袁世凯提出内外藏划界方案。是日，袁世凯提出内藏界限，自东经86°、北纬36°起循昆仑山脉东行至白康普陀岭；南行循阿美乌倾岭向东南斜行至打箭炉，近北纬34°西折至巴塘之宁静山；沿金沙江南下，向西南斜行门工，复沿怒江下游，上至当拉岭；西行至东经86°、北纬36°即昆仑山麓止。外藏界限，应自门工起，沿怒江下游，上至当拉岭，北行至东经86°、北纬36°即昆仑山麓止，此线以西为外藏自治范围之地。但英国公使朱尔典认为这个方案与“西姆拉草约”所划内外藏界相差甚远，不予承认。
日本政府就传闻英国与中国政府商建由北京经热河至赤峰铁路事发表声明，重申“南满东蒙”日本有特殊利益，希望各国予以尊重。
6月14日。北京政府设察哈尔特别行政区域。该区管辖锡林郭勒盟和察哈尔左右翼八旗，达里冈崖、商都各牧场，以及张北、独石、多伦（以上三县原属直隶省）、丰镇、凉城、兴和、陶林（以上四县原属绥远）七县。
6月15日。教育部通饬各学校管理员、教员及学生等矫正教育时弊，切实贯彻施行袁世凯发布的“维持学校令”。
6月16日。农商部派员审查巴拿马博览会陈赛物品。各省赴巴拿马博览会的陈赛物品，此时已陆续齐集，内务部特派专员，分三路前往各省审查，北路赴直隶、山东、奉天、吉林；中路赴河南、湖北、湖南、江西、安徽；南路赴江苏、浙江、福建、广东。其出品无多及边远省份，则并人附近省份，或令该省就近派员审查。
京政府禁运印度烟土入浙。北京政府认为浙江烟禁，已有成绩，各处烟苗，也经英领调查，一律肃清。于是由外部商准驻京英使，于本日起禁止印土运入浙境。浙省各地方，均于本日举行庆祝。并且河南也于本日起，福建则于五月一日起，湖北则于六月一日起，均一律禁运。
交通部接收浙江铁路公司。交通部派钟文耀（沪宁路局长兼沪枫路局长）为甬枫路（即浙路）局长，总司接收事宜；方元仁、曹复赓为接收专员；巢功赞等为清算专员。此几位于日前莅杭，与浙路公司交接一切。本日，实行接收，浙江铁路公司正式归交通部管辖。
6月17日。北京政府调查东三省国际河流。北京政府认为东三省松花江、黑龙江、鸭绿江、图们江、乌苏里江等江面航权，若不没法挽救，将来必致因航权而延及江河流域，牵涉数千里之地，尽失其自主之权。特由外交、海军、交通二部，电令东三省巡按使，将各江流域现在情形，调查报部，以便拟定征收航税办法，及各国军舰游弋专条，以固主权。
教育部通知各省巡按使设置道、县视学。每道至少二人，每县至少一人。
6月20日。参政院设立。是日，参政院在原参议院会场开幕，出席参政仅44人，冷冷落落。由黎元洪、汪大燮分别担任正、副院长，张国淦为秘书长（后以林长民代任）。该院参政是由大总统袁世凯亲自“简任”的71人组成的，其中多为清朝的旧官僚，如李经羲、锡良、瞿鸿机等，又有部分立宪派人士，如梁启超、严修等。参政院为咨询机关，应大总统之咨询，审议重要政务。后由袁世凯下令规定立法院未成立之前，以参政院代行其职权，因而该院又成为袁世凯的御用代行立法机关。该院1915年曾以“国民总代表”的名义向袁世凯进呈“推戴书”，促成袁帝制自为，遭到社会舆论唾弃。1916年，袁世凯死后该院被撤销。
以直隶省教育会会长张佐汗为首，联合北京、山东、奉天、山西、黑龙江、陕西、湖北、安徽、江西、湖南、广东等省教育会，共同呈文袁世凯，要求各省教育行政独立。
