佛教自松赞干布时传人吐蕃后，之后经历了芒松芒赞、赤都松芒布杰、赤德祖赞三位赞普时期，期间吐蕃忙于对外的扩张，战争连年不断，攻城略地，扩大疆域成为统治者最为热衷的事。前两位赞普英年早逝，佛教史家没有记述他们与佛教有关联的任何事件。而对赤德祖赞时期，则有少许的记述。《巴协》中说赤德祖赞听脱印度的两位大师佛密、佛寂在岗底斯修行，遂派使者邀请，但两位大师没有应允，给使者传授了《业分别》、《金光明经》等五部经典。为了供奉这五部经典，赤德祖赞建了五座神殿，在拉萨建喀扎殿，扎梅建真桑殿、噶若殿，钦浦建那若殿、玛萨贡殿。但是对这五座佛殿的记述过于简略，缺乏具体的细节，亦无从考证。《巴协》还说金城公主出嫁吐蕃后，将释迦牟尼佛像从大昭寺封闭的后殿中取出来供奉，并在吐蕃实行人死后七日祭的习俗。金城公主曾感叹佛法未在吐蕃得到弘扬，死者真可怜。松赞干布之后的近百年时间里，佛教在吐蕃发展迟缓，并无多大进展。
到了赤德祖赞之子赤松德赞（公元755—797年在位）时期，佛教在吐蕃有了突飞猛进式的发展，佛教文化迅速传播开来。赤松德赞兴建佛寺，礼请印度、唐朝的佛教大师讲经传法，支持吐蕃贵族子弟出家，培养本民族的佛学人才，大规模地翻译佛经，使佛教在高原的文化环境中开始扎根。至此，佛教在吐蕃传播的因缘完全成熟。其间虽然也有不少阻力，但在强大的赞普王权的支持下，佛教的发展势头强劲，佛教源源不断地流入雪域高原。赤松德赞成为吐蕃的第二大法王，佛教史家宣称他是文殊菩萨的化身。
一、莲花生大师
赤松德赞派人从印度请来了佛学大师寂护，他是当时大乘中观宗自续派的代表人物，在中观学理论方面的造诣极高。寂护大师向赤松德赞讲授了十二因缘等佛教基本理论，正当他向赞普循循善诱之际，吐蕃国内发生了自然灾害，苯教师们便附会说这是由于宣传佛教引起本地神灵的不满所致。于是在反佛势力的压力下，赤松德赞把寂护送出了吐蕃。寂护临走前推荐了印度著名的密宗大师莲花生，建议请他来降伏吐蕃的鬼神，让他们皈依佛教，为佛教的传播扫清道路。
莲花生大师是古印度邬仗那国人，被尊称为邬仗那仁宝且。邬仗那在今巴基斯坦国的斯瓦特（swat）河谷一带，现在这里早已没有了当年的气象。但在历史上和藏传佛教的文献中，邬仗那是密宗修炼者的风水宝地，能够产生奇迹的地方，成为大乘密法的兴盛地。《印藏汉蒙佛教史·如意宝树》等讲述佛教源流的著作中，将邬仗那与密乘的关系一直追溯到佛祖时代，说佛祖受邬仗那国王因陀罗菩提之请求，佛祖变化出吉祥密集坛城，向国王传授了灌顶，讲授了《密集经》。后来又由金刚手在邬仗那结集了《密集经》，并让空行母传之后世的有缘者。印度、西藏的多位密宗大师的传记中，大都与邬仗那有一定的关联。有的赴邬仗那修行，有的得到邬仗那空行母的指点，有的在修炼中或在梦中经历过到达邬仗那的神秘体验。邬仗那是密法弘传之地和空行母会聚之处，这在藏传佛教中是一致共认的。
公元六世纪游学印度的玄奘法师，曾到过邬仗那国，当地人擅长咒术，给他留下了深刻印象。《大唐西域记》中说邬仗那国人以”禁咒为艺业”①。邬仗那国的僧人”并学大乘，寂定（指禅定修习——引者）为业”②；又说该国僧人”戒行清洁，特闲禁咒（即密咒）”③。唐僧的记述也证实了藏传佛教有关邬仗那密法兴盛的说法。邬仗那拥有不少佛教遗迹和动人的故事，如《大唐西域记》载：
