辛卯秋，副主考赵晋交通总督及提调马藩司广鬻关节，榜发譁然。正主考左必蕃不自安，具疏奏闻；而先生亦以苏郡士子抬财神入文庙，据实具奏。冬十月，赴江宁典武闱乡试；即遵旨如扬州，会同钦差大人、两江总督、安徽巡抚审科场事，匝月不得定案。壬辰春正月，劾督臣抗旨欺君，营私坏法；请正国典，以彰公论。略曰：『皇上临御以来，内外臣工罔不奉法。两江总督噶礼受朝廷豢养，不为不久；蒙委任，不为不专。稍有人心，自当仰体圣怀，以图报效；而其大端，无过进贤、退不肖，养一代之人才，以培国家之元气。不谓督臣自履任后，所辖两省文武属员逢迎趋附者虽秽迹昭彰，亦可包荒藏垢；守正不阿者虽廉声素着，难免吹毛索瘢。此在皇上洞监之中，无庸臣再为赘渎。最可异者，江南今科乡试，盛传总督通同监临、提调揽卖举人；臣以督、抚、藩司皆朝廷大吏，岂有病狂丧心至于如此之极，未敢遽信。迨后榜揭不公，经正主考题参疏内有「或发督臣严审」之语，又风闻「总督要银五十万两保全无事」之说；臣虽不敢遽信，固已心窃疑之。及奉旨「会同彻底详察、严加审明」，而会审时藩司书办李启供出藩司家人轩三给与关节，收受金子情实；督臣辄大怒，欲将其胫夹折。臣劝督臣「今日会审，俨如朝廷在上，为臣子者不可动气。况皇上要彻底详察，若箝其口，曷由明白」！因与钦差大人据所供人犯稍加夹讯，而语多暧昧，事涉督臣。自此以后一月有余，不敢复讯轩三矣。夫国家设科取士，以供将来任使；必科目之中有正士，斯朝廷之上有直臣。我皇上谆切训戒，以期风清弊绝；不谓贿赂公行，自有制科以来，未有如江南辛卯之甚者。窃思此案关系非小，奉旨「彻底详察」，而督臣必不肯详察；奉旨「严加审明」，而督臣必不肯审明。推其抗违圣旨、始终庇护之故，则以前「通同监临、提调揽卖举人」，以后「要银五十万两保全无事」之说，情真事实，不为无稽之舆论矣。其欺君坏法之罪，督臣虽百喙奚辞！若不请旨解任、一并发审，则通同作弊之人，同为奉旨察审之人；真情何由得出，国法何由得伸哉！故自督臣大怒之后，至今要犯一名不能提、真供一句不可得，皆由督臣骄横之气，足以震慑人心；臣实有欲提不能、欲讯不得者。此虽臣庸懦所致，有负皇上付托；然事势处于无可如何，不得不大声疾呼，烦渎圣听耳。我皇上明见万里，无微不照；而督臣敢于欺皇上！皇上待督臣，高爵厚禄，何等隆重！而督竟忍负皇上，擅作威福，卖朝廷之官、卖朝廷之法，复卖朝廷之举人；恶贯满盈，贪残横暴，两江之人知之、在朝之人知之、天下之人无不知之。祗缘督臣权势赫奕，莫敢撄其锋以贾祸。臣非不知此言一出，天下之人无不为臣寒心。但自念一介竖儒候补中书，数年之间，超迁巡抚；受恩之深无过于臣，图报之难亦无过于臣。故在督臣，敢于欺皇上、负皇上；臣则断不敢顾念身家、畏避权势，同为欺君负恩之人，贻讥天下后世！是虽言出祸随，亦所不惜！况臣之功名予夺，出自朝廷；臣之性命死生，亦有定数。恭逢圣明在上，督臣虽甚残险，亦岂遂能加害无辜；臣又何惮而不言哉！仰祈皇上大奋干断，将两江督臣噶礼即行解任，一并发审；俾狐鼠之辈失所凭依，而承审之官亦无瞻顾，庶真情得出、国法得伸，振千古之纲常、培一时之士气，除两江之民害、快四海之人心，将见天下后世咸仰圣主除奸烛弊之神明，亿万斯年永享国家贤良喜起之福泽矣』！疏上，总督闻之，密购疏稿，捏款讦参，星夜驰奏御前；奉旨：『俱解任，交审事大人一并审明』。部文未下，先生又上「沥陈被诬始末疏」；略曰：『臣因会审江南文闱作弊一案，奉有「彻底详察、严加审明」之旨。