1929年，中国古人类学家裴文中在北京周口店发现了一个完整的头盖骨，这就是著名的“北京人”头盖骨。这一发现把最早的人类化石历史从距今不到10万年推至距今50万年。
1941年太平洋战争爆发时，最具有科学研究价值的5个较为完整的“北京人”头盖骨，连同牙齿147颗、头骨碎片、面骨、下颌骨、股骨、锁骨等，以及全部关于山顶洞人的资料，在转移到美国的运送途中神秘地失踪了，留下了一桩举世震惊的历史悬案。
“北京人”是中国猿人北京种的俗称，也称“直立北京人亚种”。它生存于第四纪初期，距今约有数十万年。按照形态上说，它是介于现代人与猿过渡的一种原始人类，与现代人的关系十分密切。那么“北京人”又是怎么被发现的呢？
龙骨山是北京西南房山区周口店镇的一座石灰岩小山，“北京人”曾在这里的山洞里住了几十万年。近代以来，当地的采石工经常会在洞穴和裂隙的砂土中发现化石。老百姓将这些化石称为“龙骨”，并将它们卖给中药铺。
1918年，被中国政府聘为“矿政顾问”的瑞典籍地质学家安特生，在北京西南郊50公里处的周口店勘察煤矿时，意外地发现了这里的“龙骨”。消息传出，引起了考古学家的注意。
自1927年起，中国地质调查所和美国洛克菲勒基金委员会合作，由当时的北平协和医学院代管，在龙骨山开始了大规模的发掘。
1929年12月2日下午，就在太阳将要落山的时候，在龙骨山进行“北京人”挖掘工作的考古人员在昏暗的烛光下发现了一具头盖骨化石，主持发掘的考古专家裴文中小心翼翼地将这个保存完整的猿人头盖骨取出。当“北京人”第一个完整的头盖骨化石被裴文中认出来以后，他欣喜若狂，用他仅有的一床棉被和被单包裹着这珍贵的头盖骨，冒着严寒，护送到北京城。当时拍照者抑制不住激动，目光集中于化石，以致照片中只留下了裴文中的半张脸。但是，这些堪称国宝的珍贵化石，却在1941年底，抗日战争进行得如火如荼的时候，神秘地失踪了。
发掘出的“北京人”化石，一直保存在北平协和医院，存放在协和医学院解剖系办公室的两个保险柜内，裴文中即使在研究的时候，也常常用石膏模型代替，不肯轻易取出真标本，也不轻易示人。其间，还曾两次送到花旗银行的保险库，以防万一。
1937年7月7日卢沟桥事变后，日本军队侵占了北平，但当时协和医院是隶属于美国的机构，化石还安然无恙。到了1941年，随着战争的持续，美日关系恶化，中国方面担心“北京人”化石的安全问题，翁文灏代表中国政府，与美国驻华大使詹森交涉，请他设法将中国猿人标本由北平协和医学院取出，运存到美国，战后再运回中国。
同年11月，詹森大使致电北平美国使馆人员，令他们照办。1941年12月初，中方人员胡承志接到命令，将包括5个最完整头盖骨化石的“北京人”，仔细包装在两个大木箱里，送到北平协和医院的地下室，准备移交给即将撤离北平回国的美国海军陆战队。自此以后，“北京人”化石便下落不明。
1942年8月23日《北京时事日报》（英文版）率先披露“北京人”头盖骨失踪的消息后，在全世界引起了极大的震动。但是，一直到二战结束后，当时的中华民国政府代表团在接收美军总部移交在日本占领期间被日本军队掠夺的物品中，都没有发现“北京人”头盖骨化石。而此后的60多年中，几乎每隔10年，就会出现一次追寻“北京人”的热潮。
1949年新中国成立后，有关专家和学者寻找“北京人”头盖骨化石的工作就一直在进行。1951年，新中国成立的初期，就曾经组织专家寻找过“北京人”化石。
1998年8月，我国著名考古学家贾兰坡等14位中国科学院院士联名发出倡议信《让我们继续寻找“北京人”》，认为“对中国科学家来说，有这样一件事始终不能忘怀”，并希望“在本世纪结束前，大家携起手来，做一次全人类共同的寻找”。
1999年，周口店“北京人”遗址所在的房山区有关部门，也发起了类似的寻找活动，但也没取得任何有效成果。
美国的《科学》杂志曾报道说：“自从‘哈里逊总统’号被日军缴获后，‘北京人’化石就音讯断绝了。”这一说法是否属实？有关专家经过研究后表示，从时间上看，几乎可以排除“北京人”头盖骨化石运抵美国途中遗失这一说。
