袁世凯把持朝政多年，直到光绪、慈禧相继去世，幼帝溥仪即位，一直对袁世凯心怀不满的摄政王载沣才下令革除了袁世凯的职位。1908年，袁世凯回到了河南老家静养休憩，等待再次出山的时机。
辛亥革命再次投机
光绪、慈禧相继去世，年幼的溥仪登上了皇位，由他的父亲载沣和光绪皇后隆裕主持朝政。在袁世凯看来，清朝再也不可能出现开明治世的皇帝，而李鸿章等大臣死后，朝中也再无能稳定大局的能臣。早在担任直隶总督的时候，袁世凯就慢慢看到，清朝已经走到最后，必须有人站出来主持变革。遥想几年前他对光绪说过的那番话，“请忍耐待时，步步经理……且变法尤在得人”。袁世凯之所以苦心经营自己的关系网，就是为了有朝一日能够“得人”，推翻清朝的统治，实现自己光复中华的目标。
1908年，被摄政王载沣免去职务的袁世凯拖家带口离开京城，当他回望北京时，皇城曾经的辉煌历历在目，而眼下的京城，在他眼里已经满目萧条，再无眷恋的道理。
袁世凯刚刚离开京城，载沣就开始了清除北洋势力的行动，邮传部尚书陈壁、东北都督徐世昌、民政部侍郎赵秉钧先后被革职或降格。1909年6月，载沣把自己的亲信任命为直隶总督，袁世凯的旧部唐绍仪、梁士诒见状，纷纷主动请辞。尽管如此，袁世凯庞大的关系网还是没有被载沣破坏。在河南洹上村，袁世凯建立了自己的电报室，他每天都能收到亲信们发来的电报，隔三差五还有朝中重臣、外国使臣等来访，袁世凯虽然表面上过起了闲云野鹤的生活，实际上丝毫没有与外界断绝关系，由于在老家“闲居”，很多事情不用自己出面，办事时反而比在朝廷方便。
袁世凯的离开，使清廷的日子更加艰难。尽管徐世昌、唐绍仪等人都是袁世凯的亲信，但他们尚且有一定能力；载沣提拔上来的人，多数除了具备满族的贵族身份之外，别无特长，朝中事务变得一团混乱。
外交方面，载沣对处理国际事务并无经验，袁世凯卸任后，日本、德国趁机在中国扩大势力，严重影响了英、美等国的在华利益。他们认为，只有请袁世凯出山，才能限制日本、德国的扩张，他们为了各自的利益向清廷施压，要求清廷派袁世凯出山主持朝政，1910年12月，《泰晤士报》还发表文章称只有袁世凯才是能够挽回大局的人物。
袁世凯对外面世界的变化心知肚明。他一边吊着清廷的胃口，一边周密地策划着推翻清朝统治的动作。1910年，他派亲信到日本找到孙文，声称愿意与孙文一道推翻清朝统治。这已经是袁世凯第二次派人前去了，而孙文却始终不肯相信他，以为他在耍花样。就这样，袁世凯被革命派抛弃，于是他开始为另一条道路——君主立宪做准备。
1911年6月7日，张謇来到袁世凯隐居的村寨，和他商讨推翻清朝统治的事宜。到了这个时候，朝廷中稍微有些远见的人，都已经意识到清朝统治的穷途末路，尽管他们对外没有表明立场，但在私下里，推翻清朝已经成了公开的秘密。经过一番讨论，袁世凯似乎已经确认了再次出山以后要采取的行动，那就是抢在孙文之前，用最快的速度推翻清朝统治。
袁世凯“爪牙”众多，从一件事就可以看出来。武昌起义爆发时，朝廷还毫无知觉，在田间赋闲的袁世凯就已经得知了消息。来人汇报只说，武昌发生了****，当地巡抚无法控制，已经逃跑。袁世凯凭着敏锐的政治嗅觉，觉察出这次****和义和团等根本不同，说不定就会扩散到全国，清廷都无法控制。
这年10月，武昌起义使清廷大为震动，朝廷应允了袁世凯的所有要求，任命袁世凯为湖广总督兼钦差大臣，命他前往湖广地区镇压革命。清廷寄希望于袁世凯，而袁世凯则盘算着如何撼动清王朝这棵大树：
“诸君知拔木之有术乎？专用猛力，木不可拔。即拔，木必断折。唯用左右摇撼之一法，摇撼不已，待至根土松动，不必用大力，一拔即起。况清室有类几百年大树，岂易拔树者？我之忽进忽退，即我从之摇憾下手……”
前往武昌之后，袁世凯便采取忽进忽退的策略，一会儿对革命军进行敷衍式的镇压，一会儿按兵不动，任凭革命军调遣，正当清廷对其行为捉摸不透之际，袁世凯开始了与革命军的和平谈判。
1911年12月7日，唐绍仪、严修等人受袁世凯委派，到上海与南方革命军进行谈判。由于双方在国家政体上存有分歧，谈判无果。11日，袁世凯亲自南下，与留法博士伍廷芳进行和谈，此时革命军已经攻下南京，因此在谈判过程中态度十分坚决。革命军提出了四条和议条件：推翻清政府；主张共和政体；礼遇旧皇室；以人道主义待满人。经过几天的谈判，革命军建立共和政体的主张毫无回旋余地，袁世凯曾产生过同意共和的念头，不过，随后发生的事让他改变了注意。
