对于冯国璋究竟赞成民主共和还是君主立宪，我们无法判断。但我们十分清楚的是，在1914年1月冯国璋称中国大总统应拥有“无限权力”之后，是年12月，冯国璋忽然态度大转弯，公开表示自己坚决反对帝制，“国璋为民国服务以来，即抱定纯一宗旨，汉山无恙，金石不渝”。
袁世凯把周砥嫁给冯国璋，另一层意思是要通过周砥拉拢他。袁世凯还对冯国璋进行了提拔，意在希望冯国璋能在复辟帝制的紧要关头对自己予以支持。
坏事传千里，还没有公布，袁世凯想当皇帝的消息就传遍全国了，国内立刻出现了一股维护共和、反对袁世凯的声讨浪潮。这时候，远在日本的孙中山、梁启超也闻讯赶回中国，他们希望干涉袁世凯称帝。在全国一边倒的反对下，冯国璋也无法再坚持站在袁世凯这边，几乎没有太多思想斗争，冯国璋就选择了反对袁世凯称帝。根据当时报纸的记载，梁启超回国后，曾经和冯国璋一起面见过袁世凯，而袁世凯则非常含糊地搪塞。
冯国璋质问袁世凯为什么要称帝，袁世凯却对他说：“你我多年在一起，难道不懂我的心？”他又说，“你我是自家人，我的心事不妨向你明说。我现有地位与皇帝有何分别？所贵乎为皇帝者，无非为子孙计……帝王家从无善果，我即为子孙计，亦不能贻害他们。”
袁世凯似乎并没有对冯国璋说出心里话，而冯国璋也听得将信将疑。回来后，冯与梁启超一起分析袁世凯所说的话，觉得所说在理，袁世凯应该不会蠢到为了当皇帝而遭受全天下的唾骂，更不会为此害了自己的子孙后代。
就在冯国璋以为这件事要过去了的时候，令他想不到的是，袁世凯却在北京登基了，他感到自己被袁世凯愚弄了。让他不解的是，袁世凯口口声声说自己是“自家人”，这么大的事都瞒着自己，这就让他觉得，袁世凯兴许从心里就是不信任自己的。另一方面，袁世凯称帝之后，全国马上爆发了一场针对袁世凯的大声讨，冯国璋也意识到，帝制在中国已经是过去式，民主共和才是大趋势，不能再贪恋过去了。
冯国璋向政府请了一个大长假，他对袁世凯说，自己身体抱恙，需要好好静养调息。实际上，冯国璋背着袁世凯进行着抵制复辟的策划——别忘了，冯国璋身边有周砥这个“间谍”，他的一举一动都被如实汇报到袁世凯那里。袁世凯知道，冯国璋已经不再和自己同路了，有一天，有人向他问起了冯国璋的病情，袁世凯直白地说：国璋得的是政治病。
除了周砥之外，袁世凯开始在冯国璋身边加派人手，以监视他的行踪，而冯国璋则绕开监视，秘密地联系全国各地的反袁力量。1916年，冯与江西李纯、浙江朱瑞、湖南汤芗铭、山东靳云鹏几名将军联络，共同商议讨伐袁世凯的行动，被称为“五将军密电”。除此之外，他还与护国军代表唐继尧等人通电，表示将支持护国军，声讨袁世凯复辟。世上没有不漏风的墙，冯国璋的举动很快传到袁世凯的耳朵里，袁世凯终于知道，他们两个的关系已经到了不可调和的地步了。
冯国璋对袁世凯的声讨，多少有些出于不被重用的嫉妒心理。他说：“老头子不把我当做自己人，他的手下都是些狐群狗党，老头子不到几个月就要完了。”放到今天看来，袁世凯对冯国璋的不够重视、称帝前对冯国璋的过于防范，似乎是冯反叛他的重要原因。
