朱棣即皇位后，决定将国都定在北京，于永乐四年（1406年）开始大规模修建北京城。首先修建宫城——紫禁城。根据左祖右社的传统，决定在承天门（即今天安门）的东侧，为帝王修建一座祭祀祖先的宗庙，并取名为“太庙”（“太”，取其至高无上之意）。
明永乐年间建成的太庙（1949年后改为劳动人民文化宫），建筑雄伟壮观，平面呈南北方向的长方形，占地面积为139，650平方米，整体布局非常匀称。太庙一共有3道围墙，最外面一道长475米，宽294米，里面便是太庙的第一层院落，院内种满了成行的古柏，东西南端，还有一些假山凉亭等。第二道围墙长272米，宽208米，院墙以内，正面就是7座单孔石桥，各桥两侧都有汉白玉石护栏，在东西墙的南端，各有黄琉璃瓦悬山顶房屋5间，东边是神库，西边是神厨，是调制配备祭品的地方。石桥以北是戟门，戟门东西两侧各有旁门一座，戟门就是第三道围墙的正门。太庙的主要建筑为前、中、后三殿，都坐落在戟门以内的院落中。
太庙中的三大殿，金碧辉煌，十分雄伟壮观，其中前殿的建筑最为精美。它建筑在周围有三重汉白玉须弥座式的台基上，殿的规模为面阔11间，进深4间，重檐庑殿顶。殿的周围设置雕石护栏。大殿的建筑用材十分讲究，其主要梁柱外包均为名贵的沉香木，其余的木构件也都是金丝楠木制成，殿内天花板及明柱，皆贴赤金花不施彩画。这座前殿，是皇帝的主要祭祀场所，每到年末岁尾大祭的时候，将太庙供奉的帝后神主木牌移到这座殿里举行“袷祭”。前殿两旁各有配殿15间，东配殿是供奉功臣神位的地方。东南面有黄琉璃瓦砖砌的燎炉一座，西南有小燎炉一座，是行祭礼时焚烧祭品用的。
北京独有的皇家太庙，是保存最完整的明代建筑之一。后来虽然经历了多次整修或者扩建，但其建筑形制和木石结构，大体上保持着明永乐十八年落成时的原状。
年号·庙号·陵号
从中国历史上看，自汉武帝（刘彻）起至元代，皇帝生前的年号，往往有若干个，如汉武帝生前的年号就有10个，这造成了历史纪年相当纷乱，不仅不好记忆，而且给后人学习和研究历史造成很大不便。
但是到明代就不同了，皇帝生前，一般只有一个年号，如明代第一个皇帝朱元璋生前的年号为“洪武”；第二个皇帝朱允炆生前的年号为“建文”。
明代16个皇帝，只有英宗朱祁镇皇帝生前有两个年号，即“正统”和“天顺”，这是因为他曾两次登基做皇帝的缘故。
所谓“庙号”，是皇帝死后，在太庙里所立的祭祀牌位上的名号。所谓“祖有功而宗有德”者，一般开国皇帝以“武功”平天下故称“某祖”，后代皇帝以“仁德”治天下故称“某宗”。李世民为唐朝第二代皇帝，赵匡胤为宋朝第一代皇帝，所以有唐太宗、宋太祖之称。清朝比较特殊，有“三祖九宗”。第一代建国皇帝努尔哈赤称“太祖”，第二代皇帝皇太极称“太宗”，这都没有问题。但到第三代皇帝福临，照例应称“某宗”，但康熙帝认为顺治是入主中原的第一帝，故也应该称“祖”，所以尊为“世祖”。而康熙此后又被尊为“圣祖”，是因为雍正认为康熙平定“三藩”和西疆、收复台湾，功劳和开国皇帝同，所以又称“祖”。自雍正之后，就都称“宗”了。
陵号则是指皇帝陵墓封号。如努尔哈赤的陵号为“福陵”，皇太极的陵号为“昭陵”等。如（《旧唐书·高祖本纪》载：“群臣上谥日大武皇帝，庙号高祖。”因此我国历史上将死后的皇帝，简称之为“汉高祖”，“明太祖”、“明惠帝”、“明成祖”等。
文庙
说起古庙来，在我国各地，有许许多多各种各样的古庙，但其中以“文庙”和“武庙”最具有代表性。
文庙，从中国历史上来说，自唐玄宗开元二十七年（739年）封孔子为文宣王，故称孔庙为“文宣王庙”，明以后称为“文庙”，与“武庙”（关帝庙）相对而言。
孔子是我国春秋末期著名的政治家、思想家、教育家，在孔子故里山东曲阜，有规模宏大的孔庙。北京的孔庙坐落在北京东城区安定门内成贤街，是元、明、清三代祭祀孔子的地方。这座祭祀孔子的古庙于元成宗大德六年（1302年）创建，明永乐九年（1411年）重建，正德、嘉靖、万历年间，曾分别修缮大殿，添崇圣祠，并将殿顶换成青色琉璃瓦。清代末年，光绪皇帝于光绪三十年（1904年）升孔子为大祀，将正殿（大成殿）扩建。正门名“先师门”，虽历经重修，但其斗拱形式，依然保存了元代的风格。
