田令孜此时已经势衰力孤，但是仍然想继续控制李儇，作为保护自己的屏障，所以劫持他逃往宝鸡。大部分的朝廷官员都很痛恨田令孜，于是率兵进攻宝鸡，田令孜又带着李儇逃往汉中。光启二年（886年），襄王李煴被挟持到长安立为傀儡皇帝，改元建贞，唐僖宗李儇被尊为太上元皇圣帝。失势的田令孜知道自己已经不为天下所容，只好让位给杨复恭，到成都去投靠哥哥陈敬瑄。
文德元年（888年），唐僖宗李儇因病驾崩，年仅二十七岁。杨复恭立寿王李晔为帝，就是唐昭宗。杨复恭代替了田令孜担任观军容使，把田令孜的干儿子王建调出来担任壁州刺史。可是王建夺取了利州，自命为防御使，又攻占了很多地方。唐昭宗李晔无法阻止，只好在这些地方设置永平军，任命王建为节度使。
田令孜想和王建联合对抗朝廷，就写了一封信给他，王建很高兴，但是不知为什么，田令孜后来又反悔了。王建对此十分愤怒，就率兵包围了田令孜所在的城池。田令孜登上城楼向王建道歉，问他为什么要把城围困住。王建说：“我也不想这样，只要义父您改变自己的打算，那么我们父子之间仍然可以像当初一样和谐相处。”田令孜要求和王建面谈，王建答应了。当天晚上，田令孜来到了王建的军营，王建却把田令孜和陈敬瑄抓起来，关在了碧鸡坊。
两年之后，田令孜和陈敬瑄在同一天被处死。临刑前，田令孜把丝绢撕成条，结成了绳索，交给行刑的人，教行刑的人如何用绳索行刑。田令孜叹了一口气说：“哎，我曾经风光一时，担任了十军的观军容使，现在虽然要赴死了，但还是要有一定的规矩。”一个曾经权倾朝野的大宦官，就这样死在了自己亲手扶植起来的干儿子手里。
宦官干政的终结
在唐昭宗李晔即位之初，除了藩镇势力的扩大，最主要的问题就是宦官干政，此时的宦官头目就是力排众议拥立他登上皇位的杨复恭。
杨复恭是枢密使杨玄冀的养子，宦官杨复光的堂兄，他家世代都是十分有权势的宦官，从小就进入宫中任职。唐僖宗李儇在位期间，爆发了长达十几年的农民起义。王仙芝和黄巢领导起义军攻克了东都洛阳，又拿下了长安，宣布建立大齐政权。李儇在田令孜的挟持下，仓皇逃往成都。此后，田令孜专权，杨复恭称病退隐。在田令孜失势后，杨复恭又重新复出，他惩处了一批田令孜的心腹和爪牙，深得民意军心。后来，朱玫、李昌符等朝官拥立襄王李煴为帝，在杨复恭的周旋下，他的养子杨守亮率领军队与王重荣和李克用共同讨伐朱玫，朱玫最后被自己的部将王行瑜斩杀，李煴被王重荣所杀。
唐僖宗李儇驾崩后，杨复恭拥立李晔登基，但是李晔并没有像唐僖宗李儇信赖田令孜那样信赖杨复恭。李晔表面上对杨复恭十分尊敬，但是又尽量回避与杨复恭的接触，更不会和他商议政事。李晔还经常和大臣们探讨如何才能限制宦官，提高自己的权力。
有一次，李晔的舅舅王瓌要求出任节度使，李晔问杨复恭能否予以任命，杨复恭对李晔说：“陛下，吕产、吕禄败坏了汉朝，武三思败坏了唐朝，所以外戚一定不能当封疆大吏，您可以封他个闲职，否则怕他有了地盘之后，不再听朝廷的指挥。”但是李晔还是让舅舅王瓌出任了黔南节度使，杨复恭担心王瓌会和自己争权夺势，在他赴任的途中，派自己的亲信把王瓌所乘的船弄沉，王瓌一家和仆人全部淹死。事后，杨复恭对皇帝说王瓌是因为船出了故障所以不幸遇难的。当李晔得知了王瓌的真正死因后，对杨复恭深恶痛绝。所以无论是对权力的争夺，还是私人恩怨，杨复恭都成为了李晔心中的最大敌人，因此李晔下决心要将他除掉。
杨复恭为了巩固自己的权力，通过收干儿子培养了很多党羽，他将几百个宦官干儿子派往各地做监军，牢牢控制住军队，又认了很多朝廷官员当干儿子，将他们派往各地担任刺史，从而把持地方政权，号称外宅郎君。为了除掉杨复恭，李晔对杨复恭的干儿子们进行拉拢，用离间计挑拨双方的矛盾，以便趁机除掉杨复恭。
杨复恭有个干儿子叫杨守立，本名胡弘立，是天威军使，脾气十分火爆，士兵们都很害怕他。但是杨守立对义父杨复恭十分尊敬，两个人的关系非常好。唐昭宗李晔想利用杨守立来打压杨复恭，他对杨复恭说：“你的义子杨守立英勇善战，我想让他来宫中担任守卫，你带他来吧。”杨复恭见自己的干儿子受到皇帝的赏识，十分高兴，很快就把杨守立领进宫。李晔封杨守立统领六军，赐姓李，赐名顺节。杨守立为了博得皇帝的欢心，经常向李晔打小报告，揭发义父杨复恭的种种不法行为。杨复恭发现自己的干儿子开始和自己争权夺势了，心里十分气愤。
