小站练兵，群英汇聚
“甲申事变”之后，中法战争结束，清廷得以将目光转向朝鲜。在袁世凯的积极努力下，日本在朝鲜的气焰被打压，朝鲜亲日势力也受到了重创。
正当日本收缩在朝鲜势力的空当，俄国开始了在朝鲜的渗透。当时朝鲜亲俄的主要头目为穆麟德，他是由清朝廷任命的朝鲜海关总税务司大臣，因为勾结俄国驻朝鲜参赞、放任俄国在朝鲜练兵而被清廷罢免，只能担任朝鲜的小官。事后，怀恨在心的穆麟德开始更加猖獗地与俄国势力来往，企图帮助俄国势力控制朝鲜，很快，在朝鲜国王李熙身边就集结了不少亲俄势力。早在1885年，袁世凯就注意到穆麟德心怀不轨。穆麟德曾经是李鸿章亲自举荐的，袁世凯并无避讳，而是四处游说清廷及朝鲜大臣，揭露穆麟德的不轨之心。袁世凯还曾多次向朝鲜国王游说，劝说李熙免去穆麟德在朝鲜的职务。在袁世凯的努力下，穆麟德在朝鲜的所有职务被免除，并被驱逐出境。
袁世凯两次进入朝鲜，都是以维护中国在朝鲜的宗主地位为最终目的的。作为驻朝鲜使臣，袁世凯也意识到朝鲜作为中国的邻国，在国防方面具有很重要的地位。除了驱逐外国势力、稳定朝鲜局势之外，袁世凯还鼓励国人到朝鲜经商，并对其进行最大程度的保护，一时间，中国在朝鲜商会林立，贸易往来较以往更为频繁。
袁世凯在朝鲜期间，日本、俄国势力都受到很大的打击，二者在朝鲜的经济利益也受到严重的挤压，在日本人眼里，袁世凯成了其扩大势力最大的绊脚石。1894年，朝鲜东学党起义，日本趁机出兵朝鲜，7月，朝鲜局势已经基本到了日本的掌控中。袁世凯曾向朝廷请求派兵救援，朝廷始终没有给出答复，清政府设在朝鲜的大使馆宛如孤岛，而另一边，日本正极其周密地计划着对袁世凯的暗杀行动。
日本的暗杀计划进行得十分保密，在计划实施的一个多月里，袁世凯没有听到过丝毫风声。直到7月19日这天，一名朝鲜官员偶然间得知日本当晚要暗杀袁世凯，经过一番思想斗争，他终于决定把这件事告诉自己的好友唐绍仪。
唐绍仪当时也在朝鲜任职，暗杀时间是这天晚上，当他听说这件事时，下午已经过去了一多半。他来不及多想，赶快找到英国领事求助。这天晚上，袁世凯乔装成当地农夫，唐绍仪在一旁持双枪护卫，两人穿过小巷来到码头，英国军船已经等候多时。来不及向英国领事言谢，袁世凯登上了军船，这时，杀手刚刚追赶到码头，发现袁世凯已经乘船逃离了。
回国之后，袁世凯回想起当时逃走的情景，不由得身冒冷汗。1894年7月25日，袁世凯惊魂未定，甲午战争就爆发了。在接下来的一年当中，清廷高层为究竟作战到底还是议和发生了分歧。1895年，袁世凯向朝廷提交了一份的报告，报告以自己几年来在军中所见为基础，详实地记录了清军纪律涣散、装备落后、军官怠职等现象，论述清军与刚刚经过明治维新的日本相比实力悬殊，根据袁世凯的推断，如果不早日与日本议和，天津、北京都将有失守的可能。
这份报告着实令沉醉于“天朝大国”美梦中的慈禧和光绪震惊。为了尽早结束战事，1895年3月，朝廷派李鸿章等人前往日本进行谈判，日本倚仗美国的支持对李鸿章一行施压，迫使中国签订了不平等的《马关条约》。
《马关条约》签订之后，日本在朝鲜的利益得到承认，辽东半岛、台湾的割让以及巨额的赔款，使清朝多数知识分子瞬间觉醒，他们意识到中国已经到了非变不可的大时代，纷纷登上政治舞台，寻求救国良方。针对清军战斗力低下的现状，以袁世凯、徐世昌为代表的开明官僚开始呼吁朝廷整顿军队，兴练新军。