据史籍载：中国历史上封建帝王争相为孔子加封谥号、戴桂冠，自西汉平帝（刘衍）元始元年（1年）开始，到清世祖（爱新觉罗·福临）顺治十四年（1657年）止，在1600多年的时间里，一共有11位封建帝王为孔子加封谥号戴桂冠。
例如，唐玄宗开元二十七年（739年）追谥孔子为“文宣王”；北宋真宗（赵恒）大中祥符五年（1012年）改谥为“至圣文宣王”，到了明世宗嘉靖九年（1530年）情况有了变化，帝王不仅为孔子加封谥号，而且在孔庙立牌位，开始题“至圣先师孔子神位”。
到了清代，帝王给孔子加封谥号又有了新的变化，即将帝王加封的孔子谥号修改成为综合性的谥号。例如，顺治二年（1645年）将孔子的谥号定名为“大成至圣文宣先师孔子”；顺治十四年（1657年）将孔子的谥号改得简略一些，叫做“至圣先师孔子”。
从康熙年间起，一直到宣统止，清代皇帝对祭祀孔子极为重视，并形成了一种封建朝廷必须要进行的庆典。每一个皇帝登基继位后，一般都要“临幸”国子监讲学一次，然后书额一方，恭悬于孔庙大成殿中。自康熙至宣统，在250多年的时间里，9位皇帝御笔书额依次为：
康熙——万世师表
雍正——生民未有
乾隆——与天地参
嘉庆——圣集大成
道光——圣协时中
咸丰——德齐帱载
同治——圣神天纵
光绪——斯化在兹
宣统——中和位育
这9位皇帝为孔子御笔的书额，至今仍悬于孔庙大成殿。
然而，细心的游览者会发现，孔庙中的御笔书额是10方，多出1方，这是因为民国年问，黎元洪任大总统时，亦为孔子书额一方，名曰“道洽大同”。他下令将孔庙大成殿悬挂的清代帝王御笔亲书的9方匾额全部撤下来，移交历史博物馆保存，将自己所书的“道洽大同”悬在大成殿的中央。
1984年，北京成贤街孔庙大成殿对外开放，人们看到的康熙皇帝的御笔书额“万世师表”悬挂的位置亦有变化，它被移至“大成殿”外前檐高悬，其他御笔书额位置依旧。为什么要将康熙皇帝御笔书额“万世师表”，高悬于“大成殿”的外檐下呢？这是因为清代9位帝王为孔子御笔书额，以康熙御笔书额为高—颂扬孔子为万世师表，更符合孔子思想源远流长的实际。
武庙
武庙，同文庙相对。明清时称奉祀关羽的庙为武庙。赵翼（《陔馀丛考》卷三十五里记载：“万历二十二年，因道士张通元之请，讲爵为帝，庙日英烈继又崇为武庙，与孔庙并祀。”同时称合祀关羽、岳飞的庙为武庙。
据说明清两代，北京有关帝庙百处以上。
关羽是我国历史上三国时期著名的蜀汉大将。他神威勇武，气贯山河，是一位享誉古今的英雄人物。他以“誓扶汉室”为旗帜，“义不负心，忠不顾死”，“披肝沥胆”，效忠刘备，最终为刘备而“断首损躯”。关羽不仅在民间影响广远，而且明清的统治者曾多次封他为“大帝”，到处为他立庙，享受着与孔子同样隆重的祭礼。我国历史上，元代以前祭祀关羽的庙称“关王庙”，如建于金泰和八年（1208年）、现存山西定襄县的关王庙等；元代以后称“关帝庙”，如明洪武二十三年（1390年）建于福建省东山县的祭祀关羽的古庙，始称“关帝庙”。
白马关帝庙
白马关帝庙位于地安门西大街。这座祭祀关羽的古庙，传说因明英宗梦见关羽乘白马而赐名的“白马关帝庙”，始建于明洪武年间，初名为“汉寿亭庙”。明成化十三年（1477年）、清雍正五年（1727年）两次重修。
明熹宗天启四年（1624年）七月，“礼部覆得皆，祭始称帝。”（《帝京景物略·关帝庙》）。顺治九年（1652年）封为“忠义神武关圣大帝”。乾隆三十三年（1768年）加封为“忠义神武灵佑关圣大帝”，并将其殿覆盖品级最高的黄琉璃瓦。
在这座白马关帝庙内原立有多碑：
明成化十六年（1480年）立“汉寿亭侯庙碑”；
明嘉靖十七年（1538年）立“关王庙碑”；
明嘉靖三十八年（1559年）立“关王庙义会碑”；
明嘉靖四十五年（1566年）又立“关王庙义碑”；
明万历二十七年（1599年）立“汉寿亭侯庙碑”；
