王家彦抓捕了张壶铭，殴辱张氏家属等人，其兵勇将张氏财物洗劫一空，后又在押解途中杀害了张壶铭。消息既出，激起了敦煌民众的愤怒，四方百姓不约而聚3000余人，可持木棒、刀、斧，要“替张举人报仇”，要“捉住赃官王家彦”。愤怒的群众斩关扭键，进入县城，打死巡警攻破县署，王家彦慌忙从后门出逃参将府。
陕甘总督升允闻迅，急电肃州总兵柴洪山，令其日夜兼程前往镇压。柴洪山到敦煌后，认为敦煌百姓“民情淳朴，并非刁民，亦无反意”，抗粮一事至此，是由于官方高压而成，木可深究。升允认为柴洪山镇压不力，指使参将林太清使用兵力大肆搜捕抗粮运动领导人。
为使无辜百姓免受牵连，抗粮领导人挺身而出，被解往酒泉，升允指定张掖县令沈龄皋审讯后，或处死，或判永远监禁。轰轰烈烈的敦煌人民抗粮斗争，经过两年的斗争最终失败了。清政府在自己的末日到来之际，无奈对敦煌农民做了让步，免除了每户必须交纳的“采买粮”4石的“常规
（第三节）民国时期的敦煌地区
1912年1月1日，中华民国宣告成立，延续两千多年的封建专制政体结束，开始代之以“民主共和”。中华民国的成立，结束了封建时代，建立了资产阶级政权，但这个政权，不久即被北洋军阀袁世凯所篡夺，把中国人带入军阀混战的局面中了。在中国悠久的历史中，它的存在以孙中山在南京建立中华民国临时政府起，到1949年10月1日中华人民和国成立止，一共不到38年，但它却是中国历史承上启下值得重视的一段历史。这一时期的敦煌地区，因偏离争夺政治权力的中心，所以其历史有自己的特殊性的一面。
民国成立后，撤销安西直隶州，敦煌仍旧属安肃道（治所酒泉）。县及以下行政建制仍沿袭清代的“房班”、“隅坊”制度，只将原来的典史署改为警备队和监狱署，儒学署更名劝学所。原来清朝的官吏，摇身一变成为民国的官员，封建统治的方式略微改变些，其本质上毫无变化，革命的影响力至于敦煌似乎连“彻底”不“彻底”都无需挂问，原来的官吏，原来的人民，无甚变革。
直到1926年，民国政府才将原来的县属六房，改组合并设立科局，分置科长、局长，管理敦煌全县各种政治、经济、文化等事宜。农村则仍旧实行坊隅制度。1932年，裁撤坊隅，设立区乡。全敦煌县分置五区十乡，乡下设闾，闾下为邻。区设区长一人，乡设乡长一人，闾设闾长一人，邻设邻长一人，分别管理所辖地区的民事、赋税、差役等事务。
1935年，民国政府又在敦煌县并区设置联保，实行保甲制度。以十户为一甲，十甲为一保，每两保设联保主任一人，联保以上设区，把全县分为两个区。
1938年，又取消联保，实行乡镇保甲制度。全敦煌县划分为一镇（鸣沙镇）四乡（和平乡、新安乡、永宁乡、静肃乡），39，保共46甲。同时，还设立了国民自卫组织，县设自卫团，乡镇建卫队％当时敦煌县共有户4825户，有口27948人。
哥老会又称仁义会，是一种民间结社的秘密组织。19世纪叶，主要流行于长江流域各省区。同治中期哥老会组织逐渐渗透，进入清军兵勇及下级军官当中。后又随被遣返的兵勇及军官再流入民间，许多贫苦农民和手工业工人也加入了进去，势力日益扩张，徒众遍及全国各地。哥老会最初的发展宗旨以“反清复明”为号，但缺乏明确的政治纲领，始终没有形成统一的组织，活动采取分散进行的方式，并搀杂了许多封建迷信的色彩。最终甚至发展到乱杀乱劫，逐渐转变为反动会道门了。
民国初期，哥老会在关外和新疆一带活动猖獗，他们在各县“开山立堂”，散发会证，勾结军队，害民扰官。它的总部叫“通统山”，最初设在陕西，以后在酒泉，关外和新疆地方，又有“太极山”、“迪龙山”、“福寿山”等名目，分部设在肃州，山主韩应忠。
1913年起，韩应忠开山为堂，四处活动在布隆吉尔、玉门、敦煌等地，分设据点。同时差遣杨生花、郝金章等人，潜入新疆秘密活动。新疆督军杨增新发现后，进行大规模捕杀，余党遂潜逃进入敦文皇。他们和敦煌哥老会会徒王伦、王之禧、侯得胜、罗裁缝等人串通，秘密串联，相约相机行事。
当时，被边关观察使周务学和敦煌县长刘治清探知底细，遂会同驻军负责人何炳文相机，以迅速果敢的举动将其一网打尽，县城东大街升字和秦州户口时有人头落地。此次捕杀“会党案”活动，一时间敦煌满城恐惧，人人自危。
1920年5月，苏联红军追剿顽固对抗人民的白俄军队少校阿连阔夫。阿连阔夫率残部官兵余人，马匹700余，窜入我国新疆伊犁地区，企图建立反苏基地。中国当局缴获了他们的部分武器装备，于9月将其遣送乌鲁木齐，随即再遣送至奇台驻扎，并作了严密的戒备。1921年1月，阿连阔夫残部发动了对奇台的袭击，中国军队事先早有防范，阿部被迫缴出全部武器。
