徭役的名目也日益繁多，分里甲正役、均徭和杂泛差役。里甲正役办纳粮草、上供物料，有额办、坐办、杂办诸名色。均徭供衙门差遣（上自朝廷、下至司府州县），有银差、有力差，力差是由农民亲身应役，银差则以银代役。杂泛差役以应“上命非时”诸差役。明中期大规模的徭役征发十分严重。弘治时，仅修建、河工两项通计役夫不下百万，诸王之国役夫供应亦四十万，以至“赋重役繁未有甚于此时者”。由于官吏士绅的徭役可以优免，豪强地主可以买通官府，放富差贫，所以杂泛差役只能由贫苦农民负担。徭役的沉重，是农民逃亡和起义的原因之一。明太祖洪武二十六年，天下人口为六千零五十四万余，至明孝宗弘治元年（1488），只剩五千零二十万，大量农民被迫投靠富豪势要或辗转流亡。正统、景泰时，从山东、山西等地流亡到河南南阳，湖广襄、樊等地的流民有二十余万户。天顺、成化时，陕西、山西、河南人民流徙荆襄等处，日数万计，以致阖县无人，有者十去七八。为防止农民流徙，明政府制定了逃民周知册，通过里甲、关津、禁山、搜山等措施控制流民，有时甚至进行残酷的镇压。
明朝中期，在全国各地先后爆发了多次农民起义，其中规模较大的三次是正统时赣浙闽山区叶宗留、邓茂七起义，天顺、成化时荆襄郧阳山区刘通、李原领导的农民起义和正德时从河北平原发动的刘六、刘七起义。此外，还有与河北起义相配合的江西农民起义和四川农民起义等。
张居正的改革明中期的一系列农民起义，使明政府在世宗嘉靖初年不得不先后施行了一些减轻赋税、抑制宦官、裁撤锦衣卫官校、停止传奉官等措施，并勘查皇庄和勋贵庄田，把部分土地退还给农民。
嘉靖时，宦官的势力受到排斥，形成权臣专政的局面。在权臣之间，又出现长期的门户之争。内阁大学士开始有首辅、次辅和群辅的区别。首辅位极人臣，一切朝政都归其调度。为争夺首辅的权位，大学士联册结党，攀引门生，互相倾轧排挤，采用各种权术打败竞争者。张璁（孚敬）、夏言、严嵩、徐阶等都是通过这些手段出任首辅的。嘉靖中叶，严嵩专权，外患频仍。与此同时，地主官绅的兼并土地之风有加无已。除张孚敬、严嵩、徐阶等在乡间广占田亩外，隆庆和万历初年，还出现了“豪家田至七万顷，粮至二万，又不以时纳”的情况，豪绅地主有权免赋免役，贫苦农民的生活更加痛苦。官僚多徇情受贿，贪污成风。贪污的盛行和庞大的军费支出更造成财政的困难，政府每年所人二百万之额，不能充所出之半。嘉靖三十年（1551）明朝政府于南畿、浙江等州县增赋一百二十万两，称“加派”。三十六年又在江南等地增役银四十万两，称“提编”。以后又出现箕敛、派括、算税契、折民壮等加派名目，造成赋役沉重和负担的不平均，逃丁的现象十分严重。从维持明王朝的长远统治出发，统治阶级内部的某些官吏，开始仿效明初周忱等人的做法，行均赋均役之政，以防止农民流徙。十六年，欧阳铎为应天巡抚，与苏州知府王仪施行征一法。四十年，庞尚鹏为浙江巡抚，初行十段锦法，后改行一条鞭法。十段锦法以丁粮或田亩派役，与当时徭役日益按地编派的倾向符合。当时在福建等地还施行过纲银法。纲银法将银差和力差改为代役银，量地计丁征收，比例是丁四粮六，与一条鞭法更加接近。
一条鞭法是一种比较全面的赋役改革，始行于嘉靖初年。庞尚鹏、王宗沐、刘光济、海瑞曾在浙江、江西、南直隶等地区陆续推行过。这些地方上的改革，对首辅张居正的改革措施不无启示和推动。
穆宗隆庆六年（1572），徐阶的门生张居正勾通司礼太监冯保，取代高拱任首辅。为缓和阶级矛盾，挽救明朝统治的危机，他从军事、政治、经济等方面进行整顿，尤重于经济的改革，企图扭转嘉靖、隆庆以来政治腐败、边防松弛和民穷财竭的局面。
隆庆五年，明政府在张居正等人的主持下，实行与蒙古俺答汗之间的茶马互市政策，张居正执政后，起用戚继光和李成梁等，加强了蓟门和辽东等地的边备，北方的边防更加巩固，在二三十年中，明朝和鞑靼没有发生过大战争，使北方暂免于战争破坏，农业生产有所发展。万历七年（1579），张居正又以俺答汗为中介，代表明朝与西藏黄教首领达赖三世（索南坚错）建立了通好和封贡关系。
