桑耶寺由堪布寂护大师和阿阁梨莲花生二人共同勘察地形，认为该地如乌龟仰卧，在中间腹部建乌孜大殿。该殿第一层按吐蕃的建筑式样，中层按唐朝式样，上层按印度式样。因此，桑耶寺被称为”三样坚固天成寺”。整个寺院仿照印度的欧丹达菩寺（即飞行寺）布局，而该寺是按照佛教的世界地理的模式建造的。按佛教经典《俱舍论》等佛经的描绘，一日月所照的区域为一世界，以须弥山为中心，山的四面有七游戏海，海上有四大洲，即南赡部洲、西牛贺洲、东胜身洲、北俱卢洲，每一大洲旁又有两小洲。桑耶寺中间的乌孜大殿，象征宇宙的中心须弥山，在乌孜大殿东西南北四面建四座大殿，分别象征四大洲，其中东边有钦饶嘉伯林（意译”极慧文殊洲”），代表东胜身洲，南边阿雅巴洛林代表南赡部洲，西边噶丹强巴林（意译”具喜慈氏洲”），代表西牛贺洲，北边绛曲散杰林（意译”生菩提心洲”）代表北俱卢洲。在四大殿的左右方各建两座小殿，分别代表八小洲。钦饶嘉伯林的右面建达觉包玛林，左面建南达成康林。阿雅巴洛林的右面建扎居甲盖林（意译”翻译印度洲”），左面建董都阿巴林（意译”降魔密咒洲”）。噶丹强巴林的右面建弥约散旦林（“不动禅定洲”），左面建隆丹贝杂林。绛曲散杰林的右面建白哈尔贡宗林（意译”白哈尔神宝库洲”），左面建仁钦那措林（“各种珍宝洲”）。在乌孜大殿的南侧建太阳殿，北侧建月亮殿。在乌孜大殿的四角，与殿相距数十米处，分别由四位大臣主持建造四座大塔，色彩各异。在乌孜大殿的东南角建有白色菩提塔，在大殿的西南角建红色法轮塔，在大殿的西北角建黑色涅槃塔，在大殿的东北角建蓝色吉祥多门塔，这四座大塔，形制各不相同，建筑特色鲜明。另建有参芒格日林、邓钭楚康林、图丹鲁康林三座殿，后来这三座佛殿毁于朗达玛灭佛时。在这些佛殿的周围，建起了一道椭圆形围墙，象征铁围山，墙上有一千零八尊小佛塔，墙的四面各开一门，其中以东大门为正门。四大门前，各立一石碑（现已不存）。在外围有王妃建造的佛殿，正妃曼坚建康松桑康林，建筑形制与乌孜大殿类似；次妃没庐氏·绛曲仲建格哇杰贝林（现已不存），波江妃·甲莫尊建布察色康林，该殿（现为镇小学）据说有十三种建筑特点，如《西藏王统世系明鉴》云：”外不见墙壁，坚如金刚；内没有柱子，如同帐篷般美丽；以黄铜为地基；玉梁上有奔驰的骏马；金梁上有玉龙；有向外和向内的屋顶；殿内的诸神像有总的伞盖和各自的伞盖；开关门时发出金沙声；浮雕佛传十二事业等。”⑦桑耶寺布局宏大，融吐蕃、唐朝、印度等地的建筑风格为一体，是吐蕃建筑史上的杰作。在漫长的岁月里，桑耶寺几经兴衰，多次维修。上个世纪八十年代，桑耶寺再次得到维修、复建。
桑耶寺的各个佛殿中供奉有各种佛、菩萨像，墙上绘有经变图、佛传等佛陀教题材的壁画，内容十分丰富，难以详述。举其要者，则乌孜大殿的第三层供奉毗卢遮那佛及八大近侍、二十四菩萨等，守护者为八愤怒；第二层的主供是三世佛、十菩萨，守门者愤怒岗和根（是汉语的音译，似指哼、哈二将）；第一层的主供是从海波山迎请的觉卧自生石像，及菩萨虚空藏、弥勒、观世音、地藏等。强巴林主供文殊菩萨，阿雅巴洛林主供观世音菩萨，据《巴协》，该殿是桑耶寺中最早建成的，当商议塑造的佛像要按印度的样式，还是唐朝的样式时，赞普赤松德赞提出为了让吐蕃民众信仰佛教，用吐蕃的样式。于是召集了许多人，从中选拔模特，以身形优美的库达察为模特，塑造了喀萨巴尼观音像，以玛萨贡为模特塑造了马头明王像，以觉若妃·拉乌曼为模特塑造了度母像，以觉若妃·尼琼为模特塑造了光明天女等。以吐蕃的俊男美女、力士作为模特，塑造佛像，这是饶有趣味的一件事，也说明了佛教在传播过程中的本士化倾向。噶丹强巴林主供弥勒菩萨等，绛曲散杰林主供玛恰班玛佛等。代表八小洲和日月的殿中，亦供奉有各种佛菩萨像。各殿交付给不同的守护神守卫，守护神之数目、名号同样繁多。
《贤者喜宴》等史书中说桑耶寺的建造共费时十二年时间，公元763年奠基，公元774年竣工。③《巴协》中说桑耶寺建成以后，莲花生大师、寂护大师共同主持了盛大的开光仪式，吐蕃的君臣、民众欢歌载舞，表演杂技体育等各种节目，热闹异常。寂护大师担任了桑耶寺的住持，桑耶寺成为吐蕃佛教文化的中心。
四、白哈尔神
