李世民一时语塞，良久才道：“那你说咋办？”
“启禀皇上，恕老朽再次大胆。太子虽有逆反之意，然未付诸行动，故与齐王完全不同。”孙思邈重新伏地。
一日过去，李世民乃觉孙思邈所言在理，便将承乾一事交由众大臣议定。众大臣自然看他眼色行事，知道李世民有意要放过太子，便一致提议将太子流放外地。由是李承乾得免一死。
接着是重立太子。
若按嫡长排序，应是魏王李泰无疑，何况李世民本来一直在替他造势。然而却有人奏称，当承乾还在太子位上时，李泰亦有与汉王合谋夺位之嫌。后经验实，李世民气得脑袋发炸。将李泰的魏王之位削去后，李世民召集众臣，指着年方十五岁的李治道：“此儿最小，性子亦最弱。看他平日胆战心惊的模样，岂能担当大任？”
长孙无忌看出李世民心思，乃不失时机地一语道破：“晋王表面虽弱，心里却坚强如铁。咱道家祖上有言：‘上善若水，水善利万物而不争，处众人之所恶，故几于道。’咱这晋王，就有那‘上善若水’的大智大德。”
李世民其实早有主意。他虽嫌李治懦弱性子，将来恐成不得大事。却想以李治懦弱个性，将来做了帝王，绝不会加害他两个哥哥。天道有眼，那同胞兄弟间的屠戮惨祸，但愿再不在朕之家族中重现。
于是李治被立为太子。李世民时年四十有四，距离世只剩了五年。而孙思邈已一百○二岁。
李世民处理完这桩大事，顿时衰老，头发倏忽间全染上霜雪，门牙也掉了一颗，张嘴便现出一个难看的深洞，眼前之物总有叠影。奏章是一个字也看不清了，只能凭耳朵来听。他听也听不真切，关键词句常听不明白。走路步履蹒跚，即便在宫中作短程移动，也非得坐步辇不可。
“朕怎一下变成这样？朕才四十多岁。孙思邈你说，此究竟为何？你务必向朕贡献长寿不老药方。还有那个道长，仙丹炼得如何了？”
孙思邈闻言，哭笑不得，只能在李世民面前捣蒜般磕头，称“皇上万岁万万岁”。
十二 救人心切 闹市藏匿麻风病患者
贞观十七年至二十三年（643—649），为李世民最后六年。他自失去长孙皇后，情感深深受挫，因而不再封后，只与徐贤妃等一起生活。徐贤妃虽好，却总取代不了长孙皇后在他心中的地位。故李世民心灵创伤始终未平，身体逐年衰弱。他越是晚年，越渴望长寿，于是孙思邈成为他的长寿样板，精神支柱。
这时孙思邈亦见衰老，背稍弯曲，两腿沉重，脸上皱纹纵横交错。十余年前那一场大病，给孙思邈敲响警钟，知老年生活不可不慎。最后一次四川之行结束后，孙思邈大部分时间在长安度过，一是需随时奉诏入宫，侍奉体质日衰的皇上，二是需集中可利用的时间写作，三乃长安生活条件毕竟方便，诸事皆备。若有余暇，即往郊外行走，有时还去秦岭采药。李世民见孙思邈年岁大了，行走不便，乃专拨一匹牝马供他使用。孙思邈感谢皇上大恩，对该坐骑倍加关爱。他平时骑马甚少，只远行才偶尔使用。
孙思邈体力虽衰，却时时不忘他人，尤其是处境比自己更为艰难之人，包括那些麻风病患者。他自叹已不能如年轻时那样，再入麻风村为他们治疗，只能试用他法，尽力相助。
那日孙思邈得到皇上允许，准备再去秦岭。他独自骑马出长安西城门，行出一段路程，却见许多人在追赶一人。孙思邈感觉不对，乃勒马驻步。见被追赶者胡乱奔跑，不辨东西，竟直奔孙思邈而来。待来人跑近，孙思邈将目光一扫，发觉该人面色有异，似麻风病患者。他赶紧下马，迎着被追赶者走去，将被追赶者护住，置于牝马一侧。
追赶者上来了，或手持木棒，或握着石头，威胁着要将那疑似麻风病患者打死。孙思邈知众怒难犯，微笑着面对众人：“你们都累了吧？追了他这么远。”
“打死他。”“他有麻风病。”追赶者七嘴八舌。
孙思邈知道是怎么回事，郑重地道：“可我是医生，能治好他。”
这话怎能说服众人？大伙儿仍不肯罢手。孙思邈上前几步，与疑似患者手拉着手，且抚摸其额。众人立时呆了，不知如何是好。孙思邈趁机让被追赶者上马，没等众人反应过来，与那疑似患者同乘一骑，立即离开。
终南山深处除了患者集中的麻风村外，还有些患者的零散居处，不成规模，这些地方孙思邈几乎都曾涉足。他问那疑似患者住处，正是他曾去过的那座麻风村。孙思邈恐患者再遭侵袭，乃将马让与他骑，自己走路回返。这使患者过意不去，二人骑至城外，患者坚持下马。天色将暮，这儿距麻风村还有好几十里路程，而马已跑得相当累了。孙思邈问：“你是怎么来的啊？”
