国家食品药品监督管理局原局长郑筱萸案。1997年6月至2006年12月，郑筱萸利用职务便利，为八家制药企业在药品、医疗器械的审批等方面谋取利益，先后多次直接或通过其妻、子非法收受上述单位负责人给予的款物共计折合人民币649万余元。2001年至2003年，郑筱萸在全国范围统一换发药品生产文号专项工作中，严重不负责任，未做认真部署，并擅自批准降低换发文号的审批标准。经抽查发现，郑筱萸的玩忽职守致使许多不应换发文号或应予撤销批准文号的药品获得了文号，其中6种药品竟然是假药。最高人民法院复核认为，郑筱萸的行为已构成受贿罪和玩忽职守罪，社会影响极其恶劣，受贿数额特别巨大，犯罪情节特别严重，社会危害性极大，依法应当判处死刑。2007年7月10日，经最高人民法院核准，郑筱萸被执行死刑，成为新中国成立以来第四名因腐败被判处死刑的副部级以上官员。
中共中央政治局原委员、上海市委原书记陈良宇案。2006年7月，中央纪委会同有关部门对反映上海市劳动和社会保障局违规运营社保基金的问题调查中发现，时任中共中央政治局委员、上海市委书记的陈良宇涉嫌严重违纪。2006年8月24日，中共中央政治局常委会议作出了对陈良宇有关问题进行初核的决定。中央纪委随即组织力量进行初核。经查，1988年至2006年，陈良宇利用担任上海市黄浦区区长，上海市副市长、市长，中共上海市委副书记、书记的职务便利，为上海新黄浦（集团）公司、上海申花足球俱乐部等单位在拆迁补偿、获得财政补贴款、解决楼盘闲置问题等方面谋取利益，索取或收受有关单位和个人财物共计折合人民币239万余元。案发后，陈良宇动员其亲属退缴全部赃款。2004年，陈良宇在担任中共上海市委书记期间，违反规定，帮助某公司从上海市劳动和社会保障局融资，致使10亿元社会保险基金被违规动用而置于巨大的风险之中。此外，陈良宇还违反有关程序规定，利用职权为其亲属谋取私利，给国家造成巨大经济损失。2008年4月，法院认为，陈良宇犯受贿罪，数额特别巨大；犯滥用职权罪，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失，情节特别严重。鉴于其对于所犯受贿罪有悔罪表现，能够退缴全部赃款，可对其酌情从轻处罚，遂依法判处其有期徒刑18年，没收个人财产人民币30万元。
河北省委原书记、省人大常委会原主任程维高案。程维高在担任河北省主要领导期间，插手行政事务，为他人和其子程慕阳谋利，给国家造成巨大经济损失；放任配偶子女利用其职务影响，进行违纪甚至违法犯罪活动；利用职权，对如实举报其问题的郭光允同志进行打击报复；与其配偶收受他人赠送的贵重物品；前后两任秘书吴庆五、李真违法犯罪分别被依法判处死缓和死刑，程维高对他们利用其职务影响进行犯罪活动，负有重要责任。程维高自恃位高权重，目无党纪，独断专行。2003年8月，经中共中央批准，中央纪律检查委员会决定给予其开除党籍处分，撤销其正省级职级待遇。
（二）查办重点行业和重点领域的违纪违法案件
在交通行业，有13个省（区）交通厅的20名厅（局）级干部因经济问题被查处，其中厅长6名。这些案件的查处，不仅起到了一定的震慑作用，而且为国家挽回了巨额经济损失，促进了交通行业的健康发展。在金融系统，中国建设银行原董事长张恩照、中国银行原副董事长刘金宝、国有重点金融机构监事会原主席胡楚寿等因严重违纪违法被查处。这些案件的查处，为国家和金融业挽回了经济损失，增强了金融业的竞争能力和抗风险能力，促进了金融业健康发展。在公检法系统，湖南省高级人民法院原院长吴振汉、江西省人民检察院原检察长丁鑫发、天津市人民检察院原检察长李宝金等因严重违纪违法被查处。通过查办案件，纯洁了政法干部队伍，维护了司法公正和社会正义，政法系统风气得到进一步好转。
（三）查办商业贿赂案件
