马云与孙正义曾经探讨过一个问题：一流的点子加上三流的执行水平，与三流的点子加上一流的执行水平，哪一个更重要？结果两人得出一致答案：三流的点子加一流的执行水平。显然，优秀的领导者更注重执行能力。马云就曾将阿里巴巴称之为“一支执行队伍而非想法队伍”，他将执行力提高到核心竞争力的高度。马云在不同场合反复强调，有时去执行一个错误的决定比优柔寡断没有决定好，因为在执行过程你可以发现和改正错误。
【创业大讲堂——马云团队的执行力是怎样炼成的】
1999年2月的一天，从北京回到杭州的18人创业军团，在马云家里召开第一次全体会议。从此，18个马云一样的疯子扛着小米步枪上路了。然而，你别以为大家已经完全接受了马云的模式。
网站启动前，当马云把这个模式和盘托出时，程序员不同意，一些编辑人员也反对，多数人脑袋里的电子商务模式就是B2C和C2C，因为当时世界上成功的电子商务模式只有这两种。
多数人还认为，马云脑袋里装的B2B模式是不可能实现的。怎么可能搞一个BBS，还要把BBS来分类，还要给它搞一个人工的检查，这等同于把自由自在的东西严格化起来，这是违背网络自由免费原则的。马云没能说服他们，只好在电话里下命令：“你们立刻、现在、马上去做！”事后马云说：“我很少固执己见，100件事里难得有一件。但是有些事，我拍了自己的脑袋，凡是觉得自己有道理的，我一定要坚持到底。”马云下令后，团队开始执行了。以后在阿里巴巴，这样的场面上演过好多次。
马云与孙正义曾经探讨过一个问题，一流的点子加上三流的执行水平，与三流的点子加上一流的执行水平，哪一个更重要？结果两人得出一致答案：三流的点子加一流的执行水平。
显然，优秀的领导者更注重执行能力。马云就曾将阿里巴巴称之为“一支执行队伍而非想法队伍”。他在不同场合反复强调，有时去执行一个错误的决定比优柔寡断没有决定好，因为在执行过程你可以发现和改正错误；一个决定有90%的人认为正确的时候，你就应将它扔到垃圾箱里去；如果一个决定让一半的人争吵不休，那么这件事就颇有一试的味道了。
他的理由是，工业时代的发展是人工的，而网络经济时代一切都是信息化的，难以预测。因此阿里巴巴不是计划出来的，而是“现在、立刻、马上”干出来的。
马云带领他的阿里巴巴团队，向着自己认为正确的方向疯狂奔跑，他们以卓越的执行力带动了每一个会员，除了供求信息、商业理论，会员们还将自己的喜怒哀乐在论坛上与阿里巴巴分享，有以商会友、情感世界、商海沉浮、旅游天地。在网上的虚拟世界里，马云同他的员工、会员沉浸在自由开放的心灵交流之中，天天激动非凡！
更重要的是，阿里巴巴的盈利模式渐渐清晰。从投资商到马云到阿里巴巴的员工，他们越发对这一盈利模式信心百倍——构建一个超大的平台，是为了容纳巨大的资讯量；巨大资讯量是为了吸引买家和卖家的眼球；频繁的海外推广吸引来了大量的买家，而“中国供应商”就是阿里巴巴装钱的囊。
由于阿里巴巴每天的资讯量是联合国贸发组织的4倍，是全球最大竞争对手的5—8倍，对于真正想从事网上交易的企业而言，这样的选择对象，舍我其谁！
有人善意地画了一幅漫画：干瘦的马云一副阿拉伯装束，孩子般裂开嘴天真憨厚地笑着，一只手使劲儿撑开大大的钱囊，另一只手则在大把大把地往里装钱——其实此画不假，2001年12月27日，“中国供应商”会员达到100万人，成为全球第一个达到此数目的B2B网站，并在当月实现盈利。这意味着，阿里巴巴真正开始赚钱了！对马云、对阿里巴巴、对中国互联网企业、对全球电子商务而言，这都堪称是一个伟大的时刻！它正式向全世界宣告，马云创建的电子商务B2B模式是正确的、可行的。为这一天，马云奋斗了整整6年！
