应该指出的是，前述“土木居室”说与“砖土结构”说似乎都有历史文献与考古资料两方面的论据，但由于相关历史文献较少且存在一定的出入，同时无论是高昌故城还是交河故城都已历经千百年来的自然风化和人为因素影响，古代居室遗存破坏比重严重，这就为全面认识当时高昌地区的居室形态特征带来了一定的困难，所以产生学术见解上的分歧在所难免。但无论如何，历史文献记载与考古遗存仍是研究当时高昌地区的居室形态特征最主要的依据，所以要对上述两说的合理性作出判断，仍需要从分析历史文献记载与考古遗存两方面入手。
“土木居室”说在历史文献上的主要依据是《梁书·高昌国传》中的有关“架木为屋”的记载。“土木居室”说见于《梁书·高昌国传》，《南史·高昌国传》移录之，但类似的说法却不见于其他正史，因而有必要对其可信度进行研究。《梁书》是6世纪50年代到7世纪30年代期间，由姚察、姚思廉父子相继编撰而成。姚察为吴兴武康（今浙江德清县西）人，在陈代任秘书监、领大著作、吏部尚书，在隋代做秘书丞，死于隋大业二年（606）；姚思廉在唐任著作郎、弘文馆学士，后来做到散骑常侍，死于唐贞观十一年（637）。姚氏父子为江南人，曾在大兴城（长安城）为官，但未必到过高昌国，其所作《梁书》中的《高昌传》的内容估计主要依据的是二手资料。关于梁代的历史，曾由沈约、周兴嗣、裴子野和杜之伟、顾野王、许亨等在梁陈两代先后受命编撰。许亨写成《梁史》58卷，梁代谢吴又有《梁书》40卷，陈代何之元和隋代刘璠各成《梁典》30卷。“以上这些著作，姚氏父子修史时可能参考过，但都没有流传下来。”但上述学者也主要是长期在南朝任官、生活，身处南北分裂的特殊时代，不存在游历考察僻处西域的高昌国的可能，他们对于高昌国情况的认识是如何取得的呢？《梁书·诸夷·西北诸戎》中所述梁朝与相关国家朝贡关系史为解答这个疑问提供了材料：
西北诸戎，汉世张骞始发西域之迹，甘英遂临西海，或遣侍子，或奉贡献，于时虽穷兵极武，仅而克捷，比之前代，其略远矣。魏时三方鼎跱，日事干戈，晋氏平吴以后，少获宁息，徙置戊己之官，诸国亦未宾从也。继以中原丧乱，胡人递起，西域与江东隔碍，重译不交。吕光之涉龟兹，亦犹蛮夷之伐蛮夷，非中国之意也。自是诸国分并，胜负强弱，虽得详载。明珠翠羽，虽仞于后宫，蒲梢龙文，希入于外署。有梁受命，其奉正朔而朝阙庭者，则仇池、宕昌、高昌、邓至、河南、龟兹、于阗、滑诸国焉。今缀其风俗，为《西北诸戎》云。
可见，梁朝时曾与包括高昌在内的西域诸国有朝贡关系，梁人对于这些国家风俗的了解主要就是通过朝贡使者。梁元帝萧绎在出镇荆州时曾据各国朝贡使者反映的材料作有《职贡图》并附有相关题记（梁元帝另外还撰有《蕃客入朝图》），与其同时代的裴子野也作有《方国使图》并附有题记。这些图及题记的原本失传的时期较早，后世只有各种摹本流传，今南京博物院存有十二国使臣图像和十三国题记的残卷。一般认为今存残卷或其原底为萧绎《职贡图》，但据余太山的最新研究成果，残卷图像、题记之原底可能出诸裴子野《方国使图》，并且《梁书·西北诸戎》也主要取材于裴子野《方国使图》。不过萧绎与裴子野为同时代的人，两人又有一些交往，据说萧绎“性不好声色，颇有高名，与裴子野、刘显、萧子云、张瓒当时才秀为布衣之交”，所以他们所作的图及题记都应是取材于西域各国朝贡使者的口述，也就是如萧绎在其《职贡图序》所说的“瞻其容貌，诉其风俗。