7.执法如山，得罪权贵
元至正二十四年（1364）正月，在李善长、徐达等人的劝进声中，朱元璋即位为吴王，任命李善长为左相国，徐达为右相国，刘基为太史令。刘基精通天文知识，在任太史令后，曾以元代《授时历》为基础修订历法，制定了《大统历》，由吴王晋升皇帝的当年奏可颁行，成为明朝一代历法，因这年为戊申年，所以被称为《戊申大统历》。
此时朱元璋所建政权的性质已发生变化，朱元璋已经从农民阶级的代表，蜕变成封建地主阶级的代表。当朱元璋为梦象所警，准备杀一批囚犯破梦时，刘基从缓和阶级矛盾着眼，假借解梦劝说元璋停刑，不要滥杀无辜，说这梦是“得士得众之象”。不久，海宁州来降，朱元璋以为是解梦的应验，因此又把犯人交刘基审理，释放了全部犯人。
至正二十八年（1368），朱元璋称帝正式建立明朝，改元洪武，定都南京。李善长、徐达由相国改任左右丞相，刘基被任命为御史中丞兼太史令。在朱元璋登基大典上，太史令刘基代替大明皇帝宣读祝文；在册封勋臣时，刘基奉册宣布皇帝命令。
经过几十年群雄角逐的战乱，生灵涂炭，国家凋敝，百姓困顿，急需休养生息。为了迅速安抚民众，朱元璋又向刘基询问为政治平之道。刘基说：“霜雪之后，必有阳春。如今国威已经树立，宜渐渐济之以宽大。因为生民之道，在于仁爱，在于以仁心行仁政。宋元以来，法制名存实亡，宽纵日久。现今应当首先整顿纪纲，颁示法典，然后仁政才可付诸实施。”刘基用传统的儒家“仁政”思想作为治世的根本。他认为治世安民应该德政刑法并用，而以德治为主。首先反对暴虐凶残，对百姓要有仁爱之心；同时认为德政需有严明的法纪为保障，使用刑法的目的是不用刑法。有法必依，执法必严，使人有所畏惧，以确立必要的封建统治秩序。
他在理论上如此阐述，又在实践中如此实施。
他帮助朱元璋审理开释了一批积年未决的冤案，给这些人平反昭雪。一次，太祖由于晚上做了一个梦而要借梦杀人，刘基问明原因后说：“刑，威令也，其法止于杀，而生人之道存焉。皇上晚上的那个梦，是国家将得士得众的征兆，应该停刑以待。”刘基借说梦而制止太祖滥杀无辜。但也真巧，三日后，海宁宣布归降朱元璋。太祖闻讯后大喜，认为刘基的招数真灵验。从此以后，太祖将重大囚犯都交由刘基审理，刘基尽量从宽处理，以笼络、安定民心。
另一方面，他请求振肃法纪，立法定制，既制止纵罪，又严禁乱捕滥杀。朱元璋下令实施他的提议。很快，刘基拟定明律令，成了明朝后来立法的基本依据。洪武三十年所颁布的《大明律》就是在它的基础上修订完善的。
洪武元年（1368）四月，在北伐中原获得占领山东、河南的胜利之后，朱元璋由应天（南京）去汴梁（开封），大会北伐诸将，研究战局和部署攻下元大都的步骤，留刘基和李善长做南京留守。刘基这时的官职是御史中丞，是御史台的佐贰长官，带着监察御史纠劾各级官吏中的非法违禁行为。刘基认为宋、元两朝末期，由于纲纪不严以致丢失天下，因此，要求各御史官对违禁行为，要仔细查处，不管犯禁的人权势多大、官职多高。那些宿卫朝廷的宦侍近臣如果犯法，他总是先报告皇太子然后绳之以法。他的严格执法令众臣属谨小慎微。恰在这时，李善长的亲信、中书省都事李彬犯法当斩，李善长出面为他求情通融，刘基铁面无私，冒着风险，没有理睬李善长的说情。由于事关重大，刘基按照正常规定向朱元璋做了书面报告，等批准后马上就把李彬杀了。但是，这件事却带来了李善长的嫉妒。李善长原是朱元璋举事不久收用的幕府书记，元璋称吴时的左相国，称帝后的左丞相，在朝廷中一直位列第一。杀李彬后，李善长蓄意报复。闰七月，当朱元璋从开封回到南京时，李善长便极力中伤刘基。这年天旱，说刘基在祈雨坛下杀李彬，是对上天的大不恭敬，以致天怒，祈雨不灵，另外一些对刘基心存怨恨的人也纷纷投石下井，说刘基的坏话。