崇祯二年，“三吴”地区继“东林”之后又出现了复社。张溥以其声望将东南诸社合为复社，并主持了复社首次大会——尹山大会。当时“苕云之间，名彦毕至。”第二年乡试，复社人物杨廷枢中解元，“而张溥、吴伟业皆魁选”。当时有一句传言，只要入社者，必能中举，而且此风气日渐盛行。
只有23岁的陆世仪，虽为张溥门生，可他认为这种“党附相援”的风气庸俗至极，便拒绝与社内成员来往。这一年，他以给养母弟弟聘师为名，请陈瑚到家中，两人一边读书作文，切磋学业，一边讨论天下事，设计未来。他们预感到天下不久将乱，时代需要栋梁之才。就下定决心把自己变成“盖世奇男子”以济艰危，于是陆世仪拜娄东石敬严将军为师学习兵法。
在唐文治的《陈桴亭先生枪法遗闻记》中有这样的记载。陆世仪问技三年间不仅学得武艺，而且开始研究阵法，并兴趣渐浓。他研究了前人各家阵法，在用兵方面他认为岳飞擅于用少、用精之将；而戚继光是擅于用多、用众之将。他对戚氏的“鸳鸯阵法”很是认同，在他的《八阵发明》中对“诸家原图说”加以自己的解释，体现了他对阵法的攻守思想。
1639年底，陆世仪和陈瑚会聚江士韶家。当天夜里，三人叙于江氏“珠树堂之西轩”。当时他们感既交集。陆世仪和陈瑚都不满袁氏“功过格”的内修之法。决定以明年丁丑为始，进行迁善改过之学的探索。后来盛敬也闻讯加入其行列。至此形成了以“太仓四君子”为核心的桴亭学派。陆世仪所作《格致编》，把“以天理人欲分善过，而主之以敬”为治学纲领。强调“敬天为入德之门，敬天当自敬吾心始，敬其心如敬天，则学无不诚，而天人可一矣”。此也成了“四君子”治学修身的指南。
第二年，陆世仪与弟子王登善等人组织“同善会”，当时，太仓一带大旱，饥饿夺走了许多人的生命。陆世仪发动缙绅富户，捐聚银米以救饥荒。开始发放银米时，他们不分青壮、老幼，凡饥民即可有份，结果力强者得多，而老弱妇幼却多不得济。为此就想到用“役米”方法救饥，以有劳动力者需去修河渠后才能得到“役米”。而老弱妇幼者，则通过“粥会”发放施粥。鉴于当时地方行政混乱、污吏横行、乡里民不聊生的局面，陆世仪提出了一套“治天下必自治一国始，治一国必自治一乡始。”的救弊主张。可见他不是一个闭门读书、封闭自修，重在主体功过的人。
清兵入关后，有气节之士纷纷放弃举业仕途，以实践保持着“不事二君”的名节。陆世仪亦不例外，他在27岁时就对应举入仕冷淡，在明朝灭亡前两年，他对这个王朝已失去信心，感到走仕途之路救时济世是行不通的。他在给张溥的书信中写道：“士君子处末世，时可为、道可行，则委身致命以赴之，虽死生利害有所不顾。盖天下所系者大，而吾一身之所系者小也，若时不可为、道不可行，则洁身去国，隐居谈道，以淑后世而惠来兹，虽高爵厚禄有所不顾。盖天下所系者大，而万世之所系者犹大也。”清顺治元年至康熙十一年间，陆世仪完全放弃了举业、仕途，经世之志转到复兴理学、接续道统、专心著书、以惠后学。
明已亡，陆世仪多次拒绝清廷的存举，决不入仕。当清兵南下时，他就上书南都，参与军事，志在抗清复明。他与各地士子或书信往来、或论道讲学活动，除了在太仓聚徒讲学外，在苏州、南京、蔚村、黄塘等地都有他的讲学足迹。他主张“考德”与“课业”相统一，所著书讲学、阐明圣学的同时，关注现实生活的传统，继续为乡里民生谋利。他以验农田水利之学来躬行农事；决坝开江引长江水至浏河水汇畅通；鉴黄河治理之法为吴淞、娄江疏塞水道。
在陆世仪眼中明朝虽亡，可天下还在。朱氏皇室虽被推翻了，但百姓仍需要生活下去。所以必须要为百姓们做一些实事。康熙十一年正月，还在水利工程上奔波的陆世仪突然病重，他回到太仓家中，未休养几日便永别人世。他把修身与济世相统一，道德修养超越于内省功夫，是明清理学家中注重“切于用世”的伟大儒学家之一。他一生著书60余种，总卷数超过两百卷。