二十二年（1683年）七月二十七日，康熙对台湾投诚人员颁发了赦诏：“更念以兵力攻取台湾，则将士劳瘁，人民伤残，特下谕旨招降，倘其来归，即令登岸，善为安插，务俾得所，勿使余众仍留原地。”八月十一日，施琅率官兵前往台湾受降。郑克塽闻讯，立即派官员携彩旗鼓乐，坐船出鹿耳门迎接，引导进港。郑克塽亲自率领刘国轩、冯锡范等重要文武官员，齐集海岸，列队恭迎官兵，然后与施琅等会见于天妃宫。
八月十五日，康熙接到施琅的报告，兴奋异常，挥笔写了《中秋日闻海上捷音》一诗，最后两句是：“海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。”康熙将那天自己穿的衣服脱下来，派人疾驰送给施琅，写诗赞扬施琅智勇双全，建立奇功，安定南海疆，流芳百世。后又授施琅靖海将军，封为靖海侯。十八日，郑克塽等剃发。施琅当众宣读康熙谕旨：“尔等果能悔过投诚，倾心向化，率所属伪官军民人等，悉行登岸，将尔等从前抗违之罪，尽行赦免，仍从优叙录，加恩安插，务令得所。煌煌谕旨，炳如日星，朕不食言。”郑克塽等遂遥向京师叩头谢恩。
二十三年（1684年）十二月，郑克塽等奉朝廷命令到了北京。康熙为郑克塽等“纳土归诚”的行动，予以肯定和鼓励，特授予郑克塽一等公爵，刘国轩、冯锡范一等伯爵。将他们都安插在上三旗，拨给了他们田地房产。对同来投诚的2000余名文武官员，4万余名兵士，都命户部作了妥善安置。康熙对刘国轩首先归命，并劝郑克塽纳土归来，给予很高的评价，亲自召见他，特授为天津总兵官。康熙听说刘国轩家口众多，住房困难，又命户部另外配给他住房。不久，康熙下诏，认定郑成功、郑经并非“乱臣贼子”，将他们父子俩的棺材归葬其故乡福建南安。
设立台湾府，祖国海天归一
收复了台湾后，清廷文武大臣中对台湾的弃留问题，展开了激烈的争论。有的极力主张“迁其人，弃其地”。认为台湾是“海外丸泥，不足为中国加广”，只须留澎湖为东南沿海的屏障就行了。就连原先积极主张收复台湾的大学士李光地，也主张将台湾放弃，他认为台湾远离大陆，朝廷不便管理，还不如让给荷兰人，令他们世守输贡，这是永逸长安之道。施琅听到朝臣中出现放弃台湾的主张，便立即向朝廷呈送了《恭陈台湾弃留疏》，以他亲自对台湾实地调查的结果，指出了台湾的重要地位，坚决反对放弃。朝廷又先后收到福建总督姚启圣等反对放弃台湾的奏章。
康熙的想法和施琅等人一样，主张留守台湾。为了统一大家的思想，就反复征求意见，做说服工作。有一次他问李光地，如果台湾重被外国人占领，将会对大陆的安全造成什么样的威胁。李光地认为，目前没有问题，有皇上之声灵，几十年可保无事。康熙批评了李光地目光短浅，指出：“如此且置郡县，若计到久远，十三省岂能长保为我有？”康熙又问汉人大学士王熙等意见。王熙等同意施琅的看法，认为台湾有地数千里，民众10万，其地甚为重要。放弃了必为外国人所据，或会成为犯法作乱之人的匿身之地，故以守之为上策。康熙听后说：“若徙其人民，又恐致失所，弃而不守，尤为不可。”便又令议政王大臣会议。结果是一致主张“请守已得之地，设兵守之为宜”。
康熙见大臣中主张留守台湾的人已居多数，便于二十三年四月十四日，下令设置台湾新的政权机构。将郑氏政权的东宁府改为台湾府，南路设凤山县，北路设诸罗县，在台湾府治所在地设台湾县，澎湖归台湾府直辖。规定台湾府县的官员，由福建总督及巡抚在本省现任官内挑选。经姚启圣等推荐，康熙批准了汉军镶白旗人蒋毓英，为台湾第一任知府。据说蒋毓英上任后，关于他的知府衙门的朝向问题还有个故事。原来台湾的官邸民舍，不知是地理气候的原因还是其他原因，大门都习惯向西开。蒋毓英将知府衙署建在东方坊，将大门向南开，以表示和内地的制度一致。
