李世民虽不似杨广那等荒唐，却信了上古黄帝幸女千余、乃得长寿之说，于女色同样有不尽的追求，尤其在做了皇帝之后。只是他不喜群淫，而是逐一交欢，所幸之女，一般在二八年纪。长孙氏所虑的是：年轻女子可有床笫经验，会否引起皇上不快，乃忍着本能之妒，亲自对所选之女加以指导。这实在为难她了。以后这事传到李世民耳里，激起李世民对皇后倍加珍爱。
长孙氏对自己的命运全都认了，且将这一认识，贯彻于所著三十卷《女则》中，强调女子只需专理家政，不得参预国事。她这一主张，正合李世民胃口。这用于指导宫女生活的《女则》，长孙氏生前未示于夫君，去世之后李世民方才读到，直读得柔肠寸断。
当李世民与兄长为帝位之争各不相让时，长孙氏为了丈夫，曾四处游说后宫各位婕妤，请求替李世民在太上皇面前多多美言。这样当“玄武门之变”血案成为事实后，长孙氏总觉得自己做了帮凶，欠下血债，自此痛悔不已。她便时时想着如何忏悔，洗洁灵魂。
那日，长孙皇后于寝宫佛堂前里燃着香烛，默然跪下，虔诚祈祷。佛堂上首，并排悬挂着李建成、李元吉和十个小侄儿画像。他们整齐排开，一会儿看似都在哭泣，一会儿看似都在微笑。别说长孙氏这等性儿，任何坚强之士与这许多亡者画像相处，也会感觉压力沉重。可不，长孙皇后跪着祈祷了一会儿，便突然昏厥。
不过长孙皇后毅力惊人，一直挺着。她知现在不能倒下，否则皇上承受不了这等打击。她相信皇上爱她，同时也爱着其他嫔妃。与其他嫔妃相比，自己拥有绝对优势。然而一个人不可能将所有好处尽占，上天总会让你有得有失。她就这样不断宽慰自己，让日子尽可能过得平静。
长孙皇后这一痛苦心态，孙思邈最能理解。顶着“玄武门之变”如磐阴影，她口虽不言，却每日暗自替夫君赎罪。她将李建成、李元吉和十个侄辈画像，全都悬挂寝殿，面前置一香炉，每日烧香祭奠，则是此意。
那回长孙皇后再次昏迷。孙思邈撩开步子，急入皇后寝宫，仓促之际，险些跌倒。他不顾往日礼仪，拨开皇后卧榻前面的丝绒帷幕，与皇后正面相视。长孙皇后却无反应。在孙思邈眼里，长孙皇后如亲生孙女一般。他试探皇后鼻息，重掐皇后人中，使皇后终有感觉。她似深睡良久，才刚醒来。见了孙思邈，长孙皇后本想说声“谢谢”，嘴唇动了动，却发不出声音来。
趁着皇后说话无力，孙思邈将宫女叫到殿外，认真吩咐：“请用帷幕将皇后室内画像全都遮去。”
“是。不过，皇后娘娘……”宫女对此早有同感，却不敢妄动。
“且听老夫之言。若皇后治罪，唯老夫是问。”孙思邈坚决地道。
宫女这才动手，立即将李建成、李元吉等人画像遮去。宫女轻推窗户，让一股清新空气吹进寝殿，室内气氛顿时轻松了许多。
长孙皇后寝宫卧室，宫女端来熬好的汤药。孙思邈先自品尝，再用小勺给长孙皇后喂食。皇后微微睁眼，却将嘴唇紧闭，不愿配合服药。孙思邈轻捏皇后鼻翼，强行喂下。皇后轻轻咳着，汤药尚余一半。孙思邈请宫女轻摩皇后胸背。长孙皇后终于开口，声音那般低微：“谢谢。可我，活着真累。”
孙思邈身子半跪，立即开导：“启禀皇后娘娘，还有多少人比您更苦，可他们都顽强地活着。老朽九十多了，尚且勇气十足。”