那人答道：“我下山买药，不幸迷路。”
“你可记着，别再冒昧进城。”
“感谢善心菩萨。”患者说完，伏地便拜。
孙思邈忙扶对方起来，笑道：“绝不可称我菩萨。真菩萨听了，会责怪我呢。”
患者也跟着笑了：“谁也不知真菩萨长得怎样，只认您够了。”
孙思邈知麻风村村民求生心切，才派人冒险下山买药时，大为震惊，乃提出再去探访。他这些年来囿于皇室之事，已有好长时间未去麻风村。
孙思邈这番好意，麻风村村民却不敢受领。因他毕竟年岁大了，上山费劲。孙思邈乃与他们约定，让他们秘密派人下山，来孙思邈所在药肆取药。
孙思邈于是以保证随时应召为前提，一边写作，一边继续坐堂行医，以便换些药资，为麻风病患者置备药品。
和以往一样，只要孙思邈坐堂，就诊者便蜂拥而来。隔壁药肆却门可罗雀。因之嫉妒者对孙思邈同样不容，总变着法子挤他，只手法不同而已。
那日孙思邈步行回城，身后跟着几个挑筐者，鬼鬼祟祟，东张西望。孙思邈未曾注意，只顾走路。那几个挑筐者实为打手，为同行嫉妒者收买，想在半路对孙思邈施暴。因孙思邈行走在大街上，打手们没法下手，便一直跟随。孙思邈这日却没回家，而直接去了孟诜药肆。
原来孙思邈按照约定，这日要诊治来自麻风村的特殊病人。病人四十多岁，鼻梁下塌，眉毛蚀半，被孙思邈悄悄接下山来，在孟诜药肆住着，作为接受孙思邈新药的试验者。
孙思邈本想将他接来，藏在自家，被孟诜知道，坚决不许。孟诜表示，绝不可让师母有任何风险。于是孙思邈瞒着夫人，有空便来孟诜药肆，给患者以特殊治疗。
孙思邈因惧怕众人舆论谴责，这事一直对外瞒着，免生意外。然而这回，不幸被嫉妒者雇请的打手们发现了。打手们跟踪到了孟诜药肆后，见孙思邈与那鼻梁下塌者贴近站着，谈得亲切，全都呆了。此前，他们曾听说过麻风病人是什么样子，现亲眼见到，不由对孙思邈倍加崇敬，更不忍下手。于是那领头打手如此这般，向主子回复，其余人全都散了。
嫉妒者睁着浑浊的两眼，听完孙思邈在城里收治麻风病人的介绍，顿生恶毒主意。因将麻风病患者领进城区，确犯大忌。孙思邈的罪行这就大了，何况还有那沉重的钱袋作为推手。结果是，满脸肉瘤的坊间长吏拉长脸子，长袖一挥，先将钱袋收进袖里，随即拔出一枚令牌。于是有一队官军携带武器，由告密者领着，饿狼般向孟诜药肆扑来。
官军们行动又快又准，来到药肆便破门而入，一把将孙思邈与患者抓住。原来孙思邈正忙于治疗，毫无防范。领队军官指着孙思邈喝道：“捆起来，带走。”
孙思邈表示不服：“老朽没干恶事。”
孟诜上前同官军说理：“你们不能这样。”
争论之间，那患者明白何事了，生气地冲出屋子，要与官军拼命，吓得官军们四散逃开。告密者见了患者，边跑边尖声嚷叫：“放火，把他烧死。他有麻风病。”官军们闻言，即将药肆大门紧锁，点燃火把往屋里扔。见药肆很快大火熊熊，孙思邈提醒患者快快逃离。
孙思邈知与官军抗辩无用，便决定跟着他们走。同时让孟诜转告夫人：“赶紧设法禀报皇上。”
孙思邈被带至长安官衙。长吏对孙思邈大声喝问：“你好大胆子，竟敢将麻风病人带进城区。”
孙思邈跪着辩道：“禀报长官，麻风病患者也是人啊。”
“胡说。你竟敢如此大伤风化，重责五十大板。”
孟诜随后赶到，与衙役抢夺木杖，同时大嚷：“你竟敢责打百岁老人，必遭天谴。”衙役一听，吓得不敢动手。于是孙思邈被收押官衙，要求以重金赎出。
孙思邈被关了半日，才响起一个声音：“皇上有旨，不得伤害孙思邈。”长吏愕然，手指告密者叱道：“混蛋。你把本职害得好苦。”回头将告密者按在地上，重责数板。若不是孙思邈求情，早被打得皮开肉绽。
孙思邈既得皇上保护，乃请求叩见。李世民亦闻麻风病可怕，不让孙思邈挨近。且对孙思邈厉言责难：“再不能接触麻风病人。否则朕若有事，还敢找你？”
“启禀皇上，老朽用脑袋担保，绝无感染之说。”孙思邈忙道。
“有何根据？”
“启禀皇上，老朽与这些不幸者打交道，已六十余年。”
“啊？”李世民不由发出惊叫。
“启禀皇上，就在前不久，老朽还引导一名患者直入松林，教服松脂。”孙思邈伏于地下，头稍抬起，满脸诚恳。
