改革开放和现代化建设、知识经济的发展从根本上冲击了“皇城文化”，随着外地人才的不断引进，北京尤其是中关村地区的创新文化开始活跃起来，人们大胆地开展各类探索活动，呈现出蓬勃发展之势。上海有浓郁的商业氛围，这酝酿出以商业为核心的文化：精明而务实。深圳是改革开放后中国的第一个“移民”城市，中国不同区域的人才在这里汇合，这使得深圳这块土地天生地消除了等级、贵贱等传统习俗，来自全国各地的人们在这里共同开创自己的未来，他们在平等的基础上形成一种多元文化。正是多元文化和改革开放的创新精神的双重因素，使得深圳文化最易于创新。
报告还对三地的优势进行了分析，京沪深三地是各自区域的增长极，在自身创新经济活跃发展的同时，也向外显示出愈来愈强的辐射功能。北京发展创新经济的核心区域在中关村科技园区。近年来，随着创新经济的不断发展，北京的创新空间不断扩大，除了中关村科技园区，部分郊县工业小区也初步形成环京高新技术产业带的格局。北京的创新空间还沿京津塘高速公路拓展，但由于种种原因，北京的创新空问拓展得不够，对周围经济的带动力量不强，明显地影响到北京创新经济的发展。上海是长江三角洲经济实力最强的龙头城市，围绕着上海经济的增长极，长江三角洲经济的空间扩散形成三个扩散区。第一扩散区是苏州、无锡、昆山等地；第二扩散区是南京、常州和镇江地区；第三扩散区是杭州嘉兴和宁波等地区，这些地区发展较晚，但逐渐开始接受上海部分产业的转移。深圳作为珠江三角洲的龙头，随着经济规模的不断扩大，深圳对周边地区的扩散功能不断增强扩散效应。深圳及其珠江三角洲形成了一种“前店后厂”的格局。深圳扮演了“店”的角色，而以东莞和惠州为代表的珠江三角洲地区则扮演了“厂”的角色。除周边城市对深圳的发展起强大的支撑作用外，香港的产业外移也给深圳的发展起到了一定的带动作用。
报告还就三地各自选择的发展模式提出了改进建议。一是报告认为虽然北京的排名居前，但在政府改革的力度和行政行为的法治化上，北京落后于深圳和上海。二是深圳虽然具有较好的经济发展软环境，在探索政府改革方面也走到了三地的最前列，效果也最为显著。但深圳的自主创新能力还不强，又面临着新一轮的产业技术结构提升的压力，这是深圳提升其创新活力的关键。据了解，目前深圳的技术创新体系已初步形成了“三大方阵”——第一方阵，是建在各类企业中的700多个研发机构，这是深圳目前以企业为主、以市场为导向的研发体系的一张王牌，是深圳的看家本领所在；第二方阵，是清华、北大等国内大专院校、科研院所在深圳设立的研究院、工程研究中心，这一块已初具规模；第三方阵，则是一些国家级重点实验室在深设立的分支机构，以及深圳自己的重点实验室，这一块是创新的源头，也是薄弱环节，目前深圳正在筹建国家863计划产业化基地、IC设计研究中心及重点实验室等，致力提升科技原创能力。三是上海利用跨国公司生产和资本加速向中国转移的契机，对外吸引跨国公司直接投资，对内加速国有企业的体制改革和信息化改造，重点发展微电子制造业、汽车业、化工业和精品钢铁产业，并落实了具体的空间。同时，上海还加速政府体制改革，大力精简行政审批，积极开展国际性的区域品牌营销，已初步建立了其国际形象区域个性。但上海的国有企业多，政府需要加大改革的力度，同时上海的民营企业力量相对薄弱，区域内的创业氛围比较薄弱，对其创新经济活力造成较大影响。
二、富有中国特色的创新模式
1997年底，中国科学院提出要建设中国国家创新体系，该体系由知识创新系统、技术创新系统、知识传播系统、知识应用系统四部分组成。国家创新体系将实现创新主体的多元化、创新过程的网络化和创新效用的最大化。从我国现实情况看，完善与发展国家创新体系能为提高我国的综合创新能力提供制度保障和技术基础，最终将有助于提高我国的高科技产业水平及国际竞争力。国家创新能力关系到我国的国际地位和国际竞争力，关系到我国知识经济的可持续发展能力。因此，完善和发展富有中国特色的、符合社会主义市场经济和科技发展规律的国家创新系统是国际竞争的需要，是国家经济发展和实现三步走战略的需要，是促进科技与经济结合的需要。
因此，在国家创新系统的建设中，要不断提高创新系统核心要素的创新和创新支持能力，加强系统中各环节之间的联系，使系统的效率充分发挥出来。
1．企业是创新的主体
在国家创新系统中，企业是真正创新的主体，资金投入的主体，获取利益的主体。首先，创新是一项与市场密切相关的活动，企业会在市场机制的激励下从事创新。其次，创新是指生产要素的重新组合，这种组合只有通过市场来实现，其他组织和个人无法替代。再次，技术创新需要很多与产业有关的特定知识，由于这些知识具有局域性，常常有产业或企业专有的特点，是科研院所难以提供的。从基础知识向应用转化需要很多工艺、制造方面的新知识，科研成果转化为商品，还需要大量的工程化的知识、市场的知识。这些知识很多不是书本上的，而是在一种实践积累，需要投入时间和资金才能获得的。
这里所说的企业，包括国有大型企业，也包括中小企业，尤其是科技型中小企业。中外企业的发展历史告诉我们，在技术创新中，科技型小企业与大企业同等重要。大企业具有较强大的资金和技术实力，有能力从事产品创新与大规模的工艺创新；比较完善的创新组织，又使其较容易地实施技术创新战略。科技型中小企业机制灵活，创新动力大，一旦有资金帮助，便更愿意从事创新。当今许多IT方面的创新都来自一些当时名不见经传的微软、英特尔等小企业。在我国也许多由高等院校、科研院所下属机构转化的科技型企业，如北大方正、联想等，都在我国的经济发展中起到了突出的作用。将来，随着更多的中央级科研院所转化为企业；科技型企业的创新能力将会大大提高。