“您，您是奇人。”长孙皇后赞曰，表示不再拒绝用药。
皇宫尚药房。此系一处禁地，外人不得涉足。宫人在尚药房服役，皆经严格挑选，确保对皇上和皇室绝对忠诚。尚药房里立着一排排药柜，并有许多熬药器具，用一个个檀香木盒盛好。它们平时都贴了封签，盖有宫廷内侍总管印鉴，需用时才能开启。
孙思邈本用不着来尚药房，只需将药方开好，由尚药房照办就是。他对宫人们的熬药技术却不太放心，且需坚定长孙皇后信念。故他一反常规，亲下尚药房守护火炉，为皇后煎煮汤药。
汤药熬好，按一般规矩，皆由尚药房用专门器具盛载，密封，送至尚药局，由专门负责品药的宫人品过，再交与宫女。但是今日，孙思邈亦将这一道工序包揽，径将汤药端来皇后寝宫。然后，孙思邈跪于长孙氏面前，将汤药先尝几口。长孙皇后菜青色脸上终于绽出笑容。
两天之后，长孙皇后病情好转，能在榻上稳稳地坐着，脸上的菜青色开始退去，现出一片健康的乳晕色。长孙皇后和蔼地笑问：“先生给我用的什么药啊？精神好多了。”
孙思邈跪地禀道：“老朽只头天用了大补药方，名为‘参脉饮’。此方仅用药三味，人参、麦冬、五味子，专治垂危病症。”待问到往后该如何调理，孙思邈进一步解释，此症一是药疗，一是体疗，最要紧者，乃是心疗。心有所舍，方有所得。
孙思邈见皇后心态已基本复常，乃指着墙上被遮的画像：“这些画像，于您健康很不相宜。皇后对他们的深厚情感可以理解，然日日望着他们，只徒然给心里添堵。”
长孙皇后闭一会儿眼睛，静思片刻，最后睁眼：“我且撤下好了。”众宫女立即上前，七手八脚将画像摘下。长孙皇后嘱她们千万小心，别把画像损坏。且点燃香烛，对着画像闭目祷告。孙思邈跪于一旁，伴着默祷。
唐贞观九年（635），长孙氏皇后病又反复。她这回情形不同以往，来势甚猛，还吞咽困难，药汁到了嘴里，下咽时即刻吐出。长孙皇后以为，此则大限将至的症候，便委婉而坚决地拒绝就医，连孙思邈也不能说得动她。
“启禀皇后陛下，李治小王子还没长成呢。”孙思邈再经深思，决定触动皇后心灵深处。这一招果然见灵，长孙氏终有触动。她牵动嘴角，苦痛地一笑，艰难地道：“我已知老先生用心，深为感谢。只不知从今开始，调整身体，还来得及否？”
孙思邈应皇后要求，将挡在两人之间的薄纱撤去，故能直接看到长孙氏面容，利于对病情更准确判断。孙思邈目光停留在长孙氏脸上，见皇后宽厚慈祥，宛若祖父辈。且道：“皇后这病，只要积极配合，牢记‘命重千金’的道理，则皇后不仅可以康复，且能长寿呢。”
长孙氏听了，即知自己病得不轻，孙思邈只不说而已。与其破费大量钱物而不得其效，倒不如索性不治，以求早日结束这罪恶的今世，进入往生世界。若果有来世，即望托生于勤劳朴实的普通人家，如孙老先生这般，学得救世本领，救人救己，那样活得越长，便越是有益。
于是长孙皇后再次拒绝治疗。
那日李世民来到皇后寝室，见状，心里发急，乃将孙思邈叫到门外，严肃地问：“请老先生对朕实说，皇后病因究竟是何？”
孙思邈不假思索，对李世民拜道：“启禀陛下，皇后之病，病在心里。惟陛下可以诊治。”
