前文的论述已经证明，古高昌地区民居既非完全是“土木居室”，也不是以“砖土结构”为基本特色，而是在以密椽厚墙平头泥顶的土木居室为主流的同时，又流行窑洞和地穴式建筑。不过，如果将历史文献记载与考古遗存结合起来分析的话，还可以发现古高昌地区民居风俗其实曾经有一个较为明显的演变过程。
前引《梁书·高昌国传》所说“其地高燥，筑土为城，架木为屋，土覆其上”，似与王延德《西州程记》（《使高昌记》）所记“地无雨雪而极热，每盛暑，居人皆穿地为穴以处……屋室覆以白垩，雨及五寸，即庐舍多坏”，明显有一些出入。上述两种历史文献记载分别为学者引为“土木居室”说和“砖土结构”说的史料证据。其实这两种看似有些出入的历史文献记载，不能割裂开来以论证相关问题，而是应该结合起来进行历史地理学的研究，因为前者记载的是南北朝时期高昌地区独具特色的民居风俗，而后者则可能大致反映的是北宋初年高昌民居风俗的多样性并透露出一些民居风俗演变的信息。
考古工作者近年来在对交河故城建筑遗存进行深入研究之后，已经揭示出交河故城的构筑技法曾发生过一些时代上的变化。交河故城的前身是西汉时期车师前国的都城交河城，历经东汉、三国、南北朝、隋、唐、五代、北宋、辽、金、元诸朝，几经战燹，在明朝初年彻底毁灭于察合台后裔黑的儿火者汗之手。从公元前2世纪至公元14世纪的1500多年间，从最早的车师王都，到汉代交河壁、屯田基地，至高昌王国的交河郡城，唐安西都护府及西州属下的交河县城，以至高昌回鹘王国时期的军政要镇，交河城的政治地位虽时有变化，但一直是西域东部的一个重要的政治、军事中心所在地，因而故城中留下了不同时期的建筑遗迹。研究证实，生活在这里的人们采用了多种建筑技法，反映了这座城市不同时期、不同居民的建筑鉴赏力和营建技术水平。城中保存下来的构筑技法可分为五大类，即夯筑法、压地起凸法、垛泥法、土坯砌筑法及开凿窑洞法。这五大类技法具有时代上的早晚关系，但也有个别晚期建筑在构筑技法上“返祖”而采用早期技法的现象。与高昌城的情况有所不同，土坯（生砖）材料在交河城的建筑物中一直未占据主导地位，但到了回鹘时期，则大量使用土坯发券砌筑拱形屋顶，这可以从众多房间墙壁上留下的发券槽得到证明。这就是说，交河城在早期确实是以密椽平头泥顶的土木居室为主流建筑方式，到了后期，大量的房屋则放弃了平顶，从室内相对的两面墙壁上挖出发券槽，改建成为土坯（生砖）发券拱顶，与高昌城的建筑出现某种趋同的现象。这可能是法国学者莫尼克·玛雅尔在其《古代高昌王国物质文明史》一书中简单地将古高昌地区的居室建筑的基本特色总结为“砖土结构”的一个很重要的原因。但如果结合《梁书·高昌国传》和吐鲁番出土文书中的西州初期的房产登记簿的内容综合分析，这种变化并非仅发生在交河城中，包括交河城与高昌城在内的整个吐鲁番地区都可能曾普遍出现过居室建筑的屋顶由平顶向土坯（生砖）发券拱顶的过渡。
土坯（生砖）建筑材料的使用在吐鲁番地区有相当悠久的历史，也与整个交河城的历史相始终。在雅尔乃孜沟北一号台地车师王国时期汉代墓葬中就出土了长0.42米、宽0.34米、厚0.05米的土坯；沟西高昌国时期的晋—唐墓所出土坯长0.3米、宽0.2米、厚0.1米。交河城中的土坯规格较多，如E-25号西北小寺出土的土坯有两种：一种长0.5米、宽0.25米、厚0.1米；另一种长0.45米、宽0.2米、厚0.13米。E-15号寺院中出土的土坯亦有两种，一种长0.4米、宽0.2米、厚0.15米，内含砂石；另一种长0.3米、宽0.2米、厚0.12米，含少量麦草，不含砂石。据分析，这些土坯中的某几种类型可能是交河城晚期的遗物。当然用于券顶的土坯在形制上与一般土坯有一些区别，据莫尼克·玛雅尔研究，“在建筑过程中无法制造弓形加固脚手架，瓦工们要随着墙高而高升。在拱顶中，大家经常注意上面所使用的材料都是梯形砖坯，完全适合于砌成弓形。其他的弓形都是用平砖坯砌成的，而且筑在拱顶开始弯曲那一段的墙头上。在围绕高昌β号寺院的主要大厅里，这种建筑法特别明显”。
