当日会议上，中日双方以附加条件的形式就山东问题第一款初步达成共识：“中国政府承认山东问题第一款，如德国允许将一切权利让与日本，中国政府即行允许。”附加条件是：“日本国政府声明，中国政府承认前项利益时，日本应将胶澳交还中国，并承认日后日、德两政府上项协商之时，中国政府有权加入会议。”
袁世凯批准《设立翊卫处办法》翊卫处虽然在组织上和拱卫军相对称，但却没有什么实际职责。它是袁世凯沿袭清代旧例、为笼络蒙古王公而设立的。最初打算命名为“翊卫军”，后担心满蒙老军人会借此招兵买马，滋生事故，最后定名为“处”。翊卫处设置办法是：由蒙藏院从在京蒙古王公中选定若干名给以“翊卫”名义，遇有典礼时派充“侍班”。官衔和员额主要有都翊卫使一人、翊卫使四人，副翊卫使六人、翊卫官八人。如遇有出缺，由蒙藏院开单呈请大总统简派。王公本有俸给，所以每月只给发马夫费各200元、100元、80元、50元。
2月3日日本暗示不坚持“二十一条”第五号。日本外务大臣加藤高明约见中国驻日公使陆宗舆，称“二十一条”中第一至第四号“系最低之要求”，陆宗舆致电外交部称：“顷加藤外务特约密谈，详释所提条件。首言此次提出满洲条件，系日俄战争结果，日本当然有此权利。次及东蒙、山东、汉冶萍及沿海各地不再租借等项，以外则为希望商订之件。”暗示日本并不坚持危害最烈的第五号。谈话中，加藤高明还以赞助袁世凯镇压革命党人为诱饵，引诱袁积极对待日本的“二十一条”要求。加藤说：“袁大总统如有意联交，即或遇革命纷乱之事，日政府自应中政府希望，尽力援助，并非干涉。”陆宗舆向外交部建议说：对待日本的要求，迁延亦不能过久，应该与日本具体谈判，使其不致绝望，以免另生枝节。
同日，日置益派使馆书记官高尾亨往访外交次长曹汝霖，指责中国政府对“二十一条”交涉故意迁延，催促中方从速进行。
2月4日中华革命党总务部长陈其美写信责难黄兴。从东京回到上海、积极策动讨袁军事活动的陈其美，本日致函黄兴，首先痛悔自己以前误信“孙文理想、黄兴实行”这一说法的错误，继而又列举了党人有负于孙中山的五点错误，函末却说，他希望黄兴能“克日命驾言旋，共肩艰巨”。在欧事研究会同仁的劝阻下，黄兴没有作书答辩。孙中山颇为不满，3月份致函黄兴责问道：“英士（陈其美字）明达，复以函问，而公又置不与复。是公不复以同志为念耶？”
由于种种原因，陈其美对黄兴动辄微词，在一定程度上影响了孙、黄关系。
2月5日中日“二十一条”交涉举行第二次会议。谈判中，中国代表陆征祥发表了对全案的意见。对于第一号：第一条，由于日德两国还处在交战状态，中国作为中立国，不便与日本预先约定，应该等战后中国加入日德和谈时一同处理；第二条，有损中国主权，不能单独对日本作出声明；第三条，由于中国与别国之间只有借款修路的成例，因此不能将筑路权预先许给一国，而且中国已与德国签订了烟潍铁路借款协议，不能与日本再订；第四条，中国已自行宣布开放的山东商埠目前尚未开放，应等以后再议。对于第二号：第一条，旅顺大连在清朝时就已经租出，应等协议期满后再行协商。南满安奉两条铁路，性质年限都各不相同，应当分别商议；第二、第三两条，有碍于已有条约，只能在不违背旧的中外条约的范围内另行协商，但东部内蒙古不能与南满洲相提并论；第四条，与“机会均等”原则相抵触，应当在不违背门户开放原则的基础上加以修正；第五、第六两条，有碍中国主权的正当行使，因此不能允诺获得日本政府同意；第七条，吉长铁路是半借款方式修筑的，不能委任日本政府管理，也不能以九十九年为期限。对于第三、第四、第五号，在本月2日第一次会谈时中方就已表明了自己的立场，即：第三号，汉冶萍公司纯属商人财产，政府无权干涉，因此不能作为国际间谈判的内容，第四、第五号，有碍中国主权内政及与各国已订立的条约，绝不能商议。日置益要求中国对日本方案全面提出修正案，陆征祥答应在四日内提交对第一第二两号的修正案。
中华医学会在上海成立，颜福庆当选会长。11月创办《中华医学杂志》。
2月6日袁世凯密令各省约束军队。袁世凯通电各省将军称，日来关于外交方面谣传甚多，所有各省军队务须严防煽惑，如有发生意外之举，即以该将军等是问。
