其实，两个人都各有各的打算：在冯国璋背后，有美、英国家的支持，而段祺瑞的身后，则有日本人撑腰。一方面，张勋作乱之际，是冯、段二人趁机扩大自己势力范围的好机会；另一方面，趁中国混乱，国外势力也在中国寻找他们的助手，企图趁机扩大在中国的利益。所以，到了1917年前后，冯国璋和段祺瑞的矛盾开始日益显现出来。1917年9月，段祺瑞以强硬的态度逼迫冯国璋马上出兵南下，拘捕孙中山、剿灭护法军政府，但冯国璋拒绝盖印。段祺瑞有个缺点，他认为对的事，就会一直坚持，所以，为了尽快镇压南方护法军势力，他偷偷出卖国家主权，从日本那里换来了大批军火和款项，并在未经过总统冯国璋允诺的情况下调兵南下。
段祺瑞调往南方的军队中，最高将领是王汝贤和范国璋，这两个人都是冯国璋的老部下，冯国璋不好公开和段祺瑞撕破脸，便悄悄指示二人，一定要“以和为贵”，战争能免则免。
王、范二人早就对段祺瑞有所不满，在湖南一带与南军交战的时候，因为军队对南方地形不熟，陷于被动，而段祺瑞则不断催促他们抓紧应战，北洋军队上到将军下到士兵，连连叫苦。后来，由于战争损伤实在太大，王、范二人擅作主张宣布停战，他们的举动被段祺瑞认为与冯国璋有关，段祺瑞因此对冯国璋产生反感。
冯国璋这边，对段祺瑞还是非常“客气”的。王、范擅自停战后，来人将电报呈给他，他就对来人说“快快送院，快快送院”，将这件事交给段祺瑞处理。后来，关于南北作战的事，冯国璋干脆全部推给******处理。
当时，北洋政府内部出现了罢免段祺瑞的声音。冯国璋把所有南北问题都推给段祺瑞，已经让他非常恼火；罢免舆论一出，段祺瑞更觉得没有面子，一气之下，他又使出了当时对黎元洪的那招——辞职。
这是冯、段两人的关系第一次出现裂隙，但历史评价认为，后来他们的关系到了无可挽回的地步，全都是因为徐树铮这个人。
徐树铮在袁世凯称帝时，因为鼓动段祺瑞抵制而遭到袁世凯的罢免。袁世凯死后，他在府院之争中又被黎元洪革职（由此可见此人并不受欢迎）。府院之争之后，徐树铮站到了段祺瑞阵营当中，他主张武力统一全国，背后鼓动张勋复辟，又策划“讨逆军”对张勋进行讨伐。段祺瑞深受其蒙蔽，正因为听信了徐树铮的谗言，才对冯国璋越来越疏远。
1918年6月15日，徐树铮在没有经过允许的情况下刺杀了北洋老将陆建章。陆建章和冯国璋、段祺瑞同为天津武备学堂学员，小站练兵时也曾在天津供职，德高望重，很受大家尊重。段祺瑞的手下刺杀了这样一员大将，冯国璋首先想到他肯定是受段祺瑞指使。
后来，徐树铮又瞒着段祺瑞，怂恿张作霖在秦皇岛把本来属于北洋军的军火枪械抢走，这一行为同样被冯国璋误以为是段祺瑞指使。
这样一来，冯国璋对段祺瑞的意见更加大了。尽管他也意识到这一切可能都是徐树铮这个小人所为，但他和段祺瑞之间的关系已经到了无法挽回的地步。
就这样，第二次府院之争以冯、段两人关系的破裂告终，徐世昌也终于因为无力调和两人的矛盾而引退。
段祺瑞东山再起，冯国璋被迫下台
第二次府院之争冯国璋略占上峰之后，段祺瑞表面失势，并于1917年11月23日愤然辞职。冯国璋为了尽快促成南北的和平，25日便通过江西督军李纯向南方势力表明立场，声明北洋政府一贯反对同室操戈，将坚持和平统一。
