接着宣读兰大党委为郑国锠等四百八十一名“白旗”“白专”恢复名誉的决定。决定说“拔白旗”“批白专”是“大跃进”中提出的过激的口号，是一场短时间的轰轰烈烈的群众运动，上级并没有划定“白旗”“白专”的具体要求，但兰大党委在执行上有严重的“左倾”思想，错误地批判了一批行政干部、一批业务拔尖的老师和一批成绩优异的学生。对人的处理也犯有严重的错误，撤销了一个总务长、两个副科长的职务，撤销了两个系主任、三个教研室主任的职务，有八人受到降级扣工资的处分。这种极其错误的做法，挫伤了他们的积极性，严重影响了学校的工作，现在决定，为他们平反恢复名誉，恢复原有的职务；材料销毁，不进档案；凡扣发工资的，从下月起补发，恢复原有的工资级别；学生中受到错误批判和错误处分的，开学后由各党总支公开宣布平反，凡受运动影响而休学退学的，动员说服他们尽快复学。
宣读完正式文件，江隆基离开讲桌跨前一步，深深地鞠一躬。“我代表党委向这些受到错误对待的同志赔礼道歉！”
全场爆发出长久而热烈的掌声。江隆基也显得异常激动。他明白虽然大环境还没有根本改变，高压云团还在上空笼罩，但他已经形成了明晰的判断，不能再拖了，不能不讲了，于是十分肯定地讲出了自己的看法：“‘反右’以后由于严重的‘左倾’思想的错误指导，兰大的各项工作遭到了人为的严重破坏，正常的教学秩序受到强烈冲击，教学组织几乎瘫痪，科学研究也处于停滞状态。大量事实证明，我们兰州大学的主要问题不是‘右倾’，而是‘左倾’；教学质量不是提高了，而是明显地降低了。”
讲完这几句，他停住看了看台下的反应，既没有鼓掌的也没有摇头的，都在睁大了眼睛怔怔地思考着、回味着。他知道这段话的分量，要被所有的人接受、消化得有个过程。“我举个例子，”他用一件小事来证明自己的观点，“童若兰同志大家都认识，就因为一封家信，工作调换不说，还要查来查去。再怎么查，不就一封弟弟写给姐姐的家信嘛。通信自由是公民的权利，是受宪法保护的嘛。学校查不算，还要把公安局叫来查，还要戴上‘里通外国’的帽子，这种极‘左’的做法，叫她怎么安心工作？”
会场立刻骚动起来，与会者纷纷扭头寻找童若兰，而坐在会场中间的童若兰两手掩面，双肩不停地抽搐，显然在哭。她是留苏生，毕业于莫斯科中央团校哲学系，回国后出任兰州大学团委书记。有个弟弟随她之后也留学苏联，学的工科。去年“大跃进”，弟弟给姐姐来了一封长信，谈了自己以及苏联高校对中国“反右”和“大跃进”的看法。她看完放办公桌上，打算下班拿回家，不知被谁拿走上交，邀功请赏。接着就有人轮番找她谈话，直到惊动党委书记、公安局。追查到祖宗三代也查不出个他们所要的结果，最后免去团委书记职务，调教学科专管排课表。她虽然能经常见到江校长，但没提过此事，不知他是怎么知道的。
大会安排有两个发言。林迪生除了感谢党组织的关怀外，着重讲他水平低能力有限，这两年没有把握好政策方向，学校工作遭受严重损失，对不起广大师生员工。他说从延安时期开始，自己与江隆基就是上下级关系，今后一定要全力配合江校长，为把兰大建设成名副其实的重点大学而鞠躬尽瘁，贡献出自己的全部力量。
郑国锠代表二百多名受批判的“白旗”教工发言。他开头一连串的“感谢党感谢组织感谢江校长”之后，竟当众抹泪，激动得讲不出话来，哽哽咽咽不知说什么好了。台下的替他捏了把汗，担心他兴奋过度有什么闪失。终于，他说出了一句最想说的话：“‘拔白旗’不是江校长干的，不该江校长赔礼道歉。”还说了一句掷地有声的话：“治校之本，全在用人，有江校长领导，兰大肯定能办好！”