康熙批准设立台湾府后，又根据施琅的建议，于台湾建立驻兵制度。计设：台湾总兵1员，水师副将1员，陆师副将2员，兵8000，分为水陆8营；澎湖设水师副将1员，兵2000，分为2营。台、澎总计兵力1万名。每营各设游击、守备、千总、把总等官，与内地编制相同。总兵、副将、参将、游击等官，3年与内地转升、轮换，无致久任，永为成例。康熙亲自选定正黄旗参将杨文魁，为台湾第一任总兵官。清廷在台湾建置政权机构，派驻重兵，增强了边防，促进了台湾经济文化的发展。
4.抗击沙俄，维护国家领土完整
康熙皇帝励精图治，在平定三藩、收复台湾之后，又开始了抗拒沙俄的正义斗争。他采取军事反击和外交谈判相结合的方针，经过雅克萨之战和尼布楚谈判，沉重打击了沙俄侵略者的气焰，划定了中俄两国在东北地区的边界，使这一地区在较长时期内获得了安宁，为维护我国的主权和领土完整作出了卓越的贡献。
沙俄的频繁侵扰和扩张
沙皇俄国本是一个欧洲内陆国家，与中国并不接壤。十三世纪以前，它还是蒙古钦察汗国的一个属国，十三世纪末，才建立起莫斯科公国。
十七世纪初，俄国军队已从鄂必河推进到叶尼塞河，于1619年（后金天命四年）建立叶尼塞斯克，接着又向勒拿河流域推进，于1632年（天聪六年）建立雅库次克，这两个地方后来成为沙俄侵略我国黑龙江流域的两个重要据点。
沙俄侵略者在我国境界烧杀抢劫的兽行，激起了东北各族人民的强烈愤慨，清朝政府再也不能坐而视之，于是人们纷纷拿起武器与侵略者抗争。
顺治十八年，康熙皇帝继位之后，沙俄侵略者仍然不断地向我国东北地区发动侵略。康熙四年，俄国侵略军从东南两个方向向我边境窜犯，向东窜至黑龙江流域，并于本年冬再次占据雅克萨，向南侵占我国喀尔喀蒙古土谢图汗管辖土地——楚库柏兴。同时，沙皇俄国也改变了以往流窜式的侵扰，转而采取建立据点，逐渐推进的策略。他们以据点为中心，派兵四处出击，然后再建立新的据点，并不断抢掠我国索伦、赫哲、费雅喀、奇勒尔等各族人民的财物和人口，还策动沿江少数民族败类叛逃俄国。康熙六年，索伦族某部头目根特木尔即在俄人引诱之下，叛逃尼布楚，投靠俄方。面对这种严重局面，康熙皇帝深深认识到，沙俄侵略是我国东北地区的一大祸患，此患不除，边疆不固，祖宗发祥地不安，就会危及清朝政府的统治。因为向来关内有事，从关外调兵，若此患不除，便很难发挥这种机动作用，且沙俄侵略得寸进尺，如不加制止，后果将不堪设想。因此，康熙皇帝亲政之后，即把抗俄作为本朝大事。但在一个时期中，捉鳌拜，废辅政，平定三藩，统一台湾，内部事务已使他殚精竭虑，应接不暇，因此在康熙二十年之前，康熙皇帝一面敕谕宁古塔将军巴海加意防御，整备器械；一面多次致书沙皇，力争和平解决边境争端。这样，双方就开始了长达十余年的交涉活动。
沙俄重占雅克萨和根特木尔叛逃，使康熙皇帝深深感到事态的严重性。九年春，康熙皇帝即命宁古塔将军巴海派员赴尼布楚投递文书，对沙俄侵略黑龙江提出质问，要求归还逃人根特木耳，并提议俄方派人前来北京商谈，以和平解决边境争端。尼布楚统领阿尔兴斯基接到文书后，并无和平解决争端的诚意，却想利用外交手段乘机讹诈中国。
康熙十四年，沙皇阿列克塞·米哈依洛维奇指派尼果赖·加甫里洛维新·米列斯库再次出使北京，声称要与北京商谈所谓贸易问题，实际是为了配合武装侵略，进一步窥探中国虚实。
尼果赖来华，不但丝毫没有解决中俄边境争端，而且他看到中国内部事务繁忙，“三藩之乱”又是他们可乘之机，便屡次鼓动沙皇向中国边境进犯。因此，从康熙十五年起，俄国屡次在黑龙江流域进行武力扩张。从康熙十五年到康熙二十一年，俄军以雅克萨为中心，多次窜扰我索伦、赫哲、费牙喀、奇勒尔族居住区，掠夺人口，使其不得安宁，还多次深入内地。
事实表明，面对沙俄的侵略，不断的交涉、劝告、抗议都无济于事，不经过激烈的战争，沙俄不会自动撤出中国领土。早在康熙六年，康熙皇帝刚刚亲政时，就对沙俄侵占我黑龙江流域一事倍加重视，经常细细查看其“土地形胜、道路远近及人物性情”，即位后即密切注意东北边防的建设。但亲政后的许多内部事务又使他不可能用更多的精力去顾及黑龙江的防务。直到康熙二十一年，“三藩”叛乱平定后，康熙皇帝才能够集中精力营造东北，作武装驱逐侵略者的准备。
