最让宗麟无法接受的是，在大友家内部，也出现了分裂。他儿子大友义统对于自己老爹的信上帝行为展开了强烈的抨击，并且公开表示，父亲大人为邪教所迷惑，背弃了神佛，已经不再是一个值得追随的人了。
面对种种危机，大友宗麟却没有感到悲伤和压抑。他认为，这是赎罪，是上帝让他赎还当年杀父杀兄弟的罪。
所以，宗麟选择了忍耐，在以儿子为首的发难者面前，他默默走进了祷告室，向着十字架静静地祷告。
虽说大友义统最终没能做出弑父的举动，大友家也勉强在维持着表面的稳定，可岛津家的攻势却并未就此止步。短短的七八年里，大友家原本辽阔的领土便被侵吞地所剩无几，而政权的根基也开始变得岌岌可危起来。
天正十四年（1586年），岛津军兵临城下，大友家灭亡寸前，此时的宗麟不得不做出了他入教后最艰难的选择——化妆成了一名云游僧，然后偷偷潜行往大阪去。
变装云游僧目标小，不容易被发现，是潜伏侦察的最好选择，问题是大友宗麟他是天主教徒，按照规矩是连佛像都不能见的，更别说装扮成异教徒了，可现如今性命交关，也顾不得那么多了。
路途不算太远，差不多在一个星期后，他就见到了当时日本最强大的统治者，丰臣秀吉，在奉上了各种礼物之后，他请求秀吉发兵，援救自己家。
此时的秀吉刚刚当上关白没几天，正在琢磨着怎么号令天下以示自己雄威，一看大友宗麟主动送上门来，高兴地不得了，当即便答应了宗麟的要求。
不过当时因为四国地区尚未平定，即刻发兵九州是不现实的。所以秀吉同时又表示，自己一旦搞定四国，就马上出兵救你。在此之前，哥们儿你就坚持一下吧。
不过他还是以关白的名义给岛津家送了一封信，说爷在此，命你们不得再打了。
岛津家当主岛津义久对此嗤之以鼻，表示无视。
所以当大友宗麟从大阪赶回丰后时，大友家已经被攻的只剩下孤城三四座，很多家臣也因瞅着岛津家势大而纷纷投靠了过去，此时的宗麟基本上就已经是孤家寡人一枚了。
天正十四年（1586年）十二月，岛津军攻入大友家本营府内，宗麟倾其所有建造的各种西洋建筑以及教堂顿时陷入了一片火海之中。
在一阵巷战过后，众人决定弃城而逃，目标是府内城附近的臼杵城。
臼杵城位于一个名为丹生的小岛上，除了有一条细小狭长的小岛连接着九州本岛之外，其余三面都属临海，相当易守，特别难攻。同时，在那座城里，还放着当年从葡萄牙买来的两门弗朗机炮，因为威力巨大，有轰一下便能惊一国的传说，所以也叫“国崩”。
大友宗麟决定以此为据点，撑到丰臣家援军的到来。
这事儿看起来似乎挺顺理成章的——败军之将带残部困守险要待援，但其实里面却有一个致命的缺陷——虽说易守难攻，但好歹也得守啊。
此时宗麟的身边，只剩下十多个家臣了。不过留到最后的自然都是死士，所以在军心方面没有任何问题，大家都表示，愿意战斗到生命终结的那一刻。
在临拼命之前，大友宗麟又做出了一个惊人之举——他命令自己的家臣到城下的街道，居民区等一切住着人的地方，呼吁动员那些老百姓们到自己的城里来避难。
这事儿三国演义里有，刘备干过，在日本还真不多见，尤其是你杀我我杀你的战国时代，大友宗麟算是开了个先河。
后世对于他的这个举动给予了相当高的评价，认为这是一个真正的天主教徒所表现出来的崇高的精神，是一种保护平民的义举。
其实也不尽然，之所以要这么做，除了本身确实具有的善心之外，更重要的是一种出于战术上的考虑。
岛津家攻城部队有个两三千，自己才二十不到，要是不搞搞坚壁清野，把人和粮食都藏起来，那这仗根本就没法打了。
由于在战场上，平民被杀或者被当奴隶使唤的事情经常发生，所以臼杵的老百姓们还是很乐意去城里避避难的，没过几天臼杵城里就聚集了好几千人。
之后，大友家有五六个人站了出来，对宗麟主动请缨，说是愿意去之前提过的那条狭长的小路上布防，打对手一个措手不及。
宗麟点头同意，家臣们对着自己的主公拜了一拜便出发了。
他们再也没有回来。
第二天，岛津家便开始了攻城，总共有两千上下的人马打算将孤城一举拿下。虽说城里的两门国崩在此关键时刻发挥了巨大的作用，但毕竟人数太少，臼杵城被拿下，怎么看都是个时间问题。
大友宗麟一边放炮迎敌，一边来到城里的避难民众之间，亲自为他们分发着饭团。做完这一切之后，他便就地坐下，默默地朝着挂在墙上的上帝画像祈祷起来。
不知何时，宗麟的周围围上了一圈儿的老百姓，他们有的虽说并非天主教徒，有的甚至连上帝为何物都全然不晓，却也有样学样地开始念念有词，希望挂在墙上画里的那个老头儿能见义勇为一次，帮他们一把。