如有来朝京辇，不涉汉南，别加访采，以广闻见”，并且他们的作品可能曾相互吸收了不少内容，所以不能否认《梁书·西北诸戎》曾引用了《职贡图》题记的一些文字，例如《职贡图序》中就有“故以明珠翠羽之珍，细而弗有，龙文汗血之骥，却而不乘”之语，似与《梁书·西北诸戎》中的“明珠翠羽，虽仞于后宫，蒲梢龙文，希入于外署”的语气和用词都有一脉相承的关系。这就说明，尽管《梁书·西北诸戎》关于高昌等国的记载的资料可能是从裴子野或萧绎的题记中移录的，却都是来源于各国朝臣使者的介绍，因而大致是可信的。
当然，作为高昌国的朝贡使者，其所反映的情况未免有所保留，甚至有溢美的成分，如《梁书·高昌国传》在记述高昌国“其地高燥，筑土为城，架木为屋，土覆其上”云云之后，接着又说“寒暑与益州相似”，就不完全符合实际的情况。益州即巴蜀地区，为亚热带温润气候，与地处西北内陆的高昌国的温带干旱气候迥然不同。正因如此，如北宋初年王延德《西州程记》所记高昌地区“居人皆穿地为穴以处”，以及普通居室甚为简陋“雨及五寸，即庐舍多坏”之类的情况就未在《梁书·高昌国传》中有任何的反映，这恐怕也是法国学者莫尼克·玛雅尔对此书相关记载视而不见的一个主要原因。
其实，当时高昌地区不仅有不少“椽梁柱檩具全”的深宅大院，而且在某些时期也一度出现过一些装饰奢华、极富中原内地情调的多层楼房。在位于吐鲁番市东北约60公里的火焰山中段木头沟柏孜克里克千佛洞第9号寺的壁画中，画有许多房屋，全部房舍均以高墙相围，城墙中挖开了一个带有沉重门扇的大门，门扇中点缀有巨大的黑色圆点，明显是一些门钉。建筑物本身矗立在带有方格饰的地基上，可通过台阶进入大门。墙头的上部覆盖着边部翘起来的瓦顶，屋脊的各个边缘部位都有相对而视的鸟头。鲜艳的色泽更加烘托出了整个建筑的特色，分别呈黑色或蓝色，而房顶部则为白色。法国学者莫尼克·玛雅尔在生动地描绘了上述建筑特色后，断定“这些房舍似乎完全符合唐代汉族楼台亭榭的风格”，但又对这些建筑是否确实在吐鲁番地区存在过深表怀疑：“绘画的这些令人心旷神怡的楼亭与雅尔城和高昌所遇到的那种砖土结构建筑相差很远。此外，我们还可以思考这些楼亭是否足可以避暑、防寒和遮挡席卷着尘沙的狂风。这种类型的房屋也可能是在地面上修建起来的，但我们没有找到任何踪迹。在此问题上又一次提出了有关房顶的问题，如果确实是使用那种沉重的瓦顶的话，那就必须有复杂的木料房架，我们认为这种房架与现今所知道的吐鲁番盆地的建筑传统是不大相容的。”其实莫尼克·玛雅尔的论点并没有太多的依据，近年来考古工作者已在柏孜克里克千佛洞石窟遗址区中发现了相当宏伟的木质斗拱16件，这说明在高昌回鹘时期有十分高大的殿堂、回廊等建筑。另外，正如她本人已经看到的，在比北宋初年王延德《使高昌记》（《西州程记》）“稍晚期的一篇文献又向我们介绍说，喀喇契丹（黑契丹，Karakhita）的赋税者征敛者们被从一座多层楼房的屋顶上推了下来”，这表明当时高昌地区确有楼房存在。氏高昌是由河陇汉族移民为主体建立的移民社会，经济、文化应较高昌回鹘时期更为繁荣发达一些，一些世家大族在河陇旧地生活时往往也建有多屋之楼居，并将这种奢华之风带到了新居地吐鲁番地区。