确定“永戍”周密准备
二十一年，“三藩之乱”刚刚平定，康熙皇帝就率文武大臣扈从等人于二月十五日从北京出发，往谒盛京告祭祖陵，并巡视吉林乌喇（今吉林市）等地。
经过康熙皇帝的大力经营，东北边疆实力大为增强，为武装驱逐沙俄奠定了坚实的基础。
东巡之后，康熙皇帝便着手做武装收复雅克萨的军事准备。首先，他派副都统郎谈、公彭春以猎鹿为名，前往黑龙江地区侦察。二十一年八月十五，康熙皇帝面谕郎谈、彭春：“罗刹犯我黑龙江，历年已久，现在情况更加严重，近闻他们已过牛满河、亨滚河，到达我赫哲、费雅喀人居住之所。烧杀抢掠，作恶不已。今派你等前去，一面让宁古塔副都统萨布素率乌喇宁古塔兵及科尔沁兵前往达斡尔、索伦等部，加意防范；一面派人前去尼布楚，以告之捕鹿为名，详细勘察陆路近远，沿黑龙江到雅克萨城下的‘居址形势’。若罗刹出战，勿与交锋，当率众引还，朕自有区划。”郎谈、彭春奉命前往侦察，至年底返回京师后，即向康熙皇帝作了汇报。他们认为：罗刹长期盘踞雅克萨，所依靠的就是雅克萨城堡。只要我们发兵三千人，携带红衣炮二十具，就可以攻取雅克萨。陆路，可以从兴安岭前往，但那里树木丛杂，行军困难，只能轻装前进；水路，可以从瑷珲出发，若沿黑龙江顺流行驶，只需半月就可以到达，若逆流行船，则需三月，所用时间是陆行的一倍。这段时间，我们正好可以用来运输粮饷、军械。因此，他们建议，增造小船以备应用，到来年春天解冰之时，即水陆齐发，一举攻取雅克萨。康熙皇帝听取汇报之后，认真分析了当时的局势，认为攻取雅克萨的时机尚不成熟。因为，如果现在发兵，则战争所需之兵源、粮饷需从内地运送，一旦受阻，军队给养困难，则难免粮饷不继、功败垂成。因此，康熙皇帝主张调兵永戍黑龙江，建立军事基地，驻兵屯田，做好充分的准备，这样一方面可以以逸待劳，先行阻止俄军进一步入侵；另一方面，将反侵略战争与巩固边防相结合，避免出现前朝那种“我进则彼退，我退则彼进，用兵不已，边民不安”的状况。因此，康熙皇帝制定了永戍黑龙江的详细计划：准备调用乌喇、宁古塔兵一千五百人，置造船舰、枪炮，在黑龙江（旧瑷珲，今爱珲之南，江之东岸）、呼玛尔二地，建立城堡，与雅克萨相对，相机进取；至于军粮，则可以科尔沁十旗及席北、乌喇之官屯中支取，但这些只够支付三年。因此，在往戍黑龙江的军队到达之后，还要即令军兵屯田耕种，以解决军粮接续问题。另外，为了确保军需充足，可在黑龙江城与索伦村之间设一驿站，在军队到达乌喇时，可令索伦诸部接济牛羊。康熙皇帝把这项计划交由议政王大臣讨论，清廷中有些官员慑于俄国强大，又畏惧黑龙江地区路遥天寒，对往征罗刹，心怀疑惧；还有些官员虽然主张出征，但反对永戍，实际上是想把俄军赶走了事。康熙皇帝力排异议，坚决主张屯兵驻守，并撤换了巴海，另派副都统萨布素、瓦礼祜领兵前往。议政王大臣见皇上主意已定，才一致同意永戍黑龙江。康熙皇帝还采纳了一部分合理意见，对永戍黑龙江的初步计划做了一些修改，将驻呼玛尔改驻额苏里。十二月二十六日，康熙皇帝又任命萨布素为首任黑龙江将军，对他负责加强边疆建设寄予厚望。萨布素到达黑龙江后即在瑷珲筑城。瑷珲，因瑷珲河而得名，原址在江东，顺治九年被俄军焚劫，成一片废墟。康熙十三年，清政府派人在此建木城，调吉林水师总督前往暂守。但那时所建之城规模甚小，远不能满足永戍的需要。萨布素到任后，请求增派兵丁，重新扩建。康熙皇帝大力支持萨布素的工作，于二十三年派副都统穆泰率盛京兵六百人，去瑷珲协助建城。扩建后，瑷珲城的规模大大增加，周长为九百四十步，合四千七百尺，并设有五门。同年，康熙皇帝因该城地处江东，比较偏僻，与内地联系有诸多不便，遂令迁至下游右岸，在托尔加城旧址另建瑷珲新城。新城规模比旧城还大，周长一千二百步，高一丈八尺，均以排木为城墙，中间以土填实。瑷珲城的建立，大大加强了东北的边防力量，而调兵永戍，则使此地成为重要的抗俄军事基地。