在政治上，张居正力求加强君主专制中央集权的政治制度，贯彻“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”的为政方针。他严格考察各级官吏，裁撤冗官冗员，提拔和重用有才能的官员，为提高行政效率，张居正于万历元年六月奏行考成法，处理章奏，事有责成，令有程限，立文符以考稽，不得延宕推诿，中央政令遂能较快地在全国实行。
张居正最突出的改革成就是在经济方面，首先他积极支持治黄治淮。万历六年，任命右都御史兼工部左侍郎潘季驯督修黄河。七年，河工告成，黄河不再南流入淮，漕船也可直达北京。丈量土地和赋役改革是张居正颁行的重要经济政策。他看到当时国匮民穷的根本原因是豪强兼并土地和贪吏盘剥农民。为“强公室、杜私门”，不顾豪强地主和勋戚的反对，于次年十一月下令各省清丈土地。任命户部尚书张学颜主持此事，并颁行清丈条例。这次清丈田亩，除补足原额外，有些省且多余额，全国土地的总额约有七百余万顷，比弘治时的土田数有显著增加，还清出一些浮粮，使豪强地主多少受到了抑制。九年，张居正又在此基础上，把嘉靖以来先后在浙江、江西、南直隶等地施行过的一条鞭法，在全国范围内推广实施。他当政期间到他逝世后十年中，是一条鞭法最盛行的时期，也是经过长期实践后，对这一赋役法的某些环节不断加以扬长弃短的时期。一条鞭法规定按照丁、粮派役，把一部分差役逐渐转入地亩之中，使一部分无地或少地的农民，多少减轻了丁役的负担。此法又规定把赋税和差役合编为一，这就简化了赋役的名目和征收的手续，使官吏和豪强地主不易通同作弊，勒索农民还规定让农民交纳代役银，然后再由政府雇役，这种折银制度的确立，促进了明中叶以后商品货币经济的继续发展，农民对封建国家的人身依附关系也较前有一定的松弛。
明末农民起义和明王朝的灭亡
明后期社会矛盾的激化 明末，社会矛盾继续加深，土地空前集中。神宗时，皇室的庄田达两万一千多顷，其中一部分已扩张到江南。神宗之弟潞王朱翊谬在湖广等地占田四万顷。神宗子福王朱常洵在山东、河南、湖广占田两万顷，三女占田共七千五百顷，以后桂、惠二王又占田一万顷。直隶、山西、山东、河南、四川、湖广等省王庄密布。地主官绅也争相置产，这些人对田土的侵夺，比王庄、皇庄尤剧。河南的缙绅富室占田少者六七百顷，多者千余顷。在土地肥沃的苏、松、杭、嘉、湖五府地区，已达到“有田者十一，为人佃作者十九”的程度。在拥有水利灌溉的成都平原地区，十分之七的土地是王公占田。在封建地主阶级兼并土地过程中，大量劳动人民沦为贵族、地主的佃农、雇工和奴仆。王公、勋戚向佃农征收高额银租，每亩地收租银三分、五分，甚至一钱。桂惠二王年收租银至三万两，福王每年收租银达四万六千余两。一般地主豪绅则主要征收实物租，江南一亩之收，多则三石，少者不过一石，私租却重至一石二三斗至两石。除正租外，还有各种附加租额和从地主那里转嫁来的差役、赋税和高利盘剥。
贵族、地主对佃农的人身束缚也很严重。河南等地的佃农不仅须无条件地替地主服各种杂役，而且未经地主给假不得自由行动。豪绅地主和王府亲随在各地私设公堂、吊拷租户、驾帖捕民、格杀庄佃，无所不为。沦为长工和奴婢的农民，无论在法律上和实际生活中都没有自由可言。神宗时，江南等地的地主士绅往往有役使奴仆千百人者。奴仆的身份比长工、佃农更为低贱，一经与主人立契，世代都不能脱籍，时称“世仆”。
封建国家的赋税徭役也极为苛重。一条鞭法在具体执行中弊窦滋生，难以减轻广大贫苦农民的负担。丁银（即分配到丁口中的差役银）苛重，分配不均。有的重至三分、五分，还有的重至一钱、三钱甚至五钱。地主富户往往买通官吏，躲避差徭，把丁银分派在无地或少地的农民身上。在折银方面，贫苦农民需卖粮食缴纳赋役银，又要遭受高利贷和商业资本的盘剥。许多人无银可纳，无粮可卖，无贷可借，只有流亡。
