平定王世充时，李世民和秦府记室房玄龄微服拜访一位名叫王远知的道士。王远知装神弄鬼，故作姿态：“列位之中有圣人，是不是秦王驾到？”李世民据实相告，道士又说：“太平天子，要珍惜啊。”这句话李世民一直记在心里，他这时已经萌生了想当“太平天子”的念头了。
唐初统一战争的决定性胜利，使秦王李世民威望骤增。武德（621）四年七月，他返回长安，身披黄金甲，后面跟随着二十五名威震天下的大将，铁骑万匹，军乐鼓吹，盛极一时。十月，高祖给秦王加号天策上将，陕东道大行台，位在王公上，天策府可置官属。计有长史、司马各一人；从事中郎二人；军咨祭酒二人；典签四人；主簿二人；录事二人；记室参军事二人；功、仓、兵、骑、铠、士六曹参军各二人；参军事六人。
对此，太子的东宫集团感到严重的威胁。武德五年（622）十一月，刘黑闼起兵反唐，太子中允加太子洗马魏徵向李建成建议：“秦王功盖天下，殿下只是因为年龄的原因位在东宫，到目前还没有很卓越的军功威服海内。现在刘黑闼以残存的势力起兵，也就是几千人，钱粮都很缺乏，如果以大军征讨，无疑摧枯拉朽，这是殿下树立军功确立威望的好机会，还能乘机结纳山东豪杰，巩固太子的地位。”这时，秦王征讨刘黑闼已经陷入了胶着状态，刘黑闼屡仆屡起，山东各地也叛降不定。李建成要求出征，剿灭刘黑闼，唐高祖也马上批准李建成出征。过去，每次重大战役，都是李世民挂帅的，现在改换李建成，任陕东道大行台及山东道行军元帅，河南、河北诸州并受李建成节制，唐高祖的用意也很明显，就是想压抑日益强大的秦王府，以加强东宫的实力地位。
唐高祖的三个儿子，各自拥兵，构成三大集团势力，即太子东宫、秦王府、齐王府。在太子与秦王的争斗中，齐王李元吉的归属十分关键，他加盟哪一方，就会加强谁的力量，将呈现为二比一的形势。结果是东宫和齐王府联合起来，共同对付秦王府，这对秦王府造成了严重的威胁。平定刘黑闼之前，李世民和李元吉并无矛盾。自从李元吉跟随李建成讨伐刘黑闼，很快就被拉拢过去了。李元吉性情豪爽，勇猛有力，在统一战争中也立过战功。然而，他骄逸放纵，名声欠佳。他认为投靠李建成对自己有利。当时对李元吉有很多不公正的评价，主要是说他有自己的野心，也想当皇帝，想利用太子除掉秦王，再除掉太子。这种说法不能成立，这就同当时秦王说太子谋害自己是为王世充、窦建德报仇一样荒诞。
由于东宫与齐王府的联合，秦王府已处于不利的地位。武德六年（623）下半年，李世民屯守并州，再也没有从前那样显赫的军功了。年底回长安，又遭到了冷落与排挤。李元吉曾经劝李建成除掉李世民，甚至自告奋勇要为哥哥杀死李世民。在李世民随唐高祖来到齐王府第时，李元吉主张派刺客暗杀，但是李建成认为这样做会使父皇很伤心，极力制止，李元吉只好作罢，愤愤地说：“我这是为你考虑，秦王死与不死，与我有什么相干！”
秦王府和东宫之间，彼此采取种种手段，打击对方，壮大自己。无论是在后宫、外朝还是在地方上，几乎都分为两派：一派支持李建成，一派支持李世民。唐高祖的态度倒是明确的：既然坚持嫡长制，那就要维护李建成的皇太子地位，不准许李世民染指。但唐高祖试图摆平三个儿子之间的关系，对于李建成与李元吉的某些暗算李世民的不轨行为，也加以制止。
武德五年（622）以前，因李世民的军功卓著，秦王府远比东宫和齐王府威风。但是，在以后的三年多时间里，李世民既无新的战功，又屡遭兄弟的倾轧，秦王府逐渐地处于劣势了。就军事实力而言，东宫加上齐王府要比秦王府强大许多。李建成与李元吉私募骁勇，多达数千人，而李世民府中的勇士仅有八百余人。从政治影响来看，李建成是皇太子，每当唐高祖外出时，总是由他留守京师。妃嫔、大臣以及各地都督，依附于东宫的相对多些。