袁世凯绝对想不到，讨伐自己的浪潮一波高过一波，自己苦心制造的支持洪宪帝制的声浪很快被淹没了，全国各省纷纷加入护国战争，来自军、政、商社会各界人士都纷纷发表讨袁声明，袁世凯一手培养起来的北洋势力也纷纷站在讨袁的一边，使得袁世凯坐立不安。
随着全国的讨袁声浪越来越高涨，袁世凯也意识到自己已经处于腹背受敌、众叛亲离的境地。无奈之下，3月份，他宣布取消帝制，恢复民国。这时，护国军对袁的声讨并没有停止，他们甚至想逼袁世凯下位。不要忘了，冯国璋是追随袁世凯多年的人，当时他的身边又有很多袁世凯的亲信不断给他“吹风”，护国军依旧咄咄逼人，这时，冯国璋觉得“闹够了”，是时候停止这场波及面巨大的内战了。
4月，他向袁世凯建议，与南方起义势力在南京进行谈判，条件是支持袁世凯继续担任大总统，袁世凯点头认可。是月，冯国璋南下谈判，但终究因为袁世凯担任总统的事分歧太大，南京谈判无果。6月，重病中的袁世凯离开人世，冯国璋以为自己能够登上总统之位，没想到后来又发生了更多麻烦事。
从副总统到代理大总统
冯国璋之所以反对帝制，除了认为恢复帝制是历史的倒退以外，恐怕还有另一层原因——冯国璋虽然也从小站练兵起就跟随袁世凯，但始终不被袁世凯看作北洋系的亲信，而即将宣布登基的袁世凯，当时身体状况已经出现了严重的恶化，他一旦离世，冯国璋将失去最大的靠山。这时，他不得不考虑的一件事就是：袁世凯死后自己该怎么办。
很显然，当时舆论完全倒向声讨袁世凯的一边，这时候如果他再跟随袁世凯，今后很可能被政界驱逐。冯国璋是聪明人，他懂得审时度势，便决然站在了反袁大军的行列中。
袁世凯弥留之际，冯国璋决定自立山头，他希望通过运作，让自己当上大总统。他一边四处联络各地军阀，希望获得他们的支持，一边与梁启超、唐绍仪等人联络，表明自己坚决反对帝制的立场，制造舆论声势。
袁世凯死后，按照他的遗嘱，最有可能担任大总统之位的就是黎元洪。当时，反对黎元洪呼声最高的当属在南方拥兵自重的张勋，他是后来“张勋复辟”的主人公。张勋反对黎元洪的原因很简单，就是想趁袁世凯死后群龙无首的间隙发动政变，拥立溥仪当皇帝。冯国璋当时并不清楚张勋的本来用意，只是觉得张勋反对黎元洪，所以自己可以趁机拉拢他，于是便向张勋伸出了橄榄枝，但没想到的是，张勋对他当大总统的想法嗤之以鼻，甚至直接表示自己反对黎元洪是为了辅佐溥仪登基。冯国璋马上认为，张勋是一个冥顽不化的固执老头，而张勋这边，他也想借冯国璋的力量，先扳倒黎元洪再说。
1916年6月8日，张勋主持的徐州“六省会议”召开了，冯国璋却不见踪影。为了获得冯国璋的支持，张勋殷勤地致电冯国璋，询问他派的人怎么没有到。冯国璋早就察觉张勋想利用自己，便回话说：请张勋带兵万人先向北京进军，我随后将率兵五千人为后继。张勋万分高兴地带着兵马北上了，但他不知道，这是冯国璋设下的陷阱。他先把张勋骗到北京，自己的军队在后面拦堵，趁机控制了张勋。
后来，冯国璋没能当上大总统，而是在1916年10月就任副总统之职。
