一、总则
本丛书的读者对象是要求学习和阅读中医古籍，领会和参悟医道原理，以提高中医理论水平和实践能力的广大中医工作者，也包括具备一定古汉语水平的中华文化热爱者和中医爱好者。
本丛书的目的是为广大读者提供一部系统、准确的中医古籍原文及现代汉语译注本，并进一步提供各种外国语译注本。以期正本清源，弘扬医道，泽被圜州，造福桑梓。
本丛书正文双栏排，分原文、译文与注、按。分段的原文与注排左栏，对应的译文与按语排右栏。古籍原序体例同。丛书总序、丛书凡例，各书前言、补充凡例、附录、后记等均通栏排。目录视情况而定。
为方便读者阅读学习，本丛书在正文双栏排的左栏部分使用汉字简化之前的规范字，其余部分均使用现行规范汉字。原文使用两个以上异体字，或后世已不用的异体字，译注统一为后世常用者。每部古籍的具体情况在补充凡例中予以说明。
“前言”是概述性的论文，力求反映原著的医道原理、思想方法、理论价值和历代研究成果，并包括著者生平、成书时间、写作背景、主要学术观点、实践运用、版本流传等。
“补充凡例”主要说明其所据底本、主校本、旁校本、参校本、训诂字书辞书、参考引用文献，编译工作特色、具体运用方法等，以及丛书凡例中没有包括的，与该古籍译、注、按有关的问题。
二、原文
原文以所选底本为基础，保留其作者、序跋及卷次等，并对正文进行分段标点。分段基本上尊重原著，但对其中过长的叙述，以不割裂文义为前提，也进行了适当的划分。
原著底本中的篇名通栏排，章节体例基本保持原貌。由于篇章名一般不译，其难解字词及题名含义则分别在注按中予以说明。
原著底本中的小字及小字注文保留，并用圆括号标出。但古籍原著以注本形式存世者，则删去注文。后人所加音释，重复出现的篇名、卷次、书商的刻印记载及附录等亦予删除。
原著底本残缺处，又不能经校勘补充，则用残缺号“□”标明。其数量以残缺字多少而定。数量不确定者用“”表示。
原著底本中明显的错别字、刻误等径改。异体字、古今字、通假字等基本保留，更改、训诂等在注中说明。倒文、错简、疑脱、疑衍等的处理，包括纠正、删除、姑存、补脱等均出注说明。
原著底本与校本内容或字句不同，底本较优或相近时，保持底本原貌；底本为劣时，出注说明；底本错误时，改后出注；底本脱文时，补后出注。
原著底本中引文及对话与出处不一致者，一般未用引号。引文及对话与出处一致者，则用引号标明。引号前有冒号者，句末标点在引号内；引号前无冒号者，句末标点在引号外。译、注、按同。
方剂中药名间空一格，不用标点。原小字药物剂量接写药名后，用小字。原小字炮制和用法以圆括号标出。叙述句中的药名、炮制、用法的标点均照常规不变。译文同。
三、译文
译文力求忠实于原著，忠实于作者的本意及其所处历史时代的文化氛围。译文与注按都是为正确理解古籍原文服务的。
译文坚持中华医道的概念、范畴、理论的独特性和完整性，特别注意了不用西医学或目前流行的错误观点来翻译古文。
译文以直译为主，必要时采用意译。译文词义、词序、句式、标点与原著基本保持一致。对原文的理解与阐释均在注按中进行。从而区别于改写、重编、补充、发挥等译法。
译文保持原作风格，力求文法规范、措辞严谨、简洁生动、文笔流畅。尽量避免了口语、方言、大白话。
特定的中医名词术语均予保留。其含义均在注中进行重点阐释。在译文中不掺杂解释性的内容。
现代沿用或古代有特殊意义的中医病证名称予以保留。必要时在注释中予以说明。已不用或已有确切对应名称者译成了现代名称。
方剂名及药名均保持原貌，但药物异名译为正名。方剂中的主治、炮制、用法等均译成了现代汉语。
方剂中的药物剂量根据各个朝代不同的比例换算成现代公制。剂量、炮制及医案中的数字均用阿拉伯数字。克、毫升等用汉字。叙述句中的药物剂量及不适宜换算者保持原貌。
通俗歌诀译为现代汉语时尽量保持了原诀韵味。用现代汉语难以表达者，或与现代汉语相接近者，通过注释字词的方式进行了处理。
原著中重复的内容、冗长的描述、欠通的文理、颠倒的语序等，在译文中作了适当的调整。衍文错简、严重缺失、不当注语一般不译，疑而未定及有一定价值的注语衍入者姑从原文作译，但均在注中予以说明。
四、注按
校勘与注释简称“注”，排在每段原文之下。有关校勘方面内容，多涉及原文与译文，此前已进行了说明。注释则包括对难解字、词、句，特别是名词术语等的注解和阐释。
为减少层次，便于阅读，校勘与注释序号统一编码。多数校勘字、词、句都同时作了注释。同一字、词、句的校勘与注释孰先孰后视所注内容而定，所以并未进行统一限制。
为不割裂原文而影响阅读，序号排于注词所在断句最后一字的右上角。但注两个断句以上时，则排在句末标点之后右上角。如该句有两个以上字、词须分别注释，则在第一字、词注完后空一格，接注下一字、词。
难读字注音在所注字冒号后先标汉语拼音，然后接写“音”字，再接写同音常见汉字，并用引号标出。
校勘训诂吸收了历代有价值的研究成果，并在已有成就的基础上进行了新的工作。已经考证而有共识者，未出书证或少出书证。凡与其他注本不同的见解，均详出书证并进行了论述。
书名、版本的简称，校勘、训诂的断语，作者名、字、号的使用，引用文献的方式等，在每部古籍译注中基本统一。必要时在“补充凡例”中予以说明。
有关医道原理、思想、方法、概念、范畴、理论的注释是本丛书的重点。特别是与西医学用语相同而含义不同，以及目前流行着错误解释的中医名词术语均进行了详注。
中医理论的名词术语侧重于在理论性著作中注释，其他著作中着重注释了该书出现处的特殊含义。同一含义的名词术语在首见时注释。
有关疾病、证候、药物、方剂、经络、腧穴等名词术语，分别在临证各科、本草、方书、针灸、按摩等著作中侧重注释。
为避免篇幅过大，通过译文能够说明的字、词一般不再出注。常见的病名、药名、方名及人名、地名、书名等亦未出注。必要时进行简要注释。
按语简称“按”，排于译文之下。主要阐述所译篇章节段中有关内容的原理，以及难以在注译中说明的问题。如思想、方法、概念、范畴、理论的评论，病因、病机、治则、方义、药理的分析，对后世的影响及历代的研究等。