在大友宗麟他们死守加祈祷了三日之后，城下的岛津军突然离奇般撤退了。众人顿时兴高采烈，以为是上帝显灵。
其实，这是大友义统从别处讨来了援军，前来搭救自己的父亲所致。虽说这家伙从内心里反对宗麟信天主教，但现在是紧急关头，这种恩怨也就顾不上了。
此后的三个月里，一些不甘就此臣服岛津家的丰后豪族也纷纷高举反旗，开始以游击战的形式打击岛津军。在天正十五年（1587年）三月，众人期盼已久的丰臣家大军，也终于赶到了丰后。
经过数次大战，岛津家认识到了自己的弱小，丰家的强大，不得已将都已经纳入囊中的领地吐了出来，臣服于丰臣政权。
由于大友宗麟在丰后死扛岛津家，以一己之力挡住了他们统一九州岛的步伐，从某种意义上来讲，也算是为丰臣家征服九州而立下了功劳，再加之他是九州岛上第一个投靠丰家的诸侯，所以秀吉决定将日向国北部，也就是务志贺地区，重新赏赐给宗麟，让他再造一个乐土。
但是宗麟却拒绝了。
“王者不求统治领土，只为拯救苍生的灵魂。”
历经战乱，看透人世间悲欢离合的他对秀吉如此说道。
可以这么说，在这一刻，大友宗麟已经从一个原本打算利用天主教，通过上帝为自己谋福利的形式教徒，变成了一名真正的天主教信仰者。
同一年，因患办疹伤寒医治无效，宗麟在津久见病故，年五十八岁。
他死后曾举行过一个很标准的天主教葬礼，并且还有一个教徒式的坟墓，但因此后不久秀吉搞起了驱逐天主教的运动，使得儿子大友义统为了自保不得不把自己老爹从坟墓给挖出来，再埋一遍——用日本传统式的佛教葬礼将其葬在了府内的大知寺内。
不过不管怎么说，大友宗麟都是日本中世纪天主教徒中的典型代表。
其实，从在对宗教的态度上，大致可以看出大和民族在针对外来事物时候的两面性——既存在着一种本能的排外，但内心深处却又非常好奇，同时还有相当的功利性。
日本人其实是个很排外的民族，和中国人的那种有容乃大的包容心不同，对于从外面来的东西，日本人则有一种出于内心本能的抵触感。但他们的这种抵触如同小孩的麻疹一般，发过一期之后便能坦然接受，并且堂而皇之地搞一把拿来主义，在融入了本土元素之后再将其纳入自己囊下。之所以能有这一手，则全都要归功于那种天生的好奇心了。
促使这种好奇心或者说接纳心萌发的，应该是源于日本人的另一种民族性——实用主义至上性，通称功利性。
这方面，中国和日本倒是相当相似。清末的时候一帮泼皮无赖为了跟着洋大人混吃混喝，纷纷选择加入洋教，并且以洋人为挡箭牌鱼肉乡里欺压同胞，最终因这帮家伙闹腾得太过分，而引发了义和团运动。
不要以为这只是市井无赖用来混日子的权宜之计，事实上在所谓的大人物里，也是有这种人的。
说起中国古代最有名的天主教徒，那十个里面估计能有七八个会同时认定一人，那就是明朝的徐光启。
徐光启当初想入教的最基本出发点，似乎是为了翻译几何原本顺便学西洋先进科技，以达成他“文章学问应益于德，利于行，济于事”的梦想。
日本也是如此。早在当年佛教传入的时候，就有苏我家把这个宗教当做拉拢人心用来抗衡物部家的政治道具。而天主教之前也说过，绝大多数诸侯之所以肯皈依上帝，纯粹是想通过耶和华这条线，跟洋人们做生意发大财，顺便搞点西洋的厉害兵器罢了。
不过无论是大友宗麟还是徐光启，或者是其他的天主教大名，他们都有一个共同处，那就是即便当时各怀心思。可在入门之后，还是被天主教的上帝给折服，成为了不折不扣的虔诚信徒。当然，逼得中国掀起了义和团运动的那帮渣渣们不算。
当然，这只能说是天主教本身具有相当的宗教魅力，真的能够感化人心，并不能就此认定这帮家伙本身是纯洁善良的。比如大友宗麟，他虽说有着天主教徒虔诚的一面，但也有着很多不为人知的阴暗面。尤其是在女色方面，他就曾经专门派人去京都物色貌美女子。这倒也就罢了，他甚至还经常勾搭家臣的妻女，像重臣一万田亲实他老婆，就曾被宗麟给抢过去当自己的侧室。不仅如此，大友宗麟还做出过和自己老婆离婚这样有悖天主教教义的事情。
顺便一说，和宗麟离婚的那位夫人叫奈多，她是大友义统的生母。此人倒真的是一位相当正宗的天主教徒，行为举止非常规矩，该做的做，不该做的不做。在她重病期间，有一次恰逢星期天，也就是安息日，奈多夫人还特令自己身边的女仆去休息，不必工作。
这就是宗教，有人去信，有人去用，但那究竟是什么，没人说得清。