封面还用黄绫装裱，僭越了宫廷规制。
如果皇帝和太后身染重病，久治无效，还可以命各省督抚大员举荐名医，不论有无官职，不论身份高低，都可以应选。如光绪三十四年六月，皇帝病重，明谕全国，广征名医，一时如周景焘、吕用宾、杜钟骏等外省名医云集京城，同时还邀请法国医师会诊。
（罗文华）