九月二十二日，康熙下令：“云南省城围困已久，若不速为克取，未免劳敝民兵，糜费粮饷。……其移檄大将军贝子彰泰、赖塔等，均派带罪官兵及投诚绿旗官兵，速行攻取云南省城。”清军3路大军奉命攻城，叛军死的死，降的降。二十八日夜里，吴世璠服毒自杀，时年16岁。二十九日，城内守军出城投降。至此，历时8年的平三藩作战胜利结束。康熙半夜里接到捷报，挥笔作了《滇平》诗一首，以“回思几载焦劳急，此日方同万国欢”的诗句，表达他的喜悦心情。这时，康熙年方28岁。
二十一年（1682年）正月，康熙下令将吴三桂的骸骨分发各省，吴世璠的首级于京师悬挂示众，耿精忠磔死枭首，并将平定三藩之乱宣示天下；宣布将云南、贵州、福建、浙江、广东等地的三藩家产没为军饷；令藩兵全部撤回京师，于福州、广州、荆州等地，各设八旗兵驻防，派遣将军、副都统驻镇，取消世袭兵权及土地之权。以清除积弊，加强国家的统一。
3.收复台湾，实现祖国统一
台湾自古以来就是中国的领土。明末，荷兰殖民者趁大陆混乱之机，派兵占领台湾，统治了38年之久。直到清初，民族英雄郑成功才赶走荷兰侵略者，收复了台湾。郑成功死后，其子郑经企图把台湾从大陆分裂出去，胡说：“台湾远在海外，非中国版图。”向清廷提出：“请照琉球、高丽（朝鲜）等外国例。称臣进贡，不剃发登岸”康熙对这种分裂祖国的言行非常愤怒，当平定三藩之乱的军事行动取得决定性胜利的时候，年轻的康熙帝立刻做出了“宜乘机取澎湖、台湾”，使台湾重新回归祖国的重大战略决策。
重建水师，伺机进攻台湾
在平三藩之乱进入决胜阶段后，康熙立即恢复了福建水师，当时一下物色不到水师提督的合适人选，就调了镇江将军王之鼎去充任。王之鼎担心挑不起这样的重任，就以自己没有水战经验，对海岛情况不熟悉等理由，请求解甲。康熙没有办法，就提升岳州水师总兵万正色为水师提督。因当时湖广战场水师的作战任务已基本完成，康熙允许万正色带走岳州全部战船和水手，从江南、浙江选战船百艘随同前往，又调了1.4万绿旗兵充实水师，将湖广的20门西洋大炮拨送福建。
十九年二月，康熙命万正色遣将渡海，先攻下了海坛（今平潭），继而攻取了金门和厦门，招降了郑军总兵朱天贵，收复了铜山。康熙非常满意，给万正色和福建总督姚启圣以重赏，并命令他们积极准备，等待有利时机，进兵台湾。
二十年（1681年）正月，郑经在台湾病死，其长子郑克臧和次子郑克塽为争继位问题闹得不可开交。郑克塽原来是郑氏家一个年轻乳妈的小孩，因郑经宠爱这个乳妈，就将这小孩收为长子。郑经由于长年离开台湾，在福建沿海作战，在他的谋士建议下，就立了郑克臧为“监国”。郑经部下权臣冯锡范，将女儿许给了郑经次子郑克塽，对郑经没有立郑克塽为“监国”，心怀不满。郑经一死，冯锡范和大将刘国轩合谋，罢掉了谋士陈永华的兵权，致陈永华忧郁而死，从而使郑克臧失去了辅佐人。冯锡范随即向郑成功的夫人董国太游说离间，说郑克臧不是郑氏血统，继位以后，不利于邦家。董国太一向很喜欢郑克臧孝顺能干，但又怕发生内变，就同意换人嗣位。冯锡范就立即派心腹将18岁的郑克臧暗杀，接着迫使董国太表态让12岁的郑克塽即延平王位。冯锡范被封为忠诚伯，仍管侍卫；刘国轩授为武平侯，总管军务。
是年四月，福建总督姚启圣，先后接到在郑氏政权内任职的傅为霖、廖康方的密信，报告了郑氏集团内部争权夺位的情况，建议乘“主幼国虚、内乱必萌”的机会出兵进取。康熙得到了这个消息，于六月发布了攻取澎湖、台湾的命令。要求前线将领同心合力，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误时机。
康熙以武力攻取台湾的决定公布以后，在朝廷文武官员中引起了不同的反响。反对以武力攻取的人数不少，其中代表人物有水师提督万正色、宁海将军喇哈达。他们认为台湾断不可取，海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全。而支持以武力攻取的也大有人在，其中主要有内阁学士李光地、福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚等。李光地认为，台湾不平，东南不靖，不用武力，平定无期。