有学者认为，虽然交河城中使用土坯进行构筑的时代从汉代一直延续到元代城市灭亡，但土坯只是作为辅助材料被广泛使用，其原因主要是“这里坚硬的土质不适于制成土坯，故土坯建筑在交河故城的建筑史上一直居于次要地位”。这种说法很明显有自相矛盾之处，难以服人。那么，究竟是什么原因促成了高昌地区居室建筑的屋顶由前期的以平顶为主流变化为后期的以发券拱顶为主的呢？
从西域建筑文化圈的地域共同特征来分析，拱顶穹隆和土木平顶均是史前时期就已出现的典型的建筑原型，中亚生土建筑中以拱顶穹隆最为典型，中亚南部康居（Kirgiz）文化中心占巴斯——卡拉遗址、南土库曼尼亚的阿纳乌文化遗址中均发现有拱顶遗迹，而土木混合的平顶建筑在史前进入农耕定居生活的东伊朗地区中已经产生了，考古学家推测其建筑形制与近东型平屋顶建筑相类似，以日光晒成的泥砖进行砌筑。包括吐鲁番盆地在内的塔里木盆地古代建筑作为西域建筑文化圈的一部分，出现土木平顶与拱顶穹隆并存的局面是不难理解的。
西域地区宗教的演变可能对当地建筑文化的发展产生了一定的影响。据有关研究，大约在公元前4世纪以后，由于希腊、伊朗文化与印度佛教文化的融合，西域地区以东伊朗佛教建筑文化为主流，但自公元9—10世纪起，突厥伊斯兰教建筑文化开始在西域建筑中占据主导地位。东伊朗佛教建筑文化与突厥伊斯兰教建筑文化在发券拱顶上有一定的区别，并且在新疆塔里木盆地形成了两种地域类型的发券拱顶，“一个是盆地北缘以高昌为中心的东伊朗佛教型，主要特征为，以半圆为主，并有抛物线形的断面券形；穹隆顶的穹隅为球面拱。另一个是盆地南缘以喀什、莎车和和田为中心的伊朗—突厥伊斯兰教型。其主要特征是，断面券型以四心圆为主，并有双心圆和三角形券”。10世纪，盆地南缘地区经历残酷的宗教战争，其结果是迫使大多数异教徒（主要是佛教徒）改宗，异教建筑被毁弃，而代之以波斯、中亚的伊斯兰教建筑。相比之下，北缘地区的伊斯兰化是在数百年中逐渐完成的，经历的是一种渐变的建筑转型过程。由于高昌维吾尔人10—16世纪一直信奉佛教，因此，据说在塔里木盆地北缘地区，“不但佛教遗址保存较多，而且其某些特征也在北缘地区的伊斯兰教建筑中得以体现，如半圆和抛物线的阿以旺和穹隆顶等”。
显而易见，吐鲁番地区居室建筑的屋顶由前期的以平顶为主流变化为后期的以发券拱顶为主，当与宗教势力影响的逐渐广泛有关，同时由于这一地区伊斯兰化的迟滞，其发券拱顶的特色与塔里木盆地南缘地区多有不同。但笔者认为，用宗教因素来解释塔里木盆地北缘地区与南缘地区的建筑风格有所不同是可行的，但无法完全洞悉吐鲁番地区何以前后期的建筑风格发生巨大的变化。实际上，促成这一转变的原因应该是多方面的，其中建筑木料的日益短缺与当地居民对建筑用材的持续需求之间的尖锐矛盾，可能是不应当被忽视的一个方面。在吐鲁番出土文书中所见的西州初期的房产登记簿中，桑木质地的椽木、枤、柱、梁、檩等均被作为氏高昌遗留下来的财产进行重点登记，而在高昌故城和交河故城中，虽可见成排的椽孔、柱孔遗迹，却罕见大型建筑木料遗物，甚至用于居室窗户的小型木料也多已不存，显然也是被人取走，用于其他用途。这些事实，本身就很说明问题。另据交河故城的考古资料，D-2号院落的33号房间“位于院门A的东侧，其西墙即是门道东壁，房间地面低于院落0.6米，门道开在北壁西端。在东、西壁的上方都有窗孔的遗迹，西壁上还有一条烟道；南壁上有一条发券槽，槽高0.5米、宽0.15米、距地面3.5米。从该房间窗孔与室内地面的相对高度，可以看出该室明显为两期。第一期房间地面和院落等高或略高，在东西两壁上开窗采光；第二期为拱顶结构，因建发券顶后房屋变矮，于是就把地面向下挖了0.6米，而东西墙上的窗口已在拱顶之上，故被废弃”。平顶和券顶在建筑技术上均属于比较原始的类型，但平顶居室相对宽敞一些，一般开置窗户，采光通风条件明显优于券顶，再加上平顶房屋的屋顶可以晾晒粮食或夏夜乘凉，综合功能也要胜过券顶。券顶房屋往往低矮，不开窗户，不仅采光通风不足，空气窒息，易招引苍蝇、蚊子，常使外人感到“无法在那里停留”，而且容易毁圮，耐久性也较差一些。交河城后来的居民宁愿放弃原本功能更完善的平顶居室，而将其改建为存在诸多缺点的低矮的券顶居室，如果仅从宗教方面给予解释，这很显然是远远不够的。