李世民再将孙思邈打量一番，看不出他有撒谎之嫌，乃细问麻风病是否确有治愈希望。孙思邈于是列举若干已治愈病例，说明治疗此症难亦不难。且感激地道：“蒙陛下恩准进入御书库，真让老朽开了眼界。原来古人对麻风病治法，早有文字记载。”
李世民一听，很是高兴：“朕藏书中还有这个？可称稀世之宝了。”即命内侍省给付银两若干，交与孙思邈，满足治疗麻风病人需要。
半月之后，孙思邈穿一件青色道家长衫，拄着拐杖，背着包袱，精神抖擞地出现在麻风村村口。原是孙思邈得了皇上资助，乃决定帮助麻风村村民改善居住环境。他骑马行了一段，山路却险，马走不动，只得步行。孟诜右腿意外受伤，无法随同。夫人担心孙思邈发生意外，坚持来做助手。在他身后，是奉敕随行的若干官人。
当他们走近麻风村时，一群村民围了上来，外貌皆有些怪异。或眉毛残缺，或满脸烂疮，还有鼻梁尽蚀者。见孙思邈来了，没好气地问：“你们来干什么？”
其中一村民上了年纪，道：“这许多年来，只一人真正给我们做过善事，其余都是骗子。”说时，将孙思邈左看右看，“长得就像您这样。”
更多村民拥来，将孙思邈等人包围。有人明着推搡，有人故意贴近。孙思邈接过夫人手中钱袋，高高举起，不住晃动：“真是来帮你们修缮房屋。这里面都是银子。”夫人抓过两个银锭，很响地敲着。
众村民这下服了，冲孙思邈一齐跪地：“感谢救命菩萨。”
孙思邈颤动着花白长须，忙道：“别感谢我，这钱是皇上赐的。请大家面朝皇宫，感谢皇恩浩荡。”言毕放下拐杖，率先拜谢皇恩。
孙思邈究竟如何治疗麻风病患者，史书亦少记载。幸有一例，为孙思邈亲笔所记，可窥治法一斑。孙思邈云：“余以贞观年中，将一病士入山，教服松脂，欲至百日，须眉皆生。”[114]原来秦岭深处也有云松，孙思邈对它的性能十分了解。以松脂治疗恶疾大风，为古传重要方法之一。从上述文字可知，孙思邈与患者近距离接触，彼此何其密切。孙思邈早年初访湘地，即上衡山和攸县采集松脂，显然与治疗麻风病有关。可知他为疗此恶疾，付出多少精力。
此期，《千金要方》的写作也接近尾声。
十三 药不适人 武则天索要面药奇方
也是在李世民晚期，孙思邈生活中发生了另一重大事件，即与才女武则天打上交道。可惜武则天生性多疑，彼此并不洽和，甚至产生误会，险些引出严重后果。
长孙氏皇后不幸早逝，使李世民私生活出现巨大空间，于是另有一位出色女子试图乘虚而入，抓住机会得宠。此则才人武则天。武则天入宫为贞观十一年（637），才刚十四岁。其时长孙皇后刚逝世一年，李世民整日愁眉紧锁，心情郁闷，故对武则天并未充分关注。
武则天乃应国公武士彟外室杨氏所生，生于武德七年（624）。杨氏之父杨达，官至隋朝宰相。隋室既经崩坍，便落得一文不值，小女儿杨氏险些夭亡。杨氏庆幸天生丽质，又善于保养，故随着年岁增长，出落得愈发靓丽，以至被大木材商武士彟看中，纳为外室。
杨氏嫁与武士彟时，年且四十，却因是一个情窦初开的老处女，武士彟年近六旬，如重新焕发青春。两人共育三女。排行老二者，则为后来被遴选入宫的武则天。
关于武士彠与李渊的交往，各种记载亦多，简而言之，有大功于李渊。故唐朝初立，武士彠出任光禄大夫，封太原郡公，后历任工部尚书、黄门侍郎、扬州都督府长史、利州都督、荆州都督等职，贞观中，加封应国公。可见武士彠如何深得李渊信任。
武则天生于长安，三岁时随父母去了四川。其时四川有叛乱迹象，李渊派武士彟前往坐镇，显系重用。故武士彟闻知李渊去世消息，哭得呕血不止，随即因疾而终。这年，武则天年方十二，其母五十有余。武则天于无忧无虑中度过烂漫童年，当老父突然去世，其母备受武士彟原配夫人、子女欺凌，武则天因之初尝人间冷暖滋味。
武则天之母中年虽享荣华，却知此非长久之计，故对三个女儿严格教育训导，期待都有出息。她要求孩子们自强自立，目光远大，以历史上最能干的女人为榜样，包括那有名的吕后。
杨氏同时不忘给孩子们架设天梯，一有机会则向朝中要人推荐，以期改变命运。于是趁李世民广纳才女之际，寻机将老二推荐入宫。她知老二既艳丽光彩，又伶牙俐齿，或许有出头之日。