摩诃伐那伽蓝（即寺院——引者）西北，下山三四十
里，至摩小愉（唐言豆）伽蓝。有率堵波（即指佛塔——引
者）高百余尺，其侧大方石上有如来足蹈之迹。是佛昔蹈
此石，放俱胝（即百万之意——引者）光明，照摩诃伐那
伽蓝为诸人天说本生事。④
这与藏传佛教所传，佛在邬仗那显神通变化，说《密集经》的故事相类似。莲花生大师就出生在这样充满浓郁的佛教文化氛围的神秘地区。
《宁玛派教法源流》中说西印度的邬仗那国，有一国王名释迦（应是姓氏，据《大唐西域记》邬仗那王族来自于释迦族），他的王妃杂蓝达于龙年生下了莲花生。据说他降临人世时，与普通婴儿绝然不同，他的左右手结着密宗的手印，脸上呈现出愤怒相。王妃见状，十分惊恐，认为不吉利。请来相师看相，相师仔细观看后，解释说：”这右手的手印，象征要消灭贪、嗔、痴三毒；这左手的手印，象征在修炼上要获得殊胜成就；他脸上的怒容，意味着要降伏异教徒和妖魔鬼怪。”⑤于是给他起名叫”金刚伏魔”。《印藏汉蒙佛教史·如意宝树》中说莲花生父亲的名字用邬仗那语叫柔沙多，意思是”持花鬘”，用梵语叫”斯噶达热”，也是”持花鬘”之意。莲花生因出生时无名指上有莲花纹，被称为莲花具光，后来得密号为莲花生。《莲花生大师本生传》称他是生于莲花而非母腹，故称他是”化生者”。对莲花生大师的出生，虽然众说纷纭，但都认为他是邬仗那国的王子。他出身高贵，一降临人世就与众不同，他要肩负起伏魔利众的重担。
莲花生长大以后，离家外出，成为一名修道者。他先后学习了各种密法和佛教大乘学说，又多次赴印度等地的大坟地里修炼。坟地，古代汉文佛经中译为尸林、寒林，印度最著名的有八大寒林。莲花生大师在寒林中，以尸体旁放的供米为食，穿着包尸布，在艰苦的环境中专心地修炼，战胜了内心的恐惧和不安，进入深深的禅定中。根据《莲花生大师本生传》，印度著名的寒林都留下了他的足迹，他在死亡的包围中体悟着深奥的密法，坟地是修行者的乐园，死亡是最好的老师。住在坟地中，莲花生开发着自身的光明和宝藏，体验和享用着瑜伽修行带来的真正的欢乐。莲花生拥有数种不同的名号和身相，最著名的有八种名号。据说这也与他在坟地的修炼、坐禅有关，如在沙霍尔寒林被称为莲花生，在邬仗那莲花寒林被称为”上师狮子吼”，在里域的洛伽寒林被称为”忿怒金刚”，在大密幻术寒林被称为”骷髅珠幻者”，等等。
居住寒林修行，是许多密宗大师所经历过的。远离尘世喧闹的寒林受到他们的青睐，成了体验精神世界的理想场所。自从人类有了葬礼和墓地起，坟地在人的意识中象征着死亡和死者鬼魂生存的世界，属于令人敬畏、轻不涉足的禁区。古代印度人也是如此。”寒林，弃尸之所，俗谓不祥之地，人绝游往之迹。”⑥坟地的修行，自然在那样一个疑神疑鬼的时代就能考验人的意志和信仰，有益于克服自身的软弱，战胜深层心理中恐惧和不安感，看清生命的本原。对手密法的修炼者，坟地更有一层特殊意义：获取空行母的密法传授、供养；与本尊、佛、上师间沟通；专注一境，证悟佛理——缘起性空、生命无常，打破概念的束缚等。坟地修行的传统，在藏传佛教中得到了继承，有的还以此测试修行者的胆识。如止贡噶举派的密法修行者，正式进入禅洞修行前，须在天葬场独自观修一天一夜，当修行者不受幻景的迷惑，没有心理的障碍，才有资格去修习参悟更高的境界。