当时，朝廷当中不少大臣都早已感到军队的日益腐朽，清军军制处于想改而不知如何改的尴尬境地，甲午一战之后，清廷终于痛下决心，下令对军队进行改革。
袁世凯出身行伍，对清军弊病了如指掌。他接连上书督办军务处程文里、军机大臣李鸿藻、总理大臣荣禄等人，呼吁效法西方军制，对清军进行彻底、深入的改革。他撰写《练兵要则十三条》、《新建路军营制饷章》、《募定洋员合同》等具体计划，得到了军务处的认可。这样一来，朝廷上下无不赞同由袁世凯负责兴练新军的职务。几天后，袁世凯得到光绪帝的召见。这年年底，他来到天津小站，迈开了他人生中最重要的一步。
实际上，袁世凯并不是在天津小站练兵的第一人。小站原来叫新农镇，最早由李鸿章麾下的淮军驻扎，甲午战争的时候，淮军统领被杀，士兵弃营而逃，导致小站成为一片残垣断壁的荒地。1894年11月，胡燏棻受清廷任命，参照西洋军法在天津南马长练兵。尽管胡燏棻治军严明，也声称要学习西方练兵之法，但他实在对西洋军法一窍不通，尽管聘用了德国人为教习，但是根本没有达到预期的目的。胡燏棻主持军队的这年，定武军人数连一万都不到。
袁世凯自幼酷爱兵法，随着与西方接触的增多，他开始留意西方的治军方法，在对西洋兵法及军制的了解程度上，袁世凯远在胡燏棻之上，如果让他来仿效西法练兵，自然事半功倍。
到达天津之后，袁世凯接手了胡燏棻的定武军，并将军队迁到小站。
袁世凯初到小站的时候，是他最为意气风发的阶段。这时候，袁世凯刚刚三十六岁，他在朝鲜平定战乱，小试了牛刀。中国在甲午战争中的失败，更坚定了他整顿军队、洋法练兵的信念。
袁世凯是近代中国提出对军队进行全面改革的第一人，尽管在后人对他的评价中，不少人认为他军事才华一般，但如果横向比较，在对外国军队、军制的研究上，袁世凯远远超过了同时代的其他人，从袁世凯的《训练操法详晰图说》、《新建陆军兵略录存》等着作就可以看出。在这些着作中，袁世凯不仅对德国的军制有详细的阐述，还对日本的军队建设颇有研究。小站练兵时期，袁世凯还曾翻译过不少外国兵法着作，在徐世昌等人的协助下，袁世凯完成了新建陆军的军队编制、军队管理、军衔制度、军饷制度等一系列的改革。
清朝末年，清军内部已经非常腐败，克扣军饷成了军队中见怪不怪的事，普通士兵拿到的军饷只够自己活命，因此每到大敌当前，士兵宁可临阵脱逃也不愿奋勇杀敌，这就直接导致军队几无战斗力，在这样的背景下，士兵质量也就可想而知。袁世凯上任后第一件事就是招募新军。为了招募战斗力更强的新兵，袁世凯将新建陆军的军饷大幅提高，仅普通士兵每月就能领到白银四两五钱，新军统带（相当于营长）每月可支银两达到四百两。每月发放军饷时，袁世凯都要亲自到场监督，防止军官从中克扣。
除了重金买马，袁世凯还启用了大批来自全国各地的优秀青年军官，并在军队中设立武备学堂，培养军事人才。根据当时英国人贝思福的记载，新建路军“年轻力壮，身材适中，操法灵熟，步伐整齐”，新的制式，新的装备，新的军装，整个新建路军在袁世凯的操练下焕然一新。
这样一来，大批优秀的年轻人来到天津投奔袁世凯，甚至一些读书人也觉得从军是一个好的出路，纷纷加入新军。慢慢地，袁世凯身边集结了大量杰出青年，其中有名的有徐世昌、冯国璋、段祺瑞、王士珍、曹锟、卢永祥、王占元、段芝贵、李纯、唐绍仪、张勋等人，这些人后来都成了民国时期数一数二的人物，北洋系的最早势力也正是在这一时期形成的。
叛卖维新，愚弄清廷