田赋加派不断增多。万历四十六年，明朝统治者因辽东的战争，在各地加派赋税，称为“辽饷”。崇祯时又因镇压农民起义先后加派“剿饷”和“练饷”，旧饷加三饷每年要增赋银两千多万两。地方官吏还从中加征“火耗”，甚至加二加三，以至一些中小地主也相继破产，农村经济日益凋敝。
为了攫取更多的货币，躲避差徭，官绅地主多兼营官店、牙行、囤房、典债、盐酤等。在北京的勋戚王公除霸占庄田外，又纷纷经营窑场（煤窑、灰窑），开设店铺。他们利用封建特权在各地包揽商税，垄断市场，无所顾忌地掠夺城市贫民、小商人、小手工业者的财富。
与此同时，明朝政府也加强了对工商业城镇的掠夺。从万历二十四年起，神宗派出大批矿监税使，以征收矿税、商税为名，在各地大肆搜刮各种珍宝和金银。这些宦官在各地公行抢掠，随意捕杀人民，还在城乡交通路口设置关卡，苛税极其杂多。工商业比较发达的城镇中，不断出现店铺倒闭、手工业工人失业的现象。在矿税监的横暴掠夺下，城市的工商业日趋凋敝。自二十七年后，各地纷纷爆发城市居民反对矿监税使的斗争，参加斗争的基本群众是城市的下层居民，包括小商人、小手工业者和城市贫民。较大规模的城市居民的反抗运动，反映了封建社会后期阶级矛盾的激烈和扩大。
封建统治者更加穷奢极欲。明神宗除挥霍每年送入皇宫的一百二十万两金花银外，还觉用度不足，一次即向户部索银二千万两，皇太子和公主的婚礼费用银达九百三十四万两，皇帝修陵墓用银达八百万两，宫内奴役宫女九千人，宦官上万人。而贫苦农民在残酷的封建剥削下，却经常吃草根树皮，在灾荒的年月甚至吃雁粪、白土和石粉，到处是饥馑和死亡。万历十五年前后，被统治者称为“饥民”、“叛民”、“山贼”、“流寇”的破产农民，已经不断掀起聚众抗官的斗争十六年，在今安徽、湖北、江西交界地区，爆发了刘汝国领导的农民起义。起义军“割富济贫”，队伍很快发展到数万人，刘汝国自称“顺天安民王”、“划富济贫替天元帅”。次年春，刘汝国被俘牺牲，起义失败。明朝后期，各地农民也纷纷利用白莲教组织起义，其中主要的有熹宗天启二年五月，徐鸿儒、王好贤等于山东郓城一带领导的起义等。
明代后期，统治阶级内部的斗争也十分复杂尖锐。以皇帝、宗室、宦官、勋戚为主的皇家地主集团和包括权臣以及各地官绅在内的官绅地主集团是当时社会上主要的统治势力。中小地主、中下级官吏和地主阶级知识分子的一部分依附在大地主集团的周围，是大地主集团利益的维护者，在万历时分为浙、楚、齐、昆、宣各党，天启时大多合为阉党。另一部分则在经济上受排斥，政治上无势力，为了挽救明朝的统治危机，他们也形成一股政治力量，与大地主集团展开激烈的冲突，被称为东林党。东林党人是大地主集团的反对派，代表了中小地主阶层的利益，他们的主张也部分地反映了新兴市民阶层的要求。尽管非东林党之间也有矛盾，但它们都一致攻击东林党。在这些党派之中，以浙党声势较大，浙党首领沈一贯、方从哲还先后出任内阁首辅，地位十分显赫。
万历后期，党争以争国本为主线，先后有三王并封之争、福王就国之争、三案之争。李三才人阁的事件也成为当时党争的中心。在党争过程中，东林党人反对当权派的胡作非为，反对王公、勋戚对田土的掠夺，反对矿税监的横征暴敛。其斗争有一定正义性，也产生了一定的成效。在东林党的反对下，神宗终于立常洛为太子，勋戚郑氏的势力受到一定的压抑。
熹宗天启年间，党争达到高潮。最初，东林党曾占上风，不久，反东林诸党与宦官魏忠贤相勾结，形成“阉党”，对东林党施以残酷的报复。天启五年，杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章被逮锦衣卫狱论死。六年，又先后逮捕高攀龙、周顺昌、黄尊素、缪昌期、李应升、周宗建、周起元等人，高攀龙在无锡自杀，其余皆人北京诏狱，蹂躏以死。各地群众为了保护蒙冤的东林党人，进行了反阉党的斗争。同年三月，魏阉缇骑到苏州逮捕周顺昌，苏州群众极为愤慨，方开读假诏时，群众即起而打击缇骑，当场击毙缇骑一人。后为首的颜佩韦、周文元、杨念如、马杰和沈扬五人被处死。这次事件即著名的“开读之变”。