1843年出版了他最重要的哲学著作《逻辑原理》，1844年出版了《关于政治经济学中几个未解决问题的考察》，这些著作中已经基本上包含了穆勒加进去的科学的新东西。然而他的篇幅巨大的《政治经济学原理》（1848年）才是最精致的编纂作品。尽管如此，更正确地说，正因为如此，他的这部著作取得了空前的成功，在作者生前出了七版，并被译成了多种外文。丈夫去世使泰勒夫人得以在1851年同穆勒结婚。在他们共同生活的八年间，泰勒夫人曾患重病，穆勒自己的健康状况也不佳，可他以自己的实际行动表明，他是一个富有自我牺牲和坚忍不拔精神的典范。读了他的《自传》、通信和人们对他的回忆录，也许会产生互相矛盾的印象。他是一个软弱的人，那是他所受的教育造成的。实际上在他的全部生活中，充满了不断的有时甚至是令人痛心的和有失体面的妥协。他同时也对世俗成见发出挑战，可又不想过分地破坏它。这很能说明穆勒的个性。在个人生活上，像在科学和政治上一样，穆勒不善于排忧解难，他宁愿像驼鸟一样把头藏在翅膀底下生活。他为自己创造了一个特殊的孤独的智力世界而怡然自得。正如卡莱尔所说，穆勒是个自以为很幸福的不幸的人。
另一方面，穆勒的道德品质不能不引起人们的一定的尊敬。他有原则，始终一贯。应当理解，穆勒和泰勒夫人不同于那些漂泊不定的文人学士，而属于维多利亚时代体面的资产阶级社会，不会容忍破坏传统的“礼节”。
1858年穆勒结束了在东印度公司的任职。他在晚年还发表了一些政治和哲学著作，但在政治经济学方面，除了准备新版《政治经济学原理》之外实际上没有再做什么。他发挥了资产阶级民主的思想（《论自由》），倡导妇女权利（《论对妇女的隶属》）。他还任过国会议员。在例行选举中败北之后，他到了法国，并于1873年死在那里。
折衷的政治经济学马克思和车尔尼雪夫斯基几乎同时对穆勒的政治经济学作了类
似的一般的解说。在《资本论》第一卷中，马克思在援引穆勒关
于资本主义分配不公平的言论后指出：“为了避免误解，我说明一下，约翰·穆勒之流由于他们的陈旧的经济学教条和他们的现代倾向发生矛盾，固然应当受到谴责，但是，如果把他们和庸俗经济学的一帮辩护士混为一谈，也是很不公平的。”车尔尼雪夫斯基在《政治经济学原理》俄译本序言中指出：“穆勒是作为一个只追求真理的思想家而写作的。读者可以看出他所阐述的科学的特征，同我们为科学而写的作品的方向相距究竟有多远。”他还指出，这完全不意味着他同意穆勒的学说，他准备批判它。
穆勒企图坚持斯密和李嘉图奠定的基础，但他并没有自觉地为讨好资产阶级而歪曲事实，因此，他的学说是科学的。但是，穆勒并没有发展古典派学说；相反，他使它适合于已经定型的庸俗政治经济学。他深受马尔萨斯、萨伊和西尼耳的影响。因此，马克思说穆勒的学说是折衷主义的，说他缺乏始终一贯的科学观点，并且把他的著作看做是“资产阶级政治经济学的破产”。穆勒提供的是一部典型的折衷的政治经济学著作，他企图把资本的利益同工人阶级的要求结合起来。
穆勒的《政治经济学原理》为我们观察19世纪中叶政治经济学这门科学的总的状况提供了一个很好的例证。直到马歇尔1890年发表《经济学原理》，穆勒的《政治经济学原理》一直都是最权威的资产阶级政治经济学的教科书。熊彼特赞扬维多利亚时代的自由主义精神。当时，对工人阶级略表同情、谴责货币祟拜而且不拒绝社会主义的著作，就可以作为资产阶级的基本著作。事情不仅在于自由主义精神。对于穆勒来说，主要的不在于他批评资本主义，而在于他从中看到了完善的资本主义和平长入（对资产阶级来说风险较小）社会主义的前景。因此，对资产阶级来说，穆勒的功绩比那些死硬的、保守的、赤裸裸的辩护士的功绩要大，而后者总是大有人在的。穆勒是20世纪英国自由主义经济与社会思想的先驱者。
在我们的文献中时常列出一种非常严格而简化的图式，表明李嘉图以后19世纪经济科学的演进。按照这个图式，这一过程表现为持续的“无波折的”庸俗化过程，在英国是李嘉图——麦克库洛赫——西尼耳；在法国是重农主义者（和亚当。斯密的影响）——萨伊——巴师夏。至于摇摆和折中的穆勒，图式中没有他的地位。
然而，大家知道，马克思多次提到下述思想：19世纪20年代以后的资产阶级政治经济学分成两大派：一派是辩护士，另一派是企图在“资本的神圣权利”和工人阶级利益之间寻找中间道路的人。其实这两派根本不是一回事。其中第二派有一定的客观科学研究的可能性，这种研究对论证改良主义纲领来说甚至是必不可少的。