甲午战争之后，康有为、梁启超等人大力倡导维新。清朝以来，士人被禁止干预朝政，他们向朝廷上书受到了重重阻碍，最终没能成功。尽管如此，“公车上书”一事还是在京城闹得沸沸扬扬，满朝文武没有不知道康有为、梁启超的。
1895年，袁世凯担任督办军务处行走的闲职，略感仕途不得志，抱负不得施展，当康有为提出“下诏以鼓天下之气，迁都以定天下之本，练兵以定天下之势，变法以成天下之治”时，袁世凯深感赞同，尤其“练兵以定天下之势”一条，正中袁世凯下怀。为此，当康有为公车上书被清廷各机构拦截时，袁世凯慨然承诺帮助康有为通过督军办递交给皇帝，由此举可以看出，维新变法之初，袁世凯是持赞成态度的。
1898年9月，慈禧太后欲废黜皇帝的传闻不胫而走，得知消息的光绪马上派谭嗣同找到袁世凯，“说袁勤王”。袁世凯与谭嗣同交情不深，仅仅是同僚关系而已，谭嗣同年轻气盛，以为袁世凯是绝对站在光绪一边的人，便以“忠君”为要挟，说服袁世凯出兵保护光绪。
“后党政变在即，你我身为人臣，自当誓死效忠，保护皇上，事成之后，皇上自然少不了嘉奖。如今已到了箭在弦上不得不发之际，袁公如果不肯出兵勤王，嗣同宁愿以死明志！”谭嗣同刚刚三十出头，一介书生，看问题的方式十分单纯。如果说维新派仅仅以“忠君”为理由要求，袁世凯尚能支持。现在，一个比自己小好几岁的后生不仅以功名利禄相诱，还以死相要挟，袁世凯似乎瞬间看穿了维新派单纯、幼稚的一面，也预料到了他们将来的失败。
更让袁世凯不能接受的是，光绪派人说服袁世凯杀掉荣禄。对于光绪、慈禧，袁世凯有的只是作为臣子应尽的“忠君”义务，而对于荣禄，袁世凯更多的是一份友情和感激。
荣禄是袁世凯仕途当中非常重要的人，袁世凯一直将其尊为恩师。选派练兵大臣之际，除了李鸿章、徐世昌等人外，荣禄也是极力举荐袁世凯的。袁世凯虽然在朝鲜立下功劳，但回国后始终还是个小人物。荣禄在朝中担任兵部尚书，相当于现在的国防部长兼********，如果没有荣禄的保举，袁世凯也不可能获得小站练兵的机会。
小站练兵之际，袁世凯一度被以作风专横、克扣军饷等罪名被多人联名弹劾，朝廷派荣禄前去查办，荣禄向来对袁世凯欣赏有加，因此在办理此案时曾极力袒护袁世凯，最终以“查无实据”结案，并上疏称袁世凯为“不可多得之员”。荣禄对袁世凯有知遇之恩，还有救命之恩，在情感上，袁世凯自然更倾向于荣禄，而不是只会高高在上，对其呼来喝去的皇帝和太后。
9月中旬，袁世凯已经带领军队来到北京，这时，他正处于摇摆不定之中，不知如何是好。此时，他的好友、兄长徐世昌提出建议，让他仔细观察帝、后两派的实力。经过谭嗣同的一番威逼利诱之后，袁世凯看到了帝党的幼稚。不过，根深蒂固的忠君思想让他不能对光绪帝有所隐瞒。9月20日，光绪再次召见袁世凯，袁世凯对他说出了心中的想法：
“古今各国，变法非易，非有内忧，即有外患。请忍耐待时，步步经理，如操之过急，必生流弊。且变法尤在得人，必有真正明达实务，老成持重如张之洞者，赞襄主持，方可仰达圣意……累及皇上，关系极重……不敢不冒死直谏。”
袁世凯的言下之意非常明确：古今中外，变法都是非常困难的，如今时机未到，如果皇帝不能耐心等待，而是倚仗康有为、梁启超、谭嗣同之辈，这些书生只顾自己变法痛快，阅历太浅，办事毫不缜密，幼稚冲动，靠这样的人主持变法，变法怎么能成功？
