于是，“昔人所须十年而成者，以一年毕之；昔人所待一年而习者，以一月毕之。成于剿袭，得于假倩，卒而问其所未读之经，有茫然不知为何书者。故愚所为，八股之害，等于焚书，而败坏人才，有甚于咸阳之郊所坑者但四百六十余人也。”明朝为我国封建政治空前腐败的时期，而明人的学问也最为偏狭浅陋。
明代初期，程朱理学表面繁华而内里空虚，殊少可观，惟曹端和薛碹二人被清儒推为“明初理学之冠。”其初，曹端“特以古册中翻出古人公案，深有悟于造化之理，”虽然大旨以朱学为归，但作《辨戾》对朱熹的理气说提出异议，有开新风。其后，薛碹闻风而起，“以复性为宗”，而尤重心性，进行了以新的方向驾驭朱熹理学的尝试。薛碹之后，理学基本上没落了，代之而起的是心学思潮。
曹端（1356～1434）字正夫，号月川，河南渑池人，永乐戊子举于乡，第二年登乙榜第一，授山西霍州学正，前后任职近二十年，外无其他仕宦活动。平生不信轮回、福祸、巫觋、风水之说，亦不喜佛老，惟以读书明礼劝人，主于力行。他反对以气解释太极，亦反对把理说死，主张把太极解释为自能动静的活理。他说：“太极，理之别名耳。天道之立，实理所为；理学之源，实天所出。”朱熹为了说明理对气的主宰作用，有人马之喻：“理之乘气，犹人之乘马，马之一出一入，而人亦与之一出一人。”曹端指出：“若然，则人为死人，而不足以为万物之灵；理为死理，而不足队为万化之原。理何足尚而人何足贵哉？今使活人乘马，则其出入行止疾徐，一由乎人驭之何如耳。活理亦然。”曹端之学“立基于敬，体验于无欲”，认为“吾辈做事，件件不离一敬字，一诚足以消万伪，一敬足以敌万邪。学者须要置身在法度之中，一毫不可放肆。”此外，他又强调“事事都于心上做工夫，是人孔门底大路。”而且对孔颜乐处亦有所发明：“孔颜之乐者，仁也。非是乐这仁，仁中自有其乐耳。，且孔子安仁而乐在其中，颜子不违仁而不改其乐。安仁者，天然自有之仁；而乐在其中者，天然自有之乐也。不违仁者，守之之仁；而不改其乐者，守之之乐也。”表现了一定的心学色彩。
薛碹（1389～1465）字德温，号敬轩，山西河津人，是一个典型的实践之儒。永乐中登进士第，宣德初授监察御史，正统初为山东提学佥事，后因拒绝阿附中官王振，曾被诬下狱论死。景泰初任南京大理寺卿，英宗复辟后升礼部右侍郎兼翰林学士并人内阁。薛碹一生严辨公私，宁可上忤权贵亦不肯枉公徇私。其学由主敬人手，“于坐立方向器用安顿之类稍有不正即不乐，必正而后已。”他极重视存心和求放心的功夫，时刻注意省察检点，“每呼此心日：‘主人翁在室否？”’至夕必自省日：‘一日所为之事合理否！”’曾说：“二十年治一怒字，尚未消得尽。”临终遗诗道：“七十六年无一事，此心始觉性通天。”后谥文清。薛碹不仅继承了曹端的太极自会动静说，而且对朱熹的理先气后说有所修正。他说：“窃谓理气不可分先后，盖未有天地之先，天地之气虽未成，而所以为天地之气则浑浑乎未尝间断止息，而理涵乎气之中也。”他继承了胡宏以天地之成毁只为宇宙演化一阶段的思想，认为气是与宇宙一样的永恒存在：“今天地之始，即前天地之终也。虽天地混合为一，而气则未尝有息。但翕寂之杀，犹四时之贞，乃静之极耳。至静之中，而动之端已萌，即所谓太极动而生阳也。原夫前天地之终静，而太极已具；今天地之始动，而太极已行。是则太极或在静中，或在动中，虽不杂乎气，亦不离乎气也。”他还认为，气有形而理无形，有形之气可以聚散，而无形之理则是不可以聚散的永恒存在。