6月21日。湖南国民党秘密机关连遭破坏。近日，湖南都督汤芗铭破获“长沙革命党机关”，一次逮捕40余人。21日、22日被汤芗铭下令枪杀者29人。此案前后遇害者计200余人。
6月22日。农商部批准中日实业有限公司注册开业。按公司章程规定，该公司为中日合资，双方各融资250万元。在北京设总营业所，管辖中国境内各分营业所，并于上海先设分所。公司股份为记名式，每股100元，股票定为1股、10股、和百股三种。公司董事由拥有百股以上中、日股东中各选半数，查账员由拥有50股中、日股东中各选半数。董事任期三年，查账员任期一年。该公司成立后，即对安徽繁昌桃冲铁矿贷款，嗣后又有电话借款，山东实业借款，汉口造纸厂借款等。
6月23日。中华革命党推举孙中山为总理。同盟会成立时，孙中山以三民主义号召革命，国民久受清廷压迫，响应的人很多，但多持狭义排满的偏见。1912年，合党而成的国民党，有很多乘机加入的官僚政客，革命精神中落。1913年，讨袁失败后，袁世凯肆无忌惮；而党员在国内，贤者死事，不肖者变节，亡命海外者也多灰心。孙中山忧恨交加，但又认为为除民国大患，实现革命理想，组织革命党和进行革命运动，还是不能迟缓的。因此，决心重组革命党，重新造成革命的势力。此次组党，孙中山本着纠正以前种种错误，改变不服从领袖的心理；应把以前散漫的组织，重新严密起来，团结起来；把党内一切不革命的、不纯粹的分子排除出去的原则进行。当时，孙中山住在赤坂区灵南坂头山满住宅，朝夕相处的人有宫崎寅藏、犬养毅、寺尾亨、头山满等。陈其美、田桐、胡汉民、范光启等对此次组党给予了积极的协助。是月6日，孙中山在《民国》杂志社召集陈其美、田桐、胡汉民等人讨论中华革命党干部人选，初步商定总理及各部部长名单。21日，又在《民国》杂志社召开筹备成立中华革命党的党员大会，陈其美就党章问题作了逐条说明，并介绍各部长人选情况。是日，中华革命党在东京召开总理选举大会，出席会议的八省代表，一致推选孙中山为总理。依党章第15条除公举总理一人外，还要公举协理一人，当时在日同志中有担任协理资格者，首推黄兴，党人也多属意于黄，只是黄兴不愿居任何名义，因此本日选举总理，协理一席则虚席以待。其后，黄兴决意赴美。孙中山推荐凡曾为都督者，皆可当选为协理，而在日本的同志中具有此资格的人有胡汉民、陈其美、李烈钧、柏文蔚四人，但李、柏不久要去南洋，胡、陈则始终谦让，所以协理一席终缺。
6月24日。张家口驻兵哗变。是日，驻张家口军队士兵聚众赌博，巡警问讯前往干涉。士兵遂结队捣毁警署，纵火焚烧。随后有炮兵两连及其他士兵参与，100多家店铺被抢劫烧毁。都统何宗莲派兵弹压，25日至27日先后击毙变兵百余人。7月1日，又将其他参与兵变者，全部驱入火车中，诡称缴械遣送回籍，当车载赴山谷地区时，何宗莲预先布置伏兵，将变兵营、连长及约两连之众变兵，全部击毙。
