乙未春正月，钦差大人奏请革职。是时先生感激圣恩，益殚精政治；一切地方利弊，悉力兴革。又屡值年丰，人民乐业，疆土宁谧。而先生以吴地滨海，奸商贪利，下洋勾引匪类，出入无忌，终为东南隐忧；故为未雨绸缪计，特严海禁，有犯必惩。积有张元隆、张令涛、李崇御等案，皆为巨棍所把持，屡饬不结；圣祖命大人驻镇江审理，大人不细讯而问先生索取海贼，先生以各案文卷进。大人即参先生「狂妄自矜」，应革职、看守审理；圣祖不允，而令先生明白回奏。乃上疏，略曰：『张元隆系镇臣在洋盘获之余元亨所供，经署抚王度昭审议具题；部覆发臣再勘，饬行府、县究审。张令涛系顾协一、闵三等告发，被害者十余纸抗匿不出，悬案莫结；令涛非通洋，亦系豪恶。何得挨延半载，藉庇抗官！即谓首告不实，应于原告坐诬。臣虽愚昧寡援，而身为地方大吏，宁能置之不问乎？李崇御亦系镇臣获报，其船照票不符，满载金银、不带丝毫货物；谓非来历不明，其谁信之！臣屡将元隆等恶迹，咨明钦差大人在案。据咨上闻，案件自明；乃将各犯悉为开脱，独参臣以「狂妄自矜」之罪。臣虽历官巡抚，而服食、起居未脱寒酸故态；以为迂腐则有之，何敢于君父之前反蹈「矜妄」，自取罪戾乎！然臣止知有君父，不知有身家；止知报圣恩，不知避嫌怨。惟恐案情未能得实，则臣之负罪益深；此区区微忱，不敢一念之或欺者也』。随奉旨：『将回奏情节，一并审明』。三月，大人复上章，请革职、看守审理；盖至是，已连劾六疏矣。先是，三请革职，奉旨：『钦交事件，应尽心审明原委具奏。屡次前往，未能彻底审明，希图朦混完结；今又请将张伯行革职。缮摺具奏，殊玷官箴。这事情，仍着前往审明具奏』。先生跪聆恩旨，感激涕零；将先后口供沥陈上奏。大人复讯供文，致其词坚，请革职、看守审理；圣祖不得已，姑允之。时先生因热审赴常州，大人令藩司于舟中解绶去，遣游击房世淳伴送至镇江，看守于城隍庙；及夜分问供，多方摧折。所供不如大人指，乃传先生幕宾代书，竟拟重辟。是时百姓无一人知者；门人子弟闻难来讯，呼吁无门，生死不可测。而先生处之恬然，读书昼夜无间；为子侄讲经书，积讲义二十余篇。又向辑「四书正宗」、「学易编」皆未成，续为编辑。居润州半载，体加充、色加睟焉。案达上，圣祖未允所拟，而令大人同先生入京。仲冬二日，渡江；至维扬，父老数千焚香拜，岸上士民夹两岸随舟而行，四十里不绝。越日，过邵伯、高邮，皆有儒冠、野服沿河顿首者。至淮安，总河迎会；见舟将坏，大惊曰：『何以坐此』！先生曰：『此不由己也』。总河为易舟。伴送官胡同知暮夜趣渡黄河，时细雨方霏，周天如墨，涛浪汹急；从舟倾覆，而先生以总河所易舟先济，得免。至夏镇书院，诸生候于河次；叙契阔，皆挥泪而别。是月二十三日，至京师；先生欲赴畅春苑陛见，大人勿许，委官看守于吏部分署。翼日，圣祖谕大人同先生来，乃陛见。大人面奏曰：『他并不认罪』。圣祖曰：『他原无罪可认』！先生感泣，叩首谢曰：『臣有生之年，皆皇上所赐也』！上又曰：『此人朕还用之；当用于有钱粮衙门』。复谢恩出。明日，召对于干清宫；问话移时，命于南书房行走。腊月朔，命讲「民可使由之」一章；越日，又命讲「太极图说」：皆缮摺进呈。
寻奉特旨，署总督仓场侍郎。丙申春，赴通州视事。时秋成稍歉，奉谕回户部酌议平粜，奏发仓米二万石；上谕：『粜完启奏续发。仍不时巡察，使贫民得沾实惠』。闰三月，奉命发仓赈济顺天、永平二府；亲往巡察。七月，巡查至永平，其守谢公赐履廉能有声，留心社仓；因与讲社仓之法，令劝谕所属捐输积贮，每年出陈易新以备荒灾。回京，本朱子社仓法，酌十六款条奏；奉上谕，亲赴永平料理社仓事宜。丁酉秋七月，上「条奏余米摺」云：『臣查红斛进仓、平斛放米，每石原多二斗五升。