段祺瑞和袁世凯虽然有过裂隙，但袁离世后，段祺瑞还是以袁世凯心腹大将的身份出现，主持袁的后事。他一面对袁世凯一生的功绩进行歌颂和肯定，一方面亲自为袁世凯送葬。段祺瑞不忘旧恩，对袁世凯仁至义尽，一时间得到北洋系的夸赞。在反袁斗争期间，段祺瑞因为积极联系南方军队，坚决抵制袁世凯称帝，在南方军队中获得了良好的声誉，受到全国推崇。所以，黎元洪当上了大总统之后，段祺瑞却实际掌控了北洋政府的大权。
“三造共和”
段祺瑞一生最主要的功绩，可以归纳为“三造共和”。
一造共和，是在武昌起义之后，段祺瑞以武力促成南北停战，并逼迫清帝退位。
当时，他与冯国璋等北洋干将联名通电，要求清廷顺应历史潮流，宣布退位。既得利益的清室贵族并不肯轻易罢休，他们一方面要求隆裕太后继续坚持，一方面在紫禁城内组织了八旗子弟进行抗争。段祺瑞率领军队驻扎在保定，对八旗子弟产生了震慑作用，后来，在多方压力之下，清廷宣布退位，清廷统治正式结束，南京政府得以名正言顺地成立——这就是他的一造共和。
二造共和即袁世凯复辟之际，段祺瑞保持头脑清醒，没有被当时盛行的复辟劝进所蒙蔽，坚持反对袁世凯称帝。
袁世凯称帝前夕，复辟党羽知道段祺瑞是顽固的共和派，他又掌握着全国的兵权，就密谋暗杀段祺瑞。一天，段祺瑞的外甥来拜访，段很高兴，就留他在家里吃饭。饭桌上，外甥一反常态，眼神飘忽，说话支支吾吾，段祺瑞问他怎么了，外甥答不出个所以然来。段祺瑞觉得不对劲，他以为外甥可能偷了什么东西或者藏了什么东西不敢告诉他，就让下人搜外甥的身。这一搜不要紧，从外甥的身上掉下来一包炸药。段祺瑞当即火冒三丈，厉声问：“你把这个带在身上做什么？”外甥见段祺瑞发怒，知道事情的严重性，便向他和盘托出。原来，这几天，段祺瑞的外甥收到匿名的恐吓信，对方要求他在五日之内杀掉段祺瑞，否则就结果他的性命。眼看最后期限就要到了，外甥无可奈何，才铤而走险，想要谋杀他的舅舅。听了这话，段祺瑞气不打一处来，命令府上的士兵把外甥带走处死。第二天，执法处传来枪声和惨叫声，人们都说，段祺瑞心真狠，竟然把自己的亲外甥枪决了。不过也有传说，段祺瑞为了保护外甥，便向发恐吓信的人开了舅舅杀死外甥的玩笑。
后来，段祺瑞称病到西山疗养，一天夜里，他又险些遭到暗杀，幸亏反应及时，他掏出手枪，先把前来暗杀的刺客击毙。段祺瑞作为反对袁世凯称帝的重要力量，屡遭暗杀，可见他二造共和的艰难。然而，即使在这样的情况下，段祺瑞还是以“武人不怕死”的信念，站在维护共和的一方。
第三次造共和，即在张勋复辟之后。张勋的辫子军之所以带兵北上，很大程度上是因为段祺瑞的唆使，所以，段祺瑞对这件事一直内心愧疚。当时，他和黎元洪总统的矛盾正处于白热化时期，张勋挥军北上，黎元洪无计可施，只好重新任命段祺瑞为国务总理。段祺瑞一向赞成共和，对于一切复辟帝制的行为都坚决抵制。所以，不管他怎么轻视黎元洪，和黎之间有多大的隔阂，他都能够不计前嫌地与黎合作。段祺瑞的军队战斗力强大，很快就把张勋的辫子军打败了，他再一次维护了民主共和。逼清廷退位、反对袁世凯复辟、扑灭张勋复辟，这就是段祺瑞的“三造共和”。
段祺瑞是最早想当大总统的军阀之一。北洋政府建立初期，以他兵权在握的实力，是继任袁世凯的最佳人选。然而，命运总是弄人的，袁世凯死后，他并没能如愿以偿地当上大总统，反而让没有军权没有作为的黎元洪抢了先机。后来，北洋政府经过冯国璋、徐世昌、曹锟的几次更迭，终于“轮到了”段祺瑞。
在张作霖和冯玉祥的联合讨伐之下，曹锟政府被迫下野。1924年11月24日，段祺瑞终于登上了“总执政”的宝座，这时候，徐世昌、冯国璋、曹锟等北洋老臣，要么退出政坛，要么驾鹤西去，虽然竞争对手少了，可他身边能够震慑全局、辅佐政事的能人也少了。
段祺瑞的“总执政”，集总统、总理于一身，权利比前几位总统更大了。北洋政府时期有个有趣的现象，每个军阀当上大总统之后，都告别了自己军事力量最雄厚的时代，成为下一任军阀总统的傀儡。到了段祺瑞担任总执政的时候，段祺瑞对北洋政府的控制越来越弱，大局逐渐掌握在冯玉祥和张作霖的手里。但是，因为性格原因，段祺瑞上台之后，不仅和冯玉祥、张作霖不合，还和一直支持他的南方国民党决裂了。随着日本对中国入侵的日益加深，段祺瑞所处的北洋政府已经进入了国势日下的阶段。