对于冯国璋的声明，护法军内部产生了分歧。以孙中山为首的革命派认为，这只不过是冯国璋耍的一个花招而已，其目的是为了骗取护法军政府的信任，以达到其消灭护法军的目的。孙中山向冯国璋提出条件，除非下令解散北京的临时参议院，否则不接受议和。另一派则以陆荣廷为首，他们主张与冯国璋议和，以减少双方的损失。没想到，陆的提议刚刚发表，就遭到了激进派的强烈反对。这时，陆荣廷擅自做主，向冯国璋政府抛出了橄榄枝，他向护法军下达了停战命令，并通过李纯催促冯国璋马上命令北洋军停战。眼看“和平统一”的目的就要实现，27日，冯国璋马上致电冯玉祥，让他到福建主持局面，促成统一。
眼看就要大功告成，段祺瑞这边却给冯国璋使了绊子。在冯国璋联络各方势力，为议和做准备的时候，段祺瑞也到处运作活动，他把目光转向了直系出身的曹锟。曹锟虽然是直系出身，但生性爱财爱权，段祺瑞许诺道，如果曹锟肯出面阻止议和，向南方宣战，将来新政府成立后，一定让曹锟当副总统。
这个诱饵实在太大，曹锟马上站到了段祺瑞的阵营当中。这年12月2日，在徐树铮的策划下，由曹锟出面，邀请山西、陕西、奉天、安徽、浙江、福建、上海、热河、察哈尔、绥远等地的督军到天津开会，商讨如何逼迫冯国璋对南宣战。四天以后，包括曹锟在内的这十八个人联名通电冯国璋，要求冯国璋下令讨伐南方护法军。
这突如其来的变化让冯国璋一时不知如何应对，他只好派自己的女婿秘密联系护法军及南方各军阀，称目前北洋政府正在商议停战事宜，让他们姑且耐心等待。
冯国璋当然知道这一切都是由段祺瑞幕后指使的，但是他佯作不知，把昔日的两个同窗——王士珍和段祺瑞邀请到总统府内，询问他们的意见。段祺瑞自然坚持武力统一不变，王士珍夹在中间，不知作何选择，只好保持沉默。冯国璋本来想获得王士珍的支持，然后顺理成章地推翻主战派的要求，但在现在的情形下，他也只好接受曹锟的主张，下令挥军南下。
南方势力正在等待北方的停战命令，北洋军队却浩浩荡荡地杀将过来，这让南方军队大为不满。他们立即采取应对措施，与北方军队交战。就这样，冯国璋的主和计划泡汤了。
主战派逐渐控制了北洋政府，冯国璋在北京已经基本处于孤立无援的境地。为了进一步孤立冯国璋，主战派要求******纯、冯玉祥等冯国璋的心腹，冯国璋试图袒护，但未能扭转大局。在这样的局面下，冯国璋决定暂时离开北京，到自己的势力范围南京从长计议。
这天，冯国璋邀请王士珍、段祺瑞一起到徐世昌家里做客，席间，冯国璋一反常态，突然拍案起身，大骂南方军队，还义愤填膺地说，自己一定要亲自率兵南下，灭了南军的嚣张气焰。
其实，冯国璋是在为自己的南下脱身做铺垫。不过，他始终不是一个好演员。在回家的途中，段祺瑞越想越觉得不对劲，因为冯国璋平时性情温和，很少这样破口大骂。第二天一大早，段祺瑞收到了冯国璋向全国发出的电文，称自己要南下“巡视阅兵”，这时，段祺瑞已经隐约觉得事有蹊跷了。
冯国璋带了一千精兵南下，一路上未作停留，到了各地也没有进行所谓的阅兵。段祺瑞心说不好，冯四哥这是要逃回南京老巢。如果他在南京另立旗帜，后果将不堪设想。来不及多想，他马上密电心腹倪嗣冲，命令他无论如何也要拦住冯国璋。
在冯国璋眼里，倪嗣冲是一个名不符实的小人。袁世凯即将称帝的时候，他为了巴结将来的皇帝，逆历史潮流支持袁世凯；黎元洪政府成立之后，他又跪倒在冯国璋面前痛哭流涕，央求冯国璋给他口饭吃。对于这样的小人，冯国璋从来没把他放在眼里。
当冯国璋到达蚌埠的时候，倪嗣冲也带兵追了过来。倪嗣冲表面和气地劝冯国璋回京，冯国璋坚持不肯，这时，倪嗣冲收起脸上的笑容，直截了当地说：“大总统若回北京，我便放行；若执意南下，我便扣留你至此。”
