1、角色错位，权责不清。政府教育主管部门集管理者与评估者于一身，既当运动员又当裁判员。一方面，“两难”局面往往使政府与高校处于角色冲突之中。另一方面，易产生“报喜不报忧”的弊端，在制定评估指标体系时，制定者首先要考虑到自己的位置和利益。如，高等学校的图书资料、网络信息要有基本的数量和规模，教育管理部门在评估方案制订时就要考虑：指标要求高，高等学校作为被评估者就会要求增加拨款；指标要求低，又会降低基本要求。又如，评估指标要求高的学校有博士、硕士学位的教师要占较大的比例，并要配置相应的工作、职称和生活条件，而政府因经费和职称名额等问题又难以很快满足博士们的住房及工作条件，在评估指标的制订中就不得不考虑这两方面的问题。
2、“标准”强化，“特色”淡化。从评估指标体系来看。都有一个共同的问题，就是强化了“标准”，而淡化了“特色”。由于评估体系的导向性和权威性，使高等学校为“达标”而放弃“特色”，出现因过于强调一致，而忽略各校的个性；因过于细致，面面俱到，而忽略卓越、特色；因过于规范校内每一部门行为准则的统一，而忽略各校的自主权和根据实际制订的不同措施；过于强调条理性，而失却激励竞争的机制等问题。各大学都有不同的学科发展优势或侧重点，不同类型的大学因学科要求不同，其课程内容、教学方法、教学硬件也会大不相同。高等学校评估“标准”的过于一致，毫无疑问会影响到大学的发展方向和特色。也会使素质教育的实施误入歧途。
3、偏于概括。失于具体。评估指标体系以一个概括性的体系来适应各学科门类评估的需要，表面上注意到了方方面面。实际的结果则是顾此失彼。综合大学均是由多学科组成，如有理科、文科、工科、商科、法律等学科，不同的学科门类在办学目标、设备要求、师资配置等条件上都有很大的差别。要客观准确地评估，应对理科、文科、商科等提出不同的指标要求，引导大学办出自己的特色。但颁行的评估指标体系，没有对不同的学科门类提出不同的要求，而是笼统地以一种概括性的评估指标体系来作要求，这样无法真正做到客观、准确。因为各个学校有其独特的学科优势，客观上基于经费因素等原因，大学也会根据本校的实际，有些学科重点扶持，有些学科稳步发展，有些学科为了保证民族文化的继承，必须要保住等等。
4、指标交叉，难以界定。评估指标体系中部分指标界定不清，部分指标内涵你中有我。我中有你，相互交叉，相互重叠，相互影响，以致评估过程难以操作和界定。
三、依据校情，注重特色——当前评估工作的取向
1、评估指标体系根据国情从宏观角度着手制订，力戒面面俱到的取向和做法。一是硬件角度。主要是硬件的基本条件，如校园场地、教学及生活的校舍、教学与科研的基本设备、图书资料及信息传递、师资配置和师生比例、教育经费的来源及筹措渠道。当然，这些指标中一些要有下限，但不应有上限，如校舍、设备等。一些应有下限，更应有上限，如师生比例，因为师生比过高会因教师无法顾及全体学生而降低教学质量和要求。这一层面的指标应当以一个区间范围来确定，使高等学校通过努力就可达到指标要求。
二是制度角度。制度的条理性和完善性最能反映一所高校的管理水平。管理水平表现为管理方式、各项规章制度、课程设置及培养方案等内容及执行情况。管理水平的高低可从高校的办事效率。对大学生学习过程的了解，教学管理工作的规范性，甚至教师、管理人员的工作态度中反映出来。相对于物质层面来说，这一部分的评估指标体系的制订有较大的难度，但尊重高校的传统、尊重高校规章的特色应成为评估的重点。
三是思想角度。一所学校都有其独特的内涵及文化传统。强调思想角度，是要求每一所高等学校都应有其特有的教学观、人才观、价值观和凝聚力，来表现其奋发、自主、竞争、培育人才为社会服务的思想。大学应当成为所在地区的人文景观，教师、学生都应有蓬勃向上的精神面貌。这部分的评估指标体系除了在校内获得外，还应从学校所在地域或社区、毕业生就业部门及人才评价部门中获得。
四是成果角度。研究与教学相长是得到绝大多数大学管理人员和教师认可的，所以，一所人才辈出的出色大学，必然也是研究成果累累。应当摒弃只承认科研成果，不承认教学成果，科研是硬指标，教学是软指标的旧观念。大学始终是一个教学单位，不承认和不鼓励教学研究，教师不积极参与教学，不练教学基本功，则是本末倒置。
2、评估指标确认和鼓励高等学校的独特性、特色性，摒弃“标准”性、相似性的取向和做法。我国高等学校的行政隶属关系有教育部、其他部委、省（市）政府等多种层次，有国家重点、地方重点及一般院校等多种规格层次。占大部分的单科性大学经过几十年的发展，都不同程度地形成了自己本身的特点和独有的风格。当前，社会的竞争已经反映到高等学校之间的竞争上来。因此，大学应根据地域、经济水平的不同，采取不同的方式、层次和途径，认清自己的实力和职责。以特色适应需要，以特色增强高校自身的生存和发展机能，以特色争得生存空间，以便在竞争中立于不败之地。评估指标体系应在这方面多下功夫，以激励各校根据自身实际来发展，鼓励高等学校在特色化上下功夫，增强竞争力。高校中的“人无我有”的目标应予以积极支持和引导。
