另一方面，儒学官学化也导致了自身的经院化，导致了自身的恶性膨胀，而儒学在向训诂、辞章的发展中，更失去了简易直接却又鞭辟近里的工夫论，失去了作为教化理念的功用。不可否认，汉代经学的迷信权威、烦琐和拘泥师承，其惟古是尚的短处也是客观事实。在这一趋势下，儒学只能面向事实混乱、难以说清的过去，去争书本上的短长。在这种情况下，儒学会出现衰落是必然的《汉书·儒林传》在论及儒学的衰落时总结到：自武帝立五经博士，开弟子员，设科射策，劝以官禄，迄于元始百有余年，传业者寝盛，枝叶繁滋，一经说至百余万言，大师众至千余人，盖禄利之路然也。有关汉代儒学之衰，皮锡瑞先生在《经学历史》中论之甚详。可见，儒学之走向繁琐，由盛而衰也与政治和历史因素有关。另外，虽然以训诂为主的汉代儒学发挥了孔孟之学中智识主义的一面，却完全背离了先秦儒学言必道仁义和祖述尧舜的一面。这种情况的出现，既使得儒学的主题淹没在了无尽的考辨中，使得儒学更加远离现实生活，也导致了知识与德性相脱节、名实相脱节的现象普遍涌现较为典型的如《抱朴子》对此的批判：举秀才，不知书；察孝行，父别居；寒清素白浊如泥，高第良将却如鸡，见《抱朴子·外篇卷二·审举第十五》，《四库全书》本。其直接后果是时人开始重视对名实之辨，开始品评人物，这又直接催生了玄学的出现。借用李景林师的上述说法，就是儒学中本应该“实”者反而“虚”了——失去了“以身体道”的阶层或群体。这种情况又成为玄学兴起的一大因缘，而玄学的兴起，尤其是玄学发展的道家化、玄佛合流趋势大大打击了儒学，进一步加深了儒学的危机。
在儒学自身弊端日益显现的同时，来自外部的挑战则更是激烈。虽然我们还不能简单说玄学的兴起就是道家对儒学的挑战玄学类似一个大共名，其中具体的个人或偏儒或偏道，难以一概而论。但是，玄学家基本上都不满于名教之束缚，主战以自然来消解机械宣扬名教的弊端，主张调和名教与自然的关系。其发展的总趋势是老佛味道在逐渐加重。但是，玄学毕竟以“无”为体，以“无”为本，这个“无”毕竟离道家更近些。汤用彤先生更是准确地指出，大多数玄学家虽然在表面仍然推尊孔子为圣人，也有“老不及圣”的说法，但其所诠释的孔子反而道家化了，“遂使赖乡（庄学）夺洙泗（孔孟）之席”，《言意之辨》。在笼统的意义上，我们显然可以把玄学的兴起视为道家思想对儒学的一大挑战。
从总体上看，后来理学对玄学的批判多于继承。基于价值观的不同，宋儒对玄学的道家色彩和其“祖述虚无”的一面、混淆儒道的基本界限以及其贵无贱有、体用两分的思维方式都有极为严厉的批判。于他们来说，玄学家都应该归属到道家的旗下，属于异端之列。具体到朱子，他甚至没有在《朱子语类》中给玄学留有位置，这本身就很能说明问题。在他认为，无论是就其代表性来说，还是就其思想性而言，玄学只能算是道家思想之末流，卑之不足一论。但是从我们今人的角度来说，无论是作为反面教材（对宋儒来说，这一点似乎尤为重要，但今之学者往往基于强调发展的立场，更为重视玄学对理学的正面作用）也好，还是一种正面的激励因素也罢，玄学都大大刺激了儒学：玄学本是因汉代经院儒学之弊而起，这就大大加速了传统儒学的进一步衰落：玄学围绕人而展开，突出了人主体性的一面，这使得章句、训诂之学重学（外）轻人（内）的弊端暴露无遗；玄学主张删繁就简，主张即有而体无，这较之于汉儒的繁琐而不得要领无疑更能深入人心。再者，玄学的中心名教与自然之辨。不管某些玄学中人如何以极端的方式来揭露名教与自然之间的固有矛盾，但玄学的最终目的是要消解此矛盾，使之重新回到和谐统一上来。这一思路无疑体现着理想主义的光辉，具有鲜明的批判精神。这就抓住了汉代儒学身陷困境的症结，无异于从根本上取消了汉代儒学的合法性地位。