在南北谈判的过程中，唐绍仪表现出了对共和的热情，他在未请示袁世凯的情况下对革命军妥协，表现出支持共和的态度，这很快被袁世凯否决。随后，袁世凯亲自前往南方谈判。正当南、北代表准备以投票的方式议决民主共和还是君主立宪的时候，孙中山在南京宣誓，成为中华民国的临时大总统。正是因为孙中山的任职，让袁世凯产生了被愚弄的感觉，他曾通过伍廷芳向孙中山传话：国家体制问题本来应该由国会议决，南京忽然组织政府，显然有悖之前的协议，此次选举，是何用意？
孙中山常年在海外，人际关系网自然比不上袁世凯。袁世凯以“正统”的名义责问孙中山，使很多原来支持民主共和的人也站到了他这边。慢慢地，支持由袁世凯出任大总统的呼声越来越高，革命党当中黎元洪等人也公开表示，如果袁世凯能够逼清帝退位，便愿意支持袁世凯为大总统。
当时的清皇室，尽管只有溥仪、隆裕主持朝政，但绝非“孤儿寡母之王朝”，在紫禁城之内，有无数满人贵族势力，他们绝不可能允许清帝轻易退位，革命党势单力薄，逼迫清帝退位的事，只有袁世凯能实现。
1912年1月16日，袁世凯与多名大臣联名上奏，称皇帝应该宣布逊位以“俯鉴大势，以顺民心”，在此之前，他曾多次觐见，劝说隆裕同意溥仪退位。事实上，袁世凯的“劝说”虽然非常客气、恭卑，却大有威胁之意。呼吁清廷逊位的奏章在紫禁城内引起了不小的轰动，遭到了清室贵族的联合抵制。后来，革命党人在北京暗杀袁世凯未遂，这些贵族们看到形势变得如此紧张，如果清帝逊位，自己的贵族身份还能保住，如果坚持抵抗，说不定就会死在革命党或者袁世凯的手里。
经过袁世凯的一番努力，1912年2月12日，隆裕太后代溥仪颁布退位诏书，结束了统治中国二百六十七年的大清王朝。
在遭到暗杀之后，袁世凯似乎也感到了革命党的恐怖，于是他对外宣布支持共和，这样，南北之间最大的矛盾得以化解。清帝逊位后，为了履行诺言，1912年2月15日，孙中山宣布辞职，袁世凯得以担任中华民国第一任正式大总统。
袁世凯当选大总统，并非完全靠投机革命。从当时的历史情况来看，袁世凯原本已经筹措进行君主立宪的改革，以袁世凯的判断，中国的国情更适合走君主立宪的道路，令他没想到的是，主张民主共和的革命党动作迅速，赶在了他的前面。
另一边，孙中山后来也意识到民主共和对中国来说有点操之过急。武昌起义后不久，财政经费的问题就来了，以革命党的实力，他们根本没办法解决这个问题，只能倚仗袁世凯，这也是后来革命党内部不少人倒向袁世凯的原因。经过这次革命军起义，孙文觉得要想让中国走向真正的共和，还需要经过一个漫长的过程。为了实现民主共和而同室操戈是孙中山最不愿意看到的。因此，他决定利用袁世凯“推翻二百六十年贵族****之满洲，则贤用兵十万……故今日可先成一圆满之段落”。在他看来，以大总统之位“利诱”袁世凯，不动一兵一卒便使大清王朝覆灭，已经是一件功德圆满的事，至于民主共和，则需要“听国民之自然进化也”。
在某种程度上，袁世凯和孙中山的意见是一样的，他们都认为刚刚走出君主****的中国不适合马上实行民主共和——不光政治阶层没有作好准备，国民也尚未具备民主共和的素质。和孙中山料想的一样，袁世凯登上大总统之位之后，果然进行了复辟帝制的尝试，而袁的最终失败则向世人证明，国人已经慢慢接受了民主共和，历史的车轮无法倒退。
“二十一条”卧薪尝胆
孙中山从一开始就没有相信过袁世凯。当袁世凯想联合革命军推翻清政府时，远在日本的孙文多次拒绝；袁世凯声称拥护共和，登上了大总统的宝座，孙文还是不相信他。袁世凯在北京的势力太过庞大，为了控制袁世凯，孙文提出要求，除了逼清帝退位，袁还要答应到南京就职、遵守《临时约法》。他以为袁世凯会设计诡计拒绝，没想到袁很爽快就答应了。
根据《临时约法》的规定，袁世凯必须接受责任内阁的制衡，内阁成员包含同盟会、立宪派和北洋系三类成员，意在三种势力互相制衡，但实质上核心部门还是由袁世凯的亲信掌控。
