这两次战役的失败使李晔的威望损失殆尽，攻打李克用的失败使藩镇对朝廷更为藐视，其中最为可怕的对手就是李茂贞。李茂贞是陇西郡王，势力很大，甚至有当皇帝的野心。朝中一些大臣认为他太过狂傲，便对他加以指责，李茂贞都会立刻反击。还有一些大臣为了巩固自己的权势，和李茂贞联合对抗其他大臣，这使得李茂贞更为骄横，根本不把唐昭宗李晔放在眼里。
李茂贞曾在给唐昭宗李晔的信中嘲笑了朝廷对藩镇的软弱态度：“未审乘舆播越，自此何之！”李晔看了勃然大怒，召来宰相杜让能一起商议如何惩罚李茂贞，杜让能说：“陛下，您登基不久，现在国难还没有平定，李茂贞近在咫尺，我觉得不应该跟他结怨，万一打不败他，到时候后悔都来不及了。”李晔很生气，对杜让能说：“现在王室的威望越来越低了，自从打了几次败仗，将士们都万分愤痛，朕不能因为失败就任人侮辱，你只管为朕调兵输饷，朕自会委托诸王用兵，就算失败了也与你没有关系，你不必多虑。”
于是战争打响了，但是朝廷的军队最终还是以失败告终，李茂贞领兵来到长安兴师问罪。宰相杜让能站出来，用性命为唐昭宗李晔顶罪，让他逃过了一劫，但是自此大臣们和李晔更为疏远了。
李茂贞在杀死了宰相杜让能之后，更加肆无忌惮，指使宦官杀死了另一个宰相崔绍纬，再次移师长安，唐昭宗李晔被迫逃往河东去寻求李克用的庇护，但是走到半路却被李茂贞的盟友华州刺史韩建追上，韩建恐吓李晔说：“你的车马一旦渡过河去，就再也回不来了。”李晔在韩建的挟持下抵达华州，被幽禁了将近三年，期间皇室宗亲覃王嗣周、延王戒丕、通王滋、沂王禋、彭王惕、丹王允、韶王、陈王、韩王、济王、睦王等十一人都惨遭杀害。
朱温占据了东都洛阳，局势发生了巨大的变化。李茂贞、韩建和李克用三人为了抵御朱温，暂时建立起了联盟，他们宁可让唐昭宗李晔重新回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是李茂贞、韩建、李克用三人将李晔接回长安，同时宣布改元光化。
回到长安之后，宦官和官僚们之间的旧矛盾又引起了另一场危机。中尉刘季述等宦官策划要废黜唐昭宗李晔，拥立太子登基。他们将李晔关在了少阳院，为了防止李晔逃跑，又将铁溶化后浇在锁上，每天的饭食从墙跟挖的小洞里送进去，从此李晔就与世隔绝了。宦官们害怕李克用、李茂贞、韩建等人会兴师问罪，就将包袱抛给了朱温，但是朱温不想在残酷的宫廷政治中使自己陷得太深，他派人将实行政变的宦官们一个个都暗杀了，拥立李晔复位，改元天复，朱温被封为梁王。李茂贞听说唐昭宗李晔复位了，特意从凤翔赶到长安，厚颜无耻地请求加封岐王。
宰相崔胤想借朱温的力量诛杀宦官，于是宦官韩全诲和李茂贞联合，让李茂贞将兵马驻守在京城，保护长安。半年后，朱温领兵讨伐韩全诲，韩全诲带着李晔逃到了凤翔。朱温紧追不舍，将凤翔城包围起来长达一年多。李茂贞的粮草耗尽，城里每天饿死和冻死的就有上千人，吃人的现象很普遍，李晔也只能靠喝粥勉强维持，浑身乏力，那时人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，御膳房没有别的原材料，就用这些肉做御膳给李晔补充营养。
