日本围棋，毋庸置疑是从中国传来的，这个放哪里都没有争议。只不过，关于围棋传入的具体时间，倒是有不少说法。
一般认为，围棋是被着名的遣唐使、片假名的发明者吉备真备和尚从唐朝给带过去的。不过最近也有史料研究表明，早在隋朝，就有关于日本围棋方面的记载了。唯一可以肯定的是，当围棋进入日本之后，就迅速流行了起来，尤其是在上层贵族中，一下子便成为了人气第一的娱乐活动，并且出现了无数棋痴。天平十年（738年），正四位左大弁大伴古麻吕和同僚连东人下棋，结果发生了一方说另一方开挂作弊的事情。大伴古麻吕比起藤原佐为则要粗暴得多，他一点也不郁闷，直接操起了一把刀就朝对方脑门上劈去，连东人当场就倒在了血泊之中。
这是日本历史上有记载以来第一次因娱乐活动发生口角而杀人的案件。
到了平安时代，围棋开始受到了贵族女子的喜爱，在反应当时上流社会形态的文学作品《源氏物语》以及《枕草子》中，都有相关的描述。
围棋真正从宫廷流入民间，是战国时代的事情了。不过和平民相比，由于棋盘如战场，所以黑白对弈更受武士们的欢迎。根据不完全统计，战国时期会围棋的武士超过九成，三成以上的人都把围棋当做自己的最爱，其中包括了人称“战国三巨头”的织田信长、丰臣秀吉以及德川家康。这三人之中，技术最好的应该是织田信长。根据史料推算，他的围棋实力应该相当于现在的四段左右。
纵观整个战国时代，最能下围棋的应该是一个叫日海的和尚。他曾经分别担任过上述那三位的围棋指导老师，并且得到了他们非常高的评价。织田信长曾授予日海“名人”的称号，丰臣秀吉在统一日本后拨专款作为日海每年的特殊津贴，而德川家康在开江户幕府后，亲自召日海去江户，任初代名人棋所。所谓棋所，是指江户时代赐予围棋最强手的荣誉称号。其职责是总理围棋事务，指导将军弈棋，垄断围棋等级证书的颁发权等。德川家康每年还支付给日海禄米五百石。
在得到各种殊荣之后，日海将自己的棋坊取名为本因坊，还把自己的名字改成算砂，这也就是流传至今日本围棋名家本因坊的由来。当时因棋艺高超而享有禄米的还有另外三个嫡派，即安井家、井上家、林家，加上本因坊，合称“棋所四家”。尚武的幕府因酷爱围棋，所以一直在大力推广，宽永二十年（1644年），幕府建立了“御城棋”制度，出战者有“棋所四家”和其它的六段棋手。名门望族也可破格参加。参加“御城棋”被看作与武士们在将军面前比武同等高尚。不久，各家围绕“棋所”头衔展开了反复激烈的争夺战。这一时期是日本围棋史上的重要里程碑。话说这争夺棋所的最初争霸战，是本因坊第二代算悦和安井家第二代算知，从宽永二十一年（1645年）开始的九年间，双方陆陆续续对战共计六次，结果是三比三打平，因为无法分出胜负，所以这最初的对决并没能决定由谁来担任棋所。
然而，本因坊算悦死后，安井算知却依靠走后门通路子这类手段，于宽文八年（1668年）被任命为棋所。幕府的这个决定遭到了本因坊的强烈不满和抵制，第三代道悦挺身而出，公开表示要向算知挑战。
结果七年里双方酣战二十局，算知负十二局、胜四局、和四局，不得已拱手让出棋所的宝座，这次棋战其实也是江户时代最为激烈的一次。不过赛后，道悦就将本因坊传给了第四代道策，自己隐居了起来。
不过，尽管江户时代日本棋坛的竞争极为激烈，也算是高手辈出，但就国家的整体实力而言，日本的围棋依然在中国之下，当时的日本围棋着作《发扬论》、《棋经众妙》、《死活机妙》等书，大多取材于中国的《玄玄棋经》，其实这也难怪，因为16世纪到17世纪那时候，同样也是中国围棋的巅峰时代。
徒弟真正超过师傅，那是20世纪之初的事情了，因为鸦片战争之后中国国运日趋衰退，很多人连饭都吃不饱，更别提去下棋。而日本虽说也经历过一段围棋的萧条期，但因明治维新之后，以本因坊十八代为首的方圆社致力于棋坛复兴，再加上一些吃饱了饭整日闲着的王公贵族的努力推动，使得日本围棋蒸蒸日上，并在昭和元年（1925年）将全国的各种围棋社团整合一体，组成了日本棋院，迎来了日本围棋的黄金期。
可以说，从那以后的七十多年里，日本的围棋水平一直是世界第一。不过话得说回来，其实整个地球下围棋的国家也没几个，除了日本就是中国，朝鲜虽然也下，不过当时的朝鲜半岛乃是日本的殖民地，人民穷得别说吃饭了，就连大米白面一年到头都难看到几回，自然也就没人去管那些黑的白的了。就这样一直到了上世纪70年代末，中国实现了改革开放，人民生活富裕了，精神文明也丰富了，然后又出了个聂卫平，于是，日本的围棋就这么被中国给比下去了。
不要怪我说得太简单，事情就是这个样子的，当年聂卫平跑去日本下棋，来了六个九段的，结果七人下六场，聂卫平五胜一负，震惊了日本棋坛。再加之最近几十年来韩国的围棋贸然崛起，使得原本世界第一的日本变成了世界第三——下围棋的国家倒是没变，还是中、日、韩三国，北朝鲜似乎不怎么参赛。
然而，尽管在专业的比赛中不见得有那么强，但日本依然是围棋大国，前面说过了，全日本的围棋人口超过400万，中国的话虽然没经过仔细统计，但怎么着也很难超过1000万，而日本的总人口仅为中国的十分之一，从某种意义上来讲，普及率比金牌银牌更为重要些。