袁世凯去世前，曾立下遗嘱说“按照约法内容任命大总统”，如果按照孙中山的《中华民国临时约法》，应该由副总统黎元洪担任大总统，而如果按照袁世凯的“约法”，就应该按照他钦定的三个人中选举出一个总统来，段祺瑞就在这三人之列。后来，在徐世昌的主持下，黎元洪顺理成章地当上了大总统，段祺瑞则担任国务总理。段祺瑞安慰自己说，黎元洪生性懦弱，在自己面前，黎元洪不过是个傀儡总统。不过，黎元洪毕竟不是清朝的幼帝，他担任总统之后，身边聚集了一批以他为核心的总统府势力，他们试图压制段祺瑞的******势力，拥护黎元洪为大总统。这样，在黎元洪和段祺瑞之间，就爆发了着名的“府院之争”。为了调节府院之争，冯国璋曾试图在其中斡旋。1917年2月，冯国璋离开任职的南京，北上调停府院矛盾。3月份，黎元洪和段祺瑞在外交政策上产生分歧，这时，黎元洪已经得到了美国方面的支持，便壮着胆子，在不合法律条文的情况下，解除了段祺瑞的******总理之职。这一举动激怒了段祺瑞，他愤然辞去北京职务前往天津，各方联络反对势力，想要颠覆黎元洪政府。这时，曾经被北京政府控制的张勋早已在南方重新发展势力，为了反对黎元洪，段祺瑞竟然打起了张勋的主意。他告诉张勋，“可以借‘调停’的名义带兵进京，至于溥仪复位之事，可以再作商议”。
张勋是一个顽固的保皇派，听段祺瑞这么说，自然口水流了一地。1917年6月14日这天，张勋带领他的五千辫子军进入北京，赶走黎元洪，把年仅十二岁的溥仪再次推上皇位，并改年号为“宣统元年”。张勋的复辟，给一直蓄势待发的冯国璋带来了机遇。7月1日，黎元洪被逼退位，他发电报给冯国璋称：“元洪不德，统御无方，负疚国民，饮痛何极。都中情形，日趋险恶，元洪既不能执行职权，民国声将中断。我公同受国民委托，应请依照约法第四十二条及大总统选举法第五条，暂在军府代行大总统职权。”
黎元洪是副总统提为大总统，他无法主持政局，自然会把权力交给他的副总统冯国璋。冯国璋等这一天等了很久，他马上开始行使总统职权，联络各地声讨张勋。
段祺瑞离开北京后，受黎元洪之托，冯国璋亲自前往天津，希望劝说段祺瑞回京。尽管他接受调解，与冯国璋一起回了北京，但他对黎元洪却仍持有强烈的偏见，顺便对冯国璋的意见也越来越多，不仅指责冯国璋一味袒护黎元洪，毫无原则，还对其治政策略进行批判。冯国璋意识到，段祺瑞是一个非常顽固的人，再这样忍气吞声也不是办法，对自己将来的从政生涯也可能带来负面影响。于是，他回到南方，联合江西督军李纯、湖北督军王占元一起反击段祺瑞。
不过，在张勋问题上，冯国璋和段祺瑞是高度一致的。段祺瑞也意识到自己对张勋的一句话产生的恶劣影响，7月4日，两人联名通电全国，声讨张勋的复辟行为。冯和段还组织了“讨逆军”，对张勋势力进行严厉的打击。7月12日，仅仅维持了十二天的张勋复辟活动宣告破产。
张勋复辟失败的第二天，国内的报纸就刊发了冯国璋代理大总统应该结束、应由原总统黎元洪重新就任大总统。对于这种言论，冯国璋自然十分不满。为了表示自己并非贪恋大总统职位，7月14日，冯国璋通电全国，表示自己是在黎总统被困外国使馆的情况下，逼不得已依法代理大总统，如今政变平息，自己愿意“奉还政权，辞去大总统”。在同一天，黎元洪恢复了段祺瑞的国务总理之职，并宣布辞去大总统之职，这样一来，********实际控制在段祺瑞的手里。
