4.调虎离山，攻克安庆
陈友谅退居江州之后，不甘失败，便派部将以优势兵力攻占了朱元璋属地重镇安庆。安庆是朱元璋西部边境的门户，朱元璋想乘胜一鼓作气，再次讨伐陈友谅，但心中犹豫不决，只好去征求军师刘基的意见。刘基分析了目前的形势，认为此时军队士气正旺，加之这次出征为收复失地，出师有名，如果可以做好战前发动，完全可以战胜陈友谅，歼灭其有生力量。有了这位“诸葛孔明”的支持，朱元璋决计再次伐陈。
依照刘基的计策，朱元璋在临发兵前宣谕众将士：“陈友谅杀主僭号，犯我疆土，戮我将士。观其所为，不灭不足以平民愤，不灭不足以慰我国魂。”朱元璋的一席话，众将士听了，情绪昂扬，誓死要与陈友谅决战。然后，整装西进。朱元璋与刘基共乘龙骧巨船，率师乘风溯长江而上。沿途，将士们斗志旺盛，精神抖擞，长江上万舟竞发，旌旗蔽天，蔚为壮观。
但胜利并非唾手可得。陈友谅属将张定边骁勇善战，而且广于谋略，加上安庆城池坚固，地势险要，易守难攻，朱元璋手下将士奋勇攻打，激战一天，未取得任何进展。
晚上，朱元璋很是烦闷，将刘基召来商量对策。刘基对朱元璋说：“我们大军远道而来，本拟一举攻克安庆，然而激战一天，却未得寸土，将士将生倦意；而且张定边骁勇，安庆城固，再打必然更费时日。陈友谅知我在此鏖兵，一定会派人前来决战，以报上次失利之仇，如此，内外夹攻，我军必败。”
朱元璋听罢，长叹一声说：“难道别无他法，只好放弃安庆吗？假如门户一开，猛虎入室，今后哪还有一日可以安宁？”
刘基摆摆手，对朱元璋说：“主公勿忧，暂时放弃安庆，并非就不要了。《武经》云：我欲战，敌却深沟高垒，不得与我战，则攻其所必救。安庆弹丸之地，城池固若金汤，足以久劳我师。陈友谅不敢出兵迎战，正由于心存恐惧。我们如果放弃安庆，迅速西上，直逼江州，捣其老巢，陈友谅必定撤离安庆而救江州。那么，安庆还能跑到哪里去？不是顺手可以攻克吗？如此一举两得，何乐而不为？”
朱元璋听罢，抚掌称妙，完全听从了刘基的计策，连夜出兵而去，却在营地乱设篝火旗帜，缚活羊于战鼓上，敲击有声，迷惑敌人。
暗夜沉沉，迷雾深重。朱元璋除留少量兵力在安庆迷惑敌人外，其余均偃旗息鼓，沿江西进，长驱直入，逼近江州。当陈友谅的江州守军还在梦中时，他们已发起攻城战。江州守军认为神兵自天而降，忙于应战。陈友谅匆忙发兵，却不能挽救败局。江州全线崩溃，陈友谅最后只得携妻子逃出，乘夜幕奔往武昌。江州守军投降，很快为朱元璋所攻取。陈友谅在逃跑的过程中，抓到了几个朱元璋的兵士，得知此举皆刘基所谋，他仰天长叹道：“我部众就缺像刘伯温这样的谋士，将来亡我者，必伯温也。难道天意在朱元璋，故遣伯温助之？”
刘基不但在军事上表现出卓越的谋略，而且在政治上、外交上也很灵活，做到战取与招抚并重，一切从实际出发，采取机动灵活的办法。
陈友谅的江西省丞相胡廷瑞守卫南昌，素闻朱元璋部队的声威，更惧怕刘基的神机妙算，遂派遣部将郑仁杰到朱元璋的军门前通报，请求和谈。朱元璋把他请到密室商议，大部分条件已谈妥，只是在“不解散其部下所属部队”这一条上，朱元璋还很迟疑，面有难色，怕他们日后养兵滋事。而刘基认为这正是分化瓦解敌军、恩威并重的良机。看到朱元璋不想答应的样子，刘基很着急，忙从后踢朱元璋坐的太师椅，听到“咚咚”的踢椅声，朱元璋清楚了刘的意思，便答应了他们的要求，并附信慰问胡廷瑞军，称赞他们的明智之举。不久，胡廷瑞公开宣布投降，在他附近的余干、建昌、吉安和南康等路府州县，也都相继望风投诚，全都听从朱元璋的号令。
十月，起初久攻不克的孤城安庆，也很快被朱元璋部队攻下。
5.鄱阳大战，奇计破敌