总之，玄学的兴起是儒学衰落的产物。不过，玄学在加剧儒学危机的同时，又转过来在逼使和推动着儒学的转变，并且也为其发展提供了强有力的支持。这又表现为，玄学重人、重内、重境界、重义理的诸精神，以及其对汉代繁琐经学的廓清之功，都在实际上为儒学的进一步发展指出了方向汉魏之际与两宋之际都有一个转向内在的过程，但二者之间又有深刻的不同：汉魏间士人的转向，在总体上表现为对政治和儒家礼法的远离，表现为对个人感性面的张扬，对审美的靠近；而两宋士人的转向内在之际，却更突出了人的道德属性，更突出了人以伦常为本的社会性，表现为对哲理的靠近。罗宗强的《玄学与魏晋士人心态》，南开大学出版社，2003 年版。罗先生指出，汉魏士人如阮籍者，实开苏轼之先导，故汉魏之际与两宋之际转向的区别的也可大致体现为朱子与苏轼之间的区别。而上述之不同，正是宋人扬弃前者的结果。我们只要看看王弼（字辅嗣，226—249）扫象王弼的扫象，并不是一概不论象，而是要扫除人们对象的拘泥和象对意的遮蔽的一面，大家对此论述已多，此不详论。和《颜子所好何学论》之间的共性就很容易明白这一点。
就思维方式而言，玄学首次明确地采用体用模式、辨名析理、言意之辨、执一统众等思维模式。这代表着人们思维能力及水平的一大飞跃，其对理学的影响更是深远。再者，玄学对无之本体的关注也对理学本体论的建立有辅助之功。最后，玄学对有无问题的讨论，真正开启了一个纵贯中国传统哲学发展的大问题，而此问题更是直接关涉理学的主题。所有这些无疑都为新儒学的诞生提供了土壤。由于这些大家都已经提到过，故在此不必详论。
就本文而言，玄学指示儒学发展的方向还表现为：玄学同样把探求理想人格的所应然、所当然作为重点关注的对象；也以境界论为核心，视玄远（在理学表现为大其心与天地同体，无执不滞的空灵心境）为自身的一项重要规定；它同样把最终目标指向了一个人类会为之奋斗不息的理想：自由之境。这对于理学的兴起，无疑具有重大的意义。但是，玄学与儒学之间又有着深刻的不同。这种不同，毋宁说正是理学扬弃玄学的结果。玄学以“见独”和“体无”为基本精神，所追求的是超言绝象的超道德之境。其对自由的理解也是“独化于玄冥”、“泯迹”，甚至是“不累”于物和猖狂傲世的，这也是它和道家思想隔碍潜通的地方。由此，虽然玄学家又有不弃名教的说法，但其追求的最高目标则曰“自然”、曰“逍遥”，也是通过对现实世界的否定实现的玄学中固然有不弃有而体无之说，但其主流思想则是贵无贱有。需要指出：很多人人认为郭象主张“名教即自然”是在为名教的合理性做宣传，这是很值得商榷的。郭象祖述庄子，其思想最核心的精神则曰“逍遥”。若曰许由之流只是隐身，为有迹，圣人则居庙堂而不碍其“逍遥”。盖其所劳者为身，所安者为心，为无迹。在他看来，这才是一种更高层次上的“逍遥”。可见郭并不是在一切意义上肯定名教即自然的，而其所尤贵者仍为“无”。其又曰性分之当然既是自然，安其性分未尝不“逍遥”。其重心仍在“逍遥”二字上。当然，若考其行，则郭象的理论只是说辞而已。相反，理学家们所追求的气象则明显的受到了儒学基本理念的约束，其所追求的自由也是在“理一分殊”或是“民胞物与”框架约束下的自由，是不弃物前提下的自由。无论如何，这终究是属于道德之境。尤其需要指出的是，朱子经由“曾点气象”所强调的自由，是一种肯定天理之自然、当然与必然之后的从容中道”，是以格物穷理为前提的“豁然贯通”，这种自由既是道德的，也是理性的，具有儒家鲜明的特性。
在一定意义上，我们在玄学的兴起中，也看到了儒学复兴的希望。
在论及传统儒学衰落、理学兴起的原因时，佛教的影响是一个非常重要的因素，陈寅恪先生甚至认为：
佛教经典言：“佛为一大事因缘出现于世。”中国自秦以后，迄于今日，其思想之演变历程，至繁至久。要之，只为一大事因缘，即新儒学之产生，及其传衍而已。
陈先生的这段话影响很大，也颇值得商榷。不过若说到佛教对理学的影响之大，恐怕没有人会有所怀疑。事实上，在隋唐之际，儒学的衰落与佛学的兴盛形成了鲜明的对比，以至于在讨论宋代儒学与佛老之关系时，大家多会引用到以下这段文字：
《扪虱新话》云：世传王荆公尝问张文定公（张方平，字安道，谥文定，生卒不详）曰：孔子去世百年，生孟子亚圣，后绝无人，何也？文定公曰：岂无，又（一作只字）有过孔子上者。公曰：谁？文定曰：江南马大师、汾阳无业禅师、雪峰、岩头、丹霞、云门是也。公暂闻，意不甚解，乃问曰：何谓也？文定曰：儒门淡薄，收拾不住，皆归释氏耳。荆公欣然叹服，后语张天觉，天觉抚几叹曰：达人之论也。胡应麟：《少室山房笔丛·正集》，卷三十二引，《四库全书》本。