李世民点头，回到长孙皇后面前，待欲劝慰，泪水先流。长孙氏断断续续，说出如下的话：“启禀陛下，臣妾既信奉佛祖，便不将往生、视为畏途。妾亦知、陛下隐痛，非自一日。故极愿以……纤弱之身，替陛下分忧。臣妾若能……早日见到……诸位冤家债主，亦可请他们……务必……对陛下……宽容……”
李世民听了，泪水更如泉涌一般，许久才扶着皇后双肩，哽咽着道：“皇后若存了这种心思，则无异逼朕也走上绝路。试想皇后一旦先行，朕独自活着还有何意思？”
长孙氏脸色大变，如抹了一层石灰，欲挣扎跪地，被李世民止住。李世民抹去泪水，认真地答：“朕刚才所言，绝非戏语。老先生乃当今神人，可为朕作证。”
孙思邈银须颤抖，忙跪地附应：“皇后若不珍重自惜，定是对皇上最沉重打击。”
长孙氏皇后满衔泪水，吃力地道：“臣妾……再不敢……妄为，一定……听从……医嘱。”
孙思邈又发动长孙无忌劝说皇后。兄妹俩见面便哭作一团。长孙无忌自做了国舅，即被皇后时时告诫，不可得意忘形。长孙氏常以西汉梁冀一门族灭为戒，不让哥哥过多参与朝政，甚至向皇上提出，免去长孙无忌三公之职。李世民因长孙无忌确有治国之才，故不肯采纳皇后意见。为减少闲言杂语，皇后还不许哥哥轻易进宫，与皇上单独接触。现长孙无忌突然来到皇后面前，怎不让皇后念起同胞兄妹情深？长孙无忌强忍哭泣，为激励皇后病愈信心，一再重复：“满朝上下，都把孙老先生当活神仙看待。”
孙思邈又提议皇后亲生儿女同往，齐向皇后下跪，拜求皇后务必服药。长孙皇后吃力地伸出瘦手，将小儿子李治抱在怀里，顿时泪如雨下。小李治亦以泪洗面。室内恸哭声感天动地。
于是皇后露出浅浅笑容，精神重新振作。
也是在这一年，孙思邈给皇后疗疾之暇，抽空治疗汉阳王水肿，效果甚佳。孙思邈乃以此激励皇后，进一步树立信心，与医家密切配合。
孙思邈上述措施，亦为治疗手法之一种。他知心病不除，百药无益。见皇后态度有变，孙思邈才以汤药治其热症，以解大便不利，再以“竹沥汤”治小肠俱实热症。以后，长孙氏由实热转为虚寒，孙思邈针对其病状，乃用“补心丸”“大补心汤”等方跟踪治疗，使皇后病情一度好转。长孙氏亦主动配合医治，让服食多少汤药，一滴也不少喝。
长孙皇后生命之光，如此又延续一年。
可惜，长孙皇后心结时释时结，多有反复，使身体日日磨损，直至耗尽。有如膏烛，燃尽乃灭。孙思邈纵有再大本事，亦无法使石头开花。贞观九年高祖李渊仙逝，对长孙氏亦大有震惊。最后的大限时刻，长孙氏将瘦手放在李世民掌中，嗫嚅着道：“陛下……放心，臣妾……会与……他们……”后面有话，却说不出来。随即头偏向一旁，酣睡般溘然长逝。
看着长孙皇后才刚三十六岁就这样去了，李世民扑在皇后身上，哭得如泪人一般。儿女们守在皇后遗体身边，一个个哭得死去活来。
眼见比自己差不多年轻六十岁的皇后弃世而去，孙思邈同样泪流满面，痛惜好人命薄。究其因由，还是心结难解，致成痼疾。他跪于距李世民不远的地上，一边向远行皇后磕头，一边请求给自己治罪。
此为唐贞观十年（636），孙思邈九十五岁。
九 方便百姓 将简易药方公诸墙上