至正二十三年（1363）二月，朱元璋决定亲征，解救为张士诚的部将吕珍包围的安丰（今安徽寿县南）。从全局出发，刘基意识到此举与原定先取陈又破张的方针相违，所以力劝朱元璋勿出兵。他说：“万一陈友谅乘虚来攻，便会进退无路。再者，如救得小明王韩林儿出来，怎样安置他呢？是继续让他当明王，还是把他禁闭起来？或是把他杀掉？要是关起来或者杀掉，那如今救他干什么？还不如借张土诚之手杀了他。要是让他继续当明王，岂不是自讨没趣，平白找个顶头上司来管制自己？朱元璋则认为若安丰失守，应天也会失去屏障，救安丰即是保应天。所以还是亲自统兵去了。不出刘基所料，当朱元璋出兵支援安丰时，陈友谅果然乘虚进犯，调动了数百艘战舰，五六十万军队，倾巢出动围困洪都（今江西南昌市），很快攻下吉安、临江、无为州等地。南昌被围80余日，激战数十昼夜，情势非常危急。朱元璋闻之，方知刘基的话是正确的，自责说：“不听先生之言，才有今日之失。”刘基宽慰他说：“现在醒悟还来得及。”朱元璋立即亲率20万大军救援，命刘基留守应天。
陈友谅听说朱元璋来援，怕腹背受敌，随即撤围，在鄱阳湖摆下阵势准备迎战。双方大战于鄱阳湖之上，初时，朱元璋屡战屡败，几处险境。无奈，只好又命徐达去应天掉换刘基。
刘基星夜赶来，便与朱元璋研究破敌战术。两人都主张用火攻，但朱元璋生怕风向不定，船多难烧净尽，弄不好还有可能烧及自身。据刘基观察天象，黄昏时分将有东北风起。他们随即准备了七艘小船，上载草人迷惑敌方，并把蘸满油渍的芦苇、硫磺火药等物放置船上，迅速开进湖中，待接近敌船，即抛出铁钩搭住敌船，趁势放起火来。刹那间烈焰腾空，大船多被燃着。战斗进行得十分激烈，一天几十次接火，喊杀声、涛声、燃烧声混在一起，煞是雄壮。激战中双方都有很多损伤，只是陈友谅始料不及，损失更大。
一次，朱元璋正在指挥船上发号施令，忽然，侍坐在身旁的刘基，一跃而起，大呼道：“难星过，请主公急速换乘别船！”平时十分镇定的朱元璋也惊起回顾，只见刘基双手挥舞，坚持说：“火速换船！”朱元璋不及多想，就被刘基和几个贴身卫士拉着换乘另一只船。坐都没有坐稳，只听“轰隆”一声，指挥船被陈友谅的大炮击中，顿时粉碎，沉入湖中。此时朱元璋才缓过神来，明白了是怎么回事，不由得称赞刘基的神机妙算。
原来，刘基见朱元璋一心求胜，顾不得指挥船的隐蔽，穿行兵阵之中，然而这一切都被陈友谅的军队发现。他想陈友谅必定会集中所有的炮火首先把朱元璋的指挥船击沉，恰好这时天象异常，出现所谓的“难星”，刘基便趁机催着朱元璋换船，躲过了这场事关胜负成败的祸事。
这边的陈友谅见朱元璋的坐船已被击沉，以为朱元璋必死无疑。全军欢声一片，举杯庆功。正在狂喜中，又看到朱元璋指挥战船进攻，不免大惊失色，以为有神仙庇佑，顿时，陈友谅阵势大乱。朱元璋军队的战船乘机旋绕汉军巨船，时出时没，势如游龙，弄得陈友谅手足无措。朱元璋的将士见状，一时勇气百倍，呼声惊天动地。同时，湖面上波涛大起，阴云密布，给朱军进攻创造了良好条件。朱元璋军虽是小船，但移动自如，正好采用火攻，陈友谅的巨船却处处挨打，有的被击沉，有的燃起了熊熊大火。
双方在鄱阳湖中激烈地战斗了三天，仍未决出胜负。后来，刘基又建议朱元璋将主力军队移往湖口，扼住敌军通路，用关门打狗的办法，以致陈军补充给养的后路全被切断。给养断绝，将士疲乏，内争不已，陈军败局已定，大部被俘和投降。陈友谅也在露面瞭望时被流矢射中身亡。朱元璋的军队，在付出了很大伤亡代价，几经险境，终于彻底打败了这一强敌。
回到应天，朱元璋对自己的这次决策曾表示反悔，向刘基说：“我实在不当有安丰之行！如果陈友谅乘虚直捣应天，那我便进无所成，退无所守，大事去矣！幸而他不攻应天而围南昌，南昌又坚守了三个月，致使我有足够时间集中兵力。陈友谅出此下策，不亡何待。”
在平定陈友谅的几个主要战役中，刘基胸有成竹，运筹帷幄，每奏奇效，特别是鄱阳湖一战，奠定了平汉兴明的霸业。刘基在鄱阳湖中的战略战术思想，很值得人们研究借鉴。
