必须指出的是，古代高昌地区的居住方式实际上呈现出多样化的特色，也就是说除了“架木为屋，土覆其上”以外，还有其他类型的居住方式，其中较为普遍的是窑洞和地穴。前引北宋初年王延德所作《西州程记》（《使高昌记》）就曾说高昌地区“地无雨雪而极热，每盛暑，居人皆穿地为穴以处”，但记文中似乎说当时高昌居民只是在夏季才居住在窑洞或地穴中。从考古勘察来看，实际情况恐非完全如此。
在交河故城中，窑洞建筑遍布全城。从功能上讲，有住人、储物、佛教石窟等用途，时代上也是与交河城相始终。交河故城中的窑洞大致分为以下三种形式：
第一种为靠山窑。它是利用垂直的黄土壁面开洞，向纵深挖掘，进深最大的（如E-1-1-1号洞窟）可达14米，而B-14号衙署的隧道长达24米。
第二种为平地窑。在平地上按需要的大小和形状，垂直向下挖出深坑，成为院落，再从坑壁向四面挖靠山窑洞，布局如同四合院。在入口处挖成隧道式或开敞式的阶梯通出地面。属于这一类的窑洞有三处，即B-5-21号、B-14号及E-21号地下寺院。
第三种为地道式窑洞。在平地上先挖条斜坡道，达到一定深度后在斜坡道尽头的壁面开洞，向纵深挖掘洞室，即有些接近斜坡墓道的形制。属于这一类的窑洞主要有B-2-13号、B-16-1、E-4-18号、C-6号等。
窑洞的洞体可分为拱顶、平顶和穹隆顶三种，其中拱顶占绝大多数，平顶次之，穹隆顶较少，主要为地下寺院的主洞。
地穴式建筑就是人工在平地挖出居住空间，加盖屋顶后即可在内起居的房屋建筑。这类建筑在交河故城中分布甚广，代表性的有A-3号、B-16-6号等。
另外，交河故城中还有不少半地穴式和堑崖式建筑。半地穴式建筑是指人工挖成的地穴深度不足在室内起居，而要在地穴边沿起墙加高才能使用的房间，其室内地面往往低于室外0.5—1米，内部与地穴式建筑相同。交河故城中代表性的半地穴式建筑有A-2号、B-12号、B-15-1号、E-14-52号室等遗迹。堑崖式建筑是利用斜坡状地形挖出房屋的山墙及左右墙面或正面，然后再起墙增加高度到适当位置再加盖屋顶，做法近似于半地穴建筑，但利用地形的成分大一些。交河故城中E-14号、E-26号寺院的建筑多用此建筑方法。
窑洞和地穴均属于比较原始的建筑形式，史前时期在中国北方地区十分普遍，但后来则主要流行于黄河流域尤其是黄土高原地区。何以古高昌地区也流行这些类型的建筑？推究其中的原因，除了气候因素以外，也与吐鲁番地区的地形和地质条件不无关系。
吐鲁番盆地为我国地势最低的内陆盆地，第三纪末期及第四纪时期，地壳活动趋于频繁，喜马拉雅山运动在盐山—交河故城一带处于下沉阶段，沉积了第四系中、上更新统的冲—洪积层。晚更新世及全新世随着盐山运动，交河地区又转为隆起区，河流以下切侵蚀为主，因而黄土台地发育很好。交河故城即坐落于酿孜不落孜河谷和阿斯喀瓦孜河谷环抱的块状台地上，并且受地形之影响，整个城池平面略呈柳叶形，为西北东南走向，平面形态别具一格。可见冲—洪积层的广泛分布和黄土台地的发育，为吐鲁番地区尤其是交河故城中建筑窑洞、地穴以及半地穴式和堑崖式居室提供了先决条件。当然，吐鲁番盆地的气候环境也是促成这些类型居室流行的客观条件。这里气温的年较差和日较差均很大，夏季酷热，冬季严寒，早穿皮袄，午着轻纱，只有很厚实的墙壁或窑洞、地穴、半地穴式建筑才能适应巨大的温差变化，使室内的温度保持相对稳定，从而适合人们生活居住。由于当地日照充足，室内采光并不构成严重的问题，而冬春季节的凛冽寒风和沙尘侵袭，则使得当地居室一般不向北开门，所以房门的跨度较小，窗户数量不多，而且窗洞的面积通常不足1平方米。室内的采光、通风主要通过屋顶的天窗来调节，如遇到强风、降尘天气，则可关闭天窗以保持室内的清洁。从交河故城的房屋遗址来看，不仅许多房间内开凿有窑洞，而且还不乏完全由窑洞组成的居室院落，有些窑洞另有透气孔与旁边的水井井壁相通，使水井成为防暑降温的天然空调。这不仅构成了当地民居建筑的独特景观，而且从诸多侧面反映了古代高昌地区居民善于利用自然、巧夺天工的聪明智慧。