地方官制最初也沿袭元代制度，置行中书省或中书分省，有平章政事、参知政事等官，平章政事总揽一行省中的兵、刑、钱、谷等事，职权甚重，中央极难驾驭。洪武九年，明朝政府改行中书省为承宣布政使司，与提刑按察使司和都指挥使司合称三司，布政使掌民政和财政，提刑按察使掌刑，都指挥使掌兵，分三衙门互不统属，分别隶属于朝廷各部院（见都、布、按三司）。边方各地则置行都指挥使司或由宣慰使司、宣抚使司统管。无论内地或边方，都须分别听命于朝廷。
明太祖为了加强监察机构的职能，改御史台为都察院，设都御史、副都御史、佥都御史等官，下属十二道或十三道监察御史。都御史、副都御史与尚书、侍郎永乐后多挂衔出使，为地方的巡抚或总督，事毕撤除。监察御史虽为七品小官，但可访风问俗，提调复审冤案，罢黜官吏，一般事皆可自决，大事可直奏皇帝，为天子耳目之臣。这种制度，起到了加强朝廷控制地方的作用。
明朝政府设置了比唐、宋更为完备的科举和学校制度，以培养封建政权的候补官僚。学校分为府州县学和国子学两种，国子学后改名国子监，在府州县学读书的学生称生员，在国子学读书的学生称监生，监生大多数是地主官僚的子弟，其中还有一部分是土司的子弟。府州县学生员可贡人国子学读书，也可以通过考举人、进士得官。国子学结业后则可直接做官，或经科举做官。洪武时，很多监生经短期学习，即调往各地“历事”，任教、清军、整顿赋役、兴修水利多用监生，有的骤被超擢为布政使、按察使等官吏。科举始设于洪武三年，六年即废。十八年再开科举，十八年一次取录多至六百人，其考试时间、课目、程序皆为明清张本。荐举有聪明正直、贤良方正、孝悌力田、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民等目，而吏部奏荐举当任官者，多至三千七百余人，少者亦达一千九百余人。永乐后，学校和荐举并存，但科举最为通行，仕途日狭。
为了加强封建国家的武装力量，明太祖仿唐府兵制，参以元法，颁行卫所制度。卫所遍布全国各地，大抵五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百一十二人为一百户所，共有军队约二三百万。军队的来源有从征、归附、谪发、垛集，主要是靠垛集，即征兵。军士别立户籍，叫做军户。军户出正军，但防守或屯种也由其出余丁供给。遇国家有事，兵部派遣都督充总兵官统领，事罢撤除。这样，兵部、都督府、总兵官都不能独专兵权。
明太祖提倡法制，刑用重典。他和他的臣属用了二三十年的时间来制定《大明律》。该律在佃农、雇工、奴婢对田主的人身依附关系方面虽比以前略有松弛，但更重要的是明朝政府为维护地主阶级国家的统治，在新的历史条件下，把地主阶级的特权在法律上重新巩固下来。明律简于唐律，严于宋律。所规定的擅专铨法、纠集朋党者斩等律令均为首创。明太祖在明律外，又颁布《大诰》、《大诰续编》、《大诰三编》和《大诰武臣》，记载了很多有关打击豪强、惩治贪污以及防止人民流亡的事例和法令。凡大诰三编所列，凌迟、枭首、族诛成千上万，斩杀不下万数。
洪武十五年，设专门从事特务工作的锦衣卫，其下有镇抚司，设有法庭、监狱和各种残酷的刑具。锦衣卫由皇帝直接派人率领，职能是侍卫皇帝，司仪仗，特别是专门镇压京师地区劳动人民的秘密结社组织和反抗活动，同时也侦察、逮捕那些企图反叛皇帝的勋臣和官僚。镇抚司的法庭、监狱叫“诏狱”，俗称“天牢”，仿自前代，刑罚最为凶残。明朝酷政之一的廷杖，在洪武时已开其先。
专制主义中央集权政治的加强还表现在对人民和土地的严格控制上，洪武十四年，明朝政府在洪武三年制定的户帖的基础上，经过长期的户籍调查，在各地编制了赋役黄册。二十四年准奏攒造赋役黄册格式。黄册以户为主，详细登录各户人丁、事产及其变动的情况，每隔十年要重新编造一次。洪武二十年，明朝政府又经过普遍丈量土地，在各州县编制了鱼鳞图册，以土地为主详细记载了每乡每里每户土地的类别、亩数和方圆四至，有的鱼鳞册在地主土地项下还附有佃户的姓名。明朝统治者通过黄册和鱼鳞图册来掌握和控制户籍和土田，进行赋税和徭役的剥削。