形势不利，李世民及秦王府僚属都深怀忧惧。房玄龄主张策动政变，率先夺权。这个见解完全符合李世民的心意。据说，李世民曾与灵州大都督李靖商量，李靖表示不同意；又和行军总管李商量，李也反对。二李主张后发制人，待李建成打上门来再收拾他们，这叫名正言顺、师出有名。房玄龄、长孙无忌和杜如晦等认为，只有果断地先发制人，才能转危为安。他们三人密谋策划，商定诛杀太子和齐王的手段步骤。李建成觉察了秦王不轨的苗头，经唐高祖的同意，将房、杜逐出秦王府，长孙无忌就和舅父高士廉以及秦王府将领侯君集、尉迟敬德等继续进行策划，秦王府夺权战紧锣密鼓。
武德九年（626）夏，突厥数万骑兵入塞侵边。按过去的惯例，应该由李世民督军抵御。这次李建成提议李元吉和李艺出征，目的在于防止李世民掌握兵权。李元吉故意要秦府将领尉迟敬德、程知节、段志玄和秦琼等一道去，想借此机会把秦王府精兵转到自己手里。然后，伺机除掉李世民。
李世民与长孙无忌、高士廉、尉迟敬德、侯君集、张公谨等商量。大家一致认为，形势危急，祸在朝夕，唯一的出路是先下手为强，不能再犹豫了。李世民面对即将发生的骨肉相残的局面，考虑的当然要比别人多些。他并非犹豫不决，而是要保证胜算，不出一点纰漏。他找了不少府僚商量，还秘密地召回房玄龄和杜如晦商量发动政变。房、杜虽然早就主张占据先手，但他们并不同意实行这种血腥的杀戮手段，他们主张，最严厉的处置，也就是把太子和齐王贬为庶人，并流放边地，没想到秦王要把他们赶尽杀绝，因此不肯做这等乱臣贼子之事。李世民竟勃然大怒，要尉迟敬德拿他们先开刀。
秦王府决定在玄武门设伏兵杀李建成和李元吉。玄武门即宫城北门，是中央禁卫部队屯守之所。当时负责门卫的将领是常何。常何虽然在武德五年跟随李建成讨平刘黑闼，但已被秦王李世民收买。李世民还收买了玄武门的其他一些将领，如敬君弘、吕世衡等。在京师整体力量对比中处于劣势的李世民，在关键的玄武门地区，却拥有绝对优势。
六月三日，李世民完成了政变的部署，便向唐高祖密奏太子与齐王“淫乱”后宫，并企图谋害他。他说：“我对哥哥、弟弟没有任何过失，我实在想不出他们为什么要谋害我，很可能是为王世充、窦建德报仇吧。我很快就要被他们杀害了，不能再侍奉您老人家，但是我到了阴曹地府，也不愿见王、窦等贼子。”说李建成和李元吉要为王世充等人报仇，显然是不合情理的，无异于诬蔑，但李世民的本意并不在此，他是在向唐高祖强调自己在唐帝国建立过程中的功绩，也等于向唐高祖宣布，大唐的建立也没有您老人家什么事，是该交权的时候了。听了秦王的“密报”，唐高祖不禁愕然，决定第二天召开特别会议，邀请几位核心大臣参加，要太子、秦王、齐王前来对质。他要借这次会议，彻底解决这几个弟兄之间的矛盾冲突。
六月四日，唐高祖李渊召集裴寂、萧瑀、陈叔达等人到会，为了使会议不那么紧张，唐高祖特地选择在游船上进行。三个儿子来到之前，唐高祖和大臣们一直在太极宫中“泛舟海池”。他们没有预料到事态的严重性。当然，他们更不清楚李世民已经通过常何的关系，率领长孙无忌、尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等十人伏兵于玄武门。
后宫张婕妤探知李世民的动静，立刻向李建成报告。李建成找李元吉商量，李元吉主张动员府兵，李建成说京城准备严密，秦王不会有什么作为，不妨觐见父皇，当面揭发秦王的阴谋。李建成早就对京城的军事力量做了准备，而且旧属常何在玄武门，不会发生问题。所以，李建成没有采取必要的应急措施，就和李元吉一道入朝。行至临湖殿，才觉察情况不对，正想拔马回东宫，李世民一箭射死李建成。尉迟敬德带领七十骑奔驰而来，射杀了李元吉。
