杨文干生性凶狠奸诈，李建成对他一直很欣赏，派他出任庆州（今甘肃庆阳）总管，招募士兵送到长安。李渊驾幸仁智宫，命秦王李世民、齐王李元吉随行。李建成对李元吉说：“秦王已经笼络了各位妃嫔，他金银财宝众多，贿赂馈赠之物不缺，我们不能坐等受害。”李元吉同意，命手下官员尔朱焕、桥公山运送士兵铠甲给杨文干，通知他迅速发兵前来。尔朱焕等人心中恐惧，到达豳乡（今陕西彬县）后，上报朝廷杨文干造反。宁州（今甘肃宁县）人杜凤也同时上报。李渊派遣司农卿宇文颖将杨文干诱回京师，李元吉暗中结好宇文颖，让他告诉杨文干事实真相，杨文干于是举兵造反。李渊因事情牵连李建成，下诏派人逮捕王珪、魏徵、韦挺、徐师谟、冯世立，准备将他们杀掉。同时召李建成入宫进见。徐师谟劝李建成趁此机会举兵夺权，詹事主簿赵弘智则劝李建成前去请罪。李建成听从赵弘智建议，去见李渊。李渊将他囚禁，派兵看守。
杨文干攻陷宁州，李渊惊惧而逃，连夜率卫士南奔十余里，天明方回宫中。李渊问李世民如何对付杨文干，李世民认为，派遣一员大将前去，就能消灭杨文干。李渊说：“事情牵连建成，恐怕响应之人众多，你亲自去，回来，我立你为太子，废建成为蜀王。蜀地狭窄，如果他不肯服从你，消灭他也容易。”李世民率领军队直奔宁州，杨文干被他的部下斩杀，余众投降。李世民将宇文颖押送京师。
李世民走后，李元吉和宫内妃嫔，在李渊面前为李建成说情；封德彝也私下里劝李渊慎重决定。李渊又将李建成释放回宫，只是责备他们兄弟二人不能相互容忍。将王珪、韦挺、杜淹等人流放。从此，李建成、李元吉与李世民之间的猜忌敌视越来越严重。
李建成请李世民夜里宴饮。酒席上，李世民突然难受，吐血数升，被人扶回西宫。李渊闻讯，只是对李建成说，李世民不能饮酒，以后晚上不要聚会。又对李世民说：“我从晋阳起兵，平定天下，全靠你的力量。我看你们兄弟互不服气，同在京师，隔阂会越来越深。你还是回洛阳行台，自陕州（今河南陕县）以东地区全部由你掌管，可以建天子旌旗。”李世民哭泣请留，声称不愿远离父亲。李建成等人怕李世民割据天下，以后不好对付，也悄悄派人劝说。李渊于是没有派李世民离京回洛。
三、玄武变起中箭身亡
武德九年（626）夏天，突厥侵犯边境，李建成推荐李元吉率兵征讨，以便掌握兵权。长孙无忌、房玄龄、杜如晦、尉迟敬德、侯君集等人劝秦王李世民趁此机会先发制人，除掉李建成、李元吉。李世民听从。于是，李世民入宫进见李渊，告李建成等人与后宫淫乱，又说他们想杀自己：“儿臣没有对不起兄长和三弟，现在他们却想杀我，这是为敌人王世充、窦建德复仇。假如儿臣死去，即使在地下，也羞于与以前的敌人相见。”李渊大惊，命三位兄弟第二天共同入宫进见。张婕妤迅速将李世民告状的消息通知了李建成、李元吉。李元吉建议武装侍卫，称病不去。李建成说：“不入宫进见，怎么了解事情的发展？”主张进见李渊。
第二天清晨，唐高祖李渊与裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、宇文士及、窦诞、颜师古等人，在大殿中等候这三位兄弟。太子李建成、齐王李元吉骑马来到玄武门，见秦王李世民正在玄武门，察觉形势不对，立刻转身想走，李世民一箭射死李建成，李元吉中箭逃跑，被尉迟敬德追杀。东宫、齐王府闻讯，发兵攻打玄武门，李世民闭门抵抗，流矢射入宫中。不久秦王府兵到，李建成、李元吉部下一哄而散。
李渊问裴寂等人应当如何处置。萧瑀、陈叔达说：“臣听说内外不分，则父子不亲。当断不断，反受其乱。建成、元吉无功无德，秦王功盖天下，内外归心，立为太子，交付军国大权，陛下就可以减轻沉重负担了。”李渊于是召见李世民，好言抚慰。
武德九年（626）六月一日，李世民被立为太子，八月，高祖退位禅让，秦王李世民登上皇帝位，即唐太宗。
李建成死时三十九岁。长子李承宗为太原王，早年去世。其他几个儿子，安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，全部诛杀。宇文颖被杀。太子余党惊惧不安。庐江王李瑗起兵造反，朝廷于是下诏，除李建成、李元吉、李瑗三人外，他人不予株连，天下这才平静。