康熙在两种截然相反的意见面前，显得很冷静、果断。他指示姚启圣和李光地推荐新的水师提督人选，将万正色改为陆路提督。可巧，姚启圣和李光地两人推荐的都是施琅。但因施琅原是郑成功的部将，康熙早听说他还有个儿子施齐（化名王世泽）、侄子施亥（明良）在台湾任职，就叫姚启圣负责查清。查的结果是，施齐、施亥因图谋“擒郑逆献厦门以报本朝”，于康熙十九年二月事泄被处死，两家73口人全部遇难。康熙解除了疑虑，采纳姚启圣、李光地的建议，以施琅替换万正色，并向议政王大臣等宣布：“原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼此地利、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子太保，前往福建。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，尅期统领舟师进取澎湖、台湾。”
专任海战良将施琅
施琅是福建晋江人。明末时任明军游击将军，后投郑成功抗清。一直活动在海上，熟悉海上风候，善于海战。二十年十月，施琅奉康熙之命到达福建后，就与总督姚启圣等一起抓紧时间整顿军备，制造战船，练兵育将。同时，派遣总兵董义、曾成，率战船赴澎湖侦察敌情，探测航路。到二十一年（1682年）夏，准备工作基本就绪。就在即将要进兵的时候，施琅和姚启圣对于如何攻取台湾问题产生了分歧意见。主要表现在两方面：一是取台湾和取澎湖的先后。姚启圣认为应先取台湾，只要台湾一取，澎湖就不攻自破。而施琅则主张先取澎湖，认为只要攻下了澎湖，扼住了咽喉，攻取台湾的胜利把握就有了一半。二是关于利用风向上。姚启圣主张利用北风。施琅则认为北风刚强，骤发骤息，规律难掌握。南风信轻浪平，将士不会发生晕船，而且居于上风上流，容易取胜。两种意见，各不相让，影响了进兵计划。
施琅在和姚启圣争执不下的情况下，给康熙帝送去了密奏，请求给予专征之权，表示有充分的胜利信心。要求总督和巡抚为他保障粮饷供给，并请允许他率水师时常在海上操练，不限时日，一旦风利可行，即发兵攻取，出敌不意，攻其无备。
康熙感到自己对海战不熟悉，对施琅的意见，没有把握认定，便交给议政王大臣议复。他在听取汇报时，征求武英殿大学士明珠的意见。明珠认为，一人领兵进取，可得行其志，两人同往，难免互相牵制，不便行事，不如让施琅一人领兵为好。康熙听了大家的意见，心里有了底，觉得总督和提督意见不一致，的确对进兵不利。因此改变了原来合兵进取的决策，决定让施琅独立专任，相机进兵，直入海岛。令总督和巡抚负责办理粮饷，不得有误。
康熙在配备其他将领上，也极力排除各种偏见。如原姚启圣部下的参将蓝理，因不服从调遣，被他撤了职，发军前效力。施琅了解蓝理作战勇敢，武艺高强，拟重用他。而姚启圣所器重的平阳总兵朱天贵（台湾郑氏降将），打算令其仍回平阳。然兵部又不同意启用蓝理。康熙认为这两人都可以用，特命蓝理署右营游击领舟师；令朱天贵及原带官兵仍留在福建，听施琅调遣。后来在作战中，蓝理和朱天贵都表现得非常英勇。蓝理腹部中了炮弹，流出了肠子，用布裹住后继续指挥作战。朱天贵率领12艘战船冲入敌阵，被飞炮击中，仆在船上还大呼杀敌。可见康熙是非常知人善任的。
下澎湖，招抚定台湾
早在二十年九月份，康熙任施琅为福建提督的消息传到台湾后，郑氏集团紧张起来了。他们知道施琅是个很难对付的水师将领。但对清军的作战意图，一时搞不清楚，所以防守的重点放在哪里，一时左右不定。可巧这时破获了两名要员给姚启圣的一封密信，写有“澎湖无备，可速督兵前来，一鼓可得。若得澎湖，台湾即虚，便将起兵相应”的内容。这样，郑氏集团才确定加强澎湖的防守。郑克塽命刘国轩为正总督，统水陆诸军2万余人、战船200余艘，自副将以下，许其先斩后奏。又以征北将军曾瑞、定北将军王顺为副，共守澎湖。