关于“北京人”化石送交美国海军运出等情况，有资料显示，美国方面原计划由驻北平海军陆战队带到美国。
1941年12月4日，两箱化石标本，连同美军人员的行李27箱，由火车专列从北平运抵天津转秦皇岛，当时由菲利军医负责接管。按照原计划，“北京人”化石将由美国海军陆战队装上“哈里逊总统”号带往美国。
“哈里逊总统”号原来只是一艘民间船只，后来才被美国海军征用。它奉命在上海港卸下货物，并于1941年12月4日北上前往秦皇岛，以便从海上撤走在华北的美国海军陆战队。
当时预计“哈里逊总统”号到达秦皇岛的日期是12月11日。事实上，12月8日珍珠港事件发生时，它还在距秦皇岛约600海里处的长江口。战争已起，船长为确保安全就将该船搁浅了。以后，船员们全部被日军所俘，“哈里逊总统”号被日军当做运输船使用了3年，最后于1944年被美军潜艇击沉。
照此看来，“北京人”化石肯定没有送上“哈里逊总统”号船，当然更不可能将远在秦皇岛或天津的化石运出。那么，这些化石究竟到哪里去了呢？
专家认为，遗失的“北京人”头盖骨最有可能在日本或者国内，流失到其他国家的可能性较小。但是，认为“北京人”头盖骨在美国的也大有人在。
1972年，美国总统尼克松访华，为打破中美长期敌对的坚冰，尼克松想找到“北京人”作为礼物送还中国，但没有成功。随同尼克松访华的嘉纳斯悬赏5000美元寻找“北京人”，获得的线索很多，但都不是要找的标本。
一位女士说自己藏有“北京人”，并约定和嘉纳斯在帝国大厦102层楼见面，双方如期而至。当该女士取出照片时，嘉纳斯眼睛为之一亮，认为这简直太棒了，这正是他最想见到的！接着讨价还价，正谈话间，看到有人拍照，该女士拿着包飞跑，嘉纳斯没能追上。
还有一种离奇的传说认为，1972年，美国总统尼克松访华，曾将美方掌握的“北京人”头盖骨化石下落作为礼物送给中国。尼克松提供的线索是：头盖骨化石可能在“阿波丸”号沉船上。
这一说法是由20世纪70年代美国方面提供的资料率先披露的。1972年尼克松访华时，向中国方面通报了这一情况，并希望中美两国共同打捞。
“阿波丸”是日本的一艘万吨级巨轮，1945年3月28日，已被日本军队征用的“阿波丸”号在新加坡装载了从东南亚一带撤退的大批日本人驶向日本。4月1日午夜时分，该船行至我国福建省牛山岛以东海域，被正在该海域巡航的美军潜水艇“皇后鱼”号发现，遭到数枚鱼雷袭击，3分钟后迅速沉没，船上2009人中只有三等厨师下田勘太郎一人生还。
有关资料曾表明，“阿波丸”号上装有金锭40吨，白金12吨，未加工钻石15万克拉，工艺品40箱，锡3000吨，橡胶2000吨，铝2000吨等，约值50亿美元。遗失的“北京人”头盖骨也极有可能在这艘船上。当时，一些国家的打捞公司先后向中国政府提出合作打捞“阿波丸”的要求。
我国于1977年初开始对其进行了打捞，在已经打捞的沉船所载的部分物品中，成功地取回了3000吨锡锭，这说明美国方面提供的材料基本上是可信的。但由于受当时打捞技术条件的限制，潜水员只能下潜到水下50米左右，而“阿波丸”号的船底在水下70米，结果未能作全面打捞。
但在对“阿波丸”号的初步打捞中，竟然发现了伪满洲国政要郑禹的家藏小官印（玉印），而历史记载“阿波丸”号的乘员全部是日本人。这说明，日本人搜罗携带了中国北方的文物宝器上了“阿波丸”号，这也是“阿波丸”号可能装载“北京人”的旁证。但这一推测也有疑点，如果日本人1941年已得到了“北京人”化石，为什么不将化石直接运回日本，反而绕道东南亚，一直等到1945年才装上“阿波丸”号运往日本呢？
到了1998年，由中国科学院14名院士联名发起“世纪末的寻找”开始了，大家再一次把目光转移到了“北京人”的寻找中。2005年北京市房山区成立了寻找“北京人”头盖骨化石工作委员会，并设工作队具体负责寻找工作。
围绕着“北京人”头盖骨下落的寻找，已经进行了60余年，关于“北京人”的去向迄今为止还没有任何进展。但是，通过众人的寻找，相信终有一天，“北京人”会再一次展现在世人的面前。