《宁玛派教法源流》对莲花生的师承关系也有简要的记载，他在梦中得无量寿佛的预言，赴法苗寺以佛智为亲教师，出家为僧，法名释迦狮子。从佛智受听般若教义，又从佛智的弟子佛密受听瑜伽密续灌顶和口诀。从智足大师受听《集经》、《幻网》、《月密明点》、《觉悟合修》、《业鬘》等密法。在极喜金刚、妙高智友、释僧哈三位大师处受听”大圆满义传”的口诀，获得深明无二的智慧。尤其是按金刚亥母的预言，从释僧哈大师受听大圆满心髓法达二十五年。 莲花生大师一生精修密宗，获得过各种成就。密宗的成就分普通（又称共通）成就和殊胜成就，普通成就依靠药力、咒力等获得的，佛教和其他宗教均能修成，因此名为共通。殊胜成就，认为仅属于内道佛教，为密宗修炼者所追求的最高理想，简言之即获得持金刚的佛位，佛地的神通更是千变万化，其境界、层次远高于普通成就。普通成就的种类也特多，如八种共通成就：
1．宝剑成就，挟宝剑可飞行。
2．神行术，可飞速行走。
3．眼药成就，眼上涂上特殊药物，可看见极远之物。
4．土行成就，可入地下。
5．金丹成就，可摄取物质的精华。
6．隐身成就，可隐身不见。
7．不死成就，获得寿命自在。
8．除病成就，治愈各种疾病。
中国的道教也有这八种成就，密、道有共通处。藏传佛教认为，莲花生大师拥有八种共通成就以及其他的多种成就，而且运用自如。宁玛派中视他与三世佛等同，法力无边。《莲花生大师本生传》中有不少莲花生大师以神通法力利益众生的故事。
二、降伏吐蕃的鬼神
莲花生大师的雪域之行受到了历代藏族学者的关注，在许多历史著作中大书特书，成为讲述吐蕃历史的主要内容。从这些饱含深情的描述中，我们可强烈地感受到这是藏族文化发生变化的重大时刻，一种系统而深奥的学说，一种全新的价值观念，将要被引入众山环绕的雪域高原。莲花生抖动手中的禅杖，向那些被雪域人尊敬和供奉的鬼神们发出了挑战，两种文化间发生了激烈的冲撞，如同雪山崩塌，惊天动地。这样一种冲撞以莲花生独战雪域鬼神的故事形式被人们所记忆，世代相传，莲花生大师也因此被人们所熟悉和敬仰。此处摄取莲花生大师降伏鬼神的一二故事，以便略知其况。
莲花生大师到贡塘地方时，”二十一位居士神”施展法术，天空中乌云翻滚，一道道火舌从云层中炸裂，并袭向莲花生。可是道道霹雳到了莲花生大师的头顶上空，却变为绚丽的花朵，飘飘而降，花香扑鼻，”二十一位居士”便无计可施，只得听命于莲花生。
到达芒域卡拉的绒果茹地方时，雪域最为暴烈的十二女神，按捺不住心中的怒火，来向莲花生挑战，飞沙走石，天地昏暗，同时放出十二道震天动地的霹雳。面对天崩地裂的景象，莲花生不惊不惧，将霹雳引向期克手印上，十二道霹雳在头顶旋转飞舞，最终变得无声无息，化为十二块焦炭。十一位女神被莲花生的法力所降伏，而为首的女神岗噶玛息色仓皇逃跑，隐入神湖之中。莲花生追至湖边，舀了一把湖水，将意念加于手掌中的水，刹那间手中的水冒出蒸气，而湖水同样也冒出蒸气，当手中的水沸腾时，湖水也沸腾翻滚。湖中的女神被烫得皮肉分离，无法忍受，从水中跳了出来。莲花生用金刚杵打瞎女神的一只眼睛，女神无路可逃，只得求饶。十二女神，藏语称为”丹玛”，译为”地母”，分别是：遐迩名扬地母、贡岩孚佑地母、普贤地母、魔后地母为四魔女神；独眼地母、贤德地母、刚烈尊胜地母、白衣龙后地母为四夜叉女神；孚佑藏土地母、济世地母、丽质冰心地母、翠聪绿炬地母为四女医神。自从被莲花生降伏后，她们成为佛教的护法，并作为一个群体，出现于佛教的祭祀文献中。
