刘伯温也不推辞，侃侃而谈：“九华山就在池州城池附近，其下方有江水流过，陈友谅若攻池州必从水陆并进。我军可在池州城外附近设下两支人马，一支埋伏在九华山内，以包围陆上之敌，另一支截断敌军水上退路，陈友谅军若来攻打池州城，水、陆两面包抄，池州城内守军正面攻击，以三面合围之势让敌军插翅难逃！”
刘伯温的眼睛烁烁放光，朱元璋也感到一阵阵的愉悦和轻松，以往李善长为自己谋划时，心中总也不踏实，如今有了刘伯温，真的可以高枕无忧了。
朱元璋命常遇春按此计排兵布阵，设下埋伏专等陈友谅来。
果然，陈友谅的大军并未奔向安庆而是意欲直取池州城。陈友谅的人马到了池州城下，讨敌骂阵，等待多时的池州守军在城头放炮三声，埋伏在九华山中的伏兵和江水上的伏兵将陈友谅部围在当中，池州城内的人马也冲杀出来。
这一役，杀敌过万，俘获敌军精锐人马三千。
在处置这三千俘虏的问题上，常遇春、李善长都坚持就地处决，以扫除灭陈征战中的劲敌，刘伯温却力主将这三千人马全部释放，李善长甚为不解地问：“伯温，这可是姑息养奸、放虎归山呀！”
“战争伊始，我军不宜杀戮太重，当恩威并重，这样能博得人气，日后征战中获益无穷。”
朱元璋遂采纳了刘伯温的意见，然而命令传到常遇春军中时，三千人马已被常遇春杀去大半。刘伯温闻听此事后，心中暗想：常将军虽有万敌不胜之勇，可惜杀气太重。
后来，剩余的俘虏均被遣送。
灭陈的征战确实刚刚开始。当头吃了败仗的陈友谅自然不会善罢甘休，在这一年的五月，陈友谅率领他的水军顺江而下，攻打太平城。
最让陈友谅引以自豪的便是他的水军了。他亲自督选数十艘巨型战舰，这种巨型战舰高有数十丈、长上百丈、宽数十丈，可载兵士数千，浮在江面上宛如一座流动的城池。
太平城就建在江边，由虎将华云把守。陈友谅将巨舰开到城边，船舷要比太平城池还高，陈友谅命令士卒从船上跳到太平城城头上，这样太平城的城池形同虚设，没过太久，太平城便被陈友谅部攻占了，虎将华云也在此役中壮烈牺牲。
陈友谅杀徐寿辉、称帝、联张失败的消息传到朱元璋的军中，朱元璋立即召见手下高参进行商议。
刘伯温没有急于发言，倒是老德生朱升道：“陈友谅行而无德，天恶人怨，其帝位难以久矣。”
李善长面有喜色地说：“张士诚果然胸无大志，这样陈、张不能联手，我军可全力对付陈友谅了。”
朱元璋点头称是，看到一旁默不出声的刘伯温，便问：“伯温先生，你有何高见呀？”
“元帅，山雨欲来风满楼，我想不久之后必有一场恶战。”
“哦，此话怎么讲？”朱元璋不解地问。
“元帅，您想，徐寿辉他也杀了，皇帝他也做了，他最急需要做的事便是巩固位子。谁能对他的皇位构成威胁？自然是我军了。”
“伯温先生果然有远见卓识。”朱元璋由衷地赞叹了一句。
李善长却在心中愤愤不平：这个刘伯温总要显出自己的特立独行，总爱出风头。可李善长是城府极深的人，喜怒不形于色。
就在这次会议召开后不久，果然传来陈友谅亲率大军，杀气腾腾直奔应天而来的消息。这个消息无论是在百姓当中，还是军营当中都掀起了一场轩然大波，一时之间，应天城内人心惶惶。
朱元璋有心与陈友谅决一死战，即使战事失利，也可以撤退。然而众将信心不足、士气低落，让朱元璋感到十分不满，就连老成持重的李善长也主张撤走。
朱元璋的目光在人群中搜寻，他知道还有一人未发表意见，那人便是刘伯温，谁的意见都可以不听，唯独不可不听他的意见。
刘伯温今日特意混迹于众将之中，有心听听这些将领的意见，他一直没有开口说话。当他看到朱元璋的目光在人群之中寻寻觅觅时，他知道该他讲几句了，于是他从人群之中走了出来，高声说道：“孙子兵法云：‘凡先处战地而待敌者逸，后处战地而趋战者劳。故善战者，致人而不致于人。’陈友谅自恃兵强将勇，沿江而下，气势十分嚣张，这有何惧？他陈友谅已犯了兵家大忌，自江州到应天路途遥遥，江水风浪甚大，陈部抵应天时已是疲惫之师，我军以逸待劳，后发制人，何患不克？”
刘伯温对厅内的文臣武将们说：“诸位，兵将多寡并不能决定胜负，三国时赤壁之战，曹操大军兵多将广，蜀、吴联军人数少得可怜，结果怎样呢？曹孟德数十万大军在谈笑间变得灰飞烟灭。赤壁之战，蜀、吴联军靠何取胜？是谋略！”
朱元璋询问道：“伯温先生，有何妙计可以制敌？”
刘伯温道：“陈友谅心高气傲，加之兵力占优势，自认为一举可将我军消灭，兵家云：‘骄兵必败。’我们可以佯装不济，难以抵抗，引陈友谅的人马孤军深入，在途中设下埋伏歼灭敌人就变得容易多了，后发制人，可以夺取威势，制伏敌人。成就帝王大业，也就在此一役了。”