7月28日，在段祺瑞的“热情”邀请下，冯国璋离开南京，赴北京就职大总统。他知道，南方才是自己的势力所在，北上任职，无非是段祺瑞想控制自己的一个借口而已。不过，为了掌握北洋政府，他已经顾不得那么多。
正拟同舟共济，何期分道扬镳
冯国璋和段祺瑞在袁世凯小站练兵之前就就已经结识。清光绪十一年（1885年）正月，李鸿章奉旨在天津创办武备学堂，旨在仿效西方军事学院，培养军事人才。当时，李鸿章下令“文员愿习武事者，一并量予录取”，在这个政策下，出身文人的冯国璋得以被录取。段祺瑞出身行伍，按照正常选拔途径，也加入到天津武备学堂中。在这里，冯、段两人因为性格互补，又互相赏识，成了非常要好的朋友。在天津武备学堂的几年，冯、段表现优异，成了学员中的佼佼者，段还一度被朝廷公派到德国留学。
从武备学堂毕业之后，没过几年，两人又在天津见面了。这时正是袁世凯小站练兵时期，两人同时被聘，成了袁世凯的左膀右臂。1900年，袁世凯在山东胶州一带主持练兵，冯国璋和段祺瑞共同担任操练军队的督军。一次，袁世凯邀请德国驻山东的使臣参观自己的部队，一行人来到训练场地时，正值冯国璋、段祺瑞、王士珍三人在带兵操练，只见操场上队伍整齐划一，士兵个个精壮魁梧，军容威严，在冯国璋的口令下，他们“行若洪涛，立如直木”。当时，德国使臣对这三个将领非常欣赏，夸赞他们为“北洋三杰”。辅佐袁世凯期间，冯、段两人之间又多了一份战友的情谊。
冯国璋和段祺瑞的关系为众人所知。后来，黎元洪免去了段祺瑞的职务，段祺瑞一怒之下辞去国务总理职务，为了挽回段祺瑞，黎元洪曾一度求助冯国璋，央其赴天津追回段祺瑞。后来，正是在冯国璋的劝说下，段祺瑞才勉强回到北京。
段祺瑞称冯国璋为四哥，冯国璋在北京期间，常常到段祺瑞家中做客，两人谈笑风生，关系非常融洽。张勋复辟之后，段祺瑞意识到自己难辞其咎，亲自带兵前往讨伐，去的路上，他还向冯国璋发去了仅有“四哥救我”四个字的电报。
在张勋的逼迫下，黎元洪无奈辞职，段祺瑞本以为自己可以趁机当上大总统，但没想到黎元洪却将大总统的位子让给了冯国璋——这也是合情合理的，黎元洪和段祺瑞纷争已久，他自然不会把位置让给自己的宿敌来坐。至于冯国璋，因为一直以调解员的身份出现，与段祺瑞的矛盾原本不是很大。
冯国璋就职大总统后，曾经把昔日的战友王士珍和段祺瑞叫到一起，不无感慨地说：你我同在军营多年，情谊早就超过了普通的同僚关系。这次，冯某有幸担任大总统，以后，北洋政府官僚再也不要提“府院之争”，总统府与******应同心协力，共同为民国着想，各尽绵薄之力。冯国璋的一席话，勾起了王士珍和段祺瑞对昔日感情的回忆，他们两人也当即表示，自己今后必将肝脑涂地为国民政府效力。
正所谓“正拟同舟共济，无奈分道扬镳”，一个张勋复辟，让原本关系融洽的同窗、战友关系彻底决裂。
张勋军队攻入北京，国会被驱散，原国会议员纷纷南下，他们在南方联合成护法军，拥护孙中山为大元帅，准备挥军北上。与此同时，各地军阀纷纷宣布独立，国内局势混乱不已。在对南方的态度上，冯国璋与段祺瑞产生了分歧。冯国璋主张与南方议和，因此他不断与护法军、各军阀联络沟通，维护全国局面的稳定统一，段祺瑞则持坚与南方势力水火不容，极力主张武力统一。