施琅接到康熙命其专征台湾的命令，是在二十一年的十月，那时他会齐各路总兵在海上操练。他接到命令后，为混淆郑氏集团的视听，一直声称要利用北风进攻台湾。到十一月，又称北风太硬，不便进军，令各部仍回原地待命，自己率船队又回厦门。这使在澎湖的刘国轩也搞不清楚是怎么回事。连福建总督姚启圣也弄不清楚施琅的意图，他就派了一个副将到台湾去招抚。心想乘施琅的威慑力量，如招抚成功，主要功劳是自己的。二十二年（1683年）正月，郑克塽遣使回信，坚持照朝鲜例，称臣进贡，不剃发、不登岸。姚启圣奏报了朝廷，康熙的答复是“台湾城，皆闽人，不得与朝鲜等比”。姚启圣招抚虽未成功，但起到了麻痹郑氏集团的作用，使施琅能出敌不意地进兵。
在六月份以前，作好了进兵的一切准备，大队舟师集中到铜山。六月十一日，施琅召集了各镇、协、营、守备、千总、把总等随征军官，将“先锋银锭”放在桌上。传令给大家：“进兵澎湖，谁敢为先锋者，领取，以便首先冲锋破敌。”传令好长时间，没有人出应。忽然，提标署右营游击蓝理挺身而出，领取了银锭。施琅在诸将面前，大大赞扬了蓝理的勇敢精神。
六月十四日凌晨，施琅率领水师官兵2万余人、各类战船300余艘从铜山起程。澎湖郑军大将刘国轩对施琅集师于铜山的消息，早已知道，但他认为六月份是飓风骤发季节，施琅懂得海上风候，不会冒险进兵的。十五日晨，刘国轩突然得报，清军战船风帆如叶直奔澎湖而来，心中惊恐不已，慌忙命令各岛守将，移大炮罗列海岛应战。施琅督师迅速占领了澎湖以南的各主要岛屿。第二天即命令全师出动，向澎湖本岛进攻。因遇逆风，船队被郑军大队战炮包围，施琅乘楼船冲入重围解救，被炮火击伤右目，被迫命各部撤出战斗，初战失利。
二十二日，施琅将水师经过5天整顿后，分兵与澎湖郑军守军展开了决战。时恰逢南风大作，波涛汹涌。施琅督诸船扬帆疾进，据敌上流，乘势奋击，以“五梅花”战术（即以船5艘围敌船1艘），分割围歼。经过一整天的激战，清军大胜，郑军死亡1.2万余人，其中副将、总兵以上的将领47人，游击以下军官300余人；焚毁大小战船200余艘，并有军官100多人、士卒4800多人投降。刘国轩见大势已去，即乘小船逃回了台湾。澎湖等36个岛屿，逐一被清军占领。清军在这次战斗中，死伤官兵300多人，1800多人负伤。
康熙接到施琅澎湖大捷的报告后，立即命令将这个胜利消息，传给朝廷内外的各级官员，特派一名侍郎赴福建，慰问全体官兵。规定“凡官员俱加一级，兵丁尽加恩赏，以示鼓励”。康熙知道了蓝理在腹破肠流时还继续指挥作战的事迹，很感动。后来在见到蓝理时，亲自察看他的伤口，将自己亲笔书写的“所向无敌”横匾赠给了他。
郑氏集团澎湖失守，台湾失去了屏障，精锐部队亦已所剩无几，眼看台湾朝不保夕，大家六神无主，各怀戒心。冯锡范给郑克塽出了个主意，可以召集文武官员讨论讨论对策。会上大家各抒己见，出现了两种主张：一种是要放弃台湾，逃奔吕宋（今菲律宾），继续反清。这一主张得到了冯锡范的支持。会后即组织力量，准备行动。有的还打算在离台湾时，要大抢一把。可这消息一传出，弄得人心惶惶，昼夜不安。另一种是以刘国轩为代表的一批人，主张听从清廷招抚，坚决反对逃奔吕宋。刘国轩耐心地劝冯锡范，现在台湾是众志瓦解，守亦实难，投奔他国，何能成业，不如举全地版图以降。冯锡范觉得刘国轩的话有道理，就主动劝自己女婿郑克塽降清，郑克塽经过反复考虑，眼看现在民心已散，还有谁来为自己死守呢。浮海而逃，又没有生路，惟一的亦只有求抚这一招了。就在这时，刚好施琅派遣使臣去台湾招抚。开始，冯锡范和郑克塽又有点犹豫。刘国轩对他们说，从来识时务者为俊杰，现在大势已去，当速顺天。郑克塽派了礼官郑平英等4人，到澎湖谈判，仍坚持居留台湾不登岸。施琅当场拒绝，认为郑氏集团是势穷力竭而被迫就抚的，现在还提无理要求，这分明是搞缓兵之计。便命来使回台湾告郑克塽，如果是真诚归清，就叫刘国轩、冯锡范亲自来本军前请降。
郑克塽得知施琅的态度很强硬，便又派冯锡范的胞弟冯锡圭、刘国轩的胞弟刘国昌，携带降表到澎湖交给施琅，不再坚持居留台湾的先决条件。施琅感到郑克塽这次的态度是真诚的，便立即上报了朝廷，康熙接到郑克块降表后，先交议政大臣讨论，后又征求满汉大学士们的意见，大家都认为可以接受郑克塽投诚。康熙最后表示：“若不许其投诚，则彼或窜处外国，又生事端，不若抚之为善。”