天下安定后，唐太宗李世民追封李建成为息王，赐谥号为“隐”，以礼改葬，诏命东宫旧臣全部前去送葬。安葬日，李世民在宜秋门前痛哭。
齐王李元吉
李元吉（603～626），唐高祖李渊第四子，唐太宗李世民之弟。小字三胡。陇西成纪（甘肃秦安）人。武德元年（618），封为齐王，后改封巢王，谥号“剌”。他任并州总管，手握重兵。其为人猜忌多疑，阴险好斗，骄横跋扈。他丢失并州，唐高祖却不加治罪，无异于纵容他的骄横行为。在太子李建成与李世民争夺嗣君的斗争中，他挑拨离间，欲从中取利。结果，却身死玄武门。他的一生，令人感叹。
一、骄横跋扈丢失并州
隋朝末年，李渊奉命镇守太原，将家属留在河东地区，令长子李建成守家，并命李建成、李元吉等人结交当地豪杰，树立个人形象，扩大家族势力，为以后夺取天下做准备。李元吉协助李建成做了大量工作。
隋炀帝大业十三年（617），李渊准备起兵反隋，秘密派人通知李建成、李元吉二人速到太原。六月，李渊举兵反隋。
李渊带领大军直指长安，令长子李建成、次子李世民随军行动，命三子李元吉留守太原。夺取长安后，李渊自任大丞相，分封诸子众将，封李元吉为姑臧郡公，后进齐国公，命他总揽十五郡军事大权，加授镇北将军，太原道行军元帅。李渊称帝后，进封李元吉为齐王，授并州总管。
李元吉刚生下来时，相貌丑陋，他母亲心中嫌弃，不想抚养，被乳母陈善意喂养长大。李元吉成年后，性格猜忌多疑，阴鸷好斗。又因久居边镇，手握重兵，越发放纵奢侈，骄横跋扈。他喜军事，经常命令手下家奴、姬妾数百人披甲装束，手持兵器，相互击刺。长期演练，死伤人数众多。后来，李元吉中剑受伤，乳母陈善意出面禁止李元吉继续胡闹，李元吉恼羞成怒，命健壮武士将陈善意杀死，又私下赐谥号为慈训夫人。
刘武周占领汾州（今山西隰县）、晋州，威胁太原。李渊派右卫将军宇文歆前去协助李元吉镇守太原。李元吉喜欢捕鸟打猎，出门时经常带上三十车捕捉鸟兽用的罗网，自称宁可三日不食，不能一日不猎。夜色降临，李元吉出府，带人悄悄到百姓家中奸淫妇女。府门整夜不关。敌人虎视眈眈。宇文歆严肃劝谏，李元吉不听，宇文歆于是上表李渊，陈述李元吉纵情狩猎、践踏民田、纵兵掠夺、射箭伤人、夜淫民女等诸般劣迹，说太原附近百姓对李元吉恨之入骨，自己无法与他共守太原。李渊接表，下诏召见李元吉。李元吉派人威胁太原百姓，另去长安请求让李元吉留守太原，李渊相信，放回李元吉。
刘武周派五千骑兵驻扎于黄蛇岭。李元吉派将军张达率领步兵百人前去攻击。张达认为士兵人数太少，不能贸然进攻，李元吉强逼张达出战，否则军法从事。张达率军出战，百名士兵全部战死。张达大怒，引导刘武周部队攻陷榆次（今山西榆次），李元吉退保祁州（今山西祁县），刘武周部队迅速追击，李元吉逃回并州，刘武周部队士气大振，乘胜追击，李元吉欺骗司马刘德威：“你率老弱士兵守城，我率精锐出战，抵抗敌人进攻。”然后，他携带珍宝财物、妻妾奴仆连夜出城，丢下军队直奔长安。太原城陷落敌手，并州地区尽归刘武周。唐高祖李渊没有追究李元吉的罪责，这无疑助长了他的骄纵之气。
逃回长安不久，李渊任李元吉为侍中、襄州道行台尚书令、稷州（今山西稷山）刺史。秦王李世民围困东都洛阳，准备消灭王世充，窦建德率兵前来增援王世充。李世民率领精锐骑兵迎击窦建德，留李元吉、屈突通二人守大营。王世充认为形势发生变化，马上派兵出击。屈突通协助李元吉巧设伏兵，击溃王世充部队，擒获王军部将，斩杀八百士卒。洛阳被攻下后，李元吉被拜为司空，赐王冕衮服，鼓吹乐二部，班剑仪仗二十人，黄金两千斤，与太子李建成、秦王李世民同时各得一炉铸钱，后升任司徒，兼任侍中及并州大都督。
二、挑拨离间阴险狠毒
天下平定，秦王李世民南征北战，功劳最大，太子李建成因长期防守长安，名望不如李世民响亮，许多人对他不怎么敬佩。李元吉喜欢挑拨离间，他希望李建成、李世民二人仇视、争斗，他趁机从中取利。于是，他反复向李建成吹风：“秦王功高，名声越来越大，又被父皇宠爱，殿下虽为太子，地位并不稳定。如果不早作谋划，很快就会受害，让我为殿下杀掉秦王。”太子李建成不忍心杀掉二弟，不同意李元吉的想法，李元吉五次三番，劝说不止，李建成逐渐同意。