今该仓书攒止报一石一斗四升四合九勺四抄，其余隐匿不报；虽止一斗五合六抄，然以通漕合算，岁约三十余万。此项谓之「飞米」，俗所谓「飞毂辘子」是也。外又有长米二、三十万石，曰「旗丁交剩余米」。或令旗丁领出，谓之「照米」，俗所谓「出黑档子」是也；或令旗丁卖于他人，谓之「买余抵补」。仓场之弊甚多，此其大者；故特奏之』。又奏：『每年收米、放米，该剩余米一百余万石。日积日多，无廒可贮；请建新廒百座』。八月，钦点顺天乡试主考。时方收粮通州，不与开列；特召入闱，盖异数也。先生矢公矢慎，得士李兰等二百余人，舆情洽服；所拔士子来谒者，以「学为圣贤，不可汩于势利」，谆谆告戒焉。戊戌夏六月，又奏添设人员，协同稽察仓弊。发九卿会议，为同事者所抑，同前岁所奏均无庸议，应交部议处；奉旨：『逐一明白回奏』。乃奏曰：『臣才识短浅，尺寸未效；中心兢惕，夙夜靡宁。今九卿会议交部察议，蒙皇上不即处分，令臣回奏；臣闻命自天，感激无地。谨将前后情形，为皇上陈之。九卿会议曰：「红斛进仓、平斛放米所多之二斗五升内，一斗四升四合九勺四抄作正项入仓；其余一斗五合六抄之米，内给旗丁回空余米三升八合、五闸盘运折耗米二升，所剩四升七合六抄作为晒扬亏折。今张伯行不将此等项款开除，止照红斛收进、平斛放出算余米八十余万石，请添新廒」等语。臣查晒扬亏折四升七合六抄及盘闸二升原在仓内，固无处开除也。至旗丁之三升八合，愿照者照、愿抵者抵；即使尽数照出，每年不过十余万石。且照出仓外，方可开除；若本帮抵本帮之欠或他帮买抵他帮之欠，则三升八合又仍在仓内，安可尽数开除乎！此臣查之甚明，所以请建新仓廒；初非朦混具题也。又会议云：「所存烂米，奉旨赏给兵丁，折抵脚价；腾空廒座必多。又添新廒百座，似无不敷」等语。臣查去岁腾空廒座，原以备去岁新粮之用；至七、八月，廒座不敷，各仓监督纷纷来禀。是去岁廒座尚属不敷，安有余剩廒座留为今岁之用乎！又会议云：「张伯行前奏新廒并未贮米，旧仓腾空甚多。不惟余米全无着落，似较去岁之米反少；恐又有「飞毂辘子」、「出黑档子」之弊。请添员协查」等语。臣查今岁粮船未到之先，各仓呈报空廒有四、五十座；空廒多，则实米少。去岁粮旧未到之先，呈报空廒止三十四座；空廒少，则实米多。臣故曰：「似较去岁之米反少」。此今岁粮船未到之情形也。又会议云「张伯行后摺又称新廒已派四十座；旧廒即有腾空，想已无多，尚有百万石无廒可贮」等语。臣查七月间旧廒用完，新廒已派四十座，新米尚未收及一半；即算放二季，春档腾空者不过四、五十座。所以奏「旧廒即有腾空，想已无多」。此今岁粮船已到之情形也。今新廒已派九十座，尚有一百二、三十万无廒可贮；即欲请建，时已无及。惟令各仓归并，随腾随派；就今日计算，仍有百万石无廒盛贮。此臣查之甚明，并未朦混具奏也。臣查一时有一时之情形，去岁与今岁不同、今春与今秋不同。臣随时具奏，无非慎重漕粮之意、初非敢前后朦混、任意矛盾也』。疏上，九卿无以难。
庚子十月，奉旨管理钱法。旋补授户部右侍郎，兼管仓场总督。辛丑春，钦点会试总裁，得士储大文等一百七十余人。秋九月，河南马营口决，上命河南人知河务者具奏；乃具摺奏曰：『臣籍隶仪封，去黄河三里；故黄水之性，最为留心。盖黄水不两行，若有两条河，水行一条，必淤一条。故一遇冲决，水分新河，旧河必淤。若旧河仍行者，则新河不过因水势泛涨，泄其有余；水一消落，仍行旧河；此自然之势也。今武陟县冲决河口，不过因黄、沁并长，泛滥溢漫，泄有余之水耳；黄河之水仍旧东行。入冬以后，水势消落，势必尽归旧河；稍加堵筑，即复旧矣。独是山东运河，只借一线泉水；遇天道亢旱，泉源干涸，寸步难行。臣前任济宁道时，会议引沁河之水以济山东之运；后以升任，故未及行。今岁粮船浅阻山东，将至迟误；而黄、沁交会，忽冲一缺口，直入张秋，运河粮船尽皆抵通。