唐贞观十年至十二年（636—638），孙思邈继续在长安坐堂接诊。这回他改了方式，与晚生孟诜自办一家药肆，看病兼卖药品。孟诜生于唐武德四年（621），小孙思邈八十岁，对老先生相当崇敬，愿意相随左右，学医兼做杂事。孙思邈见小伙子机灵、心善，乃收为徒。孟诜经孙思邈手把手教诲，后来果有出息，亦为一代名医，于医学史上占有一席之地。
药肆以孟诜名义开办，孙思邈得空便去坐堂接诊，门口高悬一块布幌，上书斗大“义诊”二字。和以往一样，只要孙思邈坐堂，就诊者便云一般拥来，于门口排起长队。孙思邈坐于案几后面，孟诜坐于孙思邈一旁。为了让孟诜有临床经验，孙思邈有时为患者把脉之后，再由孟诜把脉。有时则相反，先让孟诜诊断，孙思邈再行复诊。共同确诊后，孙思邈口授处方，由孟诜录下，交与患者。
一患者按着后腰，鼻头发暗，艰难地走近案几。孙思邈忙让患者坐下，且对孟诜提示：“注意看他脸色，发涩，粗糙，缺少光泽；鼻梁下半部发暗。”转身问患者，是否早起口苦？小便色黄、味重？患者一一认可，暗想这老先生何以知之甚详。
古来医者皆重口口相传，因掌握医术实是不易，既非仅凭灵性，又非靠死背方子。孔子有言：“医不三世，不服其药。”足见家传医术之难能可贵。所家传者，或为医术，或为秘方。光有秘方而无医术，则不知方之辨证应用。孙思邈深知年轻人求师之难，故对孟诜毫不保留，悉予传授，以促其成才。
孙思邈强调，察色为医者基本功之一。“夫为医者，虽善于脉候，而不知察于气色者，终为未尽要妙也。故曰：上医察色，次医听声，下医脉候。是知人有盛衰，其色先见于面部。所以善为医者，必须明于五色，乃可决生死，定狐疑。”[109]故此，孙思邈要求孟诜，务必善于细察患者脸色，以便确诊。
孙思邈待孟诜将患者仔细看过，交换了意见，才耐心对患者解释：“你左肾存在痼疾，有异物留于体内，得设法将它排出。你还长期内热，肾气不足，这就导致小便发黄，早起口苦。”接着打消患者顾虑，“请相信老夫，会有办法。服药五日，会有缓解，三月内可将异物排出。”
患者好奇地问：“听说你常给皇上看病？”
孙思邈忙郑重嘱咐：“须得慎言。皇上万寿无疆，岂有害病之理？我只给百姓效力。”
孙思邈回家时已相当疲惫，走路两腿沉重，鞋底拖地，发出“嚓嚓”之声。夫人给孙思邈端过茶水，心疼地道：“这样累你一人怎行？千斤担子得大家分着挑。简单的病就该让别人治，甚至由他们自己治。”
“这正是老夫著书之因。”孙思邈高兴地道。
“可书也并非人人能读啊。还不如把方子贴在墙上，让他们自己抄去。”
“自己去抄？”
“对啊，总还有人识字。既然识字，懂得简单的方子应是不难。”
“夫人真是聪明。”孙思邈不由笑道。
孙思邈因何这般高兴？这话使他想起一事，即贞观九年给汉阳王治疗水肿。汉阳王原本读书之人，却忽略基本医药养生知识。结果大腹水肿，命在旦夕。四处求医，皆曰不治。孙思邈得闻，即主动上门。他以牛黄、昆布、海藻、牵牛子、桂心、葶苈子、椒目等七味配药，合为丸子，嘱患者日饮十丸。结果是患者服后，日夜尿一二斗，五六日即瘥。
汉阳王连声谢道：“先生真救命菩萨，救本王爷一命。”