秦孝公觉得此言甚是，但甘龙却当即表示反对，他说：“改变百姓风俗推行教化不是圣人所为，改变旧法制来治理国家也不是明智的做法。因袭旧制，会让百姓更容易接受，而且不费力就可达到成功。依照旧法治理国家，官吏不致茫然，只需照章办理，而百姓也不会迷惑。要是国君坚持改变秦国旧制、改革旧礼制，那么百姓一定难以接受，天下人都要批驳秦国的国君。”
公孙鞅反驳甘龙说：“你说的这些话没有什么道理，只是俗人之见。我们总是把自己束缚在旧有的习惯和制度之中，不愿意有所改变；学士们总是局限在自己原有的见识中，故步自封，不求创新。这样的人只能遵纪守法，却无力变法。夏、商、周的法度、礼制各不相同，却都成就了霸业；春秋时期称霸的五国法度也有所不同。智者改变法度、礼制以利国事，愚者深受法度的束缚、礼制的约束。拘泥于法度、礼制的人自然无法明白变法的含义，也无法接受变法。”
大臣杜挚也表明自己不同意变法：“不能获得百倍的利益，就不可变更法度；无法获得十倍的功效，就不应变换器具。自古以来，都是这么说，因循古人之法就不会犯错，遵守旧礼不会奸邪。”其他大臣也纷纷附和，支持守循旧法礼制。
群臣众口一词的反对，并未让公孙鞅妥协，他坚持己见，毫不动摇地说：“既如此，那我倒要请教诸位，古代的立法制度也各有不同，那我们应该遵循哪一种古代法制呢？帝王不相因袭，我们拘守谁的礼制？伏羲、神农时，教导百姓不杀人，黄帝、尧、舜时期，杀人而不叫妻子连坐。至于文王、武王时期所立法度都是符合当时的社会形势；所行的礼制也均符合当时的情况。古人所为，不正是随着时代变化而制定不同的法度、礼制吗？兵器、盔甲、器具的使用，应该以便利为原则，法度的制定也要切合时政。因而，治世不必依循旧制，治国也不必拘泥古法。商汤、周武的兴起，正由于他们不拘守古法；殷纣、夏桀的灭亡，正由于他们不改革旧礼。如此说来，因循守旧未必合宜，也无须赞扬；改变古法不该受到非议和反对。”
这一番话说得群臣哑口无言，秦孝公也连连称道，公孙鞅又趁机奏请秦孝公不要再疑惑、迟疑了。
秦孝公点头赞许道：“我也曾听闻，在偏僻之地，遇到事情多觉奇怪、不解；而学识狭隘片面的人，对事多在口舌辩论。愚者所引以为傲的，恰恰是足智者感到可怜的；狂妄的人以为得意的，却正是贤者所担忧的。诸位不必再说多了，我决意变法，不会再改变主意了。”
（2）立木为信
周显王十三年（前356），在经过一场激烈的舌战群臣后，秦孝公变法的决心已下，并且打算立即颁布实施新法。但公孙鞅深知“民无信不立”的道理，必须要先取得百姓的支持和理解，才可将变法贯彻执行。
因此，公孙鞅劝阻秦孝公不可操之过急，他说：“据我所知，过去多年来，秦国也曾经采取过一些改革措施，但都未能坚持执行。现在百姓对于颁布的新法必然不会相信。而若是失去了百姓的信任和支持，新法很难能贯彻执行。所以说，我们的当务之急，并非立即实行变法，而是让百姓树立对朝廷的信心和信任。”
秦孝公急忙问道：“那有什么方法呢？”
公孙鞅早已胸有成竹，微微一笑回答说：“您不必担心，我已经想到了一个好方法。”
第二天一早，有人发现在京都雍城（今陕西凤翔县）的南门前，立起了一根长约三丈的木杆，旁边还有几名士兵在看守。人们都觉得好奇，一传十，十传百的，全城的人都跑来看稀奇，还议论纷纷，都不知道这根木杆是做什么用的。等到人群越聚越多，围得里三层外三层时，公孙鞅来到了此处，看守木杆的士兵赶紧行礼并喊道：“报告左庶长，木杆早已立好，请您宣布吧！”
百姓们一下都望向了公孙鞅，好奇地等待着。公孙鞅环顾左右，走到木杆前，大声地宣布说：“如果有人能将这根木杆扛到北门，可获赏黄金十两！大伙都听清了吧！”