明朝政府还设立了里甲制和关津制。里甲是与黄册同时规定的，是一种役法，按丁粮多少分为上、中、下三等户，以一百一十户为一里，推举有钱有势的十家地主轮流担任里长，其余百户分为十甲，每甲十户。各设甲首一人，里长和甲首各十年轮充一次。每里设老人一名，司教化，劝农桑，平诉讼，止流亡。里甲内要互相知保，不得隐藏人口，亦不得任意流徙，否则四邻都要连坐。关津制系里甲的补充，是在全国冲要去处，分设巡检司盘查行人。明律规定，出行百里外，没有州县卫发给的路引（通行证）者，民以逃民论，军以逃军论。里甲和关津把农民牢固地管束起来，强制他们屈从于地主和封建国家的统治。
明太祖在加强专制集权政治过程中，对某些地区的豪强地主进行了打击，他曾经籍没苏州、嘉兴、松江、湖州等地豪族富民的土地，并把全国各地近两万户的富民强行迁徙到临濠和南京，避免他们为害地方，也为借其力量，充实和繁荣京师（见徙富民）。为制止严重的贪污行为，明太祖对贪官污吏实行苛刑峻法。在洪武十五年的空印案和十八年的郭桓案中，数百名官吏被处死刑，下狱达数万人，追赃达数万石。对加强中央集权的统治和肃清吏治方面有积极作用。明太祖还两次兴起大狱，打击功臣和官吏、富豪，十三年丞相胡惟庸案，牵连被杀者达三万人，公侯伯坐死者二十余人二十六年蓝玉案，被杀者亦有一万五千余人，公侯伯坐死者十五人。两案初为解决统治阶级内部相权与君权的矛盾而兴，后发展为明皇室与功臣之间的矛盾斗争。“胡蓝之狱”其实是朱元璋为加强中央集权、提高皇权而使用的手段，但杀戮太过，株连甚众，对明朝政权的巩固带来了严重的后果。
封藩与靖难 明太祖在加强专制主义中央集权政治的同时，还把他的二十四个儿子和一个重孙分封为王，一部分授以兵权，如秦王樉、燕王棣、晋王棣、宁王权，命他们驻守北方，节制沿边兵马，防御蒙古，号塞王另一部分则驻于内地各省，如周王、齐王樽、鲁王檀等，监督地方官吏。在诸王中，以北方诸王势力最大。为避免权臣擅政，明太祖又规定，诸王有移文朝廷索取奸臣和举兵清君侧的“靖难”之权，但怕诸王权势日大，威胁中央集权的统治，又申明诸王“椎列爵而不临民，分藩而不锡土”。这种分封制度主观是为加强皇帝的统治，但在客观上也造成了诸王割据的局面。
洪武三十一年闰五月，明太祖死，皇孙朱允炆即位，是为建文帝。朱允坟及其大臣齐泰、黄子澄鉴于北方诸王势力太大，决定削藩。他们欲先废力量较小的藩王，再及于拥有重兵的燕王朱棣。建文元年（1399），朱棣以入京诛奸臣为名，向南京进兵，明统治集团内部的斗争演变为武装冲突，此即靖难之役。经过四年的战争，燕王打败建文帝，夺取了政权，朱棣即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。
明中期的社会矛盾和张居正改革
从明英宗正统初年到明神宗万历前十年约一个半世纪的时间里，明朝的统治开始走向衰落：政治腐败，边防松弛，土地兼并日趋激化，封建剥削极其苛重，农民起义不断发生，封建社会的危机日益加深。
土地的兼并与集中 明朝中期，土地兼并十分激烈，突出的表现是皇帝、王公、勋戚、宦官利用政治特权，以投献、请乞、夺买等手段，大量占夺土地。
皇庄是皇帝的私产，收租供皇室享用，明孝宗弘治二年（1489），在北京附近的皇庄只有五座，占地一万二千八百余顷，到武宗正德元年（1506），一月之间增加七座，不久又增加二十四座，占地共三万七千五百九十五顷。管理皇庄的宦官打着皇家的招牌，恣意盘剥榨取，使佃户受到沉重剥削，庄外的农民也同受其害。
明朝的亲王未封前在北京附近设置王庄，被封后又在封地广占庄田。宪宗成化时，赐德王寿张地达四千余顷。孝宗弘治时，赐周王南睢州地五千余顷，又先后赐给徽、兴、岐、衡四王田至七千余顷。而诸王占田数额远过于此。