3、评估指标体系应注重定量评析与定性分析相结合．防止过于强调量化的取向和做法。定量评析虽然可以更为准确地得到各项数据和更易下结论，但对于高等教育评估来说，定量评析只重结果不重过程的方式似有值得商榷之处。高校在办学过程中有许多看不见、摸不着的思想交锋过程，优劣的评判结论并不容易做出。采取定量评析与定性分析相结合的方式，就能更为客观、准确地作出评估结论。
4、评估方式力求向高等学校重视自我评估与自我发展、自我管理的方式转变，淡化强调外部评估的取向和做法。评估制度确立以后，评估指标体系应当有一种激励机制，就是鼓励高等学校要有自我完善的机能。评估指标体系应使高等学校一步一个阶梯，一步一个台阶达到目标。高等学校应提高自身认识，完善内部机制，真正达到“以评促进，以评促改”的目的。
四、全方位实践探索，推动素质教育评估工作健康发展
素质教育评估在我国仍是新生事物，对素质教育实施过程中的各种评估尚处于探索、起步阶段。素质教育既离不开建立科学的评估体系，也离不开对评估的正确对待和操作。评估使用得好。将会有力地促进高等教育的发展；使用得不好，对高等教育则是一种发展阻碍。我们应吸取以往高等教育制度大起大落、全盘肯定或全盘否定的教训，慎重地制订评估方案指标，反复地进行试验和修订，充分听取各种意见，逐步推广施行。
1、关于建立评估机构的有益探索。******学位办委托北京理工大学建立了评估所，把所有有关研究生教育方面的评估工作交由评估所来实行，避免了“长官意志”对评估的干扰。对教育主管部门来说，既不必增加专职的编制，也不必增加过多的经费预算。同时，由评估委员当裁判，大学教学或研究工作优劣、政府或大学的责任更易分清和明确，让“旁观者”来评判更有效。
2、关于教育教学评价体系的有益探索。清华大学通过课程、学风和实践教学基地等教学基本建设，形成了一系列有效的教学管理和评价体系，对保证和提高教育教学质量起了重要作用。
根据研究型大学的特点，重新审视教学的基本目的和功能，并建立相应的教学评价体系，涉及对教与学两方面的评价。一方面，教师教学的基本职能，在传统的“传道、授业、解惑”的提法上，加上“求索”，从“Learning to Learning”向“Learning to Thinking"’转变。另一方面，根据学生的实际特点。激励学生挖掘自主学习潜能，把学生的创新能力纳入评价体系；通过改革教学方法，对学生实行因材施教；坚持实施大学生研究训练计划，使学生及早接受科研训练，从而在实践中培养创新能力。
在“一类课程”评估方面进行了改革探索。评价“一类课程”的评估指标、评估因子与权重系数体现课程建设质量评估的量化标准。对课程建设具有明确的导向作用。在面向21世纪人才培养模式发生重大变化的背景下，根据加强学生综合素质培养的要求，强调了课程体系的综合化建设，把采用现代化教育教学技术、注重培养学生的创新意识和创新能力方面的效果作为重要指标。
3、关于大学生综合素质评价体系的探索。天津大学经过探索实践，在全校近万名本科生中推行由该校创立的“大学生综合素质评价体系”。该体系包括六大指标，成为大学生素质塑造过程的“指挥棒”。学生毕业时，学校将以此为依据，向用人单位提供大学生四年综合素质评价的“特殊档案袋”。
天津大学不断探索培养21世纪社会需要人才的模式，自90年代初，他们就在大学生中筹办“文化艺术节”、“人才标准讨论”等系列活动，建立大学生对素质教育的初步认识。1994年至1997年，该校又尝试性地连续推出“跨世纪素质与成才”、“科技实践与成才”等系列活动，在校园内营造素质教育的浓郁氛围。为了进一步巩固素质教育的成果，建立一套科学的、可操作的学生综合素质评价指标体系，天津大学了解大学生们对素质评价的基本理解和对现行育人制度的看法。结果半数以上的学生认为：现行教育制度不尽合理，使得大学生的素质整体水平不高，存在着畸型发展的倾向。大学生们普遍认为，在接受大学教育期间，还有比完善知识结构更深刻、更重要的问题——自我发展完善的内在动力，而这种动力是在综合素质不断得到提升后自然凝聚形成的。人们期盼学校能在提高大学生综合素质上有所作为。针对大学生渴望成才的主观需要，学校在广泛征求意见的基础上，经过充分酝酿，初步确立了学生综合素质评价的六项指标：思想道德素质、专业素质、科技素质、文化素质、身心素质、能力水平，六大指标分解出37个子项目和72项评价内容。
大学生综合素质指标体系初步建立之后，天津大学又召开座谈会和研讨会，对该指标体系进行讨论，经过14次较大幅度的修改完善后，首先在800多名不同年级的学生中试行，取得了成功。进而在全校本科学生中推行开来。经过完善后的大学生综合素质评价指标体系是以毕业就业为龙头，依据市场需要，对学生综合素质采取以量化为主、经历为辅的评判，构建大学生四年成才记录的“特殊档案袋”，以造就一批品学兼优，富有开拓意识和创新能力的优秀人才为目的。