清王朝康熙时开始经营西域，嘉峪关外的广大地域渐次得到恢复，清势力不断西进康熙五十七年(公元1718年），清王朝在今甘肃玉门、安西地境设立赤斤卫和靖逆卫。到雍正元年(公元1723年），“复立沙州所，三年旋升为卫”，隶安西镇。雍正四年（公元1726年），川陕总督岳钟琪西巡至古沙州地，确认其地方土地肥沃、水源充足，是垦荒生产的适宜之地，于是奏请清廷，建议向沙州移民屯垦，以备军需。清政府准奏后，即派汉兴副道尤汶来沙州督理屯田垦殖事务，当年起即由甘肃五十六州县开始大规模移民至敦煌屯垦。
新至敦煌的移民，由清政府借给耕牛、农具和籽种及七个月的口粮，并每户发给房价银三两，划给空地二分四厘，促其先自盖房屋两间，暂时解决基本的生活生产所需。当时解决住房、修盖房屋的具体办法是，每十户编为一甲，推举甲长一人负责调派总理事项，五户砍伐运送木料，五户打制土坯。经互相合作，统一调派，共同努力，共计修建房屋4810间。这样，就在较短的时间里，基本上解决了新近迁徙至敦煌的大量移民的生活问题。
基本生活安定后，开始划地授田，按当时的实际情况规定，移民每人开荒地50亩，为“一份地”，以“一份地”为一户。截至雍正七年(公元1729年），大规模移民结束，共开田120250亩，计2405户。当时安置移民时，为了照顾不同州县移民生活、习俗和语言的方便，仍按原籍州县集中居住生活生产。把黄河以东各州县的移民，安置在党河(敦煌段）东岸及西岸的上游地区，把黄河以西各州县的移民，安置在党河西岸的下游地区。并且以原籍州县名称，命名移民们新定居集中点地名。如移民由原“县”迁来，现仍冠以原县多称“县”。乾隆三十五年(公元1770年），敦煌（沙州）改卫升时，又去“县”称，冠以“坊”称，以示区别。
今天敦煌市农村的坊里名称，绝大多数仍是甘肃旧县名称谓，如“岷州”坊、“姚州”坊、“金县”、新“肃州”等皆源于此。
清时，在开荒电垦发展生产的同时，还在党河两岸兴修水利，开永丰、普利、通裕、庆余、大有五条水渠（后再开五条），共计长389华里，又分置数十条相通相连小渠。自此，形成支渠与农毛渠纵横交织，从而使新开的12万余亩良田，均沾水利，使百年荒芜的原野变为平畴畸错的良田，敦煌再次成为林树茂密的绿洲农业耕种地区。
在移民屯垦、大力发展生产的同时，因沙州故城受党河水多年冲刷，城垣大多毁坏，遂在故城之东修筑了敦煌新城(今敦煌市盘旋路以西）。新城“周围三里三分，开东、西、南三城门”，分别为：迎恩门、宁塞门、靖远门，并由清政府特调原临洮知府白讷具体督理。雍正五年（公元1727年），又加派光禄少卿汪隆来敦煌，继续监理修建新城和新建官署、兵房等各项基建工程。至公元1729年，新城建成，衙署也基本峻工。为此，汪隆还留诗四首以纪“疆宇新开增气象，边民辐辏往来通”。
敦煌新城建成后，初名“沙州卫城”，后随着中西交通交流的进一步发展，人口增加，商业贸易也日益兴盛，原筑卫城已不能适应发展的需要，为此，又于雍正九年(公元1731年），增建郭城（俗名关厢城）。关厢城包围卫城的东、南、北三面，开设东门“迩安门”、西门“望瑶门”、南门“瑞映门”、北门“归极门”。关厢城周围五里五分，全系土筑。卫城、郭城两城，就是旧敦煌县县城，即今敦煌沙州镇的规模。
乾隆二十五年(公元1760年），清政府根据当时敦煌实际发展情况和地理位置的重要性，正式升沙州卫为敦煌县，隶安西同知。同时，置沙州巡防营，隶肃州镇，设参将统领。
为巩固和强化其统治，当时敦煌县下设：礼房、吏房、兵房、刑房、户房、工房和快班、皂班、轿班，即“三班六房”。另设“儒学署”掌管地方教育文化，“典史署”专管地方刑狱。
在农村各地则实行“隅”、“坊”建制，全县分为6“隅”、56“坊”。东南隅13坊，西南隅6坊，中南隅6坊，东北隅6坊，西北隅12坊，中北隅13坊。每隅设“老农”1人，管理全隅的农田、水利、差役、赋税等各项事宜；另设“乡约”1人，负责调解诉讼和民事纠纷等。每坊再设“坊长”1人，负责催收赋税、徭役、杂草及纠察赌盗各事。每10户又设“小甲”1人，专事稽查户口、催收赋税等具体事务。
敦煌县城镇分东关、南关和北关，共24巷，设“商正”、“保正”各1人。商正负责商民的商业贸易活动和调解债务纠纷等项事宜，保正负责催收税赋和差役等事务。这样，就形成了较完整有序的农村和城镇分别不同的管理系统，为维护有效的统治起了重要作用。