新疆督军杨增新恐其再生祸端，恳请甘肃督军陆洪涛，“以分其势，而免意外”。经电报磋商数月，最后陆洪涛答应将阿连阔夫残部暂时安置到敦煌，再另作处置。当时，敦煌县长陆恩泰和防军管带周炳南具体负责安置事宜。陆恩泰和周炳南邀集农商各界及乡绅多次计议后，决定将其安置到距离县城4多里的千佛洞。1922年5月，阿连阔夫率残部约500余人，乘四轮马车数十辆，由哈密穿戈壁，经敦煌北湖到达敦煌，先被安置于县城北门外大教场驻扎，随后，由地方巡防营“护送”遣往千佛洞驻扎。白俄阿连阔夫残部，在敦煌千佛洞暂留约八个月左右，分三批遣送进关，赴上海、天津等地，再行遣送回国。阿连阔夫后被引渡给苏联政府，“苏联当局把他解到斜米，交付人民审判，判处了死刑。
1%9年4月11日，酒泉城防司令部因久欠军饷，致使军心涣散不稳，排长吴廷章借机率众哗变。他们释放狱囚，抢掠酒泉农工贷质所、团防局和商贾大户，然后裹胁民众700余人，合哗变兵士计1200余人，仓惶窜出嘉峪关。吴廷章自称“安国军总司令”，沿途再抢掠玉门、安西两县，于1月4日到达敦煌。飞月6日吴廷章率兵变匪徒攻敦煌城，全县军民全力抵御，吴撤围东去。随后，吴廷章又搜罗安西、玉门二县武器弹药库所藏抬炮数门，纠合永昌西窜叛乱残兵200余人，于8月12日第二次围攻敦煌城。匪徒们用炮轰、火烧、云梯猛攻、引水灌城等法，终不能破城，最后只得向新疆逃窜，后被雷中田部所灭。
吴廷章哗变所演变的匪徒行径，两次进攻敦煌城，城虽终未破，但四乡百姓却受到了惨重的祸害。据《重修敦煌县志》所记载，吴廷章匪众寇掠敦煌时，共掳掠丁壮200余人，杀死致伤百姓民众二三十人，抢去骡马500余匹，百姓民众财产损失约合10万余银元。这种事变也是当时特定历史时期的产物，兵祸相继，自然给人民生活生产造成了巨大的损害。
1930年，原起事河州，与国民军对敌，自称“西北讨逆军总司令”，俗称“尕司令”的马仲英，“劫湟源，屠永昌，洗民勤”，仅两个月就劫杀汉、藏群众万余人。因遭汉族人民的强烈反抗，遂潜出宁夏，窜入河西走廊地区。
当年夏天，马仲英占据甘州后，自称“甘宁青联军总司令”、“河西警备总荀令”，下设民政、财政、军需、军械、参谋、交通、副官及执法等“八大处”，张掖以西各县均霸为其势力范围。此时，青海的马步芳匪徒深感如若马仲英在河西得势且站稳脚跟，对自己的统治是极大的威胁，于是采用武力开始兼并马仲英。
1931年4月，马步芳亲率韩起功部，由西宁经门源出扁都口，突然袭击马仲英于洪水、三堡、六坎，马仲英激战中见势弱不敌，只能退据肃州。时蒋介石已授马仲英部为新编三十六师，为此马步芳占据甘州后再未西进。
同年9月，马仲英向西扩展势力进入新疆，被金树仁部击败，又转而东退入关。马步芳命马步康占据酒泉，只划金塔、鼎新、安西、敦煌、玉门五县为马仲英的驻防区。
马仲英为了在这些地区立足，在各县大规模征兵筹粮，扩充军备。仅在敦煌县，1931年8月到12月，“征兵五百多名，索要麦面四百余石，马草四十二万斤，豌豆三百四十余石，皮衣一千五百件，棉衣五百套，至于银饷摊派更是屡征不止。”1933年4月，又在敦煌“强征马料一千余石，骆驼六百峰，白洋六千元”，然后进入新。
马仲英再次进入新疆，道到盛世才的阻击，无奈退入南疆，翌年7月转苏联，后坠机身亡。
敦煌地区成为马步芳的势力范围，百姓民众所受抓兵、苛征暴敛数倍于以前，敦煌人民生活在如同人间地狱之中，惨遭马家军的残害欺凌和敲诈勒索。
1942年，马步芳撤出河西走廊地区，敦煌人民再次被中央军投入水深火热之中。
在马仲英抓兵征赋、扩充势力祸害敦煌人民之际，原甘肃兰州第一中学校长杨灿，于1933年出任敦煌县长。杨灿到任后，目睹敦煌人民“壮者去充兵役，老弱者乞食街头”的惨状，多次召集地方士绅和农商各界负责人，商讨解民于水火的应急措施。他还邀请敦煌殷实富户，劝其解囊捐粮赈饥。
与此同时，杨灿对缺粮的农户由官方贷以籽神，确保百姓民众不误农时播种耕地，并在城区火神庙等处设“施饭场”，对老弱病残者予以救济。这种“官民共赈”的措施，使敦煌饥民死里逃生，度过了难关。次年春，杨灿又组织核查组，调查核实农村四乡农户地亩与负担不平衡的积弊，解决了敦煌农民多年来所担负的额外不合理沉重负担。杨灿所举，深得民心，1937年他卸任内调时，地方各界勉其惠政，赠以“遗爱甘棠”的匾额。