朱元璋按迷信说法察纠天旱原因。问到刘基时，他对朱元璋说：“长期征战，将士死亡众多，他们的妻子家属或别葬，或寡居，没有什么抚恤和照顾，几万人阴气郁结，怨气冲天，此其一；大批工匠死后尸骸暴露野外，无人掩埋，此其二；江浙官吏投降的人都编入军户，让他们一家人世代充军，住在固定的卫所，足干和气，此其三。有此三条，人怨天怒，以致不雨，恳请陛下善为处理。”朱元璋采纳了刘基的意见，采取了一些应急措施。但是十几天过去了，天仍然没有下雨，朱元璋生气了。在此情况下，刘基感到十分尴尬，正好他的妻子在这时去世，刘基便以处理妻丧为借口告老回家了。
8.仁法兼施，举荐贤良
刘基在告老还乡前，曾给朱元璋提了两条建议。当时，大将徐达已占领元都大都（今北京），朱元璋打算以他的故乡凤阳做中都，同时也正谋划集中兵力消灭元军统帅扩廓帖木儿。刘基说：“凤阳虽是陛下的故乡，但这里地理条件不好，不宜在此建都；元军虽败，但王保保（即扩廓帖木儿）仍然是元军的一个潜在势力，对他用兵应该采取审慎态度，因为他用兵灵活，轻视则易受挫。”刘基走后三个月，朱元璋深感刘基言之在理，又想到过去的岁月里刘基的赤胆忠心，便亲自下令表彰刘基的功勋，召刘基回南京。
朱元璋深恶李善长之专权，意欲废其相位，询问刘基相位人选。刘基对朱元璋说：“善长是对建国有大功的元勋，德高望重，深得众将爱戴，他能调和诸将，故不宜更换。”
朱元璋说：“他几次要谋害你，你为何还替他说话？我看还是你来当丞相吧。”
刘基知道在李善长等淮西集团当权的状况下，他是站不住脚的，所以，他连连辞谢说：“换顶梁柱须要用大木，如用捆起的若干细木代替，要不了多久，就会被房子压垮的。”
元璋又问杨宪、汪广洋和胡惟庸等人如何？虽然刘基与杨宪交情很好，却没有因此说好话。他评论说：“杨宪虽有相才，但器量不够，当宰相者要‘持心如水，以义理为权衡’，万万不可意气用事。”至于汪广洋，刘基说他心胸褊狭怕比杨宪还厉害。他评论胡惟庸，说胡若为相，好比驾车，他非但驾不好车，甚至会弄坏辕木。
品来论去，朱元璋最后说只好由刘基任相了。但刘基却一再说明自己的缺点，说他嫉恶如仇、性格偏激、脾气急躁，受不惯繁文缛节，深恐辜负了皇上的恩典。并说目前这几个人，实在没有很合适的丞相人选，但天下之大，何患无才，只要下功夫寻找，就一定能找到合适的人选。
朱元璋最终还是觉得刘基过于苟求，求全责备，没有听从他的劝告，任用了杨宪、汪广洋、胡帷庸为相，结果正如刘基所料，都出了问题。刘基品评相才，不以恶己者为恶，不以亲己者为好，惟才是举，深谋远虑，洞明一切，可算得上奇才伟识。
刘基的治国理论与实践，从为民为君的角度出发，“仁”与“法”，相辅相成，重视选拔、识别人才，取得了洪武早年较为清明的政治局面。
洪武三年（1370），刘基任弘文馆学士，历史上弘文馆是藏有众多文献图书的地方，弘文馆学士掌管校正图籍，教授皇家贵族子弟经史。在朱元璋给刘基的诰命中，朱元璋回顾刘基建国前的业绩时说：“朕亲临浙右之初，你等响应朕之正义之举，及至朕归京师，你等即亲来辅佐。当此之时，括苍（处州）之民尚未完全归顺，及至先生一至，浙东形势便彻底平定下来。”言外之意，希望刘基在弘文馆中进一步发挥政治影响。
同年十一月，统一中国北方之后，朱元璋论功行赏，大封功臣。刘基被封为诚意伯，授开国翊运守正文臣、资政大夫、上护军，给予刘基极高的荣誉。
9.淡泊名利，归隐青田
洪武四年（1371）的一天，青田山区的一座秀丽翠峰上，树木撑天，孤松傲立，百鸟争鸣，流水淙淙。在野草丛生的小路上走来一位虬髯飘发、身材修长、双目明烁的长者，望着林间飞来飞去、自由自在的小鸟，他不禁神清气爽，心旷神怡。于是他高声吟诵起陶渊明的《归去来辞》：云无心以出岫，鸟倦飞而知还；