人们一时搞不懂什么意思，没有人回答，有人在人群中悄声议论道：“嗯？我没听错吧？扛根木杆到北门就赏十两黄金？”“可能这根木杆比看上去还要沉吧，我们根本扛不动？”“这究竟是什么意思啊？”
公孙鞅听见了这些怀疑的议论声，他清楚，这正是因为长期以来，朝廷的所作所为，令百姓对朝廷充满不信任造成的。人们你看我，我看你，心里不敢相信：只是扛着这根木杆到北门就能拿到十两黄金，天下哪有这样的好事情？莫非是官府使的什么计谋？看到人们迟疑不决，竟没有一个人敢上前，公孙鞅又宣布道：“请大家听好了，现在，要是有人将这根木杆从此处扛到北门，奖金将会是黄金五十两。”人们一听这话，立刻惊叫声不断，还有人咋舌长叹，不由得都大大动心了。
就在不少人还在犹豫观望之时，只见一个大汉从人群中挤出来，一副大义凛然的样子说：“五十两金灿灿的黄金，为什么不要呢？既然没有人敢来，那就我来做吧！”说完，就一用劲，把木杆扛在肩头，转身向北门走去。人群一下就像炸了锅一样，都跟在大汉身后，向北门跑去，想看看究竟是什么结果。大汉把木杆送到北门，又在人群的簇拥下返回了南门。公孙鞅高兴地亲手把五十两黄金递到大汉手中，并表扬说：“因为你听从了朝廷的命令，并且完成了这件事，这是你应得的奖赏。”
这件事一天之内就被传遍了城里城外，很快全秦国的百姓都知晓了，人们都说左庶长公孙鞅说话算话，他所颁布的命令绝不可违抗。紧接着，公孙鞅采取了一系列取信于民的措施，百姓对他和朝廷越来越信任。他觉得时机已经成熟，就奏请秦孝公颁布新法。
变法所执行的措施，促进了新兴地主阶级的发展，但对奴隶制旧势力造成了很大的打击，因此变法遭到了守旧派的极力反对和破坏。就连太子驷，也在老师公子虔和公孙贾的唆使下，公开抗拒新法，并且以身试法。公孙鞅了解到太子身受老师的教唆，于是，他宣称：“太子之所以触犯新法，罪责都是在他的两位老师身上，他们失职没有教导好太子，所以要处罚老师。”
在征得秦孝公的批准后，公孙鞅“劓”（割掉鼻子）了公子虔，“黥”（脸上刺字）了公孙贾。为了进一步警戒那些反对变法的守旧派，公孙鞅还处死了对抗新法的贵族祝欢，还在渭水边镇压了700多名破坏新法的平民，此外，将一大批所谓的“乱化之民”都迁到了偏远蛮夷之地。在公孙鞅笼络民心和高压政策的双重手段下，朝野上下再没有人敢公开反对变法，新法得以顺利地在整个秦国推广实行。
3.新法治国，强秦称霸
公孙鞅将变法分为两次进行，虽然新法有严酷的一面，但还是成功地达到了其主要目的：发展生产，富国强兵。在公孙鞅掌权秦国的二十多年里，在秦孝公的支持下，将新法贯彻实行。
（1）第一次变法
公孙鞅的变法是分两次进行的。第一次开始于公元前356年，第二次开始于公元前350年。公元前356年，公孙鞅在秦国实行了第一次变法，其主要内容是：
①登记户籍，实行连坐法。以往秦国的乡、邑、聚（村落）都是自然形成居住区，大多没有登记户籍。而新法首要就规定了将居住区作为国家的基层行政单位。每户居民都要登记户籍，并以五家为一伍，十家为什，这种形式和后代的保甲制度很相似。什伍内各家互相纠察。一家作奸犯法，别家若是隐瞒不告的，就要同罪连坐。同时详细规定了：不告发奸人者处以腰斩；告发奸人者与斩敌人首级者均获赏；藏匿奸人者，与投降敌人者受同等的处罚。而且新法还规定了旅客登记制度，必须持有相关证件才能住宿，否则一且查出违规，客舍主人也要治罪。
公孙鞅主张轻罪重罚。在他看来，只有重刑才能起到威慑百姓的作用，使得人们小心行事，不敢触犯一点法律，轻罪都不敢犯，重罪自然更加无人敢犯。公孙鞅为了保护私有耕牛和马，对盗窃牛马的人竟一律判以死罪；为了统一度量衡，还规定“步过六尺者有罚”。