要让企业真正成为技术创新的主体，就要发挥市场机制的调节作用，真正做到政企分开；出台面向所有企业的、针对研究开发能力建设和活动本身的减免税政策；国家应鼓励企业创建研究开发机构，支持各种有利于培养和提高企业研究开发能力的活动；颁布更具体的促进中小企业技术创新的政策措施。我国现已设立了科技创新基金，并将逐年扩大国家科技型中小企业创新基金的规模，这是一项长期政策；此外，还应制定力度更大的、针对企业家和创新者的创新激励政策。
与此同时，要建立以企业为主体，科研机构和高等院校广泛参与，利益共享，风险共担的产学研合作机制。产学研结合要坚持以市场为导向，以企业为主体，抓住科技成果迅速转化为现实生产力这个关键，注重实效，扎实推进。要切实发挥企业在促进科技成果产业化方面的主体作用，联合高等院校、科研院所的科技力量，在全社会范围推进科技资源的优化配置。要鼓励有条件的高等院校和科研机构与企业联合办技术中心、中试基地，或通过联营、投资、参股等多种方式实现与企业的联合，增强企业的技术创新能力和实力，从根本上改变我国大部分科技力量游离于企业和市场之外的局面，促进科技与经济的结合，促进科技成果产业化和用高新技术改造传统产业。
2．知识创新工程
知识创新是指通过科学研究获得新的自然科学和技术科学知识的过程。知识创新的目的是追求新发现、探索新规律、创立新学说、创造新方法、积累新知识。知识创新是技术创新的基础，是新技术和新发明的源泉，是促进科技进步和经济增长的革命性力量。知识创新为人类认识世界、发现世界提供新理论和新方法，为人类文明进步和社会发展提供不竭动力。
知识创新系统是国家创新体系的基本组成部分，它是由与知识和生产、扩散和转移相关的机构和组织构成的网络系统，主要功能是知识的生产、传播和转移。众所周知，科研机构和大学是重要的知识创新源，所以知识创新系统的核心就是国立科研机构和教学科研型大学，它还包括其他高等教育机构、企业科研机构、政府部门和有关起支撑作用的基础设施。在一些发达国家，为了使知识产生最大的公共利益，实现其社会目标，美、日、德等国政府承担着大部分的知识研究与开发的投人，主要投入在基础研究和应用研究中，由大学和国立科研机构执行。另外，企业也在不同程度上开展基础研究，目的并不仅仅在生产多少科学知识，而是要掌握该领域的发展动态，以抓住新出现的商业机会，例如ATT公司的贝尔实验室。
目前，我国知识创新能力不足，知识创新对技术创新的支持能力不强，组织实施“知识创新工程”，将是提高我国知识创新能力的战略举措。知识创新工程与旨在提高我国技术创新能力，形成符合社会主义市场经济和企业发展规律的技术创新体系及运行机制的“技术创新工程”和旨在提高我国高等院校的教育质量和科研水平，建立适应社会主义市场经济的高等教育新体制的“211工程”以及国家其他重点技术计划共同构成“国家创新体系”。
我国“知识创新工程”的基础原则是瞄准国际科学前沿和中国第三步战略目标，有所为，有所不为。知识创新与体制创新和管理创新相结合，坚持高目标、高起点、高要求。统一规划，分步实施，重点突破，全面推进。
“知识创新工程”的基本内容包括：（1）深化体制改革，建立与国际基本接轨并具我国特色的“现代国立科研机构体制”，包括国家科研机构和部门科研机构；（2）转变管理机制，建立现代科研院所管理制度，包括明确国立科研机构的方向和任务，建立和完善“国立科研机构年度预算拨款制度”。“科研院所研究理事会制度”、“科研人员聘任年限制度”、科学合理的评议制度和监督审计制度，促进国立科研机构与高等院校、企业和国际间的合作等；（3）调整结构，集中力量，重点建设一批国际知名的国家知识创新基地，包括一批国立科研机构和若干所教学科研型大学；（4）创造有利于知识创新的良好环境，提高知识创新的效率；（5）培养具有创新意识和能力的高素质人才。
“知识创新工程”的总体目标是到2010年前后，基本达到：形成符合社会主义市场经济和科技发展规律、具有支撑国民经济可持续发展能力、高效运行的国家知识创新系统及运行机制；重点建设一批国际知名的国家知识创新基地（国立科研机构和教学科研型大学），其中，若干成为世界公认的国际研究中心之一或国际研究中心的重要组成部分，若干成为能代表我国科学水平、具有解决国家战略性重大科技问题能力的国立科研机构，并在若干重点学科领域取得一批国际公认的重大科技成果，提高我国科学的国际地位；培养和造就大批具有创新和创新能力的高素质科技人才；我国知识创新整体实力达到世界中等发达国家水平；我国科学家在国际核心学术期刊上发表论文的数量和质量（包括被引用率）要有较大提高，在国际重要学术会议上作大会报告或特邀报告的人次要有较大提高，在国际学术组织中担任各种职务的数量和质量要有较大提高，获得国际科学组织设立的学术成就奖的数量和质量要有较大提高，发明专利的申请量和授权量及国际专利数要有较大提高；力争我国被《科学引文索引》收录的科学论文总数的排名进入世界前10名，专利指标的国际竞争力进人世界前10名，中国科技的国际竞争力进入世界前10名。