吐蕃的大神念青唐古拉山神也被莲花生降伏，只是具体的情节有不同的记述。《宁玛派教法源流》中说莲花生故意激怒山神，山神于是在山顶变化出乌云，闪电雷鸣，大降冰雹，北风呼啸，天地白茫茫的，令人难以承受。莲花生大师入定三昼夜，不为所动，使山神变化出的一切幻景，化为乌有，不得不低头服输。《莲花遗教》则说唐古拉山神企图捉弄莲花生，变化出一条大白蛇，脑袋伸到吐谷浑地方，尾巴放在康地，莲花生用木棍插蛇腰，揭穿了山神的把戏。山神逃回雪山，莲花生入定，积雪融化，山洪暴发，岩石轰塌，眼看山神的家园就要被毁掉，只好归顺莲花生大师。
其他如吐蕃王族的保护神雅拉香波等大大小小的吐蕃神灵，都被莲花生降伏，甚至认为莲花生运用他的神通，加持过上部阿里，中部卫藏，下部多康，及锡金、不丹等地，他的神迹遍布各地。
莲花生大战吐蕃鬼神的故事，反映了佛教与高原固有宗教之间的斗争，以及佛教对固有宗教的包容和改造。高原固有的神灵被宣布为佛教的护法神，而没有绝对的排斥和否定。这一方面因为佛教是多神教，承认鬼神的存在，吐蕃的鬼神被委为护法神，与佛教的教义理论并不矛盾。另一方面，在客观上为佛教的传播创造了有利条件，将吐蕃的鬼神包容到佛教里，对佛苯之间的矛盾斗争能起到调和作用。
莲花生降妖伏魔的影响或实际意义，在藏族社会不断得到延伸，将那些山神、湖神、土地神等作为佛教的护法神，进行崇拜和祭祀。而宁玛派的著名祭祀仪轨文献《烟祭赆食仪轨》，据称是莲花生所作，由著名的掘藏大师告吉丹赤坚从伏藏中掘出。该仪轨属于佛教密宗，充满佛教的精神，如皈依三宝、发菩提心、意念观修、念诵密咒、供奉食子等，通过对传统祭祀仪轨的改造，把本土的鬼神完全纳入到了佛教的体系。《烟祭赆食仪轨》从基本的观念而言，它包容了世间的一切鬼神；从具体的神灵而言，则涵盖了藏族地区较为著名的神灵。后世学者所著祭祀仪轨，如五世达赖喇嘛的《吉祥右旋》等无不仿照《烟祭赆食仪轨》，只是文字更加简洁明了。通常在祭祀文献中，均要提醒神灵不要忘记在莲花生大师前所立的誓言。
藏传佛教中普遍认为，莲花生大师降伏了藏区的神灵，也改造了神灵们的精神世界，去掉了它的横行暴虐、祸害人间的恶性。山神的心灵得到净化，使易暴易怒的山神们成为信守佛法、努力求道、护佑人间的善神，甚至成为随时听从上师召唤，为上师服务的仆从了。
莲花生大师是第一位将高原的鬼神纳入到佛教中，也是第一位向这些神灵传法的布道者。就佛教的观念而言，这些鬼神也处在三界六道的轮回中，不明生命的真相，是值得同情、慈悲的对象。自莲花生大师起，藏传佛教的许多大师均有向鬼神说教的故事，赫赫者如米拉日巴、热译师等。对土著神灵的改造，从前弘期一直延续到后弘期，最终使大多数鬼神止恶行善，改掉了用血肉祭祀的习惯。可以说净化神的精神，同时也就净化了人类本身。
三、吐蕃第一座大寺——桑耶寺
莲花生调和佛苯的一系列举措，使反佛风潮有所平息，赤松德赞再次请回寂护大师，商讨在吐蕃弘扬佛教之事。随之建造了桑耶寺，这是吐蕃历史上第一座真正的佛教寺院。
桑耶寺位于西藏山南地区扎囊县境雅鲁藏布江北岸，可乘船渡江前往，或从泽当乘车过雅鲁藏布江大桥，逆江而上，可以抵达桑耶寺。