毕沅精通经史，旁及语文学、金石学、地理学，并善诗文，一生著作颇丰。历时20年，完成220卷的《续资治通鉴》。他在其幕宾的襄助下，搜求善本古籍，校勘辑佚，编纂了许多有价值的著作，尤其在经学与史学方面作出了很大贡献。他潜心研攻经史，敬重文士，尤好扶植后进，“一时名儒，多招至幕府”，据洪亮吉记载，毕沅生平最爱礼贤下士，《更生斋集文甲集》：“毕沅爱才尤笃，人有一技之长，必驰币聘请，唯恐其不来，来则厚资给之。”著名学者章学诚、孙星衍、洪亮吉等皆曾受知其门下。毕沅撰写的《墨子集注》，直接指明诽墨始于孟子，提出《墨子》作为一种古代典籍，“不可忽也”。另注疏《道德经考异》、《晏子春秋注》、《吕氏春秋注》等。
他广征博采，极注重历史和地理的关系，完成了王隐《地道记》和《太康三年地志》的辑佚、《山海经新校注》等书。在金石学上，广加收集铜铭碑刻，编辑成《关中金石记》、《中州金石记》、《山左金石志》、《三楚金石志》、《两浙金石志》等书。对先秦诸子，也素有研究，他还是一位杰出的诗人，有《灵岩山人诗集》传世。同时，在他主持下，整修了西安碑林、华岳庙，翻修了司马迁祠，修缮了苏东坡祠，重建了西安灞桥等。
乾隆三十四年的冬天，已任甘肃道台四年的毕沅身处异乡，他被浓浓的乡思所扰，茶饭不思，夜不能寐。一天，他早早起床，推窗一望，看见远山近树全都披上了一层银装，顿时，一种踏雪寻梅的冲动涌上心头。他想到在木渎镇拜在沈德潜门下学习时，因当时衣着寒碜而常被同学笑话，有一年冬天也是这样的大雪，他为“梅花”为题写下诗一首：“侧侧东风淡淡烟，萧疏最爱砚山前。琴中旧曲谁三弄，江上相思已一年。老干不花香亦烈，空腔着藓志逾妍。几湾流水千寻壁，有客冲寒正泊船。”此时历历在目。
他只身一人披衣而出，在茫茫的雪地里漫游，他要寻找那一枝属于他的寒梅，他要效仿唐人“驿使寄梅”，把那份浓浓的乡思连同梅花捎寄给千里之外的江南亲人。无奈，他在雪地里漫寻了整整一个时辰，徒手而返，不过，他心中的梅花已经找到。毕沅回到衙署，磨墨展纸，满腔乡愁从笔底流出：“三弄音传绿绮琴，山人为尔入山深。有生孤注或高节，无意相逢惬素襟。妙处不关色香味，悟时已彻去来今。十年空谷云踪杳，薄蔼轻烟写一林。”此刻，毕沅诗思泉涌，攒积多年的思乡之情喷薄而出，十首梅花诗一气呵成。与以前十首梅花诗相应，又无限惆怅地加上了一段序言。他在序中特别思念恩师沈德潜。
转眼已到乾隆五十四年的冬天，毕沅59岁，不久前，他刚被乾隆升任为湖广总督，虽说新官上任，但他没有丝毫喜悦，为官三十多年来频繁的波折和贬谪，乾隆的喜怒无常，使他对官场的风云变幻了如指掌，同时，也产生了强烈的退隐情绪。早在四年前，他已吩咐远在苏州的家人在灵岩山麓、他当年的苦读之地购买了五十亩地，依山建造了一座规模宏大、景致优美的灵岩山馆，在山坡上栽种梅花一千株，又在山馆之中另建了一座问梅禅院。如今，馆已建成，但自己却不能前往，窗外雪花飞舞，想来江南的梅树一定已经花满枝头，暗香浮动了吧。此刻的毕沅，已完全被这种思梅思乡之情控制，他推开门，跌跌撞撞往雪地深处走去。
不知过了多长时间，毕沅满身泥水回到了衙署，寓居在此的好友、木渎人徐友竹看见他一副狼狈相，忙问缘由。毕沅满怀深情地把自己思梅心切访梅不得的感受说了一番，眼睛之中已噙满了泪水。他来到书房，一首《忆梅词》一挥而就：“香水溪，灵岩麓，翠微深处吟堂筑。门巷寂寥嵌空谷，手种梅花一千本，冷艳繁枝绝尘俗。此花与予久目成，任教消受书生福。春云荡漾日温暾，万顷寒香塞我门，一桥残月数村雪，茫茫玉飞无痕……花灵曩日盟言在，垂订还山在几时。醒来凉月已三更，疏影依稀素壁横。香落琴弦弹一曲，尔音千里同金玉。花如不谅予精诚，请问邓尉山樵徐友竹。”
毕沅在诗中对寒梅倾诉了无限的思念和愧疚之情，在他心目中，“香水溪，灵岩麓”那片秀美的土地便是他魂牵梦萦的精神家园，官场充满险恶，他已无意久留，他想回去。可惜的是，那座耗资十万两白银，历时五年而竣的灵岩山馆，毕沅生前一日也没有住过。嘉庆二年，毕沅病逝于湖广总督任上。遵其遗嘱，他的灵柩被安葬在灵岩山的东北麓。初夏，我站在卖秧桥上看着盐铁塘两岸的夹竹桃盛开，红一片白一片似云似烟，如前生梅花装饰在你的心里，那么今世红尘中，在你的故乡老宅基上，还有这片夹竹桃与你长久相伴。