冯国璋手里毕竟只有一千士兵，怎么也奈何不了倪嗣冲。无奈之下，他只好调转方向，返回北京。
回到北京的冯国璋成了光杆司令，亲信都远在外地，身边都是段祺瑞的心腹。他一度想把曹锟拉回自己身边，便派陆建章去往天津，没想到，半路杀出个徐树铮，把陆建章诱杀了。
不管冯国璋多么孤立，他始终是名正言顺的大总统，段祺瑞要想取而代之，就必须有一个说得过去的理由。这时，又是徐树铮向段祺瑞建议，组织一个新的国会，可以通过贿赂国会议员来达到自己的政治目的。
得到段祺瑞允许后，徐树铮和王揖唐一起，通过出卖国权筹集巨款，召集了一批国会议员，由“安福俱乐部”直接控制。就这样，中华民国的第二届国会——安福国会便成立了。1918年8月，按照《临时约法》规定，冯国璋的总统任期已满，理应选举新的总统。为了避嫌，段祺瑞决定让北洋老臣徐世昌担任总统，自己则实际控制北洋政府。于是，徐树铮等人通过贿赂国会议员，控制了最终的选票，冯国璋宣布下野。
可以说，冯、段关系的破裂，很大程度上是拜徐树铮所赐。离任大总统之后，冯国璋也意识到了这一点。一年以后，他再次与段祺瑞见面，说的第一句话就是：以后不要再听信徐树铮了。他的这句话让段祺瑞顿时觉醒，然而，当段祺瑞意识到直皖不应该同室操戈的时候，为时已晚。三个月后，冯国璋就与世长辞了。
1919年12月28日这天，段祺瑞来到冯府进行吊唁。尽管外界都说冯国璋下野之后，两人重新“交欢”，但当天的段祺瑞并没有失声大哭。他面无表情地来到冯国璋的遗体前，掀开盖在上面的布，最后看了他的“冯四哥”一眼，之后头也不回地离开了冯府。他给冯国璋送的挽联上写道：
兵学砥砺最相知，每忆拔剑狂歌，曾与誓，澄清揽辔；
国事纠纷犹未已，方冀同舟共济，何遽伤，分道扬镳。
武备学堂时的情景历历在目，段祺瑞和冯国璋两个最相知的朋友，常常一起饮酒狂歌，席间不免拔剑明志，立志报国；没想到的是，真正坐到能够影响国家的位置，却因为国事的纷乱，两兄弟分道扬镳，何其哀伤！
吝啬敛财，争议最多
冯国璋的吝啬和贪财是出了名的，尤其在他发迹之后，他的吝啬和贪财达到了无以复加的程度。
中南海的池塘里养了很多鱼，这些鱼都是前清留下的，很多都是观赏鱼，清统治者下令禁止捕捞，以至于有的鱼长到了三尺多长，其中有些个头尤其大的鱼，还被挂上金牌以示“身份”尊贵。冯国璋当上总统之后，便对这些鱼起了“歹心”，他命人把鱼全部捕捞上来，拿到集市上卖，卖来的钱则落入他自己的腰包里。当时，北京的几个主要集市都能见到前清留下的鱼，因为事情荒诞可笑，老百姓把这些鱼称作“总统鱼”，冯国璋卖鱼的事一时间也被传为笑柄。
冯国璋担任代理大总统后，又做了一件令乡里不齿的事。一般人发迹之后，都会返乡做善事，冯国璋发迹之后，却利用职务之便，命人把老家河间的所有古树都砍了。这些树已经有几百年的树龄，砍掉树之后，他就命人把这些上等的木材运到天津，以很高的价格卖给那些寻找良木建设豪宅的达官显贵。他的这一举动自然遭到了全乡的反对，为了平息乡亲们的怒气，他赶紧出面道歉，还编造了诸如“老树因为年代久远，里面都枯朽了，万一倒了会伤到人”的假话。他对前来抗议的老乡说愿意自掏腰包种植新树，但需要乡亲们先行垫资。这样，前来抗议的老乡们才肯回去。不过，当他们拿着凭证找冯国璋要钱的时候，冯国璋就闭门谢客，置之不理了。
