阿里巴巴模式来自马云5年的互联网商业实践，也来自他与团队的激烈的思想碰撞。1998年底离开北京时，马云心里已经有了一个模式。他觉得互联网是个很灵的工具，可以为企业节省贸易成本。而全球的每年贸易成本是4 700亿美元，这是多大的蛋糕！马云心中的网站模式逐渐变的清晰起来了，经营模式也在实践中慢慢地探索。阿里巴巴也为大企业做过网、开过网上商铺、做过饭店预定等，互联网在不断的变化，“不变就是变”，抓住了这样一条真理，马云也在不断的改变着盈利模式，就这样，到了2001年7月阿里巴巴的“遵义会议”，模式才完全清晰。但这个清晰了的模式并不是马云想象的模式，马云心中的阿里巴巴要到2009年才能成型。
【创业大讲堂——阿里巴巴B2B商业模式从何而来】
马云后来说：“我在外经贸部的工作经验使我了解了许多中小企业的需求，也教会我如何让互联网能用于世界和中国的中小企业，这的确对我帮助很大。”
马云团队在北京的14个月，并非完全失败。国富通网站当年创建、当年盈利是中国互联网早期绝无仅有的奇迹。抛开业绩不说，马云他们二次北上的收获依然重要。他们毕竟做的是外经贸部网站，毕竟是站在了当时中国外贸的制高点上，和世界对话，和互联网巨头们对话。
马云在这里亲身感受了国家宏观经济的脉搏，感受了世界网络产业的脉搏。建在互联网上的中国商品交易市场一开通，各地中小企业反应热烈的场景不得不给马云留下深刻印象。
谁也不能否认阿里巴巴是马云和他的团队的一个伟大创新，阿里巴巴的B2B商业模式堪称是世界互联网上的第四种模式。但这个模式的影子从1995年马云在西雅图放到网上的海博社的网页上就可以找到，那不也是个贴上去的企业信息吗？这个模式的影子从后来的中国黄页的页面上也能找到，只不过黄页上的企业信息是收费的，而且主要是大企业的信息；这个模式的影子更能从北京的“中国商品交易市场”的页面上找到，虽然也同样是收费产品，但那上面已经主要是中小企业的信息了。
阿里巴巴的模式不是凭空创造的。它是有源头、有历史的。
1998年底离开北京时，马云曾对大家说，回去做什么还不知道。其实那时他心里已经有了一个模式。
阿里巴巴的模式来自马云的灵感和直觉，来自他5年的互联网商业实践，也来自他与团队激烈的思想碰撞。
马云从一开始就觉得互联网是个很灵的工具，它可以节省贸易成本。而全球的每年贸易成本是4 700亿美元，这是多大的蛋糕！之所以会想到面对中小企业，那是因为浙江就是中小企业的海洋。
马云心中的网站模式是逐渐清晰的，经营模式更是在实践中逐步探索出来的。后来的阿里巴巴也为大企业做过网，也开过网上商铺，甚至做过饭店预定，直到2001年7月阿里巴巴的“遵义会议”，模式才完全清晰。但这个清晰了的模式并不是马云想象的模式，马云心中的阿里巴巴也许要到10年后的2009年才能成型。
也许互联网命里注定就是一个模式不断变化永远变化的产业。
1999年2月，新加坡政府组织了一个“亚洲电子商务大会”，会议组织者邀请马云作为中国唯一的与会者。
当时的与会者80%是美国人，演讲者80%也是美国人。所有的演讲者讲的都是eBay（易趣）、AOL、亚马逊和雅虎，轮到马云演讲，马云发出的是唯一的不同声音：“美国是美国，亚洲是亚洲，我们不能照搬eBay、AOL、亚马逊和雅虎的模式，亚洲80%是中小企业，亚洲一定要有自己的模式。”其后，马云和杨致远有过一次谈话。马云虽然拒绝出任雅虎中国的总经理，但他和杨致远一直保持着朋友关系。
马云问杨致远：“雅虎到底想做什么？”杨致远说：“雅虎想做一切。”马云说：“从理论上讲，你什么都做，往往什么都做不好。互联网的走势越来越纵向化，往横向发展比较难。”但杨致远不这样看。
回来马云反复思索：他要做横向，我就做纵向。互联网上有各种各样的东西，我就做商业，做贸易，做商人的网站，互联网上的电子商务是真正的趋势。
当时的中国互联网一片喧嚣和躁动，人们争相拷贝雅虎、亚马逊（Amazon）、eBay……拷贝网上门户、网上书市、网上拍卖；甚至网上生存、电子商务也被炒得火热。但此时的马云却有一份独有的清醒，在他看来，电子商务对于中国是3年以后的事，因为银行没准备好，配送没准备好。马云感到，美国的3种模式都不适合中国，他要推出的是一种新式的B2B模式——这就是后来被国内外媒体、硅谷和国外风险投资家誉为与雅虎、亚马逊、eBay比肩的互联网第四种模式。
当时，国内的网站大多数都是门户网站，也有人做B2C，如8848网站。马云认为互联网上商业机构之间的业务量比商业机构与消费者间的业务量大得多；在EDI的实践告诉他，商业机构中最需要电子商务支持的是大量的中小企业。
其实B2B并不是马云的首创，马云创造的是一种独特的亚洲式中国式的B2B网站。这种阿里巴巴模式的B2B的独特之处在哪里呢？首先阿里巴巴是冲着中小企业去的。用马云的话说就是：不抓鲸鱼只抓虾米。欧美B2B都是对着大企业的，马云反其道而行之，声称阿里巴巴是中小企业的解放者。