有一天，李晔和宰相们正在大殿上商量镇压藩镇的事情，杨复恭有事要面见皇帝，他说自己的身体不好，不能走太多路，让轿夫把轿子抬到了大殿上，到皇帝跟前才下轿。宰相孔纬看不过去了，便对李晔说：“陛下，您身边就有反叛之人，何况那些鞭长莫及的地方？”李晔听到后假装吃惊地问：“爱卿，我不懂你的意思，你说的反叛之人在哪里呢？”孔纬指着杨复恭说：“陛下，此人近在眼前，就是他！”杨复恭惊慌失措，连忙说：“臣对陛下忠心耿耿，岂是叛逆之人？”孔纬接着说：“陛下，杨复恭不过是个奴才，竟然坐着轿子直接来到大殿上，这是对你的不尊敬，而且他还广结党羽，到处认干儿子，其中有很多人掌管禁军或者担任节度使，这不是明显的要造反吗？”杨复恭辩解道：“我收养义子是为了广收人心，更好地辅佐皇帝，怎么能说是要造反呢？”李晔厉声说：“你说是为了收拢人心替国家着想，但是为什么让他们姓杨而不姓李呢？”杨复恭无言以对，面红耳赤。从此，杨复恭和唐昭宗李晔之间的矛盾就公开化了。
杨复恭看皇帝对自己的态度越来越不好了，恼羞成怒，写信给在各地的干儿子们，让他们拥兵自立，不再给朝廷进贡。龙剑节度使杨守贞和洋州节度使杨守忠听了义父的话，开始不向朝廷进贡，还上书攻击李晔昏庸不作为。李晔作为报复，夺了杨复恭的兵权，派他到凤翔去做监军。杨复恭违抗圣旨，留在长安不上任，上奏要求回家养老，本来他只打算用这个理由要挟李晔收回成命，谁知李晔竟然同意了他的请求，免去了他的官职，只给他留了一个上将军的空闲职位，让他回家颐养天年。杨复恭要挟不成，反而失去了兵权，异常痛恨李晔，派人将传旨的使臣杀死在归途中，然后逃到山中隐居。不久之后，耐不住寂寞的杨复恭又回到长安的官邸，他的官邸距离玉山军营很近，他的干儿子杨守信是玉山军使，经常到家中来探望他，于是他把杨守信叫到家中，一起商议下一步的计划。杨复恭还给他的侄子兴元节度使杨守亮写信，说唐昭宗李晔对不起自己，忘恩负义，不仅不知道知恩图报，还百般刁难他，后悔当初拥立他登基。他指示杨守亮要囤积粮草，积极练兵，不要给朝廷进贡，公开和李晔对抗。
有人得知了杨复恭的动向，向李晔密报了杨复恭同杨守信和杨守亮合谋造反。李晔把以往搜集到的关于杨复恭的罪证连同谋反的消息一同公布，派人带兵去逮捕杨复恭。杨复恭违抗圣旨，抵抗官兵，杨守信也带兵前来助战，双方大战了一天一夜。守卫城门的禁军想趁乱打劫，李晔对此早有准备，命令宰相刘崇望率领兵马守护财物，防止有人抢劫。刘崇望看到禁军的所作所为，厉声斥责道：“如今圣上正在亲自督战，你们都是拿朝廷俸禄的守卫之人，应当前去杀贼立功，你们趁火打劫，难道不觉得羞愧吗？”将士们听了之后都表示愿意跟着刘崇望前去助战。
杨复恭看到刘崇望带兵增援，知道自己再继续对抗下去如同以卵击石，于是带领全家出逃到兴元。杨复恭出逃后，李顺节也失去了利用价值，李晔命令两军中尉铲除李顺节，两军中尉以皇帝的名义诏李顺节入宫，李顺节在宫门处被侍卫拦住，扣押了他随行的三百余名士兵，只让李顺节一个人进宫，李顺节一进宫，就被埋伏的士兵杀掉了。
杨复恭到了兴元之后，集中兵力向朝廷开战，李晔借助各地节度使的力量和杨复恭对抗。经过一年多的战斗，杨复恭的军队被节度使李茂贞打败逃亡到别的地方，在路途中被捉，当即被斩首。
杨复恭死后，唐昭宗李晔夺回了朝廷的政权，一鼓作气地狠狠打击了多年以来骄横跋扈的宦官们，使宦官势力遭到了重创，宦官干政得以终结。
初伐强藩，见欺茂贞
唐僖宗李儇执政时期，中央禁军已经被彻底摧毁了。所以到了唐昭宗李晔执政时期，藩镇的势力已经极度猖獗，几乎到了失控的局面。面对这种情况，李晔意识到朝廷孱弱是因为没有一支足够强大，可以用来震慑藩镇的军队，所以才导致藩镇各自拥兵，不把朝廷放在眼里。因此，他即位之后，就开始招兵买马、扩充禁军，召集了十万兵马，想要通过武力来收回李唐河山。