天复三年（903年），李茂贞再也守不下去了，于是和唐昭宗李晔商量，把韩全诲等二十多名宦官全部杀掉，将他们的首级送给城外的朱温，同时把李晔也交给了朱温，朱温带着到手的皇帝撤兵东去。
朱温发迹，挟天子以令诸侯
朱温是宋州砀山人，父亲朱诚是一位乡下的教书先生，一家人的日子虽然不怎么富裕，但是也其乐融融，谁知天降横祸，朱诚忽然得了一场病，连后事都没来得及交代，就撒手而去，留下了妻子和三个孩子。朱温的母亲独自抚养三个孩子，日子过得十分艰难，为了养活他们，她到萧县的一个大户人家去帮佣。朱温小时候不喜欢耕田，但很喜欢打猎，经常带着弓箭去山里打猎，打到野兔山鸡等野味就带回去给家人改善生活。
朱温二十多岁的时候，关东地区连年遭遇饥荒，黄巢在曹州、濮州地区发动农民起义，有成千上万的饥民们自愿追随他，朱温跟他的二哥朱存也加入了黄巢的起义军，因为冲锋陷阵十分英勇，所以被提升为队长。黄巢攻陷长安后，派朱温领兵驻扎在东渭桥，正好赶上夏州节度使诸葛爽率领部队驻扎在栎阳，黄巢就命令朱温去招安诸葛爽，诸葛爽在朱温的劝说下也投奔了黄巢。黄巢觉得朱温办事得力，又任命他为东南面行营先锋使，让他带兵进攻南阳，朱温不负众望，成功地攻下了南阳，朱温得胜回到长安，黄巢十分高兴，亲自去迎接他并设宴慰劳他。在这之后，黄巢派朱温向西到兴平抵御邠、岐、鄜、夏等地的军队，每到一地朱温都立下战功。接连打了胜仗的朱温，又乘胜追击，从丹州南下，去攻打左冯翊郡，成功拿下了那里，占据了全郡。
当时，河中节度使王重荣屯扎了数万军队，想联合其他诸侯收复左冯翊。朱温与王重荣所占据的土地边界相接，多次被王重荣打败，于是向黄巢请求支援。但是朱温上奏了十次都没有回应，其实是被黄巢的监军使所隐瞒，没有送给黄巢。朱温同身旁的心腹商议，杀了黄巢的监军使，率领全郡的军民一起投降王重荣。王重荣当天就高兴地写成奏章上报朝廷。唐僖宗李儇看了奏章说：“真是个令人振奋的好消息啊，这是上天赐给我的，我不能辜负上天的旨意。”于是李儇下诏让朱温担任左金吾卫大将军，兼任河中行营副招讨使，又给他赐名为全忠。
朱温率领他的部下以及河中的士兵一起行动，所到之处全部成功攻下。李儇龙颜大悦，命令朱温等候时机收复京城长安，当即到藩镇赴任。等到黄巢军队从蓝关撤走，朱温便同诸侯们的部队一起去收复长安，率领部下捧着符节东下，进入梁苑。当时的蔡州刺史秦宗权同黄巢的余党联合，一起包围了陈州。由于汴州、宋州连年遭遇饥荒，百姓都很穷困，连饭都吃不饱，国家也十分拮据，钱库和粮库都空了，外面被强大的敌人攻击，内部又有难以控制的军队，简直就是雪上加霜。朱温领兵到达鹿邑，与黄巢一伙狭路相逢，他英勇抗击叛军，杀敌两千多人，然后带着队伍进入亳州，兼并了谯郡。
之后，朱温和许州田共同收复了瓦子寨，杀死叛军数万人。在陈州有叛军的营寨，那些人惨无人道，因为缺少粮草，就劫持当地的老百姓，把他们编列户籍，杀了当作粮食。朱温分兵消灭他们，经历了四十余次战斗，最终攻取敌营，敌将骑着马逃奔到别处去了。
朱温同李克用的军队班师回到汴州，把李克用安置在上源驿客馆里，又安排了周到的犒劳宴，李克用喝醉酒借机大发脾气，说了朱温很多坏话，朱温十分气愤，当天夜里就命令部下围住李克用的住地攻击他。由于下起了雷阵雨，李克用趁机翻墙逃走了，朱温只杀了李克用的几百个部下。