讯据出银买举之吴泌与居中立议之李启等供出马藩司家人轩三收受金银、给与关节，凿凿有据。乃督臣噶礼抗旨曲庇，不容究讯；其情形与臣从前所闻「督臣通同贿卖」并「要银保全」之舆论相合。是以不敢扶同，先疏题参。乃督臣闻臣具题，摭拾虚词欺诬圣聪，欲图报复。兹接邸抄，蒙皇上洪恩，将臣与督臣俱解任听审，圣明巳无私照，曲直自有攸分；臣何敢再渎。但督臣诬妄过甚，合就其诬臣者一一分晰，为皇上陈之。如诬臣「止督臣下洋，恨不听从，迁怒于为督臣雇舵工之船行张元隆，陷以通贼；既致元隆身死于前，复毙其弟张五于后」。
臣查奉旨出洋，臣标并无战船，向牙行雇民船；而民船止可载货，不堪捕贼。曾商之督臣；督臣云：「船无器械，又无水师驾此；出洋岂不有损国威」！因公同会议，臣与提臣侦缉内地奸党，具奏在案。是臣欲出洋而督臣止臣，岂反止督臣不必前往也。至张元隆系考职监生，广置洋船，立意要造百艘以「百家姓」为号，多将洋货贿媚督臣；督臣在上海铺设数十船，皆元隆以所蓄积罄馈，督臣后即令伊弟张令涛由浙江海口运赴江宁。比时有崇明水师在洋盘获余元亨等照票不符、籍贯互异，讯供张元隆代领。臣饬常熟、上海两县提讯，元隆托病不出；两官亲赴其家取供，元隆公然上座，两官侧坐其下。臣闻骇异，严饬拘拿；而两官以督臣交好，始终不敢。迨臣回署提审，遽申元隆在家病故；人言藉藉，皆云元隆诈死埋名。是元隆之死与不死，尚未可定；即云已死，亦因病亡。其弟思永现在，而案内并无「张五」姓名；不知督臣何据而诬臣以逼死元隆、拖毙张五也！又诬臣「与上海知县许士贞同窗好友，将四十八年四月所获之贼犯改为十一月、久已拖毙之八人谎称「现存」，冀免士贞处分」。臣查四十九年九月督臣咨参武职年限，先据臬司改作四十八年十一月；臣不知督臣核咨之时，士贞等若何弥缝，而乃徇情捏饰咨部也。至五十年二月，臣咨参文职年限，俱照督臣原咨。臣不能觉察扶同咨题，固臣庸懦所致；而捏改、谎称，实由督臣作弊于前，何反诬臣冀免士贞处分也！又称「督臣严饬保甲，臣与陈鹏年扬言督臣查富户，竟寝不行，以致盗寇充斥」。臣查保甲之法，各属奉行无误。至江苏盗案，比他省较多。臣查臣属之七府、一州，四十八年共报一百十件、四十九年共报八十二件、五十年共报五十一件；若止就臣驻扎之苏州府属计之，四十八年共报五十七件、四十九年共报三十八件、五十年共报十七件。是臣莅任以来，虽不能盗风全息，亦已渐次消弥：何反谓寇盗充斥也！又诬臣「著书卖书，滥准词状，株累毙命」。臣查前抚任内四十八年共监毙三百五名；而臣任内四十九年共一百七十一名、五十年止二十四名，皆题报有案。若臣著书、卖书，亦有因由。臣叨中进士，蒙皇上传谕曰：「进土回家，不可荒废学业」！臣恪遵圣训，回家闭户读书，见得程、朱之书与孔、曾、思、孟相合；又新奉功令：文闱论题，亦出性理。故将周、程、张、朱之书刊刻，以广其传；并将先儒之有合于周、程、张、朱者，亦为刊刻。此皆仰体圣训，使天下之人，知圣贤之书不可不读；读其书而率其教，入为孝子、出为忠臣，用副皇上崇儒重道之意。臣自愧学问空疏，止表彰先儒之遗书，断不敢著书立说，为圣贤之罪人。又因闽中梓人至苏，臣无以资其饮食，令行印卖。此虽臣鄙陋之见，有失大臣之体；然实取与不苟所致，非有他罪。总之，督臣之蓄怨，起于臣之发觉巨棍张元隆。今因曲庇马逸姿被臣参奏，摭拾前款，欺君陷臣；且云难与臣俱生，其意必将致臣于死。幸皇恩宽宥，不忍遽戮。理合据实陈明，仰祈监察』！