此后马云的日子真正好过起来，他又开始向全球出击，到各个国家去展示他那堪比希特勒的绝世口才。他再次对台下虔诚的白种人口出狂言：“现在，商人们打开电脑，看到的界面是WINDOWS，将来，他们看到的会是阿里巴巴！他们需要的一切服务，阿里巴巴都将提供。阿里巴巴将是贸易的同义词！”
2000年，阿里巴巴在美国硅谷、在伦敦、在香港快速发展，马云突然觉得管理起来力不从心。现在他手下的员工都是些世界级的精英，他们都有自己的理论和方法。阿里巴巴美国硅谷研发中心的同事说技术是最重要的，马云觉得有道理；一家全球500强企业的副总裁坐镇香港总部，他们认为向资本市场发展是最重要的，马云也觉得道理。全球精英们各执一词，莫衷一是。此时马云反而没了主意，该听谁的？不知道！未来向哪里发展？不知道！他彻夜不眠，忧心不已——阿里巴巴成立一年就成了跨国公司，员工来自13个国家，究竟该如何管理？
“50个聪明人坐在一起，是世界上最痛苦的事情。”马云后来总结说。
2000年9月10日，马云宣布阿里巴巴处于高度危机状态。
更严峻的是，马云犯了一个策略性的错误。他将阿里巴巴的英文网站放到硅谷，孰料建站后才发现犯了大错误：硅谷全是技术人才，网上交易需要的贸易人才要从纽约、旧金山空降来硅谷上班，成本奇高。“怎么可能从全世界请人到硅谷工作？那是傻瓜才做的事！”时值纳斯达克风声鹤唳、草木皆兵，大片大片的.com公司倒闭，阿里巴巴的硅谷中心也处于风雨飘摇之中。如不果断采取措施，整个阿里巴巴将就地阵亡。2000年底，马云决心壮士断腕，宣布全球大裁员。顷刻间阿里巴巴血肉模糊。
今天，马云把这次战略收缩叫做B to C，Back to China（回到中国）！
回到中国后，马云的当务之急是对企业素质进行全面提升。2001年1月，在GE（美国通用公司）工作了16年的关明生加入阿里巴巴，就任COO（首席运营官）。在关明生的协助下，这一年马云带领阿里巴巴做了三件大事，“延安整风运动”、“抗日军政大学”、“南泥湾开荒”。
“延安整风运动”的目的，是统一思想，是树立价值观和使命感。此时纳斯达克正在轰然坍塌，员工对未来十分悲观，思想极为混乱，“红旗究竟还能打多久”？马云告诉员工，阿里巴巴的目标是什么？三大点：做80年持续发展的企业、成为世界十大网站、只要是商人都要用阿里巴巴！要想在阿里巴巴做事，每天的工作就得围绕这三大目标进行。“如果认为我们是疯子请你离开，如果你专等上市请你离开，如果你带着不利于公司的个人目的请你离开，如果你心浮气躁，请你离开。”员工的心一下静了下来。
马云进一步确立公司的使命感——“让天下没有难做的生意”。一次开会，有人提出：“各位，我们的使命是让天下没有难做的生意！”马云一听双眼放光，对啊！马上就改。只要客户越用越舒服，客户就会越来越多。也是2001年，马云同克林顿夫妇的一次交谈再次让他豁然开朗。美国和美国总统都是世界一流的，没有可以模仿的对象，那么是什么在引导美国前进的方向？克林顿说，是“使命感”，马云顿时如醍醐灌顶。他联想到中国的互联网公司都在模仿雅虎、AOL、亚马逊，阿里巴巴能去模仿谁？“我们只有跟着使命感走！”