清雍正十一年（1733年）立“关帝庙后殿崇祀三代碑”；
清乾隆三十四年（1769年）立“关帝庙碑”。
以上这些碑虽已不存，但由此可见，明清两代的封建帝王特别重视和讲究祭祀关羽。
正阳门关帝庙
正阳门关帝庙在老北京城100多座大小关帝庙中最为突出，《帝京景物略》载：“而独著正阳门者，……万国朝者必谒，……岁五月十三日，祭汉前将军关某，……凡国有大庆，祭告之。”
明清两代时，皇帝每出入正阳门必停銮驾，祭祀关帝，以求关帝显圣，国泰民安。特别是农历正月初一，朝廷派出官员到此大办官祭，其影响较大。
正阳门瓮城内，除西侧的关帝庙外，东侧还建有观音庙，显示这座京城的南大门由观音菩萨和关帝神共同守护。
京城瓮城内的两座庙，其建筑虽然不大，但朝廷极为重视，庙中所祀之物为紫禁城旧物，最典型的有嘉庆十五年（1810年）所铸造的“青龙偃月刀”，重达60千克左右。因正阳门关帝庙祀物中有“青龙偃月刀”，过去京城内城和外城经营五金和生活用品的一些杂货店铺，时常派人前来祭祀关帝神，求他保佑生意兴隆。例如，在《都门竹枝词》里就有这样的描写：“灵鉴第一推关庙，更去前门洞里求。”
药王庙
从前，我国许多地方有药王庙，比较而言，北京的药王庙最具有代表性。
从前的老北京城东、西、南、北四方，皆有药王庙。比较著名的有四座：“一在东直门内，日东药王庙，一在地安门外西步量桥，日西药王庙；一在安定门内之西，日北药王庙；一在天坛之北，日南药王庙。”（《帝京岁时纪胜》）其中，尤以天坛之北的南药王庙最具有代表性。
这座药王庙，始建于明天启年间，其位置在今日北京崇文门外东晓市街。
这座药王庙，分为东西两部分，庙西部为传统的建筑格局，主要建筑有三门、钟鼓楼、三进大殿、东西配殿等。其中山门门额上有“敕封药王庙”的镌刻。
庙内，其第一殿为药王殿，面阔三间，殿内供奉伏羲、神农、黄帝和药圣孙思邈、药王韦兹藏塑像，两侧立有十大名医塑像。对此，《帝京景物略》里亦作了这样的记载：“天坛之北药王庙，武清侯李诚铭立也。庙祀伏羲、神农、黄帝，而秦汉以来名医侍。”那么，药王庙里的十大名医塑像是何许人也？他们都是我国不同历史时期有代表性的著名医学家，有“三皇时之岐伯、雷公，秦之扁鹊，汉之淳于意、张仲景，魏之华陀，晋之王叔和、皇甫谧、葛洪，唐之李景和。”（《帝京景物略》）
这座药王庙，为什么要祭祀神农和黄帝呢？这里有必要介绍一下。
神农即指神农氏，古史相传，他是农业和医药的发明者。据《千金食治》里记载：“昔日神农遍尝百药，以辨五苦六辛之味。”远古的先民，最初是靠男人猎取禽兽和妇女采集野生植物的活动中来维持生存的，经过观察、摸索和无数次的试种，终于成功地使许多野生植物变成了人工栽培的农作物。我国原始农业的出现，为人类的生存和发展开辟了一条崭新的道路。神农在民间传说中，不仅是教会人们播种五谷的农业祖先，也是勇尝百草以药治病的医学发明人。我国古代第一部药学著作就托名为神农所作，称为《神农本草经》。
黄帝是传说中上古帝王轩辕氏的称号。我国远古时候，有许多发明创造，如文字、医学、蚕桑等，都始于黄帝时期。古籍《千金食治》里载：“黄帝欲创九针，以治三阴三阳之疾。”所谓“九针”，是指古代九种形状、用途不相同的针具，可治疗各种不同的疾病。古籍《灵枢经·官针》里记载：“九针之宜，各有所为，长短大小，各有所施也。不得其用，病弗能够。”而所谓九针能治三阴三阳之疾，按照中医的认识，属于诊断、治疗疾病的方法之一。
通过以上的介绍，不难理解药王庙为何要供奉神农和黄帝了。
中国历史上的十大名医，各有千秋，流传故事很多，以下有选择地介绍几位。
岐伯古时候，有“二圣二贤”之说。二圣指神农、黄帝；二贤指伊尹、岐伯。伊尹，商朝人，名伊，尹是官名。岐伯，相传为黄帝时期的大臣，精于医术，常与黄帝论述医道。古籍《千金食治》里记载：“岐伯而砭艾之法精。”“砭”，指砭石或石片，古代用作石针来刺激病人的皮肤和某些穴位，达到治疗效果。“艾”，指用艾绒做成艾柱、艾条，点燃后进行炙治。