把禅门诸宗师比为“过孔子者”，这只能是一种耸人听闻的说辞。但其指出儒释之兴衰对比，则大可玩味。总之，在宋代以前的很长一段时间里，由于长期政治动荡对儒学立身之所的冲击，以及受到来自佛老思想的冲击，儒学传统的价值理想已经无法收拾人心。当时士大夫几乎人人谈禅，“儒门淡薄”已是不争的事实。这一点前人论述已多，无需再做分疏。当然，如果我们不是局限在这一条材料上，而是以史的眼光来看待佛学对宋初之影响，则有一点需要注意，正像是周晋先生所言：
北宋之时，帝王奉法虽不如前代之盛，僧徒之数亦不如前代之多．其于政治之影响，亦不如前代之大．但佛教思想之传布天下、则于前代未尝多让。诸帝既倡之于上，而一时之名臣，士人所宗者，如杨亿（字大年,974—1020）、文彦博（字宽夫，1006—1097）、富弼（字彦国，1004—1083）、王安石（字介甫,1021—1086）、赵忭（字阅道，号知非子，1008—1084）、苏轼（字子瞻,号东坡居士,1037—1101）、宗泽（字汝霖, 1060—1128）诸人、皆信佛教；更惶论晁迥、张商英等著书立说以明之者。至于民间之拜佛烧香，佛礼治葬者，更是相沿成习。乃至若有人不用佛礼，则成为可注意之特例。
周文此前有较为详细的考证，因此其立论颇为有据。此条材料的价值则在于，它指出当时佛学之影响，不独占据着时人的思想层面，而且深入到了士大夫阶层的生活里，深入到了他们的信仰层面。这对于儒学来说，实在是个很不好的信号。我们知道，玄学发展的一个归宿就是玄佛合流。在魏晋之末，佛学以玄谈话题的形式进入了当时士大夫的思想世界，乃至于谈佛几近于时尚。但是，魏晋之人谈佛，多是抱着玩的态度，其所玩者为文词，为义理。他们大多只以欣赏的态度来谈之，却很少能达到信仰的层面。因此佛学对于那时士人的影响毕竟有限。而在宋代，佛学之进入士大夫阶层，是以一种生活化、信仰化的形式实现的。我们说，士大夫阶层正是儒学得以存身的最基础部分，即李老师上文中所提到的“以身体道者”，他们的动摇对于儒学所带来的冲击实在不容小视。只有在这个意义上，我们才能理解为什么宋代的理学家们会有那种严重的危机感。
那么，宋代佛学为什么会对士大夫有如此大的吸引力？若细考其中的原因，佛学在自身的转变或曰中国化过程中，迅速增大了对知识分子的亲近感和感染力，则是一个根本的原因。佛教在中国本土的发展中，一面不断地在抹去原始佛学中入世与出世的森严界限，或者是把此界限内心化，另一面则在渐渐培养出一种诗情画意的所谓入世的内容，甚至也在不断地弥和着它与儒学的界限佛教在中国流传充满了复杂性，这是因为包括儒释道在内的任何思想在发展中，都始终存在着要求回到经典，回到原初思想精神的内在呼声，因此佛教在中国化的进程中始终又能时时保持自己的核心思想，从而保持其与儒道之学的必要距离。其后果是在潜移默化中把大批的士大夫变成在家的佛教徒。其三，佛学在中国化的过程中，也在不断删繁就简，形成简易直接，直契本根的宗风。我们说，宋代强调个人的价值，一味求乐、失之太高、玄虚化等诸风气，未尝不是佛学尤其是禅学推波助澜的结果。而这对于儒学的基本价值观来说，更是起到了一种致命性的瓦解作用仅就宋代而论，佛门人士一般都不会公开反对儒学的仁义礼智思想，但都在宣扬这是末，而佛学的基本价值才是本，而他们对儒家经典如《中庸》的解释也是佛学化的，中观化的。对此，朱子有着清醒的认识：
大抵近世言道学者失于太高，读书讲义率常以径易超绝、不历阶梯为快，而于其间曲折精微、正好玩索处，例皆忽略厌弃，以为卑近琐屑，不足留情。以故虽或多闻博识之士。其于天下之义理亦不能无所未尽。理既未尽，而胸中不能无疑，乃不复反求诸近。顾惑于异端之说，益推而置诸冥漠不可测知之域，兀然终日，味无义之语，以俟其廓然而一悟。朱熹：《晦庵先生朱文公文集》，下文简称《文集》，卷三十，《与汪尚书·三》，《四部丛刊》本，下同。
朱子显然认为，佛学的最大危害，不在于它会引导人成为纯粹的佛教徒，而在于其对儒者的学风产生影响，使之产生懈怠，使之个体之维空前膨胀，会使之反而开始对儒学传统的平实言论产生怀疑等等。也只有在这个意义上，我们才会理解为什么宋儒不再热衷于和佛教的正面交锋，而是转而攻击那些混淆了儒学与佛学界限之在家溺佛者，是要为其提诤戒。这不啻是儒学内部发起的一场自我救赎运动，一场自我净化运动。