薛碹的格物穷理论更具实践品格。他说：“天地之间，物各有理。理者，其中脉络条理合当如此者是也。如君之仁、臣之敬、父之慈、子之孝之类，皆在物之理也。于此处之各得其宜，乃处物之义也。穷理者，穷人物之理也。人之理则有降衷秉彝之性，物之理则有水火木金土之性。以至万物万事皆有当然之理。于众理莫不穷究其极而无一毫之疑，所谓穷理也。格物所包者广，自一身言之，耳目口鼻身心皆物也，如耳则当格其聪之理，目则当格其明之理，……推而至于天地万物，皆物也，天地则当格其健顺之理，人伦则当格其忠孝仁敬智信之理，鬼神则当格其屈伸变化之理，以至草木鸟兽昆虫则当格其各具之理。又推而至于圣贤之书、六艺之文、历代之政治，皆所谓物也，又当各求其义理精粗本末是非得失，皆所谓格物也。”于此可见，薛碹的理学思想已显示出向气学转化的苗头。
薛碹的心性功夫论亦表现出较强的实践品格。他说：“心体至虚至明，寂然不动，即喜怒哀乐未发之中，天下之大本也。”为了使喜怒哀乐达到发而中节之和，必须“居敬以立本，穷理以达用”。他说：“静而敬，以涵养喜怒哀乐未发之中；动而敬，以省察喜怒哀乐已发之和，此为学之切要也。”他尤其强调正心的重要性：“心统性情之静，气未用事，心正则性亦善；心统性情之动，气已用事，心正则情亦正。心有不正则情亦不正矣。”
而且要求时刻不忘操存：“勿忘最是学者日用切要工夫。人所以心与理背驰者，正缘忘于有所事耳，诚能时时刻刻不忘操存省察等事，即心常存而天理不忘矣。”薛碹本人践履极笃极严，他对居敬功夫的要求亦比程颐更严峻，对后世封建专制主义禁锢人心起到了强化作用。
由于封建政治的腐蚀和破坏，明代理学日渐堕落，到明中叶，一直潜滋暗长的陆氏心学因陈献章和王阳明的努力而勃然大兴。“盖自弘治、正德之际，天下之士，厌常喜新，风会之变，已有其所从来，而文成以绝世之资，唱其新说，鼓动海内”，一时间，王学门徒遍天下，而笃信程朱者无复几人。这是一个破除迷信、解放思想的时代，儒者们相信，我的良知即是知是知非的神明，朱孔之言不必对，而匹夫之言不必错，一切是非善恶都须接受主体良知的圣裁。发展到泰州颜农山、何心隐一代，心学诸公多有能以赤手搏龙蛇者，已非名教所能羁络，大有以资产阶级新儒学取代封建旧儒学之势，“诸公掀翻天地，前不见古人，后不见来者。”在体现资本主义新精神的泰州心学的强力冲击和扫荡下，封建名教濒于崩溃，而以扶植纲常为重要内容的程朱理学亦开始退出历史舞台。
可是，清兵的人关打断了中原历史的正常进程，满清政府落后的政治经济政策无情地践踏了刚刚生起的资本主义幼芽，资产阶级新儒学的建立亦告无望。当时以理学残余分子和心学保守派为主的一帮封建士大夫，以荒谬的唯心史观为指导，对明王朝的覆没作了错误总结。他们不是从社会的经济结构中去找原因，而是把明王朝的灭亡和满清异族的统治归咎于由阳明心学导致的思想解放运动。他们以非常荒谬的真诚对阳明心学、尤其是泰州精神充满了仇恨，而寄希望于已经覆灭的程朱理学。理学残余分子陆陇其说：“余以为明亡天下，不忘于寇盗，不忘于朋党，而亡于学术。”
以这种彻骨的唯心史观为指导，便有了如下荒谬的结论：“每论启、祯丧乱之事而追原祸始，未尝不叹息痛恨于姚江，故断然以为今之学非尊程朱而黜阳明不可！”于是，在满清统治者为了笼络汉族人民以图长治久安和汉族知识分子为了汉化蛮族并保存民族文化的双重作用下，程朱理学终于死灰复燃，占居了统治思想的宝座。