唐朝时，西藏就与内地建立了密切的政治经济联系，唐时佛教传人西藏。11世纪时，佛教的一支以喇嘛教兴起，经过分分合合的斗争，最后形成红教、黄教两派。
达赖之称，始于三世达赖锁南加措，他精通佛学，被蒙古的俺答汗特邀到青海讲经，为致谢，俺答汗特赠其“遍知一切瓦齐尔达赖喇嘛”的尊号。明崇祯时，黄教首领五世达赖和四世班禅，联合蒙古的和硕特部首领顾实汗带兵进藏推翻红教政权，从此形成了黄教与蒙古汗王联合统治的政教合一局面。
清朝对达赖的第一次册封是在顾实汗的引荐下进行的。顺治九年（1652），五世达赖到北京朝见皇帝，受到清政府的隆重接待，顺治帝特封其为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”，并授以金册金印，达赖称号正式得到了中央政府的认定。后来顾实汗为限制五世达赖的权力，又特赐扎什伦布寺的主持罗桑却吉坚赞以“班禅博克多”的尊号，这就是四世班禅。
由于西藏大权实际由蒙古汗王操纵，五世达赖很不甘心大权旁落，与顾实汗之间暗生嫌隙，矛盾丛生。五世达赖任用亲信桑结为第巴代管西藏政务，桑结密约准噶尔部攻人青海，迫使蒙古的和硕特部退出西藏，从而得以掌握全藏的政权。康熙二十一年（1682），五世达赖死，桑结秘不发丧，继续借用达赖之名发号施令，以抵制排斥和硕特部。康熙三十二年，桑结以达赖之名遣使入京，为自己请封。清政府不明就里，赐以金印，后得知达赖已死，严厉追究桑结。桑结见事已败露，遂向康熙请罪，同时公布了五世达赖之死，并宣布已找到仓央嘉措为转世灵童，正式坐床为六世达赖。和硕特部的拉藏汗认为桑结所立的仓央嘉措不守清规，耽于酒色，请清政府废除。清政府对桑结早有不满，册封拉藏汗，并命其寻找真正的达赖灵童，拉藏汗于是另立伊喜嘉措为六世达赖，但这引起青海其他蒙古部的不服，他们另奉噶桑嘉措为六世达赖。清廷派特使前往西藏协助拉藏汗管理西藏事务。为了安定人心，又于1713年正式册封五世班禅为“班禅额尔德尼”，班禅从此也得到中央政府的正式认定。
清政府册封达赖、班禅的目的是在于稳定形势，使他们协助拉藏汗更好管理西藏。但是在废立六世达赖的过程中准噶尔部乘机勾结西藏反对拉藏汗的势力，突袭西藏，进攻拉萨，杀死了拉藏汗，给西藏带来了一场浩劫。1718年，康熙任命皇十四子为抚远大将军，统帅大军进藏平叛，大败准噶尔。在此过程中，清廷又正式册封噶桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”，并在驱逐走准噶尔后，为其举行了隆重的坐床仪式，西藏地区的社会秩序得到恢复。
清朝对达赖、班禅的册封，有利于保证西藏地区秩序的稳定，加强了对西藏的管理，也加强了中央政府同西藏的联系，对巩固我们统一多民族国家起到了有力的促进作用。