责任内阁的制度让袁世凯浑身不痛快。根据野史记载，袁世凯专横独断，不用一流人才；如果下属提出的建议比自己的好，他表面上按照下属的提议执行，背地里却要加以破坏，以树立自己的威信——大半生以来，袁世凯习惯了由自己一个人做主，这样一个制衡他的权力机构存在，当然会使他感到不自在。
1912年3月，极力主张责任内阁制的同盟会成员宋教仁在上海车站遇刺，凶手被逮捕时，在其住所搜出了其与国务总理赵秉钧联络的证据。赵秉钧是袁世凯的亲信，因此当时全国上下都怀疑袁世凯是背后主谋，反袁的声音越来越强烈。
4月，袁世凯未经国会批准，与英、法、德、日、俄五国银行签订了借款条约，这一举动遭到了内阁成员的诟病，尤其在国民党人看来，他之所以向外国借款，就是为了扩充北洋军队。这里不得不提的是民国政府建立初期的财政。由于清政府被推翻，民国政府不得不偿还清政府在不平等条约中欠下的债。根据学者的统计，1911年到1913年这三年里，民国政府平均每个月要支出二千四百万左右的费用，其中赔款占据了很大的比例。与之形成鲜明对比的是，中央政府依靠税收每个月的入账只有一千万左右，这样一来，北洋政府就不得不向外国银行借贷，借贷又产生利息，最后中央财政入不敷出。在这样的背景下，袁世凯向西方国家借款就可以理解了。然而，联系到宋教仁的被杀，袁世凯绕过责任内阁的行为遭到了国民党的反对。5月，李烈钧等国民党人发表通电，反对袁世凯的做法，结果被袁世凯革职；7月，被革职的国民党人在江西成立讨袁司令部，正式开始对袁世凯的武装反抗，史称“二次革命”。
由于革命军中充斥着浑水摸鱼的地方官僚，革命开始一个月就以失败告终了，孙中山、黄兴等人遭到袁世凯的通缉，只能逃亡日本。
袁世凯担任总统期间做过的最大快人心的事莫过于将“二十一条”变为一张废纸。
国民政府建立之初，孙中山为了筹集对抗袁世凯的经费，曾经与日本人签订了《中日合办汉冶萍借款案》，该合约以汉冶萍公司为抵押，向日本借得巨款，后来因为中国时局有变，合约遭到废止，这件事成了日本后来向袁世凯提出“二十一条”索债的重要借口。
1914年，第一次世界大战爆发，日本强行夺取了德国在胶州湾一带的利益。当时，民国政府仍处于国库极其亏空的状态，袁世凯四处筹措银两还债，日本趁欧洲各国无暇东顾的机会，单方面向袁世凯秘密提出了“二十一条”，企图趁其他国家参与混战之际扩大在华势力。
日本提出的条款规定，汉冶萍公司改为中日合办，承认日本在山东的一切权利；承认日本在伪满和内蒙的居住、经商、采矿等特权；中国所有沿海港湾、岛屿不得租借或割让给他国；中国政府聘用有能力的日本人担任政治、军事顾问。
日本提出的条款令袁世凯大为光火，这实际上与将大半个中国割让给日本无异，更令人气愤的是，日本将军舰开到渤海一带，并增加了山东一带的兵力，以武力要挟袁世凯同意“二十一条”。袁世凯深知以当时中国的实力，完全无法与日本进行正面军事冲突，只好一边与之谈判，一边命人在国内通过各种渠道传播日本的无理要求，国内的反日舆论日益高涨。袁世凯说：“我国虽弱，苟侵及我主权，束缚我内政，我必誓死力拒……”“应尽心竭力，能挽救一分，即收回一分之权利。”为了最大限度地挽回中国的利益，袁世凯在1915年2月2日到5月7日之间，先后与日本代表谈判二十余次，他并且告知外交部，要严格执行他的命令，尽最大努力争取减少中国的损失。
5月9日，日本向袁世凯发出了最后通牒，经过袁的努力，“二十一条”中，北洋政府只接受了第一至四号共十二条条款，这在当时北洋政府积贫积弱的情况下已经很不容易了。
当天下午，袁世凯紧急召开会议，通报了签订条约的情况。
袁世凯怀着沉重的心情对与会要员说：“此次日人乘欧战方殷，欺我积弱之时，提出苛刻条款……外交部恪守我的指示，坚拒到底，尽了最大之努力，避重就轻，已尽其职责……但以我目前之实力，尚难与日本兵戎相见，故权衡利害而至不得已接受日本之最后通牒。”
当时，黎元洪、徐世昌、各部总长都在现场，其中有人建议将5月9日定为国耻日，袁世凯则向各省下达密电，称条约的签订是奇耻大辱，从此以后，卧薪尝胆，十年之后“抬头见日本”。
条约并没有被如实执行。比如聘用日本人当顾问一项，在袁世凯死后，有日本人回忆在伪满担任顾问期间的情况时说道：“我等名为顾问，实际上绝无人顾，绝无人问。”