②崇本抑末，鼓励农业生产，抑制商业。新法规定，一户凡有两个以上成年男子就必须分家，各自成立一户，违者赋税加倍。粮食和布帛生产多的，可以免除劳役以示奖励；因为懒惰而受穷的人，全家都要被罚作“官奴婢”。公孙鞅鼓励发展一家一户，男耕女织的生产形式，促进了封建生产力、生产关系的发展。而以一家一户为基础单位的小农经济，也逐渐成为封建社会的经济基础。
在鼓励农业生产的同时，公孙鞅主张抑制末利，即限制商业发展。在《商君书·垦令》中连续列举的二十条鼓励垦荒的措施，其中不少都是起到抑制商业的作用。规定市上酒肉税额比成本高达十倍之多；规定加重关卡和市场上的商品税，不准私自贩卖粮食以牟利。还规定经商之户必须如实登记家中奴隶（厮、舆、徒、童）的姓名和数目，以方便官府摊派徭役。另外，公孙鞅还主张“一山泽”，即由国家统一管理山泽之利。这一切抑制商业的严厉措施，都是为了扶持小农经济的发展。
③奖励军功。立军功者按照功劳大小获得爵赏；私斗者按照犯罪轻重受到不同刑罚。将士官爵的提升和斩首敌人的数目是紧密相关的。并废除了那些从未立过军功的宗室子弟的名位，重新按照军功确定尊卑爵秩。
④焚烧儒家经典，禁止游宦之民。经过第一次卓有成效的变法，秦国的农业生产得到了极大发展，军事力量也增强了。秦国重新开始了对外扩张，并入侵了魏国西部，从河西打到河东，直扑魏国都城安邑，将其攻陷，魏国不得不将国都迁到大梁（今河南开封）。
公元前352年，秦孝公将公孙鞅提升为大良造，这是相当于相国兼将军的重要职位。
（2）第二次变法
公元前350年，根据秦国的政治、经济、军事的发展状况，公孙鞅调整了策略，进行了第二次变法。这次变法的重点在于进一步改革经济和政治，以求得富国强兵之路。其主要内容为五点：
①废除井田制，“开阡陌封疆”。公孙鞅“为田开阡陌封疆而赋税平”，“决裂阡陌，教民耕战”。“决裂”就是为了废除井田制。公孙鞅这一次的土地改革，先是废除了井田制，即“坏井田，开阡陌”，同时重新设置了新的阡陌封疆，并用法令形式保护封建土地所有制。
②推行县制。将原有的乡、邑、聚（村落）合并为县，当时秦国共设置了四十一个县，设县令、县丞等官，还设有县尉。县令是县之长，县丞掌管民政，县尉掌管军事。公元前349年，“初为县，有秩史”，在县官以下，设置有俸禄的职位低微的官吏。推行县制的最主要作用就是形成了中央集中制的管理，体现了君主专制。
③迁都咸阳，修建宫殿。根据当时的时局形势，为了让秦国谋取中原，向东方扩展，公孙鞅提议将秦国都城从雍迁到咸阳。因为咸阳靠近渭河，物产丰富，交通便利，且地处秦国中心，迁都咸阳，还可以摆脱不少旧贵族势力的负面影响，有利于实行新法。并仿效各国都城，在咸阳城里修建冀阙（宫门外的一种高建筑，用作悬示法令）和宫殿。
④统一度量衡，“平斗桶（斛）、权衡、丈尺”。度量衡的统一，对当时秦国统一赋税制度、俸禄制度，都起到了不少作用。
⑤废除残余的戎狄风俗，严禁父子兄弟同室居住。在秦国西南和西北部以少数民族居多，他们虽被秦国统一，但仍然保留着许多不良的戎狄风俗。公孙鞅颁布法令，让少数民族的日常生活、起居习惯必须以中原风俗为基准。
在两次变法的作用下，十年间，秦国出现了惊人的变化，因为上下一心，贯彻新法，秦国一跃而成为“家给人足”，“乡邑大治”，“兵革大强”，“诸侯畏惧”的霸权大国。就连周天子也派使者送祭肉给秦孝公，封他为“方伯”（一方诸侯的首领），中原的诸侯国也纷纷向秦国道贺。