各级纪检监察机关围绕工程建设、土地出让、产权交易、政府采购、医药购销、资源开发和经销六个重点领域以及银行信贷、证券期货、商业保险、出版发行、体育、电信、电力、质检、环保九个方面，着重查处国家公务员利用审批权、执法权和司法权搞官商勾结、索贿受贿的案件，着力查处严重损害群众切身利益的案件，严肃查处顶风违纪违法的案件，依法惩治行贿违法犯罪活动的单位和个人。2005年8月至2007年7月，全国共查结商业贿赂案件2.8万件，涉案总金额66亿元。六大领域九个方面的案件1.7万件，占总案件数的63％，涉案金额44亿元，占总金额的66％。安徽省财政厅原厅长匡炳文、财政部金融司原司长徐鸣放、广东省政府采购中心原主任李春禄、湖北大学原副校长李金和等，均因涉嫌商业贿赂而被查处。
（四）查办严重侵害群众利益的案件
一是针对违反“两免一补”、农村义务教育经费保障机制改革、义务教育阶段择校收费等问题，查处了一批典型案件，严肃处理了相关责任人员，进一步清理了地方政府及有关部门制定的违背国家规定的教育收费政策，基本解决了西部地区农村义务教育阶段“上学难、上学贵”问题。二是加大对违法药品广告的打击力度，对极少数医务人员收受“红包”、部分医疗机构乱收费等行为依纪依法进行严肃处理。驻卫生部纪检组会同有关部门严肃查处了哈尔滨医科大学附属第二医院严重损害群众利益的违纪违法案件，维护了人民群众的利益。三是针对农产品源头污染、食品生产加工领域假冒伪劣、食品流通环节不规范、部分农村和贫困地区假劣药品问题突出、药品生产经营秩序不规范、虚假广告违法广告屡禁不止等问题，各级纪检监察机关会同有关部门严肃查处了“苏丹红”事件、安徽阜阳劣质奶粉事件、齐二假药事件，严厉惩处了制假售假的违法犯罪分子，保障了人民群众饮食用药安全。四是严肃查处安全生产事故及事故背后隐藏的腐败问题。2002年12月至2007年7月，全国共立案查办安全生产事故案件2.2万件，给予纪律处分3.1万人。山西省纪委对“黑砖窑”事件中涉及的国家公务员违纪问题进行严肃处理。河北省纪委在处理唐山市开平区恒源实业有限公司（原刘官屯煤矿）“12·7”特别重大瓦斯爆炸事故中，对涉案人员进行了严肃处理。五是严肃查处浙江省乐清市政府在征用农村集体土地过程中滥用职权和玩忽职守、山西省大同市某区蔬菜研究所损害农民土地权益等一大批土地违法违规案件，对相关责任人员给予党纪政纪处分或组织处理，保证中央支农惠农政策落到实处。六是严肃查处河南省卢氏县铅中毒、贵州省六盘水市野马寨电厂和发耳电厂违反环保法规等案件，对因决策失误造成重大环境污染事故、严重干扰正常环境执法的，严肃追究责任，并将相关责任人移送司法机关处理。这些方面案件的查处，维护了人民群众的合法权益，密切了党群干群关系，维护了社会稳定，促进了社会和谐。
党的十七大以来查办案件工作继续加强
2008年10月，中央纪委、监察部召开全国纪检监察机关查办案件工作会议，强调要继续保持查办案件工作力度。十七大以来查办案件的主要特点是：
第一，突出工作重点，坚决查处大案要案。十七大以来，继续严肃查办了发生在领导机关和领导干部中滥用职权、贪污贿赂、腐化堕落、失职渎职的案件。严肃查处官商勾结、权钱交易和严重侵害群众利益的案件，利用干部人事权、司法权、行政执法权、行政审批权索贿受贿、徇私舞弊的案件。严肃查处违反政治纪律的案件。严肃查处规避招标、虚假招标及违法转包分包的案件，非法批地、低价出让土地、违规审批房地产开发项目或擅自变更规划获取利益的案件，违法审批探矿权和采矿权，违法入股矿产开发的案件，金融领域违规授信、内幕交易、挪用保险资金、违规发放核销贷款和资产处理的案件，隐匿、侵占、转移国有资产的案件。严肃查处为黄、赌、毒和黑恶势力充当“保护伞”的案件。严肃查处商业贿赂案件，既要严厉惩处受贿行为，又要严厉惩处行贿行为。
第二，加强对查办案件工作的组织领导，进一步形成整体合力。各级纪委在查办案件中积极争取党委、政府的支持，充分发挥纪委的组织协调作用，充分发挥其他执法机关和部门的职能作用，加强纪委内部的协调配合，加强对下级机关办案工作的指导，确保了查处案件工作的顺利进行。
第三，改进方式方法，不断提高查办案件的能力和水平。各级纪委注重正确运用政策和策略，综合运用法律、纪律、行政和经济处罚、组织处理等方式和手段，增加了办案科技含量。加强了查办案件的国际合作，通过外交、司法协助、执法合作等方式，加强了对逃往境外腐败分子的缉捕力度。