马云说：“我为什么不能给他们一个网络出口呢？”他对中小企业进行过调查，发现这些中小企业商人头脑精明，生命力强，非常务实。他们才不管你什么战略不战略，能让他赚更多钱的东西他就会用，他们不会在乎为此花费一些小钱。“电子商务对中小型企业来说门槛并不高。阿里巴巴目前推出的服务全部免费。大企业，买得起别墅，大企业你去用美国的套路，你可以住在别墅区，买不起别墅的肯定就要住公寓了，两居室，我们这些人给他们做两居室，我们要宣传，而且是不要钱的两居室，像康居工程一样。”
其次阿里巴巴不做电子商务全过程（即交易前、交易中、交易后），只做交易前，只做信息流。也就是说，阿里巴巴放弃眼下还不成熟的网上交易、结算和网下配送，只做网上信息交流；让客户网上交流信息网下交易；阿里巴巴实际上是一个开放的网络平台，一个虚拟电子市场和全球商人社区。马云说：“一谈电子商务，就是要实现在网上的交易，这实际是一个错误的观念。电子商务未必一定要实现交易，我们可以在交易前这个阶段做得比西方更好。提供信息，提供交流，提供通讯。”
“如果把因特网比作影响人类未来生活30年的3 000米长跑的话，美国今天只跑了100米，亚洲跑了不过30米，中国只跑了5米，你可能觉得雅虎、亚马逊他们现在跑第一，他们的模式是最好的模式，但是，没准在200米、300米后他们会掉下来。当年网景（Netscape）真牛，但是，一轮后，他连人都找不到。网景当年想打败微软，导致他的失败。人类第一代挖石油的人，都没有发财，到了第二代，才真正富有起来。当时的石油不过是铺铺马路，点点煤油灯，所以，未来的因特网、电子商务根本不是我们今天谈论的东西，就像100年前人们发明电的时候，打死他也不会想到今天会有空调。你无法去想象三五年后电子商务会怎样，除非是算命。中国目前只适合做电子商务第一阶段的工作，那我们就把第一阶段的工作做好。”
马云创造的阿里巴巴模式，看起来神秘莫测扑朔迷离，点透了也很简单，就是一个专供企业使用的免费电子公告板。因此马云说：“我觉得中国有很多的机会，但是每个人千万不要去拷贝国外的模式，也不要以国外有没有这样新颖的模式来判断我们中国的好坏，别人没有的，你有了未必是坏事；把美国的模式搬到中国去，不一定能行。中国人喜欢贴BBS，中国长城上每一块砖上都写着某某到此一游，中国人就好这个。人家说阿里巴巴是一个公告板，雅虎是搜索引擎，亚马逊是书店，那又怎么样？最好最成功的往往是最简单的。要把简单的东西做好也不容易。阿里巴巴要像阿甘一样简单。”
也就是说，阿里巴巴开始时的模式是中国国情和网络市场发展阶段的产物。今日的阿里巴巴早已不可同日而语。它不但引进了信用（诚信通），而且引进了支付（支付宝），未来的阿里巴巴会变成什么样，更难预测。
永远不告诉任何人我们是如何赚钱的。过早地暴露商业模式，会变成别人的Copy对象。关于盈利模式我们没有义务和别人探讨，我们又不是上市公司。我们得学会保护自己，网络的盈利模式在初期很容易Copy，但等到3年、5年之后就太难了，几乎没有可能。
中国过去的互联网成功企业，大多是照搬国际成功公司的模式。中国的公司，可以用“中国的雅虎”、“中国的亚马逊”、“中国的“Google”等名称来形容。但是阿里巴巴的创业模式和赢利模式，并非模仿国外的成功模式，而是立足于完全自主创新的“无模式”。
2001年，当外界质疑阿里巴巴的商业模式和盈利模式时，马云巧妙地回答这完全是商业机密。
第一届“西湖论剑”，金庸代表所有网民把一个严肃的问题用一种轻松的方式放到了与会的互联网巨头的面前。金庸说：“你们很忙，也不收钱。从国外调集资本，上市筹钱，规模做得很大，也很成功。但是钱花光了怎么办，维持不下去了怎么办？还有一个比方不是很恰当，武侠小说中有一些邪派武功可以把人家的功力吸过来，网络公司要扩大也需要引入国外资金，把资金拿过来就不还给他了，所以这个比喻不是很恰当。但是吸收一些外资也是需要的，将来还需要还给他的。张无忌伤好了，遇到张三丰帮他治一治伤，这就是有借有还的。”
这也正是互联网在2000年遇到的最大问题。互联网自己搞得风风火火，可是他们以什么来赚钱，以什么来回报投资者呢。这也正是网民和投资者心中自然浮现的问题。
马云当时是这样回答的：赚钱有一二三四，看得清的模式不一定是最好的模式，看不出你怎么赚钱的模式说不定才好。全世界的投资者，到现在为止看不清楚微软怎么赚钱，但它是赚钱最多的企业，用传统的思路去考虑网络经济也许并不一定很对。另外，在现在中国这样的情况下，发展网络正是时候，在低潮的时候，在大家都不看好的时候，正是练内功的时候。
“西湖论剑”刚刚结束，马云立即回到公司。随后，他召开了阿里巴巴的高层会议，在这个后来被阿里巴巴内部称为“遵义会议”的会议上，马云宣布了一个震惊当时所有人的政策：阿里巴巴进入危机状态！当时，马云用了“一级紧急状态”这样的词汇。一向笑容可掬的马云在那一瞬间变得极其严肃，他对他的高层团队说，“我们要采取行动了。”