在禁军初步组建好之后，李晔便开始集中兵力对抗藩镇。他下诏剥夺了陈敬瑄的官爵，任命韦昭度担任行营招讨使，让他率兵出征，让山南西道节度使杨守亮、东川节度使顾彦朗协助韦昭度，同时新设了永平军，让王建担任节度使和指挥使。
讨伐西川的战斗开始了，但是这次战斗进行得并不顺利，杨守亮和顾彦朗各自有一方领地需要镇守，所以抽不出太多的兵力，负责领兵的韦昭度又是个文人，不懂得调度兵马、安排战局，再加上禁军刚刚组建，没有进行过系统的训练，所以人数虽多，却不堪大战。在这种情形下，王建成为讨伐西川之役的主力军，但是王建已经得到了朝廷的封地和奖赏，所以并不急着和陈敬瑄速战速决，他一边扩充自己的兵力，一边四处游说、收买人心，他将这些人收拢在自己的麾下，兵力和声势大大增长了。经过几年的征战，除了成都，整个西川基本上都被王建掌控了。当朝廷召回征讨西川的军队时，王建的羽翼已经丰满，所以没有跟随韦昭度回长安，而是选择留在了西川，自立门户。
除了西川之役，同时进行的还有河东之役。朱温、李匡威、赫连铎联手打败了当时的河东节度使李克用。李克用出身沙陀贵族，他曾经帮助唐朝消灭了黄巢的起义军，为兴复唐室立下了汗马功劳，也曾经带兵攻打过长安，逼迫唐僖宗李儇再度流亡他地，唐昭宗李晔也为此饱受颠沛之苦，而且当时对朝廷威胁最大的几股藩镇势力中，李克用的军队最为强大。李克用的兵马不仅数量多，而且士兵都训练有素，兵强马壮，实力不可小觑。
李晔即位后一直想要削弱强藩势力，首先就将李克用列为了攻打的对象，但是当时的中央禁军不仅人数不多，也缺乏训练，根本无法与李克用的军队相抗衡，只能借助其他藩镇的力量。所以这次战斗的胜利，令李晔十分欣喜。
第一次战斗结束后，朱温、李匡威、赫连铎三人上书李晔，表示希望继续攻打李克用，李克用不除终是大患。李晔接到奏章后很高兴，李克用是他的一块大心病，如果真的能把他彻底铲除那是再好不过的事情了，但是李晔也有一些担心，毕竟李克用在黄巢起义中为李唐王室立下了赫赫战功，这次趁着李克用大败而归再次去讨伐，有点趁人之危的感觉，更重要的是，这次能否再像上次一样打败李克用还是个未知数，一旦李克用胜利了，那李晔将会落入非常不利的境地。李晔一时难以决断，就召开了殿前会议，让三省和御史台的四品以上官员一起商讨这件事，没想到除了个别大臣同意之外，绝大部分的大臣都反对再次攻打李克用。但是胜利的诱惑实在是太大了，李晔最终还是决定再次讨伐李克用。他任命宰相张浚为行营都招讨，又任命了几个节度使为招讨使，组成了一个讨伐联军。
李克用听说了这件事，他觉得张浚所率领的中央禁军是乌合之众，根本不足挂齿，朱温虽然实力比较强，但是由于敌人众多，无法全力进攻，也不会构成重大的威胁，只有李匡威和赫连铎所率领的军队才值得留意。李克用派了少数人马去对付张浚和朱温，自己则率领主力部队抵御李匡威和赫连铎。张浚好大喜功，他生怕被同去的几个节度使抢去功劳，于是不顾自己率领的中央禁军实力微弱，莽撞向前，遇到了号称河东第一猛将的李存孝。李存孝带的军队不多，但是面对比自己数量多十倍的禁军却丝毫没有惊慌，他设下了一个圈套，诱使张浚的前锋中了埋伏，于是轻而易举地活捉了张浚的前锋官。张浚军的失利，大大挫伤了联军的士气，朱温的军队也接连打了几个败仗，李匡威和赫连铎虽然一开始还算顺利，但是李克用率领的主力部队赶到后，他们就难以抵挡了，狼狈逃走，损失了一万多的兵马，李匡威的儿子和赫连铎的女婿成了李克用的俘虏。打败了李匡威和赫连铎之后，李克用率领大军击溃了张浚的军队，河东战役就这样结束了。
中央禁军在这一战中损失殆尽，唐昭宗李晔面对这样的结果十分懊悔，自己即位后为了削藩所做的所有努力全都付之东流了。西川之役虽然消灭了田令孜，但是却失去了西川，让王建在那里建立了自己的独立王国。朱温在战役中坐收渔翁之利，帮助李晔打仗提高了声望，李克用被削弱也解除了一定的威胁，朱温得以集中精力去消灭周围的其他势力，从此实力一天天壮大起来，成为了中原的霸主。