还有一次，冯国璋打算派王士珍到南方调停南北冲突，王士珍已经做好准备，就等待冯划拨经费，冯国璋却迟迟不肯表示。王士珍去找冯国璋，冯国璋言辞闪烁，王士珍听了半天才听明白，南下的川资是要自己掏腰包。这把王士珍气坏了，但也无可奈何，最终王还是自费去了南方。
更令人哭笑不得的是，1917年，冯国璋在南京的宅邸因为电线漏电，起了大火，熊熊大火烧了几个小时，闻讯赶来的冯国璋顾不上关心家眷有没有受伤，而是失声痛哭，大乎“天丧予！”一边哭，一边要冲进火海（不知道是要自杀，还是要进火场抢救家里的贵重物品），幸亏有家人在旁边阻拦，他才没有投身火场。
冯国璋因为家里失火就伤心不已，是因为他家产不多吗？当然不是。冯死后，王士珍帮忙料理后事，经他统计，冯国璋留下的遗产，包括现银、不动产在内，共有两千三百万之多。冯国璋家大业大，却对自己的财产非常在意，弥留之际，他多次把长子叫到身边，反复交代财产情况，南京宅邸被烧损失五百七十万、张调辰私扣三百万、谁骗走几十万，全部交待得清清楚楚。
不过，冯国璋虽然贪财敛财，却不是一个贪官，他的财产，多是靠投资等正常手段取得的。有人统计过，他不仅投资了多家银行，拥有近千万的股权，还投资了纱厂、煤矿、洋灰厂、玻璃厂、盐矿等众多实业，甚至在北洋政府国库亏空的时候，他还曾从实业的盈利中拨款急用。
冯国璋投资的房产更是数不胜数，他在北京、天津、直隶、南京等地都有房产，总占地面积二万二千三百五十五亩，相当于二十多个故宫的面积之和。他的宅邸风格各不相同，有的是西式的洋楼别墅，有的是中式的府邸宅院，其装饰更是雕梁画栋气派之极。
冯国璋晚年给自己刻了一个章，上面写着“平生志在温饱”，这“温饱”其实有两层含义：
其一，冯国璋从小贫寒，忍饥挨饿，后来自己发迹后有了“钱瘾”，就是对不能温饱的一种特殊情怀。
其二，冯国璋一生投资实业、土地无数，在他看来，自己不仅给前来投奔的亲戚朋友找到了出路，还给很多不能温饱的底层人解决了温饱问题。
比如冯国璋在国内大举投资实业，不仅于他自己有实际的好处，对当时中国经济的发展也起到了一定的带动作用。尤其是裕大纺织公司、裕元纺织公司、恒源纱厂、启新洋灰公司、开滦煤矿等，这些民族企业的兴起，还在一定程度上打破了外来企业的垄断；除此之外，他还在河北一带购置了多达一千一百公顷的农田，雇佣佃农耕种打理，成千上万农户得以生存。可以说，在实业和民生方面，冯国璋是很有作为的，这也是后人褒赞冯国璋的原因。
冯国璋对教育事业非常重视。他在江苏任上时，就着手兴办培养军事人才的学堂，陆军讲武堂、水师学堂、陆军警察学校都是由他带头创办。1917年，他又发表教育救国的演说，倡导发展教育，为国家培养栋梁之才，受到了广泛的赞誉。
冯国璋的政治思想较为复杂。他年轻的时候，曾经是君主制的支持者，慢慢地，他的思想发生了变化，尤其在袁世凯称帝期间，他逐渐由一个顽固派变成了民主派，随着政治经验的日渐丰富，他开始意识到“民意”的重要性，多次对部下强调“切不可有违民意”。到了晚年，他对国家和平统一更加关注，不仅在大总统任上竭力促进南北统一，到后来卧病在床，还不忘发表遗电，“愿内外同心，化除轸域，和平统一”。
既吝啬敛财，又兴办实业促进统一，冯国璋一生的复杂性，造成了后人对他评价的褒贬不一。冯国璋死后，时人按照惯例举行了国葬，冯国璋的后人为了保护他的遗体，制造了冯国璋的假墓，把真墓设在距离假墓几里外的地方。“****”期间，冯国璋和夫人的真墓被人发现，不仅墓葬被毁，原本保存完好的遗体也遭到破坏，实属遗憾。