“庸俗政治经济学”的概念在马克思那里是同生产要素论，同臭名远扬的三位一体公式联系在一起的，又是同对收入的辩护性解说联系在一起的。按照这种解说，工资、利润和地租是对生产要素的自然报酬和补偿，而同资本剥削雇佣工人毫不相干。苏联学者在准备新版的《剩余价值理论》时，把马克思阐述这个问题的那部分手稿放在了第三分册的结尾，题为《收入及其源泉，庸俗政治经济学》。马克思在其中指出：“庸俗经济学家——应该把他们同我们所批判的经济学研究者严格区别开来（着重号是本书作者加的）——实际上只是（用政治经济学的语言）翻译了受资本主义生产束缚的资本主义生产承担者的观念、动机等等，在这些观念和动机中，资本主义生产仅仅在其外观上反映出来。”虽说收入及其源泉的问题极其重要，然而政治经济学并不以此为限。
积累和消费、危机、国家的经济作用等问题，在科学中占有愈益重要的地位，有必要对经济活动的各个领域进行彻底的研究。穆勒基本上赞同分配论上的庸俗观点，但不能因此而限制他的见解。
穆勒的主要著作《政治经济学原理》共有五篇，分别阐述了生产、分配、交换、资本主义的进步以及国家在经济中的作用。
所有这些都是用出色的英语撰写的，准确、逻辑性强、平稳。简直太平稳了，没有触及李嘉图体系中的天才的矛盾，而且企图把各种观点简单地折中和捏合在一起。
李嘉图和斯密的著作是从价值理论开始的，而穆勒却把它搬到
了第三篇。这不是偶然的。在他那里价值论完全不是经济学说的
基础了，尽管口头上并没有抛弃它。在他那里价值同生产关系不大，它只不过是一种交换和流通领域的现象，仅仅表示一种商品与另一种商品（包括同货币）相交换的比例，这种比例关系是在市场上形成的。
对资产阶级古典派（从配第到李嘉图）来说，问题一般是这样的：交换价值和价格的根源和基础是耗费劳动，所有其他因素的作用只是引起对此基础的或多或少的偏离。穆勒实际上抛掉了价格的基础，在他的思想上，李嘉图学说的潮流仅仅在下述一点上才察觉得出来，即他认为大部分商品的价格是由生产成本决定的。这些商品“以自然和不变的方式，按照相应的相对工资量（为生产商品所应当支付的）和相对利润量（资本家为支付工资而应当获得的）彼此进行交换”。但是，为了免于陷进李嘉图最亲近的学生在价值论上的死胡同，穆勒实际上回避了矛盾，而且得出了这样的观点：商品的交换价值（价格）不过是在供给和需求相均衡的那一点上确定的。
他说，成本是决定商品供给的最重要因素，应当加以研究，他想以此为由来调和两种不同的价值观点。
前已指出，对价值的折衷主义解释被后来的资产阶级政治经济学所接受。古典派关于价格基础的问题，实际上被另一个问题所取代：如何决定价格，即如何决定使经济体系达于均衡的适当条件。马克思的学说回答了这个问题，但这个回答不是离开劳动价值论，而是以它为基础的（竞争和生产价格论）。穆勒却在使第二个问题脱离第一个问题方面迈出了一步，他在供求论基础上形式主义地分析了价格形成的萌芽，它在19世纪末被其他资产阶级经济学家进一步发展了。
穆勒的价值论几乎完全抛掉了它在斯密和李嘉图那里所具有的社会内容，这从他把分配问题放在价值论前面就可以看出来。对斯密和李嘉图来说这是完全不可能的，因为所涉及的恰恰是由劳动所创造和衡量的价值的分配。因此，他们才接近于把剩余价值理解为资本家和土地所有者为了自己的利益从产品全部价值中进行扣除。
穆勒并没有完全抛弃这一立场，他追随李嘉图之后也认为资本家的利润来自于劳动所生产的价值大于它内含的价值。但这又只是口头上忠于自己的老师而已，因为他事实上接受了忍欲论。至于分配的数量方面，即三要素（实际上是各阶级）所获得之份额，一般来说，穆勒并没有提出一种鲜明的学说。他试图坚持李嘉图的学说，认为地租额决定于土地肥力递减律和向劣等地的过渡，因而地租有上涨之势。他认为工资额事实上是稳定的，因为它决定于所谓的工资基金。他还指出利润事实上是产品价值的剩余额，它的量是变动不定的。
工资基金学说在李嘉图以后直到19世纪末的整个资产阶级政治经济学中居支配地位。一个大国的国民经济看起来就像一个农场，农场主每年都要储备一定数量的产品以供养他的雇农，他无论如何也不愿为雇农提供超出储备的东西。农场主所储备的食物也不会比雇农为耕种土地所必需的更多。把这个原理推广应用到社会中就会得到这样的结论，即社会总要有很固定的而且事实上稳定的一笔生活储备基金，它是资本家储备（“忍欲”）起来用以养活工人的。工资就是按工人人数从这个基金中分出来的一部分，于是就有了前已述及的“工资铁律”。按此规律，工资基金既是一个不变的量，那任何斗争都不可能使工人阶级改善他们的生活状况，充其量只能依靠损害另一部分工人的利益而使这一部分工人得到好处。正如一位学者所指出的（见帕尔格拉夫的《政治经济学辞典》中关于“工资基金”的条目。该辞典是19世纪末出版的内容翔实的一本工具书），在这个理论中可以看到英国工人仇视官方科学的部分缘由。
穆勒是始终不渝的；他在这个地方明确地阐述了他的工资基金论，在另一处又说有可能大大提高资本主义下工人阶级的生活水平。他在1869年的一篇论文中直接放弃TI资基金论，但在新版的《政治经济学原理》中仍然坚守着原先的立场。
穆勒就是这样一个人。直到最后他都是个折衷主义者，喜欢调和不能调和的东西。