时百姓闻先生将解任，皆罢市、撤业，数万人围集公馆，哭声振扬城；欲相率赴京叩阍，先生慰谕再三，环泣不肯退。而姑苏等郡，相继报罢市者纷纷。翼日，维扬士民扶老携幼至公馆，具果蔬以献，先生辞弗受；皆泣曰：『公在任，止饮江南一杯水；今将去，无却子民一点心』！不得已，为收腐一块、菜一束。远近馈饷者不绝；不受，则皆委而去。夏四月审毕，将回姑苏候旨，行有日矣；扬城士民虑途中不可测，数万人集江干护送。先生闻之，曰：『以我故，劳民至此；吾不行也』！越数日，五更登舟；比天明百姓追送，而先生已渡江。至姑苏，寓枫桥；苏城士民莫知先生来。翼日，士民云集，纷纷送果蔬不绝如扬城。五月，审事大人奏上，以先生所劾全虚，应革职治罪，噶礼免议；部覆如之。奉特旨：『着尚书穆和伦、张廷枢再往彻底审明』。秋七月，复赴扬听审，审如前。审毕，仍回姑苏；士民焚香遮道，自枫桥至葑门二十余里，拥挤不可行。九月覆奏，先生仍革职；部覆亦如之。奉谕旨：『张伯行居官清正，天下妇孺无不尽知，允称廉吏；但才不及守。噶礼虽才具有余，然性喜生事。朕临御五十年，凡满洲、蒙古、汉军、汉人毫无异视，一以公心处之。噶礼屡次具摺欲参张伯行，朕以张伯行为天下清官第一，断不可参，手批不准；亲笔现在噶礼处。这所议，是非颠倒，着九卿、詹事、科道会同矢公据实再议具奏』。九卿等覆：『张伯行、噶礼两人才守之处，皇上评定确当，天下臣民莫不悦奉』。又奉上谕：『从古治天下者，莫要于至公。朕御极五十余年，凡内外大小诸事，皆以公心处之。张伯行居官清廉，一文不取，天下所共知；但才具略短耳。噶礼操守，朕不能信；若无张伯行在彼，则江南地方必被其朘削一半矣。语云：「文官不要钱、武官不惜命，然后天下人安」；又云：「清官不累民」。朕自幼读书，研穷性理；如此等清官，朕不为保全，则读书数十年何益！而凡为清官者，何所倚赖以自安乎！初次遣官往审，被噶礼制定，不能审出；再遣往审，与前无异。汝等既系大臣，知张伯行清官；当会议时，何无一言？今朕既有谕旨，方赞其清，亦已晚矣！汝等诸臣皆能体朕保全清官至公之意，使正人无所畏忌；则人皆欣悦，海宇长享升平之福矣』。翼日奉旨，先生留任，噶礼革职。吴中士民欢声如雷，牓于门曰：「天子圣明，还我天下第一清官」。焚香结彩，齐赴龙亭叩首谢皇恩、呼「万岁」者数万人。至长至、月朔，复有吴民数万人持香集畅春苑跪谢，愿各减年寿一岁，添祝圣寿万万年，以申真诚感激之意；圣祖大悦。而福建全省士民闻先生解组，皆奔号呼吁；及闻复任，颂皇恩、祝万寿与江苏不谋而合：亦古今仅见事也。
癸巳春正月，疏荐福建藩司李发甲、原任祭酒余正健、台湾道陈璸为江苏布政使；部以已特简牟钦元，不允。二月，监临万寿开科文闱，防范严密而体恤周至；士情大悦。三月，恩诏复原职。八月，进「濂洛关闽书集解」。九月，奉旨赴镇江会验战舰。时战舰、民船无所分别，战船或私借入洋贸易，还以民船充数。先生因条陈海洋船只，分别营哨、商渔，尽编号数；上是之。甲午春正月，奏免扬州落地税；谓『各商货物已在扬州关输钞，入城复征落地税银，似属重科。臣衙门旧有盐课陋规二万两，今臣在任五年，丝毫弗取，为盐商节省银十万；众商愿于经费项下每岁代捐税银一千二百两，免商民无穷之累』。奉旨俞允。三月，紫阳书院成，三吴文学之士皆倾心诚服于先生；而四方之闻风来学者，亦日众。吴中向无书院，生徒无所容；乃择府学中隙地建紫阳书院，其规模、制度及讲贯课试之法大略与闽同。一时士风丕变，咸敛华就实，彬彬乎质有其文焉。