6.巧破士诚，劝降国珍
刘基在战略上为朱元璋制订了先灭陈友谅，后平张士诚的方针，为朱元璋获取了夺取天下的主动权。当西边平汉战火渐渐平息之后，朱元璋立即集中兵力，掉转矛头，挥戈东进，进攻张土诚所建的吴国。
当时张士诚据有浙西，北连两淮，凭恃武力，屡屡侵占朱元璋的势力范围。刘基认为这是一股不义之师，他们起事的目的，不是为了救民于水火之中，而是争名夺利，劫民掠商，而我们的军队就要与之不同，不要掳掠，不妄杀戮，不毁庐舍，为仁义之师，如此就能赢得民心。作为一名著名的政治家，刘基首先提出了以上的建议，使朱元璋军队在军事纪律上就高于张士诚一筹。在平定张士诚的过程中，刘基的军事思想也得以实现。
至正二十三年（1363），张士诚围攻建德城，守军统帅李文忠闻讯非常生气，要同他拼死决战。恰好刘基在建德，他详细向李文忠解释了他在《百战奇略》中提到的“以饱待饥”的战术：“大凡远道而来的敌人，给养不济。敌饥我饱，我们可坚壁不战，断其粮源，断其粮道，与敌持久对峙；敌方必定要发生粮食危机，将士不饱则军易生乱。因此，敌军一定会主动撤退，我方即密派骑兵半路伏击，后面再纵兵追杀。这样大获全胜是必然的了。”据此，他推断：“三日后张士诚必定会因粮源不济而撤走，他逃我追，就可以一举擒获。”
李文忠虽然并不完全相信，但见他说得在理，就按他的去做了，坚壁清野，依城固守，并乘夜色派出小股伏兵。
三日后，刘基从容率众将士，登城观望。观察了一会，刘基自信地说：“张贼已经逃走了。”众将领看到张士诚的军营里，战阵中旗帜猎猎，一如往日，而且传来了一阵阵威严洪亮的战鼓声，都大为生疑，不敢随便发兵。
刘基再次催促，李文忠才下令出击。直到张士诚的军营一看，果然如刘基所料，军营里空空荡荡，张士诚的主力尽皆撤走，留下摇旗擂鼓的，只是一些老弱士兵。李文忠急忙传信追赶，即时快马奔腾，一齐飞驰，一直到东阳才赶上张士诚的部队。一番鏖战，疲乏饥饿的张士诚军被击溃，被俘者无数。
浙东台州人方国珍，元至正八年起兵抗元，占有沿海庆元、温、台各州县，元兵屡讨不克。刘基与他打交道，可说由来已久。元至正十三年，刘基为浙东行省都事，因其维护统治阶级利益的本性，他建议：“方氏首乱，数降数叛，乖戾多变，不可赦免，应该捕获归案，依法斩之。”但因为方国珍贿赂了一批元朝官僚，朝议不听刘基的话，接受方国珍的投降，而刘基则被扣上“越权言事”、“擅权”的罪名，弃置不予重用。方国珍被授予元官后，仍然拥兵自重，不受元朝调遣，却利用官军的名义，大肆搜刮民财，掠夺国库，壮大自己的力量，扩大自己的地盘。
方国珍虽然与刘基有这一层“姻缘”，但他本是一位见风使舵、倾慕贤能的人，他对刘基仍然很看重，不记前仇。刘基的母亲死后举行葬礼，方国珍还派人送来吊唁信。这时，刘基认为消灭陈友谅、张士诚乃当务之急，暂时可利用方国珍，不可“捕而斩之”。
因此，刘基写了一封长信，向方国珍说明朱元璋的威德和当前的军事形势，希望他察识时务，以图大业。又投书朱元璋，讲明暂时利用方国珍的意义，请他派人去招谕方国珍。
方国珍收到刘基的信后，与其弟说：“现在元运将终，群雄并起。惟独朱元璋的军队号令严明，所向披靡，现在又东下婺州，恐怕难于与他争锋，何况与我为敌的，东有张士诚，南有陈友谅。我们不如按照刘基所劝告的，暂时依附朱氏，借为声援，静观其变。”这时，又恰好遇上朱元璋派来的使者刘辰招谕方国珍。方在他们的共同劝说下，决定归顺朱元璋，愿意合力攻伐张士诚，并献上黄金50斤，白金100斤，金织文绮等物。
成功招降方国珍，集中表现了刘基军事政治战略方针的灵活性、深刻性以及实用性。它为朱元璋略定汉、吴，既消除了一股反对势力，又能牵制住陈友谅、张士诚，取得了军事战略上的又一胜利。