段祺瑞政府时期，发生了几件事，让段祺瑞在全国舆论中腹背受敌。首先是处理曹锟遗留下来的“金法郎案”。《辛丑条约》签订后，清廷按条约赔款给法国，按照当时法郎汇率，每年定期赔偿法国定额白银。一战结束后，法国以国内金融秩序混乱为由，强行更改白银折算方法，硬是要中国多付六千二百多万两。到了段祺瑞执政的时候，为了解决财政上的困扰，他变相同意了“金法郎案”，遭到全国的声讨。
财政捉襟见肘，国内政治也一片混乱。段祺瑞当上总执政之后，冯玉祥和张作霖为了争得对北洋政府的最终控制权，互相的斗争越来越激烈了，与此同时，全国各地军阀开始大混战，段祺瑞已经无力控制局面。后来，徐树铮的死又给他带来沉重打击。
徐树铮从袁世凯复辟时就遭到舆论谴责，段祺瑞却对他一再袒护。直皖战争之后，徐树铮被悬赏十万通缉，他只身潜逃到上海隐居。段祺瑞执政后，任命徐树铮为考察欧美日各国政治专使，徐树铮考察回国后，在北京遭到枪杀。
段祺瑞一向器重徐树铮，徐的被害，让他悲痛不已。1925年5月30日，“五卅惨案”发生，由共产党、爱国学生、工人组成的群众团体到******门口情愿，他们要求见段祺瑞，遭到卫兵阻止。卫兵遣散不成，便向情愿群众发动进攻，造成众人受伤。第二天，民众再次来到******门口要求解释，一名军官忽然下令对群众开枪射击，导致四十七人死亡，二百多人重伤——尽管开枪命令不是段祺瑞所下，但卫队的行为被认为是段祺瑞政府的行为，很快，各家报纸纷纷刊文谴责段祺瑞政府，鲁迅等文化界名人也对其大加指责，段祺瑞政府一下子失去了人心。
1926年初，冯玉祥率领他的国民军向北京进发，准备攻下段祺瑞政府。段祺瑞接到消息，赶紧下令全城戒严。正准备行动的国民军发现北京城的所有胡同都架起了机枪，知道段祺瑞已经做好迎战准备，为了不作无谓的牺牲，便撤离了北京。
孤立无援的情况下，段祺瑞向张作霖、吴佩孚等军阀求援，张作霖和吴佩孚却各有各的算盘。他们早盼着段祺瑞下台，所以对他的求援不理不睬。1926年4月20日，段祺瑞只好被迫宣布辞去执政职务，退居天津。
北洋之虎的正气晚年
1926年4月20日下午，段祺瑞收拾好行囊，在两营士兵的护送下离开了北京，同行的除了他的儿子段宏业，还有许世英、曾毓隽、姚震、梁鸿志等亲信，一行人乘上开往天津的专列，离开了北京城。
对于这次下野，段祺瑞有太多无可奈何。国内状况日益混乱，段祺瑞已经年过花甲，他再也不能像年轻时候那样呼风唤雨，左右中国政局了。回到天津之后，他也想和其他“退休”的大总统一样，不问政事，只专心于花鸟，但他做不到。为了能让自己内心平静下来，他决定在家修持，便给自己取了“正道居士”的名号，终日吃斋念佛，不过，即使这样，他还是不能控制自己不去关注国内局势变化。
身为国务总理、中华民国“总执政”，人们想象中的段祺瑞是一个家财万贯的大军阀，但实际并非如此。段祺瑞为官清廉，从来不收受贿赂，他对经商也没有太多兴趣，所以，段祺瑞的生活并不像袁世凯、黎元洪那样奢侈，他自己甚至连一套房产都没有。段祺瑞在北京任职的时候，曾一度靠租房维持，后来，袁世凯以送给义女房产的名义给了他一套房子，
其实，这套房子是袁世凯和人打牌赢来的，当时，房主输给袁世凯四十万，他一时拿不出这么多钱，就把房子抵押给了袁世凯。袁世凯死后，房主拿着房契找到段祺瑞，要求其搬走，段祺瑞的家人非常生气，想要进行理论，却被段祺瑞制止了。段祺瑞说，“既然有房契，就是房子的主人，我们搬走是理所应当的。”就这样，段祺瑞搬出了这套房子，此后又继续租房。
到了天津以后，段祺瑞倒也过上了相对安逸的生活。他每天定时起床，吃过早饭之后就到书房里看书写字，读报纸也是他每天必做的事情之一。因为常年征战，他患有腿疾，每天起床后两腿肿胀不已，下人们就从冰窖送来冰块给他敷腿，有时候，姨太太们也会帮他按摩。段祺瑞习惯午睡，午睡过后则安排一些打牌、下棋的活动。因为性格古板，段祺瑞的生活也显得极有规律，每天的作息几乎一成不变。
