《三国志》卷一二
司马芝（生卒年不详），河内郡温县（今河南温县）人。曾以遵守礼义著名。曹操平定荆州后被任命为营县长。他能依法办事，不徇私情，善于断案，历任大理正、甘陵等郡太守、大司农、河南尹等。司马芝为人正直，不惧权势，连曹操夫人卞太后的说情也不予通融，又能体贴下属，不谋私利，是魏国历任河南尹中最杰出的清正官员。他的儿子司马歧也是善于断案的正直官员，因为得罪权贵，害怕会招来祸害，早早就称病退休了。
司马芝，字子华，河内郡温县人。少年时是书生，到荆州去躲避战乱，在鲁阳山里遇到贼寇。同行的人们都丢下老人和弱小逃走了。只有司马芝一个人坐在那里守护老母亲。贼寇来到后，用刀逼着司马芝。司马芝叩头说道：“母亲老了，她的死活就由诸位决定了。”贼寇们说：“这是个孝子啊！杀他是不义的。”司马芝因此免于被杀，推着小车把他母亲拉走了。司马芝在南方住了十几年，亲自耕种，恪守礼义节操。
魏武帝曹操平定了荆州，任命司马芝作菅县长。当时天下政权刚刚建立，居民大多不遵守法律。郡主簿刘节是旧日的大族子弟，为人豪爽侠义，拥有一千多位宾客，外出就做盗贼，到宫署里则扰乱吏治。不久，司马芝派遣刘节的门客王同等人去当兵。掾史阻止说：“刘节家里从来就没有派人服过徭役，如果他们到时把人藏起来，一定给您造成亏空。”司马芝不答应，给刘节写了封信说：“您是豪门大家族，又在郡里担任重要职务，而您的宾客经常不服劳役，黎民百姓早就心怀怨恨和不满，有些流言已经被上级听到。现在征发王同等人去当兵，希望您能按时派遣他出发。”士兵们已经在郡里集结了。但刘节把王同等人藏了起来，还乘机让郡督邮伪称征调军队士兵去向管县索要。县里的掾吏没有办法，请求让自己代替王同去当兵。司马芝就派人骑快马把一封信送到郡城济南，信上详细列举了刘节的罪状。太守郝光历来敬重司马芝，很相信他，当即下令让刘节代替王同去当兵。青州人民称司马芝能让郡主簿去当兵。后来司马芝升作广平县令。征虏将军刘勋，地位尊贵，受宠骄横。他又是司马芝原来所在郡里的将军。刘勋宾客和子弟们在司马芝的管界内多次犯法。刘勋给司马芝写信，不署上姓名，却在信中多次嘱托司马芝帮忙。司马芝没有给他回信，一概按照法律处理。以后刘勋由于行为不轨被诛杀，与刘勋交往并有关联的人全都获罪，而司马芝却因为不徇私而被人们称道。不久，司马芝被提升为大理正。有人偷窃了官府的白绸放在厕所上面。吏卒们怀疑是女工干的，就把她们抓起来关进监狱。司马芝说：“处罚罪行时的失误，都是失误在用刑过分苛刻残暴上。现在先找到了赃物，然后才去审讯，求得供词。如果她们经不住拷打，有可能被迫说假话承认偷窃。根据假话定的案情，是不能用来判断罪案的。而且执政宽大简便，使人民容易服从，这是德行高尚人物的教化。不放过一个有罪的人，只是平庸世道的治理方法罢了。如今我宽恕了这些嫌疑犯，用来发扬使人民容易服从的道义，不也是可以的吗？”魏武帝接受了他的建议。司马芝历任甘陵、沛郡、阳平等地太守，所到之处都有政绩。
黄初年间，司马芝被调入京城任河南尹。他抑制豪强，扶持贫弱，私下请托也行不通了。正遇宫中太监想托司马芝办事，又不敢开口讲，就通过司马芝妻子的伯父董昭传话。董昭也害怕司马芝，不给太监传话。司马芝给下属官员们写了告示，规定教令说：“君王能够设立法令，却不能让吏员们一定不违犯法令。吏员们能触犯教令，却不能让君主始终不知道。设立了法令却有人违犯，这是君主的不足，官吏们触犯了教令让君主知道后，就是官吏们的灾祸了。君主在上面有劣政，官吏们在下面造成灾祸，这是政事得不到治理的原因。大家能不以此自勉吗？”于是他下属的官吏们没有不以此勉励自己的。门下循行官曾经怀疑门干偷了发簪，门干的说法与此不相符，曹掾就把他抓来判罪。司马芝下令说：“凡是事物都有相似得难以分别的，如果没有离娄那样的眼力，很少能不受迷惑。即使真是门干偷的，循行官怎么会忍心把一个簪子看得那么重，却把伤害自己的同类看得很轻呢？这件事放下不要再审问了。”
魏明帝继位以后，赐给司马芝关内侯的爵位。不久，特进曹洪的奶妈当，和临汾公主的侍者共同祭祀了无涧神，被关进监狱。卞太后派遣黄门官到官府中传达她的命令。司马芝不让通报，当即下令让洛阳监狱把这二人拷打至死，然后上奏章说：“凡是应该判处死刑的罪犯，按理都应该先上表奏明，等候圣上批复。以前圣上下制书命令禁止淫祀，以端正风俗。现在这些犯人兴妖作怪的罪行，刚刚审讯出供词。黄门官吴达就来见臣下，传达太皇太后的命令。臣下不敢接见使者，害怕命令中有救援保护犯罪者的意思，这个命令让圣上听到后，就会不得已下令把犯人们保护起来。这一切又都是由于臣没有尽早把事办完，就是臣下的罪过了。因此臣冒犯了日常的规定制度，马上命令洛阳县把她们拷打死了。臣下擅自施行了刑戮，谨等候圣上予以诛罚。”魏明帝亲笔批复说：“看了你的奏章，已经了解了你的真心。你想要奉行禁止淫祀的诏书，所以权宜从事，做得对啊！这是你奉行诏书的诚意，有什么可谢罪的呢？以后黄门官再去你那里，千万不要接见。”司马芝作了十一年官，多次评议那些法令律条中不便施行的条款。他处在公卿中间，都根据正道办事。正赶上各位亲王来朝见，和京城里的人交结，司马芝因此被免官。