第四，充分发挥查办案件在预防腐败中的作用。各级纪委加强了对重大典型案件的剖析研究，针对暴露出来的问题，举一反三，吸取教训，堵塞漏洞，做到查处一起重大案件、教育一批干部、完善一套制度。一是运用典型案例加强警示教育。注意选取一些典型的大案要案，深刻剖析腐败分子走上违纪违法道路的原因，让党员干部受到深刻的教育。有的制作成警示教育片，要求广大党员干部从中吸取教训，筑牢拒腐防变的思想道德防线和党纪国法防线。二是提出纪检监察建议并督促整改。注意对案件进行分析，就体制机制制度和管理上存在的弊端和薄弱环节，向发案单位提出整改建议，向有关部门提出完善制度的意见，堵塞漏洞，从源头上遏制腐败现象的滋生蔓延。三是开展专项治理。针对案件中暴露出来的苗头性、倾向性问题，及时制定规范，明确纪律要求，对一些带有普遍性的问题，进行专项治理。
第五，健全了纪检监察机关内部监督管理机制，进一步加强队伍建设。完善办案工作程序，严格执行办案规章制度。充分发挥案件监督管理、案件审理、案件检查、信访等部门的职能作用，形成内部监督的合力。健全干部轮岗交流制度，严格执行办案纪律，加强对办案人员的教育、管理和监督，进一步提高办案队伍整体素质。
慎用、用好“两规”措施
为了进一步加大查办违纪违法案件力度，推进反腐败斗争深入开展，1994年颁布的《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》第二十八条第（三）项规定，纪律检查机关有权按照规定程序“要求有关人员在规定的时间、地点就案件所涉及的问题作出说明”。这是第一次在党内法规中对“两规”措施作出明确规定。“两规”措施是在查处共产党员违反党纪案件时可以采取的一种强制手段，是目前党内法规赋予纪委的一项重要权限。如何正确理解和合理使用“两规”措施，是关系到有效惩治腐败分子，提高反腐败斗争法制化规范化水平的一个重要问题。
1998年6月，中央纪委、监察部下发《关于纪检监察机关依法采用“两指”“两规”措施若干问题的通知》，对采用“两指”“两规”措施的手段和场所作了三条禁止性规定。2000年1月，中央纪委办公厅下发《关于纪检机关使用“两规”措施的办法(试行)》，对“两规”措施的使用条件、使用权限、审批程序等作出规定，但未规定使用期限。这是党内第一份针对“两规”问题比较全面和具体的规范性文件。
2000年12月16日，江泽民对在使用“两规”措施过程中发生的一起严重违纪违法事件作了重要批示，强调对存在的逼供信现象“需要引起十分注意，也要研究一些切实可行的措施。”2001年2月和9月，中央纪委、监察部先后下发《关于正确使用“两规”“两指”措施的通知》和《关于进一步规范使用“两规”措施的通知》，明确提出“县处级以下纪检机关如乡镇纪委、中小型企业事业单位纪检机构等不准使用‘两规’措施”；“对非党员一律不准使用‘两规’措施。”
党的十六大以来，依法治国基本方略深入贯彻落实，依法执政、依法行政的要求进一步提高。2005年5月，中央纪委、监察部制定下发了《关于纪检监察机关严格依纪依法办案的意见》。同年11月，中央纪委又起草了《关于完善查办案件协调机制，进一步改进和规范“两规”措施的意见》，经中央政治局常委会议讨论同意，以中共中央办公厅名义印发。这是党的历史上第一次以中央文件的形式对“两规”措施作出规定，也是目前关于“两规”措施的最新规范。《意见》对“两规”措施的使用条件、使用权限、审批程序和使用期限进行了重新规定并加以更严格的限制。比如，在使用权限方面，取消了乡镇纪委和省、市、县直机关纪检组使用“两规”措施的权限；在审批权限方面，对“两规”措施的审批权限作了上调；在使用期限方面，第一次明确规定“两规”措施的使用期限不得超过3个月，确需延长的，按批准使用“两规”措施的程序报批，延长期限不得超过3个月；在安全文明办案方面，提出了在确保安全和不干扰办案的情况下，允许被“两规”人员通电话、通信，与家属会面等人性化的规定。