在取得李建成同意后，李元吉便协助李建成结交宫内人员，厚赂中书令封德彝，让他在李渊面前说太子好话，多进秦王坏话，因此李渊渐渐怀疑、疏远李世民。
李元吉招募众多凶悍亡命之人，给予优厚待遇，重加培植，以便他们能够为自己卖命。记室参军荣九思委婉劝谏，李元吉不听。齐王属官裴宣俨被免职，去到秦王府任职。李元吉怀疑裴宣俨泄露自己作为，将他用鸩酒毒杀。从此以后，对李元吉的所作所为，齐王府上下无人敢讲。
一次，秦王李世民随李渊来到齐王府第，李元吉派人藏到卧室内，准备刺杀李世民。李建成发觉后，坚决阻止行刺。李元吉说：“我这是帮助太子，秦王对我有什么害处？”
武德九年（626），突厥侵犯边疆地区，太子李建成推荐齐王李元吉率兵征讨。李元吉领命后，调用秦叔宝、尉迟敬德、程知节、段志玄等很多秦王李世民属下将官，又调秦王府精兵归属自己指挥。李渊未能制止李元吉的做法，李元吉又秘密奏请李渊，请求杀掉李世民。李渊回答：“秦王平定四海，杀秦王，没有任何理由。”李元吉说：“秦王平定洛阳，不马上向长安进贡财物，却私下里大肆散发金钱玉帛，树立个人恩信，难道这不是谋反吗？”李渊没有回答。
李元吉与李建成秘密商议，李元吉带兵走后，由李建成在昆明池将李世民杀掉，然后称李世民暴病身亡，报告李渊。然后李元吉再杀尽秦琼等秦王府部下将领。率更令王晊悄悄将这个计划告诉了秦王李世民，并说李元吉对护军薛宝说过，只要除掉秦王，取得东宫之位易如反掌。秦王李世民于是召集部将，布置人马之后，进宫向高祖李渊报告李建成、李元吉淫乱后宫，并说他二人要杀害自己。李渊大惊，命他兄弟三人第二天入宫，准备调查原委，当面对质。第二天清晨，李建成、李元吉在玄武门被李世民杀掉。
李元吉死时二十四岁。他的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、善安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，全被李世民杀死。
李世民称帝后，追封李元吉为海陵郡王，赐谥号为“剌”。后改封巢王。
霍王李元轨
李元轨（？～688），唐高祖李渊第十四子，唐太宗李世民之弟。陇西成纪（甘肃秦安）人，唐武德六年（623）封蜀王。后改封吴王，后又改封为霍王。
李元轨勤奋好学，多才多艺，李渊对他特别喜爱。唐太宗曾经问群臣，在各位子侄弟兄之中，哪一个亲王最为贤良，魏徵推举李元轨，认为他博学多才，温和孝顺，李世民深表同意，为李元轨聘娶了魏徵的女儿。
李元轨曾经陪李世民打猎，李元轨箭无虚发，猎物众多。李世民抚着李元轨的后背感叹：“你武艺过人，可惜现在无处施展，如果天下尚未平定，这些武艺就全都能用上了。”
贞观七年（633），李元轨出任寿州（今安徽寿县）刺史。贞观十年（636），改封霍王，又历任绛州、徐州、定州三州刺史，实封食邑五千户。李元轨在州任职，每日闭门读书，将日常政务委托本州长史、司马处理。他平时谦虚、谨慎，遵守法纪，恪守道德规范。他与布衣刘玄平来往密切。有人问刘玄平，李元轨在哪方面有特长。刘玄平沉吟不语。问话的人不解其意，追问不止，刘玄平说：“一个人有了短处，才能显示出其他方面的长处。霍王各种长处无所不具，你让我讲哪个方面的长处啊？”
突厥进犯定州，李元轨命士兵偃旗息鼓，大开城门，突厥军队怀疑城中有伏兵，不敢入城，乘夜色撤退。定州人李嘉运暗中勾结突厥，事情败露，朝廷下诏。命李元轨捕杀所有与李嘉运有牵连的人。李元轨认为敌人强大，距离又近，人心本来就动摇不定，为了稳固民心，防止内乱，他只杀了首犯李嘉运，其他人一概不予追究。处理完毕，他上表请罪自我批评。唐太宗高兴地说：“全部捕杀的命令发出后，我心中一直有些后悔。不是霍王明智，定州恐怕就要危险了。”
在前线的一次遭遇战中，王文操与敌人苦战，兵败撤退，他的两个儿子王凤、王贤用身体遮挡父亲，掩护王文操撤走。王文操逃脱，但两个儿子全都战死于军中。所在县压下这个事迹，没有上报，李元轨从其他渠道了解了这一事迹，遣使前去吊祭王凤、王贤，并将此事上报朝廷。朝廷下诏，追赠王凤、王贤为朝散大夫，表彰王氏家族。