是今岁之运，赖此冲决以济之也。若由此修治，引之济运，便可成万世之利』。越数日，接驾；蒙温旨云：『前所奏河务，与朕意甚合』。又召进行宫，论河务；面奏『于黄、沁交会之际，建闸筑坝，重重关锁；使不泛滥。一引沁由贾鲁河以入济济运，一引沁由新决之河入张秋以济运。张秋东崖五空桥安放闸板，水小则下板引沁济运，水大则放沁入海。至于济宁运河之西，再建闸一座；水小则引沁济运，水大则下板引沁入湖。不但粮船遄行，而临河之田皆成膏腴矣』。冬十月，以母病请归省；奉旨准假，并命以便道阅视河南武涉决口。先生兼程抵家视汤药；母耿太夫人喜，疾顿廖。遂遵旨相视河工，如期复命。壬寅春正月五日，奉旨赴千叟宴。宴毕，偕诸年老大臣至干清宫谢恩，赐坐；奉谕旨：『汝等皆大臣，当抑体君心，惠爱百姓。如张伯行为巡抚时，地方情形、米麦价值皆不时奏闻；是真能以百姓为心者也』。
先是，仓场积弊甚多；先生剔厘，不辞劳瘁。既而兼理钱法，旋升户部，府库、仓储尽以委任于先生，政务日繁。先生感知遇恩，竭力图报，昼夜废寝食。时又奉旨发仓减价粜卖，开厂数十处；先生亲往来巡查，奔走道途。于是精神、心力，销耗殆尽。冬十月，召对澹宁居，眩晕色变；圣祖命少司寇阿公、总漕张公扶掖出，寻愈。十一月，圣祖升遐，先生感高厚恩，哀痛迫切。二十七日尽礼，无稍懈；梦寐中，时泪涔涔下。今皇上御极，深知先生公忠为国之心，又以先朝旧臣，特加眷顾，锡予每逾常格；谓先生年老，事难兼摄，命专理户部及钱法堂。腊月二日，命同满、汉大臣十三人至先帝梓宫前举哀；特赐素珠一串曰：『此先帝所遗留也』。嗣后会议大政、保举大员，时命随亲王大臣在干清门预议。又诏：『年老大臣，由东华门骑马至箭亭下』。寻以户部捐纳收银非先生莫能任，命与大司农田公专管其事；特恩晋正一品，追赠三代，给一品廕生。五月，值皇太后丧，会议祔庙诸礼，必诚必周。八月，皇上遣官看河，因条陈河务；略曰：『国家岁漕数百万石，全赖会通一河；而会通一河，又借汶、泗二水以济运。开河之始，筑堽城坝以遏汶水；又开堽城闸，引汶水由洸河至济宁济运。复筑金口坝以遏泗水；又开金门闸，引泗水由府河至济宁济运。迨其后，宋礼听老人白英之计，筑戴村坝引汶水于南旺分流济运，遂置泗水于不问。由是府河大半淤塞，泗河之水乃不至济宁马场湖而合沂水以出鲁桥矣。今宜于秋收之后人民空闲，大开府河，使泗水由金口闸入府河，至济宁马场湖蓄之济运；又于泗上诸泉源大加疏浚，其逆流纡道者改之、乱石壅塞者顺之、脉络不通者浚之，务使水势畅流，则诸泉之入湖者无穷，而所蓄必多：或转迟为速之一法也。至济宁到台庄相去四百里，其中闸将及二十座；而台庄以下至淮、黄交会之处，中间将及四百里，并无蓄水之闸。所以每逢天旱，台庄上下不无浅阻；宜于台庄之下、徐塘口之上建闸一座，以备蓄泄：其于河道或有补益。此臣所知，谨据实奏闻』。上遽命议行。九月，迁礼部尚书。
冬十月，进「濂洛关闽书集解」，特赐「礼乐名臣」四大字。次日，奉旨搜阅会试遗卷，续进士榜。越数日，上以手所持木瓜赐之。翼日，复启事；上顾谓亲王大臣曰：『张伯行，近愈强健也』。十一月，皇上亲郊，前三日视牲之礼，向皆王公、大学士行之；至是，太常以视牲请，而上以命先生，盖特典也。甲辰春二月，进「续近思录」、「广近思录」、「张南轩集」、「陈克斋集」、「陈北溪集」、「许鲁斋集」诸书，赐食而出。四月，差赴阙里致祭崇圣祠追王至圣五代，赐凉帽、蟒服、锦缎、珍物八种；命以便道回家省亲。五月，至京复命。六月，奉旨会议圣庙从祀；倡议以明儒罗钦顺、本朝陆陇其从祀两庑，又以宋儒张子之父张迪配享崇圣祠。乙巳春正月，检点生平文集及所论着纂辑诸书未刻者，授子师载曰：『此吾生未了事，汝当次第授梓，不可畏难而中辍也』！