景翳翳以将入，抚孤松而盘桓。
归去来兮，请息交以绝游。他，就是大名鼎鼎的刘基。不久前，他辞别朱元璋，告老还乡。他难道官场失意了？不是。朱元璋将他所立下的汗马功劳记在心上，知功必赏，自出山以来，他累官至御史中丞兼太史令，太子赞善大夫，弘文馆学士，开国翊运守正文臣，资政大夫，上护军等。1370年又封诚意伯，俸禄240石，官位可谓显赫。尤为重要的是，朱元璋在开国之初定处州税粮，仍照宋制每亩加五合，朱元璋为了叫刘伯温故乡世世代代将他的事迹传为美谈，特别下令，青田不加税粮，使刘基的恩惠施及乡邻，该也很荣耀了吧。
那么，他为什么要归隐山中？除了因坚斩李彬开罪于李善长之外，其根本原因还在于他对人生真谛、历史真理、人世沧桑的深刻认识。他知道因为自己的个性，自己的才能在一定时期、一定范围内才可得到发挥，换个时期，换个环境，就不一定适应。“狡兔死，走狗烹”，历史上这样的事例还少吗？但也有很多功成身退的先例。范蠡泛湖四海，张良激流勇退，他们都能够寿终，避免了文种、商鞅、李斯、韩信等人的悲剧。慷慨有大节、睿智有哲学头脑的刘基对这些历史往事当然非常熟悉，自然也明白其中的道理。因此，他的退隐乡里是一定的。
人们往往在失去某一样东西时，才觉察它的分量和价值。朱元璋在刘基归隐的当年冬天，就开始感觉到刘基对自己是多么重要。于是，他力排众议，亲笔书写诏文，细细叙述刘基的功勋，召基赴京，并赏赐大批钱财、物资，追赠刘基祖父、父亲为永嘉郡公，还要再给刘基加爵进宫。哪知刘基完全看破了红尘，亦知在淮西集团占绝对优势的大明王朝之中，自己也难有所作为，因而坚决拒绝，坚持归隐。刘基回到家乡，每天除游山玩水，怡情说性，吟诗作文，抒发感受外，还喜欢与乡人饮酒弈棋，评品字闽，与儿童谈天说地，嬉笑玩耍，完全忘记了自己的身份，把自己放在普通百姓的位置。享受着逍遥出世，超然物外，屏除世间荣辱，超脱尘世的情致。
有时，他与樵夫渔父聊天，谈论山中的趣事，水中的雅兴。有时他又与野老桑农一同散步，大谈养生之道。但从来不讲自己以前的功名与战绩，也不喜欢别人提及。如果哪位不知趣的人想阿谀几句，肯定要遭到他的冷遇，甚至被拒之门外。因此，认识他的人都亲切地叫他“伯温兄”，而不呼其职位名，不认识他的人还以为他不过是一位不闻世事的普通隐士。
青田县令早已仰慕刘基的才学，听说他回乡了，多次求见，刘基或干脆不见他，或婉言谢绝，对县令提供的种种照拂也不接受。他的韬晦埋名的事迹在下面这个故事中更显得有些传奇色彩。
一日，一位农夫装扮的人，花了很大工夫才打听到刘基的住处，千辛万苦求见。刘基正在用一个粗糙的木盆洗脚，听说后，以为与往常一样，是位过路的或干活的山里人，很高兴地应允，忙叫人把这位乡下人请进茅舍。乡下人自称并不认识刘基，只是与他随便说说话。两人谈得很投机。刘基还将他留下，做了一顿黍子饭给他吃。吃完之后，这位乡下人说：“请刘学士恕小臣欺瞒之罪，实际上，小臣就是青田知县，久仰先生的学识和为人，特来拜谒。”刘基听罢，惊讶不已，忙起身说道：“请恕小民不敬之罪，基告辞了。”说罢，便自己先离茅舍，飘然而去，剩下县令一人，独自站了半天，感慨万分。以后，这位县令再也没有能见到刘基的踪影。
刘基与达官贵人断绝往来，行踪不定，举动异常，表现了一种狂放文人的风格。其实，这也是他那“性刚嫉恶，与物多忤”个性的异化表现。他企图用这种不正常的、极端的行动来全身避祸，抵御济世思想的诱惑，以求得个性生命的发展。然而他终究是一个饱读诗书，受儒家“兼济”思想影响很深的士子，他愈想与世无争，世间烦恼却自己找上门来。