这时候，袁世凯的立场已经明确，他不能对皇帝不忠，也不能对恩师不义，因此他只能从帝后之争中退出，也许这晚他找到光绪，说出这番话，就是想带兵离开京城，静观时局变化。
从宫中出来，袁世凯在宫门口正好撞见他的恩师荣禄。荣禄问他：“这么晚了，慰亭来宫中作甚？”这时，袁世凯的万人军队正停留在皇城之外，选择光绪还是选择慈禧就在一念之间。如果在金銮殿上，袁世凯还在犹豫不决，见到荣禄之后，他的立场就已经明确了，在荣禄的追问下，袁世凯告知了事情的始末。9月，慈禧发动政变，囚禁光绪，康有为、梁启超只能逃到国外，以谭嗣同为首的“戊戌六君子”惨遭杀害，持续了三个多月的维新变法运动宣告失败。
值得一提的是，在这件事情上，袁世凯并非后人想象的那么冷酷无情。戊戌六君子被杀后，他曾在给徐世昌的家书中写道：“此非弟卖主求荣，实缘荣禄是余恩师，遂使忠君之心，而被天良所战胜，断送六君子之命，弟之过也……若然拘囚太后，后世又将责弟助君为不孝也。”
从他给徐世昌的家书中我们看到，袁世凯其实是处于两难的境地，对于戊戌六君子的被害，他也亲口承认是自己的过错。
因为帮助了慈禧，袁世凯得到了朝廷很高的待遇，他的仕途也越来越顺利。1899年，山东义和团起义，义和团打着忠君爱国的旗号，焚毁教堂，杀死洋人，当时山东属于德国的势力范围，义和团的兴起让德国头痛不已。起初，慈禧因义和团杀洋人灭洋人，感到心中大快，对义和团没有进行强有力的镇压。袁世凯任职山东巡抚后，发现这样一来就激化了中国和德国之间的矛盾。为了尽快平息与德国的矛盾，袁世凯对义和团进行了镇压。
但另一方面，袁世凯也不是完全维护洋教徒。他以保护的名义把西方教会集中起来，实际上是加强对其监管，防止其在中国再生事端。这个做法尽管引起了驻扎在山东的外国使臣的不满，袁世凯却仍旧强制执行。慢慢地，在袁世凯的治理下，山东出现了一段相对稳定的局面。
可以说，在处理山东复杂局势上，袁世凯做得相当圆滑。一方面，他通过镇压义和团运动维护了清廷与各国之间的关系，另一方面，他以保护的名义限制了洋教徒在山东的行动，在一定程度上减少了教案的发生。
义和团在山东的活动被限制，他们转而攻入直隶，直逼京城。义和团随后杀入天津、北京，这反而给袁世凯带来了极大的机会。义和团所到之处必切断当地所有电线，这样一来，南方各省与逃至西安的慈禧之间的联系就被切断，各省只能通过袁世凯这个“中转站”向朝廷汇报政务，朝廷也只能通过袁世凯向南方各省下达命令。这个时期，袁世凯利用各省与中央政府通讯不便的时机，将山东的补给饷银送到西安，解决了朝廷官僚们的燃眉之急，不仅得到了慈禧的感激和赞赏，连袁的反对派也对他连连称赞，一时间，清朝廷形成了一边倒支持袁世凯的局面。
袁世凯在山东的出色表现使他进一步得到了朝廷的提拔。1901年，李鸿章弥留之际，极力举荐袁世凯接任自己北洋大臣兼直隶总督的职务，与其他各省不同，直隶省紧邻北京，其地位比任何一省的总督都高，几乎等于“一人之下，万人之上”的位置。担任直隶总督期间，袁世凯“一手拿金子，一手拿银子”，他的身边聚集了一大批甘心为其奔走的人才，被袁世凯贿赂过的人上到慈禧太后王宫贵胄，下到普通官员宫女太监。袁世凯也因此备受后人诟病。
袁世凯善于用人，更善于收买人。他通过威逼利诱等手段，苦心经营着自己的关系网。担任直隶总督期间，袁世凯也曾遭到过反对者的弹劾。但是，上到慈禧下到太监都被袁世凯收买，在这样的情况下，反对者弹劾袁世凯实在是螳臂当车，毫无作用。