桑耶寺的众多守护神中，白哈尔贡宗林的白哈尔神在藏传佛教中大名鼎鼎，尤其在格鲁派地方政权时期，更是显赫一时。白哈尔神的荣辱兴衰，历经的风风雨雨，就是西藏佛教发展史的一个缩影。但是有关白哈尔神的来历，却又扑朔迷离，众说纷纭。
白哈尔神的故乡在藏文史书里被称为巴达霍尔国，其具体的地理位置，一般认为它在吐蕃的东北部或北部。从吐蕃时代的民族称谓来看，常用”霍尔”来称呼北方民族，如回鹘等。赤松德赞时期，吐蕃曾与回鹘交战，巴达霍尔可能指的是回鹘地区。《如意宝树史》认为巴达霍尔国禅院在河西甘州（今甘肃张掖地区），该禅院中有从印度带来的璁玉释迦牟尼像、自生的犀牛面具和玉狮子等，及追随财宝骑木鸟而来的白哈尔神。并说该神原叫毗哈拉，后音变为白哈尔或白噶尔。如此，则白哈尔神来自印度，巴达霍尔是其第二故乡。
白哈尔神是怎样进入桑耶寺的呢？莲花生大师又怎么想起了这位名不见经传的白哈尔神呢？《莲花生遗教》说桑耶寺建成后，寂护和莲花生等人商议立何者做寺院的护法神之事，莲花生预言过一百余代时，霍尔国将占领全藏区，这个国家的神是阳神白哈尔，又称为”非人木鸟”，如果请他来守护桑耶寺则是最佳的选择。于是赤松德赞派出大军，打败巴达霍尔国，洗劫了巴达霍尔国的财富和禅院。该国的神灵跟随被吐蕃人劫走的财富来到了吐蕃，莲花生将其安置在白哈尔神殿，供献祭品，命其做桑耶寺的守护神。《宁玛派教法源流》中说寂护、莲花生、赤松德赞三人商议守护神时，莲花生命五髻龙王担任，龙王则请求说龙类要冬眠，其时不能护持寺院，建议让龙王的外甥”国王乎神”为护法神，并说”国王乎神”为了得到针尖大小的财富愿意走雄鹰需要飞翔十八天的路程。”国王乎神”即”白哈尔”的异称。莲花生采纳了龙王的建议，协助在外作战的王子牟如，打败霍尔、突厥等民族，”白哈尔神”变成大鹰逃跑时，被一位夜叉神射了下来，最后迎入吐蕃，任命为寺院的护法神。
从有关的记述看，白哈尔神最大的特点是爱财如命，是一位不惜一切追求财富的神灵。其次，他的原形似与鸟类有关，他被称为”非人木鸟”，又曾变化为鹰。除外，从上引的材料看，白哈尔神的本领也一般，没有什么特殊的表现。安置白哈尔的殿，正是财宝殿，莲花生选准他做守护神，看准的就是他对财富的贪爱。⑨五、”七试人”及佛经翻译
赤松德赞赞普大力扶持佛教，举行兴佛大盟誓，发布诏令要吐蕃人世代信仰佛教。
莲花生大师完成了他在吐蕃的使命后，返回了印度。但是在藏传佛教的信徒看来，他从未离开过吐蕃，人们相信他以特殊的方式回顾和注视着雪域高原，后弘期的多位宁玛派大师的传记中有受到莲花生大师加持、指点的记载。”对西藏人来说，根本上师莲花生大士象征一个宇宙的、永恒的原则，他是一切法界的上师。他对西藏的上师现身无数次，这些会面和示现都有确切的记录：发生的时间、地点和方式，以及莲花生大师所开示的教法和预言。他也留下了几千部伏藏教法和预言，由许多他所化身的大师陆续揭露。”⑩后世的学者称莲花生为雪域的顶饰，视他为永远镶嵌在雪山上的摩尼宝珠。
为了让佛教在吐蕃人中生根，赤松德赞命吐蕃的七名贵族子弟出家为僧，从而培养本民族的佛教人才。按佛教的戒律，授比丘戒时必须有十个受戒十年以上的僧人在场，于是从印度请来了”说一切有部”（小乘佛教的教派名）的十二位僧人，协助寂护授戒。史称第一批出家的吐蕃人为”七试人”（意思是试验吐蕃人能否做真正的僧人）或”七觉人”（最早觉悟的七个人），他们的名称，史书记载略有差异。据《佛教史·大宝藏论》，他们分别是：巴·赛囊、巴·赤协桑西达、巴阁·贝若杂那惹肯达、恩兰·嘉哇却央、昆·鲁易旺波松、玛·阿扎热仁钦却、藏·勒珠。这是藏族史上的第一批出家人，桑耶寺建立起了自己的僧伽组织，成为一座名副其实的佛教寺院。
寂护大师实现了在雪域弘法的夙愿，在桑耶寺仿效印度开创讲辩之风。吐蕃也以桑耶寺为大本营，开始对佛教文化的全面吸收。寺内建立了译场，一方面派吐蕃青年留学印度，学习印度佛教文化。一方面从印度、唐朝、尼泊尔等地迎请学者译师，大规模翻译佛经。赤松德赞之后的赤德松赞赞普、赤热巴巾赞普，均大力支持翻译事业，并进行了文字的规范化工作，统一了翻译的名词术语。从赤松德赞到朗达玛灭佛的近百年时间里，吐蕃的翻译取得了巨大的成就，显宗的经典基本上都翻译过来了，并编纂了三大目录：《旁塘目录》、《丹噶目录》和《钦浦目录》。