两个月后，林迪生被正式任命为兰州大学副校长，任命书也是周恩来总理签署的国务院任命书。按常规，重点大学的校长都由国务院任命，副校长也有先例，如北大的周培源。
林迪生恢复职务后病也没了，精神也好了，天天来坐办公室上班。他分管教学，与崔乃夫、陆润林等人一起抓整顿秩序和教学建设工作。高等学校的教学建设庞大而复杂，既有烦琐零碎的微观细节，又有高瞻远瞩的宏观控制，几个负责人都是挑选出来的内行，进展顺利，到年底进行总结的时候，江隆基年初提出的以“整顿教学秩序、提高教育质量”为中心的任务得到了落实，大见成效。
有如下主要事实和数字为证：
全校和各系都有了新修订的教学计划，并开始实施。新的教学计划规定各专业五年内的教学总时数最低为3200学时，最高为3800学时，课堂教学每周不超过24学时，每日学习时间保证9小时，课堂教学与自修时间大体保持1：1的比例。这就从制度上保证了教学秩序的正常运转，抵制了有关部门随意派遣任务停课劳动的错误做法；
全校88门主要课程有了新的教学大纲。按新计划和新大纲合理地调整了基础课与专门化课的比重，把课程分为公共必修课、基础课和专门化课三大类。基础课比重最大的占87.6%，最少的也占77.5%。加强了某些专业的数、理、化的基本训练，精简了一些可有可无的课程，删除了一些课程中陈腐、重复的内容，增加了反映最新科学成就的课程；
在加强基础课教学的同时，提高了外语教学的比重，规定学生必须学习并掌握一两种外国语，第一外国语学习两年，总学时在230至245之间。第一外国语学习达到要求后，可学习第二外国语；
教材建设也有了很大进展，大部分课程有了讲义，部分课程还出版了教材，正在积极争取国家统编教材的编写任务；
“大跃进”中兰大把基础课教研室都解散了，包括体育教研室这样重要的公共课教研室也未能幸免，现在统统恢复起来，重新配备了教研室主任。系一级是学校的基础单位，系主任都是教授副教授，但承担的行政工作太多，没有多少时间搞教学和科研，学校制订了系主任的工作职责，把他们从繁琐的行政事务圈子里解放出来；健全系办公室，设主任一名，行政秘书一名，教学秘书一名，科研秘书一名，各负其责，定岗位，定职责。
为纪念江隆基诞辰一百周年而编辑出版的《江隆基教育文选》一书中，精选出江各个时期的文章四十三篇，第一篇是1926年4月在北大读书时写的《替小学教师说几句话》，最后一篇是1965年4月为兰大全体学生的讲话《树立革命的科学的学风》，时间跨度四十年。其中1959年的选入三篇，密度最大；三篇中同年6月就占两篇，足见其为稳定教学秩序、提高教学质量所付出的精力和心血。这些文章是在当时的语境下产生的，时至今日，也还不难看出一个成熟的教育家对一些重大问题的真知灼见。行文至此，不妨原文摘出几段——
三结合不是要使教学、科学研究、生产劳动三分天下，而是要以教学为主，因为我们是学校，培养人才是我们的中心任务。如果以生产为主，那就和工厂没有什么区别了。如果以科学研究为主，那就和科学院或研究所没有区别了。所以科学研究、生产劳动以及学校里的其他一切活动，都应该围绕着教学这一中心去进行。学校里的科学研究、生产劳动、政治活动、社会活动、体育活动和文娱活动，都具有深刻的教育意义，它们和教学的关系，虽然有直接、间接之分，但是归根到底都是可以起丰富教学内容、提高教学质量、促进全面发展的作用的。