受“心学亡国论”的影响，清初知识分子普遍开始由务虚转向务实。
学术作为人类精神文明的集中表现，从来就具有虚和实两个方面的功用。
在新旧社会的鼎革之际和思想解放的时代，学术的主导功能是务虚，即通过理论宣传高扬主体性，扫荡一切旧思想和旧势力，为新的生产关系之确立开路。明代心学的积极作用就在于务虚。中国近代启蒙运动包括马克思主义在中国的传播，也都属于务虚。在这个时候，“主义”比“问题”更重要。在社会环境安定、经济和政治平稳发展时期，学术的主导功能是务实，即通过深入细致的学术研究繁荣科学文化，促进社会发展。在这个时候，“问题”比“主义”重要。清初社会固然已经稳定，然明代以来的资本主义因素毕竟需要不断增长壮大，这个时候的学术，固然一方面应注重“问题”的研究，同时亦不可忽视对“主义”的宣传，为资本主义生产关系的确立开路。
清初学术就实而避虚。清代儒学固然在整理古代文化学术和开拓学科领域方面作出了贡献，然而它背弃了明代儒学解放思想和呼唤新社会的务虚精神。清代的正统理学在理论上毫无建树，是一种没落的儒学。清初朝廷中有不少实践之儒，他们极力提倡务实而反对务虚，如孙奇逢、汤斌、费密、陆陇其、张伯行之流，他们一个个律己极严，处处为人师表，笃实可叹，被康熙皇帝称为“真理学。”尤其是陆陇其，为官极清廉，谢绝一切馈赠，而命妻女织布种菜自给，去官之日惟图书数卷和织机一具，被统治者奉为“本朝理学儒臣第一，”陪祀孔庙。
在皇帝的亲自提倡和朝中儒臣的影响下，民间亦不乏践履理学的真儒。被誉为清初大儒的陆世仪隐居不仕，在学术上涉猎颇杂，却强调说：“世有大儒，决不别立宗旨。”竞以因循守旧为值得吹嘘。张伯行说，陆氏的理学“力矫时趋，黜华崇实。”《四库提要》则说：“世仪之学，主于敦守礼法，不虚讨诚敬之旨；主于施行实政，不空为心性之功。于近代讲学诸家最为笃实。”儒学越笃实，思想越无指望开新！另一浙江理学家张履’
祥终生生活于民间，亲自参加农业生产劳动，其名言是：“学者肯实去做工夫，方是学，如学耕须去习耕。”
清代儒学除了正统派理学外，还有两个尚有生命力的学派，那就是气学和考据学。气学作为一种思潮，宋明即已有之，清初而大盛，然只具民间性质，其政治影响并不大。虽然如此，按照儒学内在的发展逻辑，它却是清代儒学的主流思潮。此外，由于正统派理学已不能吸引儒生的注意力，再加上文字狱等文化专制政策，清代中期的儒学普遍转向考据，造成了汉学的复兴。实际上，考据学只是气学的延续畸变和补充。“气”范畴本来具有形而下的性质，气学的发展必然导致实学的发展。到了晚清，中国历史发生了史无前例的巨变，今文经学复兴，其高涨表现为资产阶级改良运动，这些又应归入近代新学的范畴加以讨论。
理学作为中国儒教的第三种历史形态，对宋元以后的中国乃至东亚社会都产生了深远的影响。它充当了中国封建社会衰落时期的官方哲学，统治中国的思想学术达一千年之久。一千年之前的中国，毕竟太遥远了。而最近一千年的中国，却是理学的天下。当西学乘着坚船利炮东来时，它面对的是一个理学的中国，一个理学的东亚。当近代知识分子第一次从全球的范围内审视中国时，他们看到的是一个被理学统治的中国。近人所理解的儒学，在很大程度上只是理学，要求被理学统治了一千年的中国的知识分子不以理学的眼光看待儒学，几乎是不可能的。“五四”新文化运动打倒“孔家店”，这店里的东西恐怕很难有哪一件是真正属于孔子的，“孔家店”实际上是没落的封建意识形态的代表，“孔家店”实际上是理学店。