勋戚和宦官占田之风也很猖獗。弘治二年，顺天府有宦官勋戚庄田三百三十二座，占地三万三千余顷，到正德十六年蔓延至北直隶，共达二十万九百余顷。其中宦官汪直占田竟达两万一千余顷，弘治时，皇亲张延龄一次请乞就有一万六千七百零五顷。正德时，庆阳伯夏臣一次受投献地也有一万三千八百余顷。
大地主官绅的豪横和对土地的兼并，以南方的江浙、江西、福建最为突出，湖广、广东、河南亦如之。在江浙，豪绅地主的土地“阡陌连亘”，或“一家而兼十家之产”，农民佃富人田，每亩所得不过二三石，而地租却至一石二三斗。在江西，占田者与日俱增。南安、赣州二府富豪大户，不守本分，吞并小民田地，四散置为庄所。雇工和佃户少拂其意，即横加棰楚，或逼卖子女。嘉靖时，严嵩父子在家乡占田，囊括袁州一府四县土地数额的十分之七，还广置良田美宅于南京、扬州。徐阶父子在淞江占田二十四万亩，奴役佃户不下万人。
官僚地主不但抢掠农民的土地，军卫屯田也成为他们侵占的对象。军屯土地日益失额，多为军官和豪强所占夺。正统时，凤阳等处的军官占田有多至千余亩者，陕西等处的军官占田有多至三四十顷者。成化、弘治间，顺天、保定二府的屯田被侵占达四万余顷，大同、宣化二府的屯田被侵占数十万顷。有些军官不仅广置庄田、私役屯军，还专擅水利，侵夺民利。在屯田大量被兼并的情况下，军屯制度逐渐破坏。
明朝初年，政府控制的征收田赋的土地总额为八百五十余万顷，英宗天顺七年（1463），只余四百二十九万余顷，弘治十五年（1502）实额仅四百二十二万余顷，余皆落入具有免赋免役特权和隐匿土地的官绅地主手中。
宦官专权 明朝中期，统治者分裂为皇族和官绅两大集团，有权势的宦官是前者的政治代表，内阁大学士是后者的政治代表，于是出现宦官和权臣交替执政的局面。明中期前段，即从英宗到武宗时期表现为宦官专政，后段即世宗、穆宗到神宗初年表现为权臣专政。不过权臣最终也要听命于宦官。且权臣之间的相互倾轧，也要倚仗宦官调停解决，因而有人把这一时期的政治完全概括为宦官政治。宦官专政是明中期甚至到明后期的政治特点。
宦官是皇帝私产的管理人，其中也有人占有大量的土地，掌握了强大的经济势力。他们在京城内外广置田园、庄所、马坊、塌房，奴役着大批佃户、家丁、义勇，以各种名义侵夺人民田产。英宗正统时的王振，天顺时的曹吉祥，宪宗成化时的汪直，武宗正德时的刘瑾、谷大用等人，实际上都是拥有政治特权和经济势力的大地主。
明成祖朱棣为了强化君主专制政治，曾给予宦官一定的权柄，在宫内设置宦官二十四衙门，其中以司礼监的职权为最大。司礼监的掌印、秉笔太监可代皇帝传布政令，“批红”奏章，但受皇权及内阁的制约，宦官权势毕竟有限。明朝中叶，先后出现土木之变、夺门之变等事件，政局动荡，而英宗、景帝、宪宗、孝宗、武宗等人或年幼登位，生长深宫或昏庸荒乱，无所作为，于是宦官乘机窃权，挟制内阁，掌握厂卫，导致统治阶级内部皇权与绅权的矛盾日益加剧。
田赋徭役的加重和农民的反抗 明朝中期，原来北方开垦出的“永不起科”的土地，景泰时已全部征收赋税，江南的重赋也继续下来。有正米一石加耗过二石或一石九斗者。英宗正统元年，明朝政府把江南一部分赋税折征银两，规定米麦一石折银二钱五，四石折银一两，送往内库，供皇帝挥霍，此即金花银，赋税征银成为定例。
在江南某些地区，官粮不减于私租，租种官田的农民生活极苦。有“一亩官田七斗收，先将六斗送皇州，只留一斗完婚嫁，愁得人来好白头”和“为田追租未足怪，尽将官田作民卖，富家得田民纳租，年年旧租结新债”的歌谣，农民产去税存和田居富室、粮坐下户的情况多所发生，处境悲惨。
封建国家征收赋役的黄册之制日益败坏，几成虚文，地主豪强串通官吏和里书，共同作弊，采取“诡寄”、“飞洒”和“寄居”的手法，任意涂改册籍，逃避税粮，转嫁赋役。