各省军政长官联衔请求政府明示“二十一条”内容。北京政府又接到各省将军、巡按使等联衔密电，请求政府宣布日本要求的详细内容，免得纷纷猜疑，酿致风潮。次日，统率办事处复电各省将军称：此次中日交涉虽然比较困难，但并不像外界所传的那么严重，政府正在审慎筹划，决不会轻易放弃国家主权。
教育总长汤化龙向袁世凯提出辞呈，袁明令不准。5月23日，再次恳辞，袁仍不准。
2月8日署四川巡按使陈廷杰呈报办理都江堰工程情况。都江堰工程自上次前清四川总督丁宝桢大修以来，已有36年。由于年久失修，沉淀为患，河底日见增长，堤埂屡见坍塌，一到雨季，就水溢成灾。陈廷杰请求设立四川省都江堰水利工程局，专门负责管理都江堰工程事务，并请选派人员，加以疏浚维修。是日，袁世凯批令内务部水利局从速议定办法。
2月9日北京政府外交部提出对日本“二十一条”的第一次修正案。外交部提出的第一次修正案，仅对日本原方案中第一、第二号中的大部分条款提出修正，而对第三、四、五号则不予讨论。因日本公使以不开议要挟中国对所有条款进行讨论，中国政府“不得已”，又告日使，允许将旅顺、大连、南满铁路展期99年，并“允将第三号作为主义之声明，即将来如汉冶萍公司愿与日本商人有合意之办法而不背中国法律者，中国政府可不加反对。第四号本于本国尊重领土之意，在主权范围以内，允由中国自行宣言，不能为国际的声明。第五号仍难商议，坚请撤回”。日本公使仍然坚持非将第五号同议不可，态度强硬，并说：“如中国政府坚持不允，恐生不测危险之结果”。而北京政府却“兢兢业业，既不敢意存挑拨，以速危机；又不敢轻言让步，自丧国权。惟请日使速行开议。”
后经多次接洽，到12日日置益才将一、二、三号修正案收下，转达日本政府。
2月11日中国留日学生集会反对“二十一条”。本日是日本纪元节放假日，中国留日学生借神田美士代町青年会为会址召开全体大会，反对日本政府对华提出“二十一条”，冒雨赴会者约千余人。大会决定成立留日学生总会，推选东京早稻田大学政治本科留学生李大钊为文牍干事，并议决五条措施：（一）电告政府，拒绝日本要求，并请政府宣布“二十一条”详细内容；（二）发布宣言，敬告全国父老；（三）向友邦发表国人对“二十一条”的立场；（四）派遣代表回沪，组织机关，联络同志，共商对策；（五）筹备全体留学生回国事宜，一旦有事时不至于临时张惶。13日，驻日公使陆宗舆向北京外交部转达全体留日学生呈袁世凯电。电文说：“邻邦乘间要挟，志在役服我国，苟曲予承诺，即主权利权两失，民命何依！大总统受民付托，岂忍以国为牺牲，乞严正拒绝。倘或稍失利权，即伤国体，生等痛切剥肤，义难缄默，愿与国人一致保国，为外交后盾。又要求条件传闻异辞，秘密原防浮议，而适以张之，应否立予宣布？”14日，留日学生开会选举回京沪的学生代表。20日，留日学生回国代表由长崎启程，分赴京沪等地。3月1日，留日学生回沪代表以全体留日学生名义发表《泣告全国同胞书》。揭露日本政府灭亡中国野心，表示拒绝日本“二十一条”要求，“宁为亡国前之雄鬼，不为亡国后之遗民。”
欧事研究会成员发表“先国家后政治”通电。中日交涉以来，袁世凯一方面加紧对革命党人进行挑拨离间，另一方面又造谣惑众，试图嫁祸于人，转移国人视线。欧事研究会外受袁世凯谣言挤迫，内困于与中华革命党政见不合。为表白心迹，林虎、熊克武、冷、张孝准、耿毅、章梓、程子楷、陈强、龚振鹏、程潜、李根源等11人在东京联名发出辟谣通电。电文称：“吾人第一主见，乃先国家而后政治，先政治而后党派，国若不成，政于何有？政苟有成，何分于党？故吾人反对政府，非有恶于其人，而有不足于其政，虽欲大革其政，而决不敢有危于国，矢心如此，自信可告国人。”
25日，黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈炯明、钮永建等发表“暂停革命”“一致对外”通电，称：“国人既惩兴等癸丑之非，自后非有社会真切之要求，决不轻言国事。”欧事研究会号召人们反对日本侵略、维护国权的爱国主义精神，是值得肯定的。但由于他们只强调外御侵略，而忽视内反****、甚至提出暂停革命的口号，在客观上造成了助纣为虐的严重后果。