这已得到文献方面的证实，如《张雄墓志》述其妻家氏：“青楼甲第，盛轩冕于中京”；《晋书》记金城氏“与游氏世为豪族，西州为之语曰：‘与游，牛羊不数头。南开朱门，北望青楼’”。当然这些具有中原内地特色的楼居只是局限于少数世家大族宅院或宗教场所，尚不足以代表高昌地方民居的基本情况。因而从总体上说，虽然高昌地区居室建筑也是“土木居室”，但与中原内地还是有着较大的不同，除了少数贵族的居室或宗教建筑具有瓦顶结构甚至楼亭以外，普通民居建筑基本上都是“架木为屋，土覆其上”的比较原始的平顶土屋。这一民居建筑特征，至今在吐鲁番地区仍有着流风遗韵。如前所述，《梁书·高昌国传》所说的高昌国“架木为屋，土覆其上”的居室特色，宋晓梅将其概括为“土木居室”，并且认为当时高昌国居室“架木为屋”并非“真的只是土墙支持着椽木架起的平头屋顶”，而是已经实现了由“土窝子”向“建造椽梁柱檩具全的宅院”的过渡。这种看法虽然有吐鲁番出土文献资料为依据，但明显忽视了在任何时期、任何地区的各种社会生活中都可能存在着的阶级、阶层差异，以致将以普通民众居室所代表的高昌国传统民居建筑特色与少数王公贵族的奢华居室混同起来。
高昌国民居建筑具有“架木为屋，土覆其上”的特点，确实也得到了交河故城考古工作成绩的支持。从吐鲁番地区高昌国居室遗址的情况来分析，法国学者莫尼克·玛雅尔的“砖土结构”说似乎并不十分符合当时的实际情况，并且她的某些具体论说也有不少武断甚至自相矛盾之处。前引莫尼克·玛雅尔的论述中称：“在雅尔城墙壁上，大家发现在一定高度上尚留有一行行距离非常规则的洞，所有论述过它们的考古学家们都一致认为，这些洞都是承负古代屋顶栋梁的遗迹，当时的屋顶可能是用瓦覆盖的。我们知道该地区的大型建筑木材是非常罕见的。”这段论述实际上有不少常识性甚至逻辑上的错误，如交河故城某些房屋墙壁上一行行距离非常规则的洞，可能与房屋的结构有关，并不一定“都是承负古代屋顶栋梁的遗迹”，而更可能是放置水平椽木的遗迹，这从洞的位置、洞的间距以及洞的尺寸都可以得到证明。既然是水平放置椽木，就不一定非用瓦饰顶，自然不能全然说明“当时的屋顶可能是用瓦覆盖的”。前引考古学家最初对交河故城的建筑遗址勘察报告只指出“墙上挖出小孔，用来在两墙之间横加木椽，木椽的间隔为30—50厘米不等”，并未说当时的居室全部一定有“屋顶栋梁”存在。最近的相关研究成果证实，交河故城A-19号院落的1号房间从北壁顶部向下约1米处，有一排椽孔，直径0.3米、深0.2米，“应是屋顶的痕迹”，其中东室北壁近顶处有两排小柱孔，直径0.2米、深0.1米，“可能是某个时期东室单独拥有屋顶时留下的遗迹”；2号房间北壁豁口西侧有上下两排柱孔，“应是屋顶的遗迹”。E-9号寺院内的62号房间东、西墙的顶部（生土部分）有挖凿出的“梁槽”遗迹，估计是“用来放置房梁”，但“从房梁的排列方式看，屋顶为密梁平顶结构”。由此可见，平头屋顶在当时的高昌建筑中确实比较流行，但放置椽、梁的方法又有两种，一般民居院落的房屋多凿成排对称的圆孔以放置椽木而构成屋顶，但寺院房舍也有挖凿梁槽放置房梁从而形成密梁平顶结构的情况。但因为一般都是水平屋顶，自然就没有普遍用瓦的必要性。