早在魏晋时期，作为官方哲学的经学便开始衰落了。南北朝隋唐时期，基本上是儒、释、道三教鼎立的局面。当时佛、道两家在理论上已远远超出了儒家，大量的智慧高才之士被吸引了过去，出现了所谓“儒门淡泊”的局面。当然，就对整个社会生活的实际影响来说，儒家仍然是主要的。儒家毕竟是传统文化的主要承担者，在国家的政治和：丈化生活的基本方面，儒家的主导职能是佛道两家无法代替的。随着中唐社会的由盛而衰，传统的经学框架已无法适应形势的需要了。于是，韩、柳共倡“古．文”，掀起了一场所谓“复兴”儒学的思想运动。这场运动最终在宋代发展为理学思潮，为日趋没落的封建社会提供了一种综合儒、释、道的全新的意识形态。
理学在宋末元初正式立为官方哲学，到明初达到极盛。仅就学术内部而言，理学的鼎盛在宋代，这时的理学尚可谓一种进步的儒学思潮。元明以后，理学被统治阶级利用为禁锢人民的精神武器，便趋向没落和反动。
明中叶以后理学已渐失人心，但仍为官方所用。明末清初，儒学已按照自身的逻辑趋人新的发展途程，结出了更为进步的新果实，但满清统治者重新扶植理学，一直到封建王朝的最后覆没。不彻底摧毁理学，中国便无法迈人现代，打倒“孔家店”是必然的。
宋明理学援佛、道以人儒，用“理”这个无声无臭、无在无不在的口袋笼络一切，用以调理日趋没落的封建社会，从而成为比经学更管用的统治工具。理学是系统化、哲理化的儒学形态，它不仅统治了中国，而且走出国门，成为朝鲜、日本、越南等东亚国家中占主导地位的意识形态，塑造了儒家的东亚文化圈。理学的玄妙性或思辨性超过了魏晋玄学，它大谈心性、强调反躬内识，主张存天理而灭人欲，是典型的中世纪哲学。理学统治中国一千年，从根本上塑造了中国人的民族性格，近代中国人的各种优点和缺点几乎无不与理学有关。为了重建二十一世纪中国的新文化，必须对理学作彻底的反省和认识。
目前的学术界流行一种看法，把唐宋以后的理学、心学和气学统称为理学。作为一种儒家学术，理学、心学和气学都对哲学本体论、宇宙论和心性问题给予较大的关注，它们都属于义理之学，与汉唐的注释之学和清代的考据学相区别。但是，理学、心学和气学不仅产生和鼎盛的时代不同，与统治阶级的关系不同，而且发挥历史作用的时代与效果亦很不相同，三者之间存在很大的冲突，实际上是不同时代、不同阶级的利益在儒学上的反映，硬把它们捆绑在一起不仅很勉强，而且不利于反映历史的真实。
历代统治阶级利用为统治工具的只是程朱派理学。心学一直受到统治阶级的排斥和打击，泰州心学和气学直接把矛头指向理学和它所代表的反动统治者，它们和理学根本不属于同一个壁垒。理学是宋代社会的产物，它的统治地位是通过野蛮民族的统治而取得和巩固的。理学在明代受到严峻的挑战，而且已经走向分化和没落，另一个入主中原的野蛮民族扶植了它，理学在明清二代的作用其总的方面是反动的。
心学虽产生于南宋，但只是到了明代才兴盛起来，成为社会思潮的主流。心学在明代的繁荣，在很大程度上与资本主义的萌芽有关，这在泰州学派表现的尤其突出。心学的最大作用是破除了偶像和权威，破坏了封建的纲常名教，这在清初理学保守分子的批判中可以看得很清楚。
至于气学，它对理学的批判和否定更是根本性的，它代表的是一种全新的时代思潮。心学和气学对近代中国资产阶级革命发生了非常大的历史影响，而阳明心学则早在中国资产阶级革命之前就积极地影响了日本的明治维新。只有把理学、心学和气学当作三种不同的儒学思潮来研究，才能恰当地理解这段历史并揭示其本来面目。