“另外，我军可效仿赤壁之战中黄盖所用的苦肉计，引诱陈友谅上当。”
“伯温先生，你不妨将细微之处也讲出来，大家好好商议一下。”
“我拟将信州交由胡大海将军去攻克，攻克信州便钳制陈友谅部的后援。常将军、冯国胜将军率领一支人马埋伏在石灰山一侧，徐达将军埋伏在南城外，另外，还有……”
大伙顺着刘伯温的思路都开动起脑筋来，朱升猛然想起一点，说：“可派杨景杨将军驻守在大胜港，张将军、刘将军统领水师镇守龙江关。”
“那么派谁去当‘苦肉计’中的‘黄盖’呢？”朱元璋沉吟着。
李善长眉毛一抖，心中物色到一个上佳人选，但他没有急于讲出来，他还要等等再讲出来。
“元帅，康茂才如何？他乃陈友谅的老乡，又是从小一起玩到大的好朋友，让康茂才假意愿为陈友谅的内应，我想陈友谅一定上当。”
朱元璋向刘伯温投去赞赏的眼光，李善长在一旁则有些懊恼不已，责怪自己太过矜持，又让刘伯温成为此次军事会上博得头彩的人。
朱元璋将康茂才招至近前，用手拍着康茂才的肩头说：“茂才，‘苦肉计’这出戏的主角就是你了，能胜任吗？”
康茂才将胸脯一挺，信心十足地说：“元帅，茂才不会让您失望。”
朱元璋对康茂才耳语了一番，康茂才得令转身去办了。
康茂才回到自己的帐中，立即修书一封，大意是：在朱元璋的军中熬来熬去也熬不出个希望，老兄如今已荣登大宝，兄弟一直想投奔到兄处，怎奈没有见面礼，今恰逢兄长统率大军顺江而下，弟在朱元璋的水师中供职，愿为内应。
康茂才派一名精明强干的心腹之人驾小船来到陈友谅的军中，将他的书信献上。陈友谅读罢哈哈哈连笑三声，说：“朱元璋你离死期不远矣。”
接下来问道：“茂才现在何处？”
“我来之时康将军正在把守江东桥。”
陈友谅将此人好吃好喝招待了一番，派人将他送回，临走时叮嘱：“回去告诉茂才，我率军赶到时，以呼‘老康’三声为信号。”
密使记在心中，回来后将整个经过一一告知朱元璋，朱元璋拍手笑道：“陈友谅这贼人中计啦！”
朱元璋亲率大军驻扎在卢龙山，静候陈友谅的到来。
陈友谅指挥舰队东下，当舰队行至大胜港水域，狡猾的陈友谅觉察到那里港湾狭小，水道通行不畅，又远远地看到岸上似乎有重兵把守，担心会中了埋伏，便将舰队撤向江东桥。抵达江东桥后，陈友谅令数名士兵齐声高喊“老康”，哪知道任凭喊声震天，也不见有人出来接应，陈友谅心中暗叫不好，赶忙命令舰队开赴龙江，当舰队行抵龙江后，陈友谅忙派士兵立栅扎寨。一场突如其来的雨，扯天扯地地下了起来。站在高处的朱元璋看到陈友谅的士卒冒着大雨立栅扎寨，觉得这个良机不可错过，趁陈友谅立足不稳，杀他个落花流水。
朱元璋一声令下，手下的士卒如同下山的猛虎向陈友谅部扑了过去，四处的伏兵也纷纷杀出。
徐达从右面向陈友谅部发起攻击，常遇春身先士卒带领人马以万敌不当之勇从左边杀出，这下可让陈友谅的人马乱了阵脚，刚刚上岸的近万名官兵又被统统赶进水中，陈友谅有些慌乱了，顾不得让这些溺水的士兵登上战舰，便急匆匆地命令战舰驶向对岸。就在这时，朱元璋的水师由张、刘两位将军率领也赶到了，陈友谅顾此失彼，应接不暇，他的巨型战舰因江水落潮纷纷搁浅，情急之下，陈友谅改乘小艇飞桨逃命。
朱元璋“痛打落水狗”，将陈友谅杀得大败而归。
此役，朱元璋收获颇丰，不但缴获了数十艘巨型战舰，还有战船数百艘，陈友谅只带着几百人狼狈不堪地逃回江州。
士气大振的朱元璋部挟大胜之余威，兵锋直指太平城，此次进攻不仅有陆路上，还有水路上，特别是那些俘获的陈友谅的巨型战舰，发挥了极大的威力，太平城重新回到了朱元璋的手中。
刘伯温在这场“应天保卫战”中着实露了脸，原来对他心存疑虑的将士们，在“应天保卫战”后无不对他佩服得五体投地。
朱元璋更是将他视作心腹，所有机密事宜无不找他谋划。
败逃回老巢江州的陈友谅一连数日没吃下饭去，他先是破口大骂康茂才：“你个该千刀万剐的‘糠心菜’，卖友求荣，你别落到我的手中……”
陈友谅骂过之后，身心疲惫，至于报仇之事，只得推迟一段日子再说。
朱元璋平乱的战役并未因一场两场胜利而收手。六月份，胡大海夺取信州后，朱元璋已将目光投向了安庆。安庆历来是兵家必争之地，扼制水陆两处咽喉。原来是徐寿辉手下悍战赵普胜从余阈手中夺去的，后便由赵普胜把守，朱元璋几次令人攻打，都未能得手，后来徐寿辉部内讧，赵普胜被陈友谅杀死，另行委派将领驻守安庆。
陈友谅在攻打应天府时，胁迫原赵普胜的部下张志雄部一同前往，张志雄心生怨恨，在那场激战中消极对待，后恐怕陈友谅加害他便率部投降了朱元璋，并献了攻取安庆的计策，朱元璋部依计攻下了安庆。