知道玄武门兵变，太子和齐王被困，东宫与齐王府精兵两千人结阵猛攻玄武门，由于张公谨闭关，不得进入。原来屯守玄武门的一些将士采取观望的态度，认为“事未可知，暂且观变”。但是，玄武门屯营将领敬君弘早已被李世民所收买，这时奋不顾身、英勇作战。正当战斗激烈进行的时候，经与李世民的妻子长孙氏筹划，长孙氏的舅舅高士廉率领家丁吏卒，还有监狱的囚徒，急忙赶到，与秦王合并一处，玄武门始终掌握在李世民手里。
东宫、齐王府的部队攻玄武门不下，转攻秦王府，秦王府震恐。就兵力而言，李世民的兵力处绝对劣势，而且将领大多集中在玄武门，秦王府处虽有房玄龄、杜如晦等守卫，毕竟力量单薄，万一失守，全局皆输。这时，尉迟敬德提着李建成和李元吉的首级，展示在东宫、齐王府将士面前。那些将士看到自己的主人已经死难，再无斗志，纷纷溃散。
战斗临近尾声，李世民令尉迟敬德向唐高祖报告。敬德全副武装，手握利刃，突然来到唐高祖身边。请求（实际是命令）唐高祖写手敕，宣布军队归秦王指挥。唐高祖慌忙问裴寂等怎么办。在尉迟敬德刀斧的威逼下，萧瑀、陈叔达进言：“建成、元吉本来就没有参与谋划攻取天下的大计，也没有什么军功。现在嫉妒秦王，施展奸谋。秦王把他们诛灭了，是为国家立功。秦王军功卓著，天下归心，陛下应该立秦王为太子，让他主持朝政，以使天下太平。”唐高祖只好同意，并写了“手敕”，命令所有的军队一律听从秦王的处置；同时，派黄门侍郎裴矩到东宫晓谕诸将卒。东宫、齐王府知道大势已去，更知道秦王对于失败者的狠毒手段，于是纷纷逃离长安，隐藏到外地。事变最终平息下来了。
六月七日，唐高祖下诏立李世民为皇太子。诏文说：“皇太子世民文德武功，统一宇内。朕付托得人，如释重负。从今后军国政事，不分大小，一律先由皇太子裁决。”这就表明李世民实际上开始执政了。
过了几天，唐高祖提出：“朕当加尊号为太上皇。”表示了要早些退位的意愿。八月，正式传位于太子。李世民即位于东宫显德殿。次年正月，改元“贞观”，大唐帝国开始了“贞观之治”的新时期。
十一、不拘一格选才东宫
唐太宗李世民刚执政时，形势十分复杂，问题堆积如山，由于他采取了正确的政策、策略，迅速稳定了政局，为“贞观之治”的实现奠定了坚实的基础。
第一，妥善处理政变后的遗留问题。玄武门事变以后，东宫、齐王府余党纷纷逃亡。对于东宫和齐王府的敌对势力，李世民实行高压政策。李建成的五个儿子和李元吉的五个儿子，株连被杀，两个兄弟被灭门了。高祖眼看着自己的十个尚在少年、幼年的孙子被杀，却不能施救，心中之悲凉可想而知，这也是他想提前传位的原因之一。原秦王府诸将还建议诛杀李建成、李元吉的部属百余人，并且抄家灭族。尉迟敬德坚决反对，他说：“有罪的只是太子、齐王，二人已死，如果打击面扩大到身边许多人，不利于安定团结。”唐太宗同意尉迟敬德的意见，下诏：“凶逆之罪，止于建成、元吉，其余党羽，一概不问。”就是只问建成、元吉罪，其余人一律不涉及。诏令虽下，一些地方并没有认真执行。太子和齐王余党隐姓埋名躲在民间，仍不敢出头。那些企图侥幸获名得利的，争相到官府告密，以求封赏。李世民根据谏议大夫王珪的建议，于七月下令重申：“六月四日以前，事连东宫及齐王，十七日前连李瑗者，并不得相告言，违者反坐。”制止民间举报太子和齐王的余党，违反者治罪。采取这些宽大政策，最大限度地消除了敌对情绪，争取了多数，稳定了人心。
唐太宗还对东宫府属中杰出人才加以提拔任用。李建成曾延揽了一批骁勇的武将，这些人忠心事主，很讲义气。如将领薛万彻，带兵攻玄武门和秦王府，失败后与数十骑逃亡于终南山。唐太宗派人请他回来，说他忠于自己的主将，这不是罪过。又如东宫翊卫车骑将军冯立，李建成被杀后，他仍然不肯放弃抵抗，叹道：“生时享受他的恩惠，现在他死了，我决不逃亡！”率兵攻玄武门，杀死屯营将军敬君弘。现在，他前来请罪，唐太宗就好言抚慰，授以左屯卫中郎将。冯立激动地说，要以死报答皇上的宽宏大量。唐太宗的政策有效地促进了原东宫党羽的转化。