同治年间（公元1862-1874年），陕西回民白彦虎领导了声势浩大的西北回民起义，给清王朝在西北的统治予以沉重的打击。同，治六、七年，自彦虎率领号称20万的回民起义军，由陕西进入甘肃陇东，随即势力遍及陕、甘、宁、青四省区，关陇震惊，清兵节节败退，闻风丧胆。
此间，河西走廊地区的肃州(酒泉），被以青海回民猎户马文录为首的回民等占据，他们与白彦虎起义军遥相呼应，使清王朝派往“督剿回匪”的左宗棠、金顺、刘锦棠等部，处于东西夹背受敌、穷于应付的被动局面。左宗棠向清王朝哀叹：“甘肃土匪二十万，蔓及延、榆、绥一带”，“凶杆殊常”、“而玉关内外竟无完土，军民之勤劳涂炭亦极矣！”至1871年五月，白彦虎的回民起义军转战于青海金积堡，随后进入河西走廊，迅速与马文录部会合，以肃州为据点，筹划出关西征，以打通到新疆的通路。七月，起义军派马长顺率军一部出嘉峪关，首先占领安西，随即挥师敦煌。在敦煌东北隅秦安坊一带，起义军受到清军副将李天和部的堵截，双方经过激战，结果清军溃败，逃回敦煌县城倚城固守。马长顺急攻敦煌城不下，派人进关求援，起义军遂派邹阿訇带兵3000余人至敦煌接应，两部兵将合一将敦煌城团团围住。两军相持半年之久，终因防守严密，攻城不破；且清军坚壁清野，起义军粮秣断尽，只得撤兵而退。
1873年春，白彦虎亲率回民起义军万余人，再次出嘉峪关围攻敦煌。清军调集四个统领的兵力和起义军对抗，在北乡张家堡子展开激战。起义军将士英勇顽强，奋不顾身，当场击毙清军统领李宗经，活捉统领胡鹏飞，杀死杀伤清官兵数百人，缴获辎重马匹无数。经此一战，清军魂惊胆丧，龟缩于敦煌城冲，再也无力和起义军交锋。两军再次相持半年之久，起义军也难以破城取胜0最后，清军派人出城讲和，由清官军出粮200石，赎回被俘的统领胡鹏飞，并相约在县城北郊漳县庙一带设立市场，准许敦煌老百姓和起义军进行以物换粮等各种交易。缓兵之计即成，左宗棠迅速调集数倍于起义军的兵力，亲自到肃州督战，以断白彦虎后援。据占肃州的马文录孤军无援，城破被杀，起义军遭到残酷镇压，“肃州回族，诛戳殆尽，尸骸枕藉。
肃州既破，围困敦煌的白彦虎自成孤军，最后只得撤围，沿古丝绸之路南道窜入新疆。
白彦虎是着名的陕西回民起义领袖之一，起义之初“一呼而聚有数万之众”。但起义后，没有明确的政治纲领和军事路线，起义军缺乏严格的训练的严密的组织纪律，只知其攻城掠地，似打家劫舍，又不分良善乱杀汉人，引起民族纷争，因而失去了大众的支持，以失败告终白彦虎本人进新疆后，最终投降了英帝国主义扶殖的阿古柏，堕落为民族的罪人。
清光绪三十年至三十三年(公元1904-1907年），敦煌爆发了农民的抗粮斗争，这是一次农民自发地反抗残酷封建剥削的斗争，在敦煌近代历史上写下了光辉的一页。
敦煌自雍正时移民迁户以来，清政府规定自领荒之年算起，三年后才征田赋。当时，广大农民辛勤劳动，精耕细作，庄稼连年丰收，粮食总产量已达20万石以上。由于粮多人少，致使粮价很低，关内酒泉、高台等粮食商贩乘机贱价收购谋取厚利。陕甘总督查朗阿，见有利可图，于雍正七年（公元1729年）奏请清廷准允：“由司库发银，就地采买粮谷”，以补“关外军粮不足”。清廷批复：“若有将盈余之谷情愿出粜者，着动支官银，照市价购买，存储公所”，“不可勒令粜卖，生事滋挠”。但查朗阿硬性规定，农民每份地除纳屯粮外，另纳采买粮千石后，由官府发给1440文铜钱统一定购，不管粮食丰欠、物价浮动，“屯采并纳，永为定例”，且“此项采粮所得盈余，即为地方各官公私费用”。至后来，连采买粮官价，也被扣发，无形中农民每份地增加了4石粮(约800公斤)的沉重负担。
敦煌农民多次对此提出抗议，并上书清政府，要求取消这一不合理负担，但官府要么置之不理，要么暴力压服，此矛盾终未解决。
淸光绪三十年(公元1904年），敦煌县监生张鉴铭、武举张壶铭兄弟，联合生员朱永和及农民谢全、谢大伦等20余人，联名呈请敦煌县署，要求免除采买粮。敦煌县令汪宗翰不但不肯允准，还捏造“敛钱包讼，把持会款，隐种官田”的罪名，将朱永和等三人投入监狱。以张壶铭为首抗粮群众上诉安西州、安肃道，并多次聚众请愿要求放人，无任何效果。
光绪三十一年（公元1905年)夏，张壶铭、李正贵一面派人上诉甘肃省垣，一面酝酿组织抗粮团体，分赴四乡号召农民抗交采买根。
当时担任陕甘总督的满族大吏升允，恐怕激起人民更大的反抗斗争，被迫调走知县汪宗翰，另派黄万春代理政务。黄万春软硬兼施，无奈群众的抗粮呼声日益高涨继起，甘肃督署又免黄万春，再派王家彦代替，以图扑灭汹涌的群众抗粮斗争。