作为一个曾经叱咤政坛的野心政治家，段祺瑞对晚景凄凉很不满意，已经六十多岁的他一边关注国内形势变化，一边寻找再次出山的机会——即使到了晚年，段祺瑞也改不掉刚愎自用的毛病，他觉得新一代军阀们只知道互相争权夺利，根本没有全局意识，迟早让外国列强占了中国的便宜，也只有自己才能改变中国当下的混乱局面。有一天，他竟然突发奇想，想要联手溥仪，提高自己的号召力。1927年的一天，他拜托王揖唐联络溥仪，在载沣家里会面。张勋推举溥仪登基时，段祺瑞曾经带兵威胁，迫使张勋复辟失败，对于段祺瑞，溥仪心里或多或少有些抵触。见到溥仪之后，段祺瑞客气地尊他为皇帝，没想到，溥仪竟然对段祺瑞摆起架子来，并直截了当地对段祺瑞说：“我自有众多支持者，用不着你的帮忙。”段祺瑞好歹也是当过一国领袖的人，面对这个清室废帝，他觉得自己已经够放低姿态了，没想到溥仪对自己这么轻蔑，段祺瑞忍着怒气离开了载沣的住所，从此再也不提与溥仪联手的事了。后来，段祺瑞看到国内军阀混战不已，又想通过自己的努力，促成南北和平，还策划了一场“和平运动”，最终又以失败告终。
段祺瑞是有名的主战派，也是有名的亲日派。对于反对势力，段祺瑞的一贯主张就是以武力镇压，要动武就要有资金的支持，北洋政府财政入不敷出，他就以各种名义向日本借款，因为经常与日本合作，他被世人骂为汉奸卖国贼。可是，段祺瑞真的是卖国求荣吗？其实未必。正如他自己所说，日本只不过是他利用的对象而已，借助日本的资金，中国一旦兵强马壮，就可以“一瞪眼不认账”。但是，他的主张从来未能实现。
1930年前后，日本在中国的活动日趋猖狂，他们的活动遭到******的抵制。这时，国内仍处于军阀混战时期，冯玉祥和阎锡山不满******在南京另立政府，联合起来反蒋。日本从中看到了机会，他们和段祺瑞频繁接洽，希望段能出面组织政府，以对抗南京势力。这个时候，段祺瑞还没有从权利之梦中醒来，正当日本一步步实施着他们的灭亡中国步骤的时候，段祺瑞还寄希望于利用日本力量，建立与******对立的政府。有一次，他在接受采访时公开表示了对日本的利用态度，这让日本人非常不满，日本人最终把目光转向溥仪。
后来，日本攻陷东三省，段祺瑞这才恍然大悟：原以为自己利用日本，其实日本人一直在利用中国人以达到侵吞中国的目的！
日本人一直企图拉拢段祺瑞，东北沦陷后，日本还以帮助段祺瑞组织华北政权为诱饵，企图把段祺瑞变成第二个溥仪。为此，******的南京政府多次提醒段祺瑞不要上了日本的当，还专门给段祺瑞发去了电报。1933年1月21日，段祺瑞致以回电，表示“痛心国难，辱以正气相勖，自念以身许国，不后于人。他事姑勿论，昔年抵制举国若狂，端居屹然，愕愕自若，威武不能屈，宁卑辞所可诱耶？”******还是不放心，他派人到天津请段祺瑞到上海疗养，其实还是担心段祺瑞一时糊涂被日本人利用。段祺瑞接受******邀请南下，到达沪上后，他再次表明立场：“日本暴横行为，已到情不能感、理不能喻之地步，我国唯有上下一心一德，努力自求。语云‘求人不如求己’，全国积极准备，合力应对，则虽有十日本，何以惧哉？”段祺瑞的发言被刊登在当时的《申报》上，段祺瑞被人们夸赞为“抗日救国元老”。
段祺瑞的南下令日本人非常震惊，他们马上派人南下挑拨段与蒋的关系，还利用伪报纸发表段祺瑞承认伪满政权、南下劝说******的文章，段祺瑞大怒，公开反击日本报纸的言行。1935年，段祺瑞收到亲信王揖唐用暗语写的电报，内容为劝说段接受日本人的条件，帮助日本在中国的行动。段祺瑞想都没想，马上回电痛斥王揖唐的想法，还请来记者把通电内容公布，断绝王揖唐投靠日本的后路。
段祺瑞是日本侵吞华北地区的最佳人选，因为他的坚守底线，最终使日本的奸计没能得逞，保住了晚节。1936年11月2日，七十二岁的段祺瑞因病治疗无效，在上海逝世。死后，他的“八勿”遗嘱在各大报刊上登出：
勿因我见而轻启政争；
勿空谈而不顾实践；
勿兴不急之勿而浪用民财；
勿信过激之说而自摇邦本；
讲外交者勿忘巩固国防，司教育者勿忘宝存国粹，治家者勿弃固有之礼教，求学者勿鹜时尚之纷华。
这“八勿”，何尝不是段祺瑞对自己一生的总结和对北洋政府的反省。