6月28日。李国柱在湖南各地举兵讨袁。1913年8月，李国柱在东京加入中华革命党。次年初受孙中山之命，回湘起兵讨袁。抵湘后，李召集党人，重组力量，在宜章、临武、彬县、零陵等处暗设机关，并以联络策反各县驻防军、团防军、警备队为策略。是日，李国柱等组成讨袁军，旗书“中华民国民主孙”，布告远近，宣布武装讨袁，占领县城。随后，起义军兵分两路，一路由邬云陛率领，挥戈北进，连克永兴、耒阳两县；另一路由陈广章率领，迅速占领宜章。7月1日，革命党雷瀛等人率警备队响应于桂阳，并南下袭击衡阳。7月26日，陈经校、陈应品等率团防警备队在临武县起兵讨袁，攻克嘉禾，攻打蓝山。自彬县起事，不足一月，讨袁军占7县。袁世凯急令湖南都督汤芗铭、广东都督龙济光、广西都督陆荣廷、江西李纯会剿。讨袁军始则败退于永兴、耒阳之间，继溃于临武、蓝山、嘉禾、郴州之处。义军举事两月，陈经校等死难者逾2000人。
教育部呈准筹办历史博物馆。
6月30日。袁世凯裁撤都督改设将军。为了改变都督掌握一省军政大权的局面，是日，袁世凯下令裁撤各省都督，改设将军。7月18日，袁世凯又公布将军府编制令和将军行署编制令，并于北京特设将军府，安置闲散将军。另外，有督理一省军务的将军，都在该省设行署及参谋机构，并受陆军部和参谋部监察。凡在一省作过都督而被解职来京者，都任命为将军，冠以“威”字，以区别于各省有督理军务之权的“武”字将军，如蔡锷为昭威将军。将军府设上将军和将军，上将军承大总统之命，会议军务，校阅陆海军；或派驻各省，组织将军行署，督理军务。将军府事务由大总统特任上将军一人管理，称为“管理将军府事务”。任上将军职的有“宣武上将军”冯国璋、“镇安上将军”张锡銮、“定武上将军”张勋、“建威上将军”段礼节瑞、“彰武上将军”段芝贵、“振武上将军”龙济光、“昭武上将军”姜桂题等。
本月。桂、粤、赣、湘发生特大洪水。6月10日，广西西江流域连降大雨，漓江、右江、左江水势暴涨，致西江水位高于平时数丈。梧州、浔江、柳州、平乐等道所属38县被淹，为害之重为1844年以来仅见。又本月24日至27日，广东连降大雨，西江水位暴涨，高要、高明、南海、顺德、新会、三水、鹤山、四会等县共邱围，先后溃决。另罗定、西宁、东安三县也同时告灾，灾民达200万，为害之重也是数十年之罕见。同时，江西自五月以来霪雨连旬，南赣诸河与鄱阳湖洪水泛滥，圩堤溃决，南昌、新建、建昌等县被淹。湖南进入6月以来，连日阴雨，湘、资、沅、澧各水暴涨，长沙、宝庆、新化、湘潭、衡山、益阳、道县、江华、祁阳、常宁、平江、攸县、武岗、蓝水、永顺、沅江、湘阴、澧凌等县都被水淹。6月底，北京政府财政部分别赈济粤、桂各五万元，湘、赣各三万元。
白朗由甘肃返回河南。月初，白朗决定率部返回河南故地。4日，白朗军6000余人破秦安、克清水，继而连破袁军宝鸡防线，8日进入陕西。袁世凯闻讯震怒，16日，电责陆建章、张敬尧率万余人在数十里内尚不能截剿残匪，令将失职人员从严参办，白朗军所过商县、豳县、武功等各余县知事被褫职。赵倜率部在山阳竹林关、紫荆关设防，24日白朗军宋老年部在富水关突围，与镇嵩军刘镇华部激战昼夜。次日，白朗率大队赶至，于是破围而走。29日由紫荆关西坪一带返回河南。
湖北武昌革命党反袁团体连遭破坏。国民党讨袁党改政团、军政学社、义侠团等所设秘密机关连遭破坏，40余人被捕，其中李和生、刘汉杰等8人于17日被枪杀。
日本在上海虹口设立的东亚同文书院，每年派学生以旅行队名义到中国各地调查。本年又派学生到天津、北京、山东、安徽、河南、四川、云南、贵州、广东、广西等地调查。每组人数三至九人不等。调查时